Grudzień 2013

www.o pe ne xo me .pl
Szano wni Państ wo !
Prz e ds tawiamy Pańs twu grudniowe wydanie ne ws le tte ra Ope nExome , w którym chce my
z as ygnaliz ować, że te chnologia Se kwe ncjonowania Nas tę pne j Ge ne racji (NGS) prz ychodz i z
pomocą badacz om pracującym z kopalnym DNA i s tarającym s ię poz nać his torię wymarłych
gatunków. Wyniki analiz mate riału ge ne tycz ne go, który pochodz i z e z nale z is k pale ontologicz nych
cz y arche ologicz nych s ą je dnymi z pods tawowych dowodów poz walających we ryfikować hipote z y o
pochodz e niu gatunków oraz tych dotycz ących his torii ws półcz e s ne go ś wiata ożywione go.
Natomias t nie us tannie optymaliz owane prz e z badacz y me tody pracy z e z de gradowanym DNA
poz walają już na analiz ę te chniką NGS nawe t ś ladowych iloś ci i nie dos konałe j jakoś ci mate riału
ge ne tycz ne go, otwie rając tym s amym nowe możliwoś ci np. pale omikrobiologom cz y s pe cjalis tom z
dz ie dz iny kryminalis tyki laboratoryjne j.
Godne uwagi wydarz e nie z os tatnich dni, które z nalaz ło
odz wie rcie dle nie w me diach branżowych, to uz nanie prz e z
Ame rykańs ką Age ncję ds . Żywnoś ci i Le ków (FDA) te chnologii
s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji oraz s ys te mu MiSe q Dx
jako pożądanych dla roz woju nowocz e s ne j diagnos tyki klinicz ne j
oraz me dycyny s pe rs onaliz owane j.
W drugim dz iale ne ws le tte ra informuje my Pańs twa o nowych
roz wiąz aniach
ofe rowanych
prz e z
partne rów
handlowych
Ope nExome , jak równie ż informuje my o wycofywanych właś nie z e
s prz e daży
produktach. Natomias t
na
końcu
ne ws le tte ra
tradycyjnie umie s z cz amy kale ndarium konfe re ncji i s e minariów
z wiąz anych te matycz nie z biologią mole kularną, ge ne tyką
me dycz ną i bioinformatyką.
Życz ymy prz yje mne j le ktury, cz e kając je dnocz e ś nie na
Pańs twa kome ntarz e i s uge s tie na te mat tre ś ci kole jnych wydań
nas z e go pe riodyku.
Zespół OpenExome
w
epo ce
FDA re kome nduje
s e kwe nator MiSe q Dx
Mapa ins talacji
Illumina w Pols ce
Se minaria on-line
Konfe re ncje w Pols ce
Konfe re ncje z agranicz ne
Pro dukty
- ważne info rmacje
Epice ntre katalog
produktów dla biologów
mole kularnych
Ciekawe do niesienia literaturo we
Geno my
zwierząt
żyjących
o pisywane dzięki NGS
Fakty i wydarzenia
plejst o cenu
Wyniki analiz DNA poz ys kane go z e z nale z is k arche ologicz nych
s tanowią nie oce nione ź ródło informacji dla pale obiologów. Je dnak
analiz a kopalne go DNA nas trę cz a wie lu trudnoś ci, ponie waż
właś ciwe go wyiz olowane go mate riału je s t nie wie le
oraz
z az wycz aj je s t on s ilnie z de gradowany.
Wycofane produkty z
ofe rty Illumina
Ne xte ra XT – nowy protokół
do badań
me tage nomicz nych
Elas tycz noś ć z as tos owań, jaką daje te chnologia NGS oraz
de te rminacja
badacz y
w opracowaniu i optymaliz owaniu
protokołów pracy z kopalnym DNA na potrz e by prz ygotowania
bibliote k do s e kwe ncjonowania z aowocowały już s z e re gie m
prz e łomowych wyników. Mamy tu na myś li kole jne prace
opis ujące ge nom mitochondrialny lub s e kwe ncję DNA jądrowe go
gatunków s s aków, które żyły w e poce ś rodkowe go ple js toce nu.
Uz ys kane
wyniki
pomogły
s z e rz e j
i
z
dużym
prawdopodobie ńs twe m nakre ś lić drz e wa filoge ne tycz ne m.in.
nie dź wie dz i jas kiniowych oraz rodz aju Equus z rodz iny
koniowatych.
