Ćwiczenie 1 Synteza biblioteki peptydowej

Ćwiczenie 1
Synteza biblioteki peptydowej
Studenci otrzymują bibliotekę tetrapeptydów w wyniku syntezy na nośniku stałym wg.
strategii Fmoc.
1. Próbkę żywicy umieszczonej w reaktorze strzykawkowym zawiesić w DMF (2 ml) i
łagodnie mieszać przez 30 minut.
2. Usuwanie grupy Fmoc – po usunięciu DMF zawiesić żywicę w 25% roztworze piperydyny
w DMF (1x3 min, 1x7min). Przemyć starannie żywicę (5x2min DMF).
3. Dołączanie kolejnego aminokwasu (pozycja 2, mieszanina 3 aminokwasów) – naważki
pochodnych aminokwasowych (w sumie trzykrotny nadmiar molowy, każdego ze składników
– 1/3!!!) i odczynnika sprzęgającego (TCTU, trzykrotny nadmiar) rozpuścić w DMF (1-2 ml),
dodać DIEA (sześciokrotny nadmiar) i wprowadzić do reaktora. Łagodnie mieszać przez 90
minut. Przemyć żywicę DMF (4x2min).
4. Powtarzając kroki 2 i 3 dołączyć kolejny aminokwas (pozycja 3, mieszanina 3
aminokwasów).
5. Powtarzając kroki 2 i 3 dołączyć kolejny aminokwas (pozycja 4, mieszanina 3
aminokwasów).
6. Końcowe usuwanie grupy Fmoc – powtórzyć krok 2. Jeśli na N-końcu wprowadzony
zostanie Boc-aminokwas wówczas usuwanie osłony Fmoc jest pomijane.
7. Żywicę przemyć mieszaniną DMF-metanol (1 raz) i metanolem (4x2min). Po starannym
usunięciu metanolu żywicę w reaktorze suszyć w eksykatorze próżniowym.
8. Uwalnianie peptydów z nośnika. Do reaktora wprowadzić 1 ml roztworu TFA-woda (95:5)
i pozostawić na 90 minut. Oddzielony od żywicy roztwór odparować w strumieniu azotu.
9. Wyniki uzyskane po analizie widma MS produktu porównać z przewidywanymi
teoretycznie.
Obliczenia:
Dane:
1. Ilość żywicy, obsadzenie, aminokwasy, typ blokowania
Do obliczenia:
2. Ilości pochodnych aminokwasowych (mg).
3. Ilość odczynnika sprzęgającego (mg) i DIEA (µl).
4. Sekwencje (trzyliterowe) i masy molowe spodziewanych peptydów.
Sprawozdanie powinno zawierać:
1. Schemat reakcji syntezy tetrapeptydu na nośniku stałym
2. Wzory strukturalne wszystkich odczynników
3. Obliczenia dla syntezowanego układu (łącznie z sekwencjami i masami molowymi)
4. Sekwencje i masy molowe peptydów
5. Interpretacja widma MS
6. Wnioski