Czerwiec-Sierpień 2014

www.openexome.pl
Szanowni Państwo!
W
wakacyjnym
wydaniu
newslettera
informujemy o pojawieniu się na rynku
szeregu nowych paneli genowych, pomocnych
w identyfikacji mutacji związanych z takimi
chorobami
człowieka
jak:
białaczka,
młodzieńcze
zwyrodnienie
plamki
i
mukowiscydoza.
Informujemy
także
o
ciekawych szkoleniach praktycznych oraz
sympozjach i konferencjach, które planowane
są na koniec lata i jesień 2014.
Niezależnie czy przeglądacie Państwo nasz
biuletyn wspominając właśnie zakończony
urlop czy pospiesznie kończycie ostatnie
zadania w laboratorium tuż przed wakacyjnym
wyjazdem, życzymy Państwu miłej lektury i
czekamy na komentarze odnośnie treści
kolejnych wydań naszego biuletynu.
Zespół OpenExome
Publikacje wskazujące na praktyczne wykorzystanie metody ART-Seq
Profilowanie rybosomów na potrzeby identyfikacji
konserwowanych ewolucyjnie mikropeptydów
Na łamach majowego wydania EMBO Journal Ariel Bazzini
i współpracownicy z Uniwersytetu Medycznego w Yale
opublikowali wyniki projektu mającego na celu identyfikację
krótkich fragmentów kodujących w genomach kręgowców.
C hodziło o zbadanie powszechnie występujących u
kręgowców krótkich ORF, z których w wyniku translacji
powstają tzw. mikropeptydy. Są to cząsteczki wielkości od
20 do 100 aminokwasów, które jak przypuszczają
naukowcy odpowiadają za regulację rozmaitych procesów
związanych z rozwojem i fizjologią kręgowców.
Produkty
- ważne informacje
Illumina:
TruSight Myeloid Panel
Multiplicom:
STARGARD MASTR
C FTR MASTR Dx
Epicentre:
DuraScribe T7 RNA Polymerase Kit
Dzięki
wykorzystaniu
zaawansowanych
metod
Lista wycofanych produktów
bioinformatycznych, sekwencjonowania RNA aktywnego
transkrypcyjnie oraz identyfikacji peptydów metodą spektro
-metrii masowej naukowcy zdołali zidentyfikować setki krótkich ORF kodujących mikropeptydy
typowych dla Danio pręgowanego (organizm modelowy) i człowieka. Wyniki opisane we
wspomnianej publikacji stanowią podwaliny do dalszych prac mających na celu zbadanie funkcji
każdej z tych cząsteczek.
każdej z tych cząsteczek.
Źródło: Pubmed – PMID: 24705786
Głębokie sekwencjonowanie aktywnego transkrypcyjnie RNA pomaga opisać procesy
związane ze stresem reticulum endoplazmatycznego oraz regulacją proliferacji
szpiczaka mnogiego.
Grupa badaczy z ośrodków w zajmujących się nowotworami krwi w Los Angeles analizuje procesy
regulacji mechanizmów decydujących o proliferacji komórek szpiczaka mnogiego. Najnowsza
publikacja zespołu kierowanego przez dr Alana Lichtensteina ukazała się na łamach czasopisma
PLOS One. Publikacja podsumowuje zestaw wyników uzyskanych zarówno klasycznymi (test
aktywności kinaz in vitro) oraz innowacyjnymi metodami (sekwencjonowanie frakcji RNA aktywnego
transkrypcyjnie) sugerujących, że kinaza MNK oraz czynnik inicjujący translację eIF-4E pełnią
istotną rolę w procesach regulujących proliferację tych komórek i że są one potencjalnym celem dla
rozwijanych nowatorskich terapii przeciwnowotworowych.