Zachę camy Pańs twa do le ktury publikacji autors twa Ludovica Orlando i ws półpracowników, która
ukaz ała s ię w cz e rwcu 2013 na łamach Nature . Grupa naukowców z Ce ntrum Ge oGe ne tics prz y
Muz e um His torii Naturalne j Uniwe rs yte tu w Kope nhadz e z dołała prz e prowadz ić s e kwe ncjonowanie
ge nomu konia, który wg s z acunków żył prz e d 560-780 tys iącami lat, a je go koś ci z achowały s ię w
wie cz ne j z marz linie . Na uwagę z as ługuje fakt, że uz ys kana s e kwe ncja najs tars z e go jak dotąd
ge nomu s s aka os iągnę ła parame tr pokrycia s e kwe ncji wynos z ący aż 1,12x.
Wykorz ys tując te n s am protokół pos tę powania z
mate riałe m kopalnym badacz e z ce ntrum Ge oGe ne tics
opis ali s e kwe ncję
innych "młods z ych" ge nomów prz e ds tawicie li koniowatych: konia żyjące go w póź nym
ple js toce nie , Equus fe rus caballus , konia Prz e wals kie go
oraz os ła domowe go. Sz cz e gółowe porównania ge nomów
poz woliły wyciągnąć licz ne wnios ki na te mat drogi
e wolucyjne j koniowatych od okre s u ple js toce nu oraz his torii
udomowie nia
prz e ds tawicie li
te j
rodz iny.
Os oby
z ainte re s owane pracą z kopalnym DNA nie powinny
równie ż prz e ocz yć artykułu opublikowane go (dwa mie s iące
te mu na łamach PNAS) prz e z z e s pół kie rowany prz e z dr
Matthias a Me ye ra z Ins tytutu Antropologii Ewolucyjne j im.
Maxa Plancka.
Naukowcy z Lips ka z dołali opis ać komple tny ge nom
mitochondrialny
nie dź wie dz ia
jas kiniowe go,
które go
datowane na 300 tys ię cy lat s z cz ątki odnale z iono w jas kini
Sima de los Hue s os w północne j His z panii. Spe ktakularnym
s ukce s e m dr Me ye ra i ws półpracowników je s t opracowanie
me tody iz olacji DNA, które ule gło z nacz ne j de gradacji, a
nas tę pnie wydajne prz ygotowanie i s e kwe ncjonowanie
bibliote ki
obe jmujące j
nawe t
30-50
nukle otydowe
fragme nty
badane go
mate riału.
Opracowany
prz e z
nie mie ckich badacz y protokół poz woli z ape wne nie bawe m
z re kons truować
s e kwe ncję
jądrowe go
DNA
te go
z wie rz ę cia.
Ws pomniany protokół iz olacji DNA oraz prz ygotowania bibliote ki prz yjdz ie te ż z pomocą os obom
pracującym z DNA pochodz ącym z kopalin poz ys kanych z e s tanowis k arche ologicz nych, w których
panują "nie korz ys tne dla inte gralnoś ci DNA" warunki ś rodowis ka.
Źródła:
Pubme d - PMID: 23803765
Pubme d - PMID: 22516743
Pubme d - PMID: 24019490
Ge nome We b, 09.09.2013
Paleo bio lo gia: Geno m prąt ka t rądu – bio markery zacho wane o d średnio wiecza po
wspó łczesno ść
Poz os tając w te macie pos ługiwania s ię nowocz e s nymi te chnologiami biologii mole kularne j
podcz as ś le dz e nia ś cie żki e wolucyjne j organiz mów żyjących s e tki lat te mu i obe cnie , pole camy
Pańs twu s ię gnię cie do publikacji autors twa Vare ny Schue ne mann i ws półpracowników z Ins tytutu
Arche ologii Uniwe rs yte tu w Tybindz e . Praca ukaz ała s ię w Scie nce w cz e rwcu te go roku i opis ano
w nie j wyniki proje ktu mające go na ce lu porównanie s e kwe ncji DNA prątka trądu iz olowanych z e
s z cz ątków os ób cie rpiących na trąd i z marłych w ś re dniowie cz u (5 prób z e s z cz ątków
ide ntyfikowanych w różnych re jonach Europy) oraz s z cz e pów bakte rii Mycobacterium leprae
wys tę pujących ws półcz e ś nie (11 s z cz e pów poz ys kanych od pacje ntów z różnych re jonów ś wiata).
Autorz y pracy z wracają uwagę na fakt s ilne j kons e rwacji pe wne j grupy biomarke rów te go patoge nu
na prz e s trz e ni 1000 lat.
