Rozszerzony profil badań Najistotniejsze osiągnięcia naukowe
Transkrypt
Rozszerzony profil badań Najistotniejsze osiągnięcia naukowe
Katedra Anatomii i Cytologii Roslin Profil badawczy Głównym kierunkiem badan Katedry jest cytogenetyka molekularna roślin. Badania te dotyczą analizy struktury chromatyny w jadrach interfazowych i chromosomach w trakcie podziałów mitotycznych i mejotycznych, ze szczególnym uwzględnieniem roślin poliploidalnych. Obejmują one, obok określenia wielkości genomu, lokalizacje genów oraz powtarzalnych sekwencji niekodujacych, a także analizę wzoru zmian epigenetycznych powiązanych z potranslacyjnymi modyfikacjami histonów. Porównawcze badania genomów i kariotypów wykorzystywane są do określenia przemian chromosomowych, jakie zachodzą podczas procesów filogenetycznych, ontogenetycznych i zabiegów biotechnologicznych. W badaniach stosowane są miedzy innymi takie techniki, jak wielobarwna fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH), immunocytochemia, cytometria przepływowa i obrazowa, mikroskopia konfokalna oraz cyfrowa obróbka obrazu. Obiektami badan są rośliny modelowe, takie jak Brachypodium distachyon, Arabidopsis thaliana i Crepis capillaris, a także uprawne gatunki z rodzaju Brassica i różne gatunki zbóż i traw użytkowych. Wpływ czynników środowiskowych na genom roślinny badany jest na roślinach modelowych, miedzy innymi z wykorzystaniem testów TUNEL i kometowego. Najistotniejsze osiągniecia naukowe Opracowanie i wykorzystanie metody BAC-FISH w analizie genomu gatunków Brachypodium. Zintegrowanie fizycznej mapy sekwencyjnej z mapa cytogenetyczna Brachypodium distachyon. Identyfikacja nowej powtarzalnej sekwencji DNA w genomie Chenopodium quinoa. Analiza immunocytochemiczna modyfikacji chromatyny u Brassica rapa, B. oleracea oraz B. napus. Publikacje Katedry Anatomii I Cytologii Roślin (2010-2011, stan na 06.10.2011) 1. The International Brachypodium Initiative (2010) Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon. Nature 463: 763-768 (plus supplementary materials) 2. Ilnicki T, Hasterok R, Szelag Z (2010) Cytogenetic analysis of the diploid genome of Hieracium transylvanicum (Asteraceae). Caryologia 63: 192-196 3. Golczyk H, Hasterok R, Szklarczyk M (2010) Ribosomal DNA, tri- and bi-partite pericientromeres in a permanent translocation heterozygote Rhoeo spathacea implications for chromosome rearrangements. Cellular and Molecular Biology Letters 15: 651-664 4. Febrer M, Goicoechea JL, Wright J, McKenzie N, Song X, Lin J, Collura K, Wissotski M, Yu Y, Ammiraju JSS, Wolny E, Idziak D, Betekhtin A, Kudrna D, Hasterok R, Wing RA, Bevan MW (2010) An integrated physical, genetic and cytogenetic map of Brachypodium distachyon, a model system for grass research. PLoSOne 5: e13461 5. Wolny E, Leśniewska K, Hasterok R, Langdon T (2010) Compact genomes and complex evolution in the genus Brachypodium. Chromosoma 120: 199-212 6. Braszewska-Zalewska A, Bernas T, Maluszynska J (2010) Epigenetic chromatin modifications in Brassica genomes. Genome 53: 203–210. 