Źródło: Pubmed – PMID: 24714040
Informacje od partnerów OpenExome
Illumina
Diagnostyka białaczek z wykorzystaniem NGS
Przedstawiamy TruSight Myeloid Sequencing Panel. Jest
to najnowszy zestaw do przygotowania bibliotek NGS
opracowany przez konsorcjum ekspertów z dziedziny
hematoonkologii, który pozwala na identyfikację puli
mutacji
somatycznych
opisywanych,
jako
podłoże
poniższych jednostek chorobowych:
•
•
•
•
•
Wydarzenia
Praktyczne szkolenia NGS
w laboratoriach EMBL
w Heidelbergu
Seminaria on-line
w sierpniu
Kalendarium konferencji
Ostra białaczka szpikowa (AML)
Zespoły mielodysplastyczne (MDS)
Nowotwory mieloproliferacyjne (MPN)
Przewlekła białaczka mielomonocytowa (C MML)
Młodzieńcza białaczka mielomonocytowa (JMML)
Biblioteka przygotowana szlakiem TruSight Myeloid pozwala wychodząc od próbki zawierającej 50
ng DNA przeanalizować pełną sekwencję egzomową 15 genów oraz podatnych na powstawanie
mutacji regionów w obrębie dodatkowych 39 genów pacjenta. Szczegółowy opis produktu wraz z
listą badanych genów dostępny jest tutaj.
Wspomniany zestaw odczynników to precyzyjne i kosztowo ekonomiczne rozwiązanie do
profilowania nowotworów krwi. Biblioteki TruSight są kompatybilne z platformą MiSeq, a uzyskane
surowe dane można w nieskomplikowany sposób analizować przy pomocy programów MiSeq
Reporter Somatic Variant C aller oraz Variant Studio.
Fluidigm
PODRĘCZNIK: Preparatyka pojedynczych komórek do Systemu C1
Sprawdź czy komórki i tkanki, będące obiektem twoich badań, nadają się do analiz w
automatycznym systemie do preparatyki pojedynczych komórek C 1 firmy Fluidigm. Aby uzyskać
dostęp do najnowszego podręcznika wejdź na stronę: http://www.fluidigm.com/single-cell-prepguide.html.
Po podaniu afiliacji uzyskuje się bezpośredni dostęp do podręcznika, który powstał w oparciu o
dotychczasowe doświadczenia użytkowników i najczęściej obierane szlaki preparatyki. W zależności
od typu tkanki i komórek proponowany jest szlak różnicowania, wzbogacania, wybarwienia, kontroli
jakości i w końcu uruchomienia aplikacji C 1. Na końcu podręcznika umieszczona została sekcja
opisująca przypadki trudne i sposoby ich rozwiązywania.
Multiplicom
Nowość - panel STARGARDT MASTR
W lipcu 2014 katalog produktów firmy Multiplicom powiększył się o nowy panel genowy
wykorzystujący technologię NGS. Jest nim zestaw Stargardt MASTR. Tym razem renomowany
producent proponuje test genetyczny pomocny w diagnozowaniu młodzieńczego zwyrodnienia
plamki (łac. fundus flavimaculatus), choroby inaczej zwanej dnem żółtoplamistym lub chorobą
Stargardta. Młodzieńcze zwyrodnienie plamki to choroba degeneracyjna, której objawy
obserwowane są już w dzieciństwie i nasilają się z wiekiem pacjenta. Postępujące zmiany w obrębie
siatkówki powodują między innymi poważne zaburzenia a w konsekwencji zanik centralnego
widzenia. C horoba Stargardta dziedziczona jest zazwyczaj w sposób autosomalny recesywny (a
zdecydowanie rzadziej w sposób autosomalny dominujący) i dotyka średnio 1 na 10 000 osób.
Stargardt MASTR jest testem molekularnym pozwalającym na wczesną identyfikację mutacji w
genach ABC A4, ELOVL4 iC NGB3. Wykonanie czterech reakcji PC R typu multipleks zapewnia
wzbogacenie próbek w 91 amplikonów obejmujących sekwencje kodujące wymienionych genów.
