docBioLetyn - Katedra Biotechnologii Środowiskowej
download 
Reklamacja Transkrypt
BioLetyn - Katedra Biotechnologii Środowiskowej
BioLetyn Listopad 2013 12/(III)/2013 13/(IV)/2013 KWARTALNIK SKNB - STUDENCKIEGO KOŁA NAUKOWEGO BIOTECHNOLOGÓW W tym numerze: Od redakcji Wywiady, autografy... Wywiad z dr Michałem Kolińskim 2 Ciekawostki ze świata biotechnologii 4 Drodzy Czytelnicy! Po Nowotworowe komórki macierzyste czyli czego jeszcze nie wiemy o nowotworach. Część 1 - pochodzenie i rola w onkogenezie 5 nowiliśmy się skupić na przedstawieniu osiągnięć współczesnej genetyki oraz aktualnego 7 staniu wiedzy związanej z chorobami nowotworowymi. Znajdziecie również ciekawostki ze świata biotechnologii oraz kontynuację tematu praktyk studenckich. Tym razem studenci IV roku postanowili po- Bioinformatic applications for genetic research 8 Możliwość produkcji cyjanowodoru przez bakterie Pseudomonas fluorescens. 9 dzielić się swoimi uwagami odnośnie własnych praktyk. Jesienno-zimowe wydanie czasopisma nie jest pozbawione niespodzianek. W nowym numerze „Bioletynu”, oprócz jak zwykle interesujących artykułów, będących wynikiem BIOinspiracji naszej Redakcji, będziecie mieli okazję zapoznać się z 10 pracami naukowymi studentów biotechnologii. Przedstawiamy prace Waszych kolegów z zakresu mikrobiologii oraz bioinformatyki. Mam nadzieję, że okażą się dla Was inspirujące Bioinspiracje Dieta w profilaktyce nowotworowej 12 Produkty pszczele: Miód - czyli to co Puchatek lubi najbardziej. Część 1 13 i pomogą we własnej pracy, a być może nawet zachęcą część z Was do podzielenia się uzyskanymi wynikami na łamach naszego czasopisma, do czego serdecznie zachęcamy. Ze względu na zbliżający się nieuchronnie grudzień, ABC życia studenckiego Praktyki studenckie - Zainwestuj w siebie! Czyli gdzie udać się na praktyki nadszedł czas na powrót do „Bioletynu”. Tym razem posta- Nasze prace Porównanie bakteriobójczego działania różnych preparatów higieny jamy ustnej i gardła na mikroorganizmy izolowane z wakacjach świata nauki i kolejne wydanie Ścieżki wiedzy Inżynieria genetyczna w zwalczaniu chorób – przegląd najnowszych badań upragnionych a w związku z tym czas Świąt Bożego Narodzenia, chciała15 bym w imieniu całej Redakcji złożyć Czytelnikom najserdeczniejsze życzenia Wesołych Świąt oraz wielu zawodowych sukcesów i inspiracji w Nowym Roku. Bliżej nauki - newsy, wydarzenia 17 Łamigłówki 17 Bożena Rolnik Redaktor Naczelna „Bioletynu” BioLetyn Wywiady, autografy... 12/(III)/2013 Str. 2 Wywiady, autografy... Wywiad z: dr Michałem Kolińskim Pracownia Bioinformatyki Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego PAN Bioletyn: Tematyka Pana badań zakrawa o bar- kresu chemii, biologii oraz biofizyki. Myślę że naj- dzo szeroki zakres nauk takich jak chemia, biolo- lepszym określeniem dziedziny którą się zajmuję gia molekularna czy bioinformatyka. Zdobywał jest biologia obliczeniowa. Pan wykształcenie w Instytutach zajmujących się Bioletyn: Jak ocenia Pan postęp bioinformaty- zarówno chemią jak i medycyną czy biofizyką. Jak ki ? Czy ta stosunkowo młoda dziedzina daje szan- na chwilę dzisiejszą opisałby Pan sam siebie - jako sę na rozwój nauk z zakresu tzw. life sciences? chemika, biologa czy może bardziej jako informatyka? - MK: Zdecydowanie tak. Ogromny rozwój technologii komputerowych sprawił, iż maszyny oblicze- - MK: Studiowałem na Wydziale Chemii UW. Na- niowe stały się potężnym i bardzo wydajnym na- stępnie doktorat zrobiłem w Instytucie Biochemii i rzędziem pracy, a jednocześnie są stosunkowo ta- Biofizyki PAN. W tamtym okresie byłem także