7. Lesniewska K, Ksiazkiewicz M, Nelson MN, Mahe F, Ainouche A, Wolko B, Naganowska B (2010) Assignment of 3 genetic linkage groups to 3 chromosomes of narrow-leafed lupin. Journal of Heredity 102: 228-236 8. Nelson M.N, Moolhuijzen P.M, Boersma JG, Chudy M, Lesniewska K, Bellgard M, Oliver R.P, Swiecicki W, Wolko B, Cowling W.A, Elwood S.R (2010) Aligning a new reference genetic map of Lupinus angustifolius with the genome sequence of the model legume, Lotus japonicus. DNA Research 17: 73-83 9. Orzechowska M, Siwińska D, Maluszynska J (2010) Molecular cytogenetic analyses of haploid and allopolyploid Pellia species. Journal of Bryology 32: 113-121 10. Faron J, Sas Nowosielska H, Rost – Roszkowska M, Chajec Ł (2010) Reactive Oxygen Species (ROS) and mitochondrial superoxide dismutase (Mn SOD) in germ and somatic cells of ovariay in earthworm Dendrobaena veneta (Annelida, Clitellata). Acta Biologica Cracoveinsia Series Botanica 52: 56 11. Mur LAJ, Allainguillaume J, Catalan P, Hasterok R, Jenkins G, Lesniewska K, Thomas I, Vogel J (2011) Exploiting the Brachypodium Tool Box in cereal and grass research. New Phytologist 191(2): 334-347 12. Idziak D, Betekhtin A, Wolny E, Lesniewska K, Wright J, Febrer M, Bevan M, Jenkins G, Hasterok R (2011) Painting the chromosomes of Brachypodium - current status and future prospects. Chromosoma 120: 469-479 13. Borowska N, Idziak D, Hasterok R (2011) DNA methylation patterns of Brachypodium distachyon chromosomes and their alteration by 5-azacytidine treatment. DOI: 10.1007/s10577-011-9243-2 (in press) 14. Kwasniewska J, Nałęcz-Jawecki G, Skrzypczak A, Płaza GA, Matejczyk M (2011) Assessment of genotoxic effects of landfill leachates using bacterial and plant tests. Ecotoxicology and Environmental Safety DOI:10.1016/j.ecoenv.2011.08.020 15. Juchimiuk J, Brodziak L, Maluszynska J (2011) FISH in analysis of gamma ray-induced micronuclei formation in barley. Journal of Applied Genetics 51(1) 23-29 16. Braszewska-Zalewska A, Dziurlikowska A, Maluszynska J (2011) Histone H3 methylation patterns in B. nigra, B. juncea and B. carinata species. Genome (in press) 17. Jellen EN, Kolano BA, Sederberg MC, Bonifacio A, Maughan PJ (2011) Wild and Weedy Genetic Resources for Improving the Quinoas. In: C Kole (ed) Wild Crop Relatives: Genomic and Breeding Resources, Springer Verlag, Berlin-Heidelberg. 18. Kolano B, Gardunia BW, Michalska M, Bonifacio A, Fairbanks D, Maughan PJ, Coleman CE, Stevens MR, Jellen EN, Maluszynska J (2011) Chromosomal localization of two novel repetitive sequences isolated from Chenopodium quinoa genome. Genome 54(9): 710-717 19. Kolano B, Siwinska D, Szymanowska Pulka J, Maluszynska J (2011) Genome Size Variation in Chenopodium quinoa (Chenopodiaceae). Plant Systematics and Evolution DOI: 10.1007/s00606-011-0534-z (in press) 20. Słomka A, Siwińska D, Wolny E, Kellner K, Kuta E (2011) Influence of heavy-metalpolluted environment on viola tricolor genome size and chromosome number. Acta Biologica Cracoviensia series Botanica 53: 7-15 21. Maluszynska J, Kolano B, Sas Nowosielska H (2011) Endopolyploidy in plants in ‘Plant Genome Diversity’Springer-Verlag (in press) 22. Sas-Nowosielska A, Pogrzeba M, Kita A, Małkowski E, Sas-Nowosielska H (2011) How to grow environmental – sound biofuels. Simonov LI, Kochubovski M, Simeonova B, (ed.s.) Environmental Heavy Metal Pollution and Effects on hild Mental DevelopmentRisk Assesment and Prevention Strategies, 1st Edition, 2011, XX, p.316 23. Catalán P, Müller J, Hasterok R, Jenkins G, Mur LAJ, Langdon T, Betekhtin A, Siwinska D, Pimentel M, López-Alvarez D (2011) Next generation systematics: evolution and taxonomic split of the model grass Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv. (Poaceae). Annals of Botany (provisionally accepted)