Biblioteka przygotowywana wg protokołu Stargardt MASTR może być analizowana w różnego typu
sekwenatorach NGS. W zależności od platformy NGS i jej przepustowości podczas jednej reakcji
można analizować od 4 do 597 prób.
Certyfikowany zestaw do wzbogacania kompletnej sekwencji genu CFTR dla platform
NGS
W czerwcu firma Multiplicom wprowadziła do oferty certyfikowany zestaw CFTR MASTR™ Dx. Kit
jest przeznaczony do identyfikacji wariantów w kompletnej sekwencji genu CFTR u osób z
podwyższonym ryzykiem mukowiscydozy, jej nosicieli oraz u osób, których fenotyp wskazuje na
mukowiscydozę. Zestaw pozwala na przeprowadzenie analizy SNV oraz C NV. Zmienność liczby kopii
nie jest objęta certyfikacją C E IVD.
Zapewnienie najwyższych standardów diagnostyki klinicznej pozwoliło na stworzenie
certyfikowanego, multipleksowego kitu do przygotowywania bibliotek NGS, wzbogacającego
kompletną sekwencję genu C FTR. Zestaw spełnił wszystkie wymagania konieczne do uzyskania
certyfikacji do diagnostyki in vitro, zgodnie z regulacjami C E. Etykieta C E IVD odnosi się do
stosowania przedstawianego testu w kombinacji z sekwenatorami Illumina MiSeq® oraz z
systemami 454 (GS Junior i GS FLX +), dla których przygotowano również certyfikowane zestawy do
znakowania/identyfikacji próbek (MID Dx).
Badania walidacyjne C FTR MASTR™ Dx przeprowadzono w kilku wiodących europejskich centrach
genetycznych. Surowe dane otrzymane podczas sekwencjonowania walidowanych bibliotek C FTR
MASTR™ Dx analizowano przy użyciu oprogramowania dropGen™ Application (Sophia Genetics)
oraz modułu SeqNext pakietu Sequence Pilot (JSI Medical Systems).
Najważniejsze zalety stosowania certyfikowanych testów do diagnostyki in vitro:
• znacznie obniżone koszty i czas - brak konieczności walidacji testu
• ułatwiony proces akredytacji laboratorium medycznego wykonującego usługi badań
diagnostycznych
• zgodność ze spójnymi normami i ustalonymi procesami dla uzyskania wiarygodności wyników
• wysoka wydajność i oszczędne sekwencjonowanie dla celów diagnostycznych.
Epicentre
DuraScribe T7 RNA Polimerase Kit
Przedstawiamy zestaw odczynników DuraScribe T7 RNA
Polymerase przeznaczony do prowadzenia odwrotnej
transkrypcji in vitro, przy
zastosowaniu, którego
otrzymujemy całkowicie odporne na trawienie RNazą A i
DNazą
transkrypty
(tzw.
DuraSkrypty). Reakcja
katalizowana przez enzym DuraScribe przebiega z wysoką
wydajnością (z 1 µg matrycowego DNA powstaje do 60 µg
RNA) i pozwala na skuteczną syntezę zarówno krótkich jak
i długich DuraSkryptów: stabilnych aptamerów RNA,
interferujących RNA oraz antysensownych nici RNA.
Wykorzystywany przez firmę Epicentre mutant polimerazy
T7 RNA podobnie jak dziki typ enzymu wiąże się
specyficznie z promotorem T7. Warto zaznaczyć, że
DuraScribe T7 RNA Polymerase Kit jest kompatybilny z
technologią SELEX, służącą do identyfikacji i wybiórczej
amplifikacji
aptamerów
RNA
o
oczekiwanej
charakterystyce spośród licznej puli przypadkowych
sekwencji.
Zestaw zawiera mutanta polimerazy T7 RNA wraz z buforem, cztery rodzaje deoksynukleotydów
(w tym fluorescencyjnie znakowane 2′-F-dC TP 2′-F-dUTP), wolną od RNaz DNazę I oraz kontrolną
matrycę DNA. Produkt dostępny jest w opakowaniu wystarczającym na przeprowadzenie 10 lub 25
niezależnych reakcji.