słu- nie, szczególnie w porównaniu do specjalistycznej i chaczem Studium Medycyny Molekularnej oraz 6 często bardzo kosztownej aparatury laboratoryj- lat pracowałem jako wolontariusz w Międzynaro- nej. Dodatkowo, postępy jakie obserwujemy w bio- dowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórko- logii, genetyce, biochemii i innych szeroko rozu- wej gdzie prowadziłem własne badania. W mojej mianych naukach przyrodniczych dostarczają zło- pracy zajmuję się szeroko rozumianym modelowa- żonych danych biologicznych wymagających anali- niem molekularnym układów biologicznych. Swoje zy i odpowiedniego przetworzenia umożliwiające- zainteresowania skupiłem głównie na białkach bło- go ich poprawną interpretacje. Projekt poznania nowych, w szczególności na receptorach sprzężo- ludzkiego genomu (ang. Human Genome Project) nych z białkami G (ang. GPCR - G Protein Coupled doprowadził w 2003 roku do odczytania ponad 3 Receptors). W badaniach stosuję metody teore- miliardów par nukleotydów kodujących geny w tyczne i obliczeniowe oraz dostępne narzędzia i łańcuchu DNA człowieka. Był to znaczący krok na programy wykorzystywane przewidywania drodze do lepszego poznania poszczególnych ge- struktury, analizy dynamiki oraz właściwości białek, nów. Powstały bazy danych zawierające informacje a także innych makromolekuł. Kluczowe jest też dotyczące ich ekspresji, struktur białkowych przez właściwe wykorzystanie i prawidłowa interpretacja nie kodowanych oraz ich właściwości i wzajemnych dostępnych danych eksperymentalnych na podsta- interakcji w żywym organizmie. Obecnie poznali- wie których można planować przyszłe obliczenia. śmy już sekwencje nukleotydowe wielu organi- W tematyce tej bardzo przydatna jest wiedza z za- zmów. Stosunkowo młoda dziedzina wiedzy jaką do 12/(III)/2013 BioLetyn Wywiady, autografy... Str. 3 jest bioinformatyka, jeszcze niedawno kojarzona dotyczące przyszłości tej dziedziny w Polsce. Gorą- najczęściej z analizą sekwencji i struktury genów, co zachęcam do lektury. znajduje bardzo szerokie zastosowanie w prowa- Bioletyn: Co Pana zdaniem jest najtrudniejsze dzonych obecnie badaniach biologicznych. Bioinfor- w wykonywanej pracy? Jakie cechy bądź zdolności matyka jest wykorzystywana między innymi do ar- mogą okazać się w niej przydatne? chiwizacji, porządkowania i wizualizacji danych; do rozwoju oprogramowania i narzędzi dedykowanych do konkretnych problemów badawczych; do analizy relacji ewolucyjnych oraz ekspresji genów; do analizy struktury różnych makromolekuł, ich funkcji i wzajemnych odziaływań; do modelowania zjawisk i procesów biologicznych. Co najważniejsze, zapewnia również podstawowe narzędzia, niezbędne do obróbki ogromnego zbioru danych dla wielu nauk przyrodniczych. Jestem zdania, że trudno sobie nawet wyobrazić dalszy rozwój „life sciences” bez udziału i zastosowania bioinformatyki. - MK: Bez wątpienia osoba zajmująca się tą tematyką musi lubić pracę z komputerem. Przydatne oczywiście jest wykształcenie zarówno ścisłe jak i przyrodnicze. Bioinformatyka jest dziedziną bardzo interdyscyplinarną i to pewnie stanowi największy problem. Mam na myśl kwestie dobrego zrozumienia z jednej strony stosowanej metodologii (informatyki, statystyki, matematyki czy fizyki) wraz z jej ograniczeniami, natomiast z drugiej strony oceny możliwości zastosowania tej metodologii do prawidłowego opisu i analizy zjawisk czy układów biologicznych. Często dzieje się tak że znako- Bioletyn: Jak oceniłby Pan postęp bioinformaty- mici fachowcy z zakresu informatyki i metod obli- ki w Polsce? Czy jesteśmy w stanie dorównać po- czeniowych mają