Źródło:
Pubme d - PMID: 23765279
MiSeqDx jako pierwszy syst em NGS uzyskał akredyt ację amerykańskiej FDA
Ze z wole nie ame rykańs kie j Age ncji ds . Le ków i Żywnoś ci (FDA) na s tos owanie w diagnos tyce
klinicz ne j wys okoprz e pus towe j platformy s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji (MiSe qDx
Illumina) je s t obe cnie s z e roko opis ywane i kome ntowane . Wś ród roz maitych informacji pras owych
na s z cz e gólną uwagę z as ługuje artykuł autors twa dyre ktora ame rykańs kie go Narodowe go
Ins tytutu Zdrowia (NIH) Francis a S. Collins a z amie s z cz ony w paź dz ie rnikowym wydaniu "The Ne w
England Journal of Me dicine ".
Dr Collins opis uje krótko roz wój te chnik i te chnologii, które na prz e s trz e ni os tatnich
kilkudz ie s ię ciu lat poz woliły na s z cz e gółowy wgląd w ge nom pacje ntów i ws kaz uje na platformę
NGS, która w ciągu nie s pe łna 10 lat od pie rws z ych prób s e kwe ncjonowania z dołała pows z e chnie
wkrocz yć do laboratoriów ge ne tycz nych re wolucjoniz ując diagnos tykę me dycz ną. Autor pracy
podaje argume nty, którymi FDA kie rowała s ię prz yz nając akre dytację s e kwe natorowi MiSe qDx
oraz wyraża nadz ie ję , że ta nowocz e s na te chnologia s powoduje dynamicz ny roz wój w obs z arz e
farmakodynamiki. Ame rykańs cy e ks pe rci ds . z drowia publicz ne go z akładają, że dz ię ki
upows z e chnie niu diagnos tyki ge ne tycz ne j s pe rs onaliz owana te rapia nie bę dz ie już rz adkoś cią w
klinikach. Dr Collins podkre ś la, że te chnologia NGS je s t młoda i s tos owanie je j w praktyce
me dycz ne j wymaga s z cz e gólne j os trożnoś ci od ws z ys tkich diagnos tów, kons ultantów i le karz y
z aangażowanych s tawianie diagnoz y oraz dobór ce lowanych te rapii dla indywidualnych pacje ntów.
W publikacji e ntuz jaz m wobe c nie ogranicz onych możliwoś ci opracowywania kole jnych te s tów
ge ne tycz nych s tudz ony je s t ś wiadomoś cią konie cz noś ci opracowania i opis ania z e s tawu ludz kich
ge nomów re fe re ncyjnych oraz jas nych ś cie że k pos tę powania w analiz ie wyników uz ys kanych prz y
użyciu te chnologii NGS. Ponadto dr Collins pis z e o konie cz noś ci dopracowania re gulacji prawnych,
które bę dą chroniły pacje ntów. Wprawdz ie w Stanach Zje dnocz onych obowiąz ują dwa us tanawiane
na prz e łomie XX i XXI wie ku akty prawne (HIPPA, GINA), je dnak nie prz e widują one ws z ys tkich
kons e kwe ncji jakie mogą wiąz ać s ię z poz nawanie m, prz e chowywanie m i udos tę pnianie m
informacji na te mat s e kwe ncji ge nomu indywidualnych os ób.
Źródła:
Pubme d - PMID: 24251383
Oś wiadcz e nie Dyre kcji NIH ws . dopus z cz e nia prz e z FDA s e kwe natora nas tę pne j ge ne racji do
s tos owania w praktyce klinicz ne j
Info rmacje o d partneró w OpenExo me
Illumina
Epicent re – do sko nałej jako ści o dczynniki do bio lo gii mo lekularnej
Mamy ogromną prz yje mnoś ć poinformować Pańs twa, że z pocz ątkie m grudnia 2013 ofe rta
nas z e j firmy pos z e rz a s ię o grupę odcz ynników do biologii mole kularne j produkowanych prz e z
nale żącą do grupy Illumina, firmę Epice ntre . Produce nt odcz ynników w s we j ponad 25 le tnie j
dz iałalnoś ci wys pe cjaliz ował s ię w narz ę dz iach do z aawans owanych te chnik pracy z kwas ami
nukle inowymi i z dobył uz nanie klie ntów na całym ś wie cie . Sz cz e gólne j Pańs twa uwadz e pole camy
wys okie j klas y produkty do:
Iz olacji kwas ów nukle inowych
Klonowania
PCR oraz RT-PCR
Badań DNA/RNA roś lin i z wie rz ąt
Prz ygotowania prób do s e kwe ncjonowania NGS
Analiz y e ks pre s ji ge nów
Komple tna lis ta produktów Epice ntre oraz opis y odcz ynników dos tę pne
produce nta. Zapras z amy do prz e jrz e nia katalogów te matycz nych.
są
na
s tronie
Wyco f anie pro dukt ó w do qPCR z kat alo gu Illumina
Z prz ykroś cią informuje my, że firma Illumina z de cydowała o wycofaniu z e s woje j ofe rty
produktów do iloś ciowe j PCR. Sys te my Eco podobnie jak odcz ynniki z s e rii NuPCR de dykowane do
analiz y e ks pre s ji ge nów te chniką re al-time PCR bę dą dos tę pne je dynie do końca 2013 roku.