Lista produktów wycofanych z katalogu Epicentre
Uprzejmie informujemy, że od sierpnia 2014 producent wycofuje następujące odczynniki ze
sprzedaży:
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
MiniV in vitro transcription system
MonsterScript Reverse Transcriptase
RiboMultiplier Sense RNA Amplification System
MasterAmp PC R System with Ammonium Sulfate
MasterAmp RT-PC R (High Fidelity and High Sensitivity)
TAQXpedite PC R System
C olony Fast Screening Kits (PC R, RE, Size)
Supercoiled DNA Markers
Stand-alone nucleotides (C TP, GTP, UTP)
Topoisomerase I
PeriPreps Periplasting Kit
WaterMaster DNA Purification Kit
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
... szkoleń praktycznych organizowanych przez Illumina i EMBL
Jesienią w Heidelbergu odbędzie się pierwsza edycja odpłatnych szkoleń praktycznych, dotyczących
przygotowywania bibliotek i analiz NGS. Formuła warsztatów laboratoryjnych współorganizowanych
przez firmę Illumina i organizację EMBL zakłada, że uczestnicy będą mogli przywieźć swoje próbki
do analizy. Zajęcia będą odbywały się w kilkuosobowych grupach.
W październiku i listopadzie planowane są następujące szkolenia:
• 06-07.10.2014 Whole Genome Sequencing with TruSeq DNA PCR-free:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-01/index.html
• 08-10.10.2014 Whole Transcriptome Sequencing with TruSeq stranded total RNA:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-02/index.html
• 03-11.11.2014 Translational & C linical Targeted Resequencing with
TruSeq (Custom) Amplicon:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-03/index.html
• 03-07.11.2014 Translational & C linical Targeted Resequencing with
Nextera/TruSight Rapid Capture:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-04/index.html
Osoby zainteresowane udziałem w szkoleniu proszone są o rejestrowanie się na stronie
internetowej EMBL (linki podane kolejno pod tytułami kursów). Rejestracja uczestników oraz opłaty
za szkolenia są koordynowane przez EMBL. Rejestracja będzie kończyła się na około 5 tygodni przed
danym szkoleniem.
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych
firmy Illumina
Illumina proponuje szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii
sekwencjonowania następnej generacji oraz mikromacierzy. W sierpniu eksperci zespołu Illumina
Technical Support omówią następujące tematy:
• Trusight Myeloid Sequencing Panel - przeznaczenie, sposób opracowania, zasada działania oraz
protokół pracy nowego zestawu odczynników do identyfikacji mutacji związanych z białaczką
• sekwencjonowanie amplikonów na sekwenatorze MiSeq
• optymalizacja gęstości klastrów tworzonych w komórce przepływowej sekwenatora
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego
połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy
dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę październikowych seminariów
oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach www OpenExome oraz Illumina:
http://support.illumina.com/training/array.ilmn
http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
... konferencji i sympozjów w Polsce:
VII Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka
08-11.09.2014. Bydgoszcz, Opera Nova
link
Kongres BIO 2014 - współorganizowany przez Polskie Towarzystwa Naukowe: Biochemiczne,
Biologii Komórki, Biofizyczne i Bioinformatyczne
09-12.09.2014. Warszawa, kampus UW przy ul. Krakowskie Przedmieście 26/28
link
Genetyka Kliniczna Nowotworów 2014
25-26.09.2014. Szczecin
link
Techniki analizy genomu w badaniach nowotworów – warsztaty
28.10.2014. Warszawa
link
... konferencji zagranicznych:
Single-Cell Genomics Meeting
09-11.09.2014. Stockholm, Sweden
link
