Ćwiczenie 2 – Przeszukiwanie baz danych W tym ćwiczeniu

Ćwiczenie 2 – Przeszukiwanie baz danych
W tym ćwiczeniu poznasz różne sposoby przeszukiwania baz danych. Nauczysz się:
-korzystać z najpopularniejszej bazy literaturowej PubMed
-tworzyć proste i zaawansowane zapytania do bazy danych
-ograniczać wyniki wyszukiwania przy pomocy filtrów
Słowa kluczowe: Pubmed, Entrez, UniProt, PFAM, wyszukiwanie zaawansowane
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Zadanie 1
W serwisie NCBI znajdź rekord białkowy przy pomocy numeru dostępu sekwencji nukleotydowej
XM_002534603. Podaj numer dostępu znalezionego rekordu i nazwę bazy danych, z której
pochodzi.
Zadanie 2
Przejdź do strony głównej białkowej bazy danych NCBI. Używając zakładki zaawansowanych
zapytań (Advanced) wyszukaj rekord białkowy z Zadania 1 przy pomocy nazwy białka i organizmu,
z którego pochodzi. Podaj dokładne zapytanie znajdujące się w polu Search details.
Zadanie 3
Rekord z Zadania 2 wyświetl w formacie FASTA. W celu identyfikacji domen w białku przejdź do
bazy Pfam (pfam.xfam.org) i wklej sekwencję do pola Sequence Search. Wypisz zidentyfikowane
domeny.
Zadanie 4
Przejdź do bazy UniProt (www.uniprot.org). Wykorzystując pola zaawansowanego zapytania
zidentyfikuj inne białka należące do rodziny RIP zawierające domenę rycynową (ricin).
a) Ile białek znalazłeś?
b) Z jakiej grupy organizmów pochodzą znalezione rekordy (Taxonomy)?
c) Podaj nazwę i numer dostępu najdłuższego białka.
d) Wejdź do rekordu z pkt c. Z jakiego organizmu pochodzi? Jaka jest jego
lokalizacja komórkowa? Opisz jaką pełni funkcję.
e) Znajdź mutację, która niweluje toksyczne działanie rycyny (sekcja Pathology&Biotech).
Na jakim organizmie przeprowadzono badania?
Zadanie 5
W bazie PubMed w serwisie NCBI sprawdź czy aktualnie prowadzi się badania naukowe nad
rycyną w terapii leczenia raka. Przy pomocy dostępnych filtrów zawęź rezultaty wyszukiwania do
testów klinicznych (Clinical trials) prowadzonych na ludziach w ciągu ostatnich 10 lat.
a) Ile artykułów z dostępem do pełnej treści znalazłeś?
b) Jakiego rodzaju raka dotyczą badania?
Zadanie 6
Wyszukaj w bazie PubMed wszystkie artykuły dotyczące badań klinicznych nad znalezionym w
Zadaniu 5 typem raka, które były prowadzone na dorosłych (wiek 19-44 lat).
a) Ile artykułów znalazłeś?
b) W którym roku nastąpił znaczny wzrost liczby publikacji?
c) Czy liczba publikacji stale rośnie?
d) Ile publikacji ukazało się w bieżącym roku?
Zadanie 7
Wyszukaj w bazie PubMed artykuły związne z astmą. Zawęź rezultaty wyszukiwania do artykułów
dotyczących kobiet, opublikowanych w ostatnich 10 latach w języku włoskim.
a) Jak skonstruowane zostało zapytanie (Search details)?
b) Ile artykułów z darmowym dostępem do pełnej treści znalazłeś?
Zadanie 8
W kwietniu i maju 1953 roku Watson i Crick opublikowali w czasopiśmie Nature dwa artykuły.
Wykorzystując Advanced Search znajdź artykuły w bazie PubMed.
a) Podaj pełną informacją bibliograficzną artykułów.
b) Jak skonstruowane zostało zapytanie (Search details)?
Zadanie 9
Wykorzystując Advanced Search w bazie PubMed znajdź artykuł opublikowany w czasopiśmie Cell
vol. 147 na stronach 358-369.
a) Podaj pełną informację bibliograficzną artykułu.
b) Jak skonstruowane zostało zapytanie (Search details)?
Zadanie 10
Prezydent Abraham Lincoln został postrzelony w tył głowy 14 kwietnia 1865 roku w Teatrze Forda
w Waszyngtonie. Zmarł po upływie 10 godzin. Wiele książek i filmów dokumentalnych sugeruje,
że Lincoln zmarł podczas oględzin lekarza, króry miał umyślnie spowodować jego śmierć w czasie
badania czaszki. Czy za śmierć Lincolna odpowiedzialny jest oskarżony lekarz? Znajdź artykuł,
który podtrzyma Twoją odpowiedź i podaj jego pełną informację bibliograficzną.