problemy z właściwym zrozumie- ziomem zagranicznym ośrodkom naukowym? niem i interpretacją danych pochodzących z badań - MK: Według mojej opinii postęp bioinformatyki w laboratoryjnych czy wyników eksperymentalnych. Polsce prezentuje się bardzo dobrze na tle ogólno- Bioletyn: Często mówi się o tym, że osoby pra- światowym. Posiadamy bardzo dobrych fachowców cujące w branży związanej bardziej lub mniej z o autorytecie międzynarodowym, pracujących w informatyką są indywidualistami. Jak to jest z pra- krajowych laboratoriach, które także czynnie współ- cą grupową w Pana Zakładzie i czy w ogóle taka pracują z wiodącymi placówkami zagranicznymi te- forma pracy ma miejsce? go rodzaju. Aktualnym i wyczerpującym w dużej mierze ten temat źródłem jest artykuł Prof. Janusza Bujnickiego oraz Prof. Jerzego Tiuryna opublikowany w PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, p.t. "Bioinformatics and Computational Biology in Poland", (dostępny tutaj: http:// www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/ journal.pcbi.1003048). Artykuł charakteryzuje dziedzinę bioinformatyki w naszym kraju, przedstawia jej początki oraz rozwój, opisuje główne polskie ośrodki naukowe, edukację oraz zawiera refleksje - MK: Obecnie mam przyjemność pracować w Pracowni Bioinformatyki Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego PAN pod kierunkiem Pana Profesora Bogdana Lesynga. Współpraca między członkami zespołu jest ważna i okazuje się niezwykle przydatna podczas prowadzonych badań. Organizowane są regularne spotkania robocze na których prezentujemy postępy w realizacji projektów. Wspólna dyskusja i wymiana spostrzeżeń bywa często pomocna w rozwiązaniu napotkanych problemów co przyśpiesza Wywiady, autografy... BioLetyn 12/(III)/2013 Str. 4 prace. Dodatkowo współpracujemy i realizujemy ponieważ stan naszej wiedzy w zakresie recepto- wspólne projekty także z innymi ośrodkami nauko- rów GPCR uległ ogromnemu poszerzeniu w ciągu wymi z Polski i zagranicy. ostatnich kilkunastu lat. Przykładowo, przed ro- Bioletyn: Jakie są Pana plany zawodowe na kiem 2000 nieznana była żadna struktura prze- przyszłość? Czy będzie to kontynuacja prowadzo- strzenna białka receptorowego z rodziny GPCR. nych badań czy może podejmie się Pan pracy nad Obecnie dysponujemy kilkunastoma strukturami innymi problemami? krystalograficznymi tych białek. Dodatkowo struk- MK: Plany na najbliższą przyszłość to naturalnie dokończenie aktualnie realizowanych projektów oraz badań dotyczących struktury, funkcji i mechanizmów sygnalizacji receptorów GPCR. Co do planów na przyszłość to takie istnieją ale nie będę zdradzał szczegółów. Często pomysły na przyszłe badania pojawiają się bardzo nieoczekiwanie. Dzieje sie tak tury te przedstawiają kompleksy receptorów z ligandami i białkiem G, a także receptory w stanie aktywnym co pozwala na planowanie nowych badań dotyczących dynamiki i mechanizmów sygnalizacji tych białek błonowych z zastosowaniem metod obliczeniowych. Bioletyn: Dziękujemy za rozmowę. Ciekawostki ze świata biotechnologii Zespołowi naukowców z Instytutu Biotechnologii Molekularnej Austriackiej Akademii Nauk udało się wyhodować ,,mini mózgi” z wykorzystaniem komórek macierzystych. Po otrzymaniu neuroektodermy (pierwotnej tkanki nerwowej), jej fragmenty tkanki były utrzymywane w hodowli 3D i osadzone w kropelkach specjalnego żelu, co stanowiło rusztowanie dla kompleksu wzrastających komórek. Następnie całość umieszczono w ruchomym bioreaktorze, aby zapewnić dostęp do substancji odżywczych. W ciągu trzech do czterech tygodni zostały utworzone określone regiony