Je dnocz e ś nie Illumina z ape wnia użytkowników tych produktów o utrz ymaniu ws parcia te chnicz ne go
oraz s e rwis u prz e z kole jne 5 lat. Oficjalny komunikat dos tę pny je s t na s tronie inte rne towe j
produce nta.
Pro t o kó ł do badań met ageno micznych – sekwencjo no wanie 16S rRNA w syst emie
MiSeq
Illumina udos tę pniła właś nie uaktualnioną we rs ję protokołu de dykowane go do analiz
me tage nomicz nych. Je s t to dokume nt opis ujący ś cie żkę pos tę powania z ale caną podcz as
ce lowane go s e kwe ncjonowania wys oce z mie nnych re gionów V3 i V4 16S rRNA. Protokół z akłada
prowadz e nie dwus topniowe j re akcji PCR (pie rws z a re akcja poz wala na prz ygotowanie bę dących
obie kte m z ainte re s owania amplikonów, druga - na wyz nakowanie amplikonów z pos z cz e gólnych
prób s pe cyficz nymi s e kwe ncjami inde ks ującymi w ce lu prowadz e nia analiz y typu multiple ks ).
Produce nt na e tapie prz ygotowania bibliote ki DNA do s e kwe ncjonowania pole ca pracę z z e s tawe m
odcz ynników Ne xte ra XT. Protokół z optymaliz owano do pracy w s ys te mie MiSe q z wykorz ys tanie m
odcz ynników we rs ji 3 (MiSe q Re age nt Kit v3). A dla uz ys kania właś ciwych parame trów re akcji
s e kwe ncjonowania Illumina z ale ca 5% dodate k PhiX Control v3 (dobrz e s charakte ryz owane j
bibliote ki kontrolne j) do bibliote k analiz owanych prób. Protokół można pobrać tutaj.
Pole camy Pańs twa uwadz e także nas tę pujące dokume nty:
MSR Me tage nomic Workflow Re fe re nce Guide
Me tage nomic Workflow Quick Re fe re nce Card
Third-party Analys is Software and Utilitie s Te ch Note
Sage Science
W os tatnich mie s iącach ukaz ały s ię kole jne publikacje naukowe , których autorz y doce nili z ale ty
z automatyz owanych e le ktrofore tycz nych s ys te mów s e le kcji DNA. Aparaty z s e rii Pippin ofe rowane
prz e z Sage Scie nce us prawniają proce s prz ygotowania bibliote k DNA do s e kwe ncjonowania
użytkownikom s ys te mów NGS. Lis ta publikacji dos tę pna je s t tutaj.
Po lska mapa instalacji systemó w Illumina
Sz anowni Pańs two, mapa ins talacji s ys te mów Illumina, które j s tworz e nie z aplanowaliś my
ws pólnie podcz as Sympoz jum Użytkowników Illuminy, je s t już gotowa.
Potrz e buje my te raz Pańs twa pomocy, aby narz ę dz ie s tało s ię w pe łni funkcjonalne . W z wiąz ku z
tym, w najbliżs z ym cz as ie , z e s pół Ope nExome z wróci s ię do Pańs twa z proś bą o wype łnie nie
krótkie go formularz a i wyraże nie z gody na opublikowanie na nas z e j s tronie inte rne towe j informacji
na te mat pos iadane go prz e z Pańs twa s prz ę tu, profilu laboratorium i pods tawowych danych
kontaktowych. Informuje my je dnocz e ś nie , że dla Pańs twa komfortu, dos tę p do pe łnych danych, na
których publikację wyrażą Pańs two z godę , bę dz ie wymagał re je s tracji.
Mamy nadz ie ję , że wprowadz ane narz ę dz ie okaże s ię prz ydatne dla ws z ys tkich obe cnych i
prz ys z łych użytkowników s ys te mów Illuminy, ułatwiając Pańs twu wz aje mny kontakt i wymianę
doś wiadcz e ń aplikacyjnych.
Przypo minamy o terminach zbliżających się ...