Microbiology & Infectious Diseases Congress 2014
29-20.09.2014. London, UK
link
International Symposium on Human Identification (ISHI)
29.09-02.10.2014. Phoenix, USA
link
6th Annual Next Generation Sequencing Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
2nd Annual Single Cell Analysis Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
NGS for Cancer Drug Development & Diagnostics Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
Annual conference of ESBB Biobanking Society
21-24.10.2014. Leipzig (Lipsk), UK
link
Nasze wrażenia z Konferencji Biologii Kryminalistycznej w Szczytnie
W dniach 27-30 maja OpenExome miało przyjemność uczestniczyć w I Ogólnopolskiej Konferencji
Biologii Kryminalistycznej, której tematem przewodnim były ślady biologiczne we współczesnych
badaniach kryminalistycznych. Pomysłodawcy i organizatorzy tego sympozjum zgromadzili w
Szczytnie blisko stu przedstawicieli laboratoriów policyjnych, przedstawicieli instytutów naukowych
oraz uczelni wyższych. Uczestnicy konferencji wysłuchali ponad wykładów i doniesień ustnych, które
okraszone były interesującymi dyskusjami. Poruszane przez wykładowców tematy pokazały, że
biologia kryminalistyczna to intensywnie rozwijająca się dziedzina, która wykorzystuje wiedzę i
doświadczenie specjalistów z na pozór bardzo odległych dziedzin nauki. Tę kwestię szczególnie
uwypukliły wykłady:
• prof. Tadeusza Dobosza, który prezentował szeroki wachlarz autorskich metod opracowanych w
Zakładzie Technik Molekularnych Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu. Przytaczane przez
prelegenta przykłady badań genetycznych, które przyniosły odpowiedzi na pytania śledczych jasno
wskazywały, że wychodzenie poza utarte schematy analiz i twórcze myślenie pozwalają z
powodzeniem zakończyć nawet najtrudniejsze dochodzenia. Profesor Dobosz tłumaczył, że metody
identyfikacji osobników rozmaitych gatunków roślin i zwierząt także znajdują lub niebawem znajdą w
zastosowanie w kryminalistyce. Wykładowca wspominał tutaj m.in. o sprawach dotyczących
kłusownictwa czy tez identyfikacji roślin, z których pozyskiwane są substancje psychoaktywne
• prof. Tadeusza Grzybowskiego, który podczas jednego ze swoich wystąpień omawiał uzyskane
w Zakładzie Genetyki Molekularnej i Sądowej C M UMK w Bydgoszczy wyniki analiz filogenetycznych
mitochondrialnego DNA psa domowego. Wykładowca wspominał o praktycznych możliwościach
wykorzystania informacji o sekwencji genomu mitochondrialnego psów jako dowodów podczas
spraw sądowych
• dr Andrzeja Ossowskiego z Zakładu Medycyny Sądowej Pomorskiego Uniwersytetu
Medycznego, który opowiadał o założeniach oraz pierwszych osiągnięciach multidyscyplinarnego
zespołu badaczy tworzących Polską Bazę Genetyczną Ofiar Totalitaryzmu
Firmy OpenExome i Analityk, jako partnerzy konferencji zaprosiły do Szczytna panią Nicolę
Oldroyd (Market Development Manager, Forensic Genomics, Illumina), która podczas sesji plenarnej
pierwszego dnia zjazdu przedstawiła wykład na temat wykorzystania technologii sekwencjonowania
następnej generacji na potrzeby genetyki sądowej. Prezentacja Nicoli Oldroyd cieszyła się dużym
zainteresowaniem i dyskusje dotyczące praktycznego zastosowania rozwiązań firmy Illumina w
kryminalistyce przeniosły się do stoiska naszego stoiska firmowego.
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy C zytelnicy! Będziemy wdzięczni, jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami
dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści
kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy
o przesyłanie ich na adres: [email protected].
O penE xome s .c . | ul. Sc hroegera 8 2 | 0 1 - 8 2 8 Wars zawa | (+4 8 ) 2 2 4 6 5 2 5 2 7 | c ommunity@ openexome.pl