mózgu. Naukowcy odkryli obecność kory mózgowej, komórek siatkówki, czy nawet hipokampu, natomiast nie zaobserwowano móżdżku. Maksymalny wzrost ,,mini mózgu” został osiągnięty po dwóch miesiącach. Ze względu na nieznaczny dostęp substancji odżywczych w wewnętrznych warstwach mózgu (co wynika z braku układu krążenia) wzrost ,,mini mózgu” był ograniczony. Metoda ta może zapewnić stworzenie modelu ludzkiego mózgu, dzięki czemu eksperymenty prowadzone na zwierzętach, których mózgi różnią się od ludzkich, zostaną wyeliminowane. Może być to pomocne w zrozumieniu zaburzeń neurologicznych oraz w wytworzeniu nowych leków. Wiąże się to również z kontrolowaniem skutków, jakie wywołują określone substancje chemiczne. Naukowcy wykorzystali już tę metodę, aby wgłębić się w przebieg mikrocefalii (mózg i czaszka ma znacznie mniejsze rozmiary, niż normalnie), co zakończyło się sukcesem. Literatura: John Sterling, Human Brain Tissue Grown in Test Tubes, dostęp internetowy: http://www.genengnews.com/insight-and-intelligence/human-brain-tissue-grown-in-test-tubes/77899886/ 12/(III)/2013 BioLetyn Ścieżki wiedzy Str. 5 Ścieżki wiedzy Inżynieria genetyczna w zwalczaniu chorób – najnowsze badania Magdalena Ochab Wraz z rozpoczęciem nowego semestru warto się dowiedzieć, co ciekawego zostało odkryte ostatnimi czasy w świecie biotechnologii. Chciałabym przedstawić dwa interesujące artykuły na temat prowadzonych badań nad zastosowaniem metod inżynierii genetycznej w leczeniu zespołu Downa oraz choroby Parkinsona. Wyciszenie chromosomu 21 odpowiedzialnego za zespół Downa Zespół Downa jest chorobą genetyczną wynikającą z obecności dodatkowej kopii chromosomu 21 lub jego części. W niedawno opublikowanym artykule Rys.1 Kariotyp (obraz chromosomów) osoby z zespołem Downa z widoczną trisomią chromosomu 21 (źródło [5]). przedstawiono wyniki pracy naukowców nad wyciszeniem dodatkowego chromosomu 21. Opraco- możliwa jest kontrola addycji transgenu XIST do wywana przez nich metoda polega na naśladowa- bogatego w geny fragmentu chromosomu 21 dzię- niu naturalnego procesu wyciszania jednego z ki zastosowaniu nukleazy z motywem palca cynko- dwóch chromosomów X w komórkach ssaków płci wego. Badania takie są prowadzone na pluripoten- żeńskiej. Naturalnie obydwa chromosomy X zawie- cjalnych komórkach macierzystych, co pozwala ba- rają gen odpowiadający za inaktywację chromoso- dać efekty zespołu Downa w różnych organach i mu (XIST, ang. X-inactive specific transcript), które- typach komórek. Prowadzone badania umożliwiają go ekspresja zachodzi wyłącznie w nieaktywnych lepsze zbadanie słabo jeszcze poznanych ścieżek chromosomach X. Produktem genu jest niekodują- komórkowych ulegających deregulacji w zespole ce RNA, indukujące różne modyfikacje chromatyny Downa. Dzięki porównaniu funkcjonowania komó- i zmiany przestrzenne, które skutkują zablokowa- rek z aktywnym dodatkowym chromosomem oraz niem transkrypcji genów znajdujących się na chro- wyciszonym, a także ich odpowiedzi na leczenie mosomie. Skondensowany chromosom X jest nazy- możliwe będzie wprowadzenie bardziej skutecznej wany również ciałkiem Barra. Badania prowadzo- terapii skierowanej na konkretne zmiany w komór- ne przez naukowców opierają się na insercji ludz- kach. Bardziej dalekowzrocznym celem badań jest kiego genu XIST do jednej kopii chromosomu 21, terapia genowa, zanim jednak powyższa metoda co pozwoliłoby na zmianę jego stanu. Dodatkowo będzie miała zastosowanie kliniczne, konieczna jest Ścieżki wiedzy BioLetyn 12/(III)/2013 Str. 6 wieloetapowa seria badań. Autorzy artykułu udo- ce dopaminę przed degeneracją. Zastosowanie kli- wodnili, że funkcjonalna korekcja obecności nad- niczne tej metody pozwoliłoby na nieinwazyjne le- miarowego chromosomu 21 nie jest nie do poko- czenie choroby Parkinsona, a także stworzyłoby no- nania. Pierwszy krok został wykonany [1, 2]. we możliwości w leczenia innych chorób centralne- Nieinwazyjna terapia choroby Parkinsona go układu nerwowego poprzez podawania wekto- Kolejną chorobą, którą naukowcy mają nadzieję rów z genami odpowiednich białek do mózgu [4]. zwalczyć poprzez terapię genową, jest choroba Bibliografia Parkinsona. Jest to choroba zwyrodnieniowa [1] Mole B., Researchers turn off Down’s syndrome genes, ośrodkowego układu nerwowego, występująca u Nature, (2013) dostęp internetowy: www.nature.com/news/ osób powyżej 40-60 roku życia. Objawy są spowodowane zmianami zwyrodnieniowymi komórek researchers-turn-off-down-s-syndrome-genes-1.13406 [2] Jiang J., Jing Y., Cost G.J., Chiang J.-C., Kolpa H.J., Cotton A. M., Carone D. M., Carone B. R., Shivak D. A., Guschin D.Y., nerwowych w istocie czarnej, które są odpowie- Pearl J.R., Rebar E.J., Byron M., Gregory P.D., Brown C.J., dzialne za wytwarzanie dopaminy. Niedobór tego Urnov F.D., Hall L.L., Lawrence L.B., Translating dosage com- neurotransmitera powoduje spowolnienie i nie- pensation to trisomy 21, Nature 500: 296-300 (2013); dostęp zgrabność ruchową, zaburzenie w wykonywaniu precyzyjnych ruchów a także sztywność mięśnio- internetowy: www.nature.com/nature/journal/v500/n7462/full/nature123 94.html wą i drżenie spoczynkowe. Wśród czynników wy- [3] źródło internetowe: wołujących zmiany zwyrodnieniowe znajduje się http://wikipedia.org/wiki/Choroba_Parkinsona wiele mutacji genetycznych [3]. Obecnie leczenie [4]źródło interentowe: http://medicalxpress.com/news/2013- choroby Parkinsona polega na podawaniu dopaminy, co jednak nie zapobiega dalszej utracie neuro- 04-noninvasive-avenue-parkinson-disease-gene.html [5] źródło internetowe: http://www.zakatek21.pl/forum/viewtopic.php?t=357 nów. Obecnie prowadzone badania opierają się na właściwościach cząsteczki GDNF (ang. glial cell line -derived neurotrophic factor), która jest białkiem Słowniczek: mającym zdolność do odżywiania neuronów prowewnątrzkomórkowych, promujących ich przeży- Pluripotencjalne komóki macierzyste - komórki zdolne do kształtowania się w dowolną komórkę tkanki lub narządu poza komórkami łożyska (nie są zdolne do tworzenia nowego organizmu) cie i podział. Niestety ze względu na brak możliwo- Insercja genu - wstawienie sekwencji danego genu ści przeniknięcia przez barierę krew-mózg, GDNF Nukleaza - enzym zdolny do przecinania sekwencji nukleotydowych dukujących dopaminę, poprzez aktywację ścieżek może być podawane jedynie poprzez operacyjne wstrzyknięcie do mózgu. Naukowcy pracują obecnie nad nanocząsteczkami, które byłyby zdolne do transfekowania mózgu plazmidami, zawierającymi gen odpowiedzialny za syntezę GDNF. Badania przeprowadzone na szczurach pokazują, że podane donosowe nanocząsteczki zawierające plazmid pGDNF powodują produkcję GDNF na poziomie wystarczającym, aby ochronić neurony produkują- Motyw (np. palca cynkowego) - fragment sekwencji białkowej tworzący charakterystyczną strukturę zdolną do pełnienia określonej funkcji, tutaj zawiera atom cynku Neurotransmiter - cząsteczka zdolna do przekazywania sygnału nerwowego pomiędzy zakończeniami kolejnych neuronów Transfekcja - proces wprowadzania obcego DNA lub RNA do komórki 12/(III)/2013 BioLetyn Nowotworowe komórki macierzyste czyli czego jeszcze nie wiemy o nowotworach. Część 1 - pochodzenie i rola w onkogenezie