... seminarió w o n-line (t zw. webinars) pro wadzo nych przez specjalist ó w aplikacyjnych
f irmy Illumina:
Illumina proponuje be z płatne s z kole nia on-line dotycz ące prowadz e nia badań z wykorz ys tanie m
te chnologii s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji oraz mikromacie rz y. W grudniu z e s pół Illumina
Te chnical Support prz e widuje nas tę pujące te maty:
Prowadz e nie analiz z wykorz ys tanie m MiSe q – prz ygotowanie bibliote k i workflow
Wprowadz e nie do s e kwe ncjonowania RNA
Kontrola jakoś ci bibliote k do s e kwe ncjonowania i roz wiąz ywanie e we ntualnych proble mów
Oce na prz e bie gu i jakoś ci re akcji s e kwe ncjonowania z wykorz ys tanie m Se que nce analys is
Vie we r (SAV)
Ucz e s tnictwo w s e minariach (we binarach) Illumina wymaga dos tę pu do inte rne tu oraz
aktywne go połącz e nia te le fonicz ne go (połącz e nie be z płatne ). Aby wz iąć udz iał w danym
s e minarium nale ży dokonać uprz e dnie j re je s tracji drogą e le ktronicz ną. Komple tną lis tę
paź dz ie rnikowych s e minariów oraz linki re je s tracyjne z najdz ie cie Pańs two na s tronach
Ope nExome oraz Illumina:
http://www.ope ne xome .pl/nowos ci/wiadomos ci/13-s e minaria-inte rne towe -illumina.html
http://s upport.illumina.com/training/array.ilmn
http://s upport.illumina.com/training/s e que ncing.ilmn
... ko nf erencji i sympo zjó w w Po lsce:
Szko ła Jesienna St udium Medycyny Mo lekularnej
"High T hro ughput Geno mic and T ranscript o mics T echno lo gies in Bio medicine"
04-06.12.2013. Wars z awa, Ins tytut Biologii Doś wiadcz alne j PAN
program s potkania
re je s tracja ucz e s tników
Przeszło ść i przyszło ść diagno st yki labo rat o ryjnej:
diagno st yka mo lekularna i genet yczna
17.01.2014. Wydz iał Farmace utycz ny z Odz iałe m Analityki Me dycz ne j UM we Wrocławiu
link
CrimeLab – III Międzynaro do we T argi T echniki Kryminalist ycznej
12-14.03.2014. Wars z awa
link
... ko nf erencji zagranicznych:
2nd RNA-Seq Euro pe 20 13
03-05.12.2013. Baz yle a, Switz e rland
link
Clinical Geno mics & Inf o rmat ics Euro pe
04-06.12.2013. Lis bon, Portugal
link
T ranslat io nal Bio inf o rmat ics Wo rksho p
09-13.12.2013. London, UK
link
Fundament als o f Clinical Geno mics
14-17.01.2014. Hixton, Cambridge , UK
link
Omics meet s Cell Bio lo gy: Applicat io ns t o human Healt h and Disease
18-23.02.2014. Taos , Ne w Me xico, USA
link
Po dzięko wanie za udział w list o pado wych Dniach Aplikacyjnych Illumina
12-13 lis topada w Wars z awie odbyły s ię ws półorganiz owane prz e z firmy Ope nExome i Analityk
Pie rws z e Dni Aplikacyjne Illumina. Wars z taty s potkały s ię z dużym z ainte re s owanie m z arówno
pocz ątkujących jak i doś wiadcz onych użytkowników s ys te mów MiSe q, HiSe q oraz HiScanSQ.
Założe nie m s potkania było z gromadz e nie s połe cz noś ci pracujące j z s ys te mami NGS Illumina, a
tym s amym s tworz e nie okaz ji do wymiany doś wiadcz e ń na te mat prowadz e nia badań
wykorz ys tujących tę te chnologię . Prz e rwy pomię dz y cie kawymi pre z e ntacjami prz e ds tawicie li
pols kie go ś rodowis ka naukowe go oraz wys tąpie niami s pe cjalis tów z firmy Illumina s prz yjały
licz nym dys kus jom w kuluarach.
Ws z ys tkim ucz e s tnikom pie rws z e j e dycji Dni Aplikacyjnych Illumina dz ię kuje my z a prz ybycie i
je dnocz e ś nie
s e rde cz nie
z achę camy
Pańs twa
do
z głas z ania
(na
adre s
community@ope ne xome .pl) te matów, które chcie libyś cie Pańs two omówić podcz as kole jnych e dycji
s potkań z te go cyklu.
O pe nExo me s .c . | ul. S c hro e ge ra 82 | 0 1-828 Wars z awa | (+48) 22 46 5 25 27 | c o mmunity@ o pe ne xo me .pl