dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów
Transkrypt
dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów
Opiekun naukowy: dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych, Pracownia Biometrii i Bioinformatyki. Proponowany temat pracy: Analiza porównawcza rejonów regulatorowych i kodujących z wykorzystaniem zależnych i niezależnych od dopasowania sekwencji metod obliczeniowych (“Comparative analysis of regulatory and coding regions using alignment-dependent and alignmentfree algorithms”). Skrócony opis pracy: Praca doktorska będzie dotyczyła przewidywania funkcji i grupowania strukturalnego elementów funkcjonalnych zarówno w obrębie genów jak i sekwencji regulatorowych. W trakcie pracy zostanie opracowana i przetestowana nowa metoda adnotacji funkcjonalnej oparta na kompresji tekstu i nienadzorowanej analizie skupień; powstanie również serwis do adnotacji funkcjonalnej sekwencji białkowych. Opracowana metoda zostanie zastosowana do nowo sekwencjonowanych modelowych genomów roślinnych (Lupinus sp.), jak i genomów grzybowych (patogeniczne dla roślin workowce z rzędów Sordariomycetes i Dothideomycetes) oraz danych pochodzących z sekwencjonowania wysokoprzepustowego próbek środowiskowych. Wymagania minimalne dla kandydata: ukończony kierunek studiów: bioinformatyka, biologia (specjalność: biologia molekularna) lub informatyka, umiejętność programowania w językach Python i C/C++, znajomość biochemii i genetyki, biegła znajomość języka angielskiego. Uwagi: Preferowani będą kandydaci z dodatkowym doświadczeniem w jednym lub więcej z poniższych: zarządzanie bazami danych PostgreSQL/MySQL, zarządzanie systemami GNU/Linux, programowanie usług AJAX (HTML+JavaScript), programowanie serwisów sieciowych z wykorzystaniem środowiska Django, algorytmy obróbki i kompresji tekstu, analiza skupień, algorytmy porównywania i wyszukiwania sekwencji oparte na Ukrytych Modelach Markowa Tematyka badań realizowanych i zgłaszanych przez Zespół (możliwości rozwoju bocznego i treningu): bioinformatyka w adnotacji funkcjonalnej (analiza sekwencji i struktury białka, analiza skupień i analiza statystyczna w wyszukiwaniu nadreprezentowanych motywów sekwencji), ewolucja struktury białkowej (architektura domenowa białek, algorytmy dekompozycji domen, ewolucja reszt determinujących funkcję w obrębie miejsc aktywnych i miejsc regulatorowych), analiza filogenetyczna (w szczególności: algorytmy rekoncyliacji drzew genowych i gatunkowych, szybkie metody aproksymacji drzew o maksymalnej wiarygodności), ewolucja metabolizmu wtórnego u roślin i grzybów (z naciskiem na cząsteczki regulatorowe i toksyny, analiza syntenii i koregulacji w ewolucji metabolizmu wtórnego), ewolucja oporności grzybów na substancje toksyczne (analiza ekspresji, filogenomika transporterów ABC i MFS). E-mail: [email protected] Strona Zespołu: http://www.cropnet.pl/team