Ścieżki wiedzy Str. 7 Bożena Rolnik Czym są nowotworowe komórki macierzyste? Różnice w obrębie komórek tworzących tkankę zmienioną nowotworowo obserwowano już ok. 40 lat temu. Pojawiły się podejrzenia na temat istnienia pewnej grupy prekursorowych komórek nowotworów zdolnych do samoodnawiania i wyspecjalizowania się w określony typ komórki, które nazwano nowotworowymi komórkami macierzystymi (CSC, ang. cancer stem cells). W potwierdzeniu tej teorii pomogły m.in. badania klonogenności nad komórkami ludzkiej ostrej białaczki szpikowej, podczas którego bada się odsetek komórek zdolnych do podziałów, tworzących tzw. klony komórek. Przełomowe okazało się również dowiedzenie faktu, że dojrzałe komórki nowotworowe posiadają bardzo ograniczony lub nawet niewystępujący potencjał do samoodnawiania. Sugeruje to, że za proces wzrostu i rozprzestrzeniania nowotworów odpowiedzialna jest właśnie populacja CSC [1]. Uważa się, że nowotworowe komórki macierzyste mogą rozwijać się z prawidłowych komórek macierzystych występującej w danej niszy (mikrośrodowisku), lub też z dojrzałych komórek organizmu. Nie ma jednoznacznych dowodów, które potwierdzałyby którąś z teorii. W dużej mierze jest to zależne od typu nowotworu. Niezaprzeczalnie komórki te powstają w wyniku nagromadzenia się pewnej liczby mutacji, która powoduje wymknięcie się spod procesów regulacji zachodzących w komórkach. Duże znaczenie dla rozwoju CSC ma również mikrośrodowisko w jakim się rozwijają, w którym dzięki otoczeniu innych komórek występują cząsteczki sygnałowe zdolne do kierowania CSC na drogę różnicowania i proliferacji [1, 2]. Rola w procesie nowotworzenia - modele onkogenezy Obecnie wymienia się trzy główne teorie tłumaczące proces onkogenezy: teoria stochastyczna, model hierarchiczny oraz model klonalnej ekspansji [2] [Rys. 1]. Pierwsza z nich ma obecnie jedynie znaczenie historyczne. Teoria stochastyczna zakłada, że wszystkie komórki nowotworowe są takie same i wszystkie są jednakowo zdolne do zapoczątkowania rozwoju choroby nowotworowej, co jednak jest sprzeczne z wieloma odkryciami odnośnie morfologii komórek nowotworowych. W związku z tym pojawiły się kolejne teorie uwzględniające udział CSC w procesie. Model hierarchiczny zakłada, ze tylko nieliczna populacja komórek jest zdolna do tworzenia i rozwoju guzów nowotworowych. Pośród tych komórek występuje hierarchia ich zróżnicowania: Rys.1 Porównanie trzech koncepcji rozwoju nowotworów [2] podział na komórki macierzyste, progenitorowe (o wyższym poziomie specjalizacji niż macierzyste) oraz komórki dojrzałe. Występujące komórki macierzyste są zdolne do utworzenia dowolnej komórki jaką można znaleźć w danym typie nowotworu. Ostatnia z teorii z kolei zakłada istnienie pewnej puli komórek macierzystych różniących się pomiędzy sobą mutacjami w materiale genetycznym. Ta z komórek, która uzyskała mutacje najkorzystniejsze z punktu widzenia rozwoju choroby nowotworowej jest w stanie poprzez tworzenie własnych kopii (klonów) zdominować pozostałe gorzej przystosowane komórki i ich kopie. Sytuacja taka ma miejsce aż do momentu nabycia sprzyjających mutacji przez inną komórkę i zdominowania przez jej klony populacji komórek nowotworu. Według tej teorii ustala się zatem stan równowagi pomiędzy komórkami o nieco odmiennych mutacjach zdolnych do przetrwania w danych warunkach zależnych od czynnika selekcyjnego. Rolę takiego czynnika może pełnić np. promieniowanie - jedynie komórki, które są na nie oporne są w stanie przetrwać i się rozwijać . Obecnie uważa się, że w czasie rozwoju choroby nowotworowej ma miejsce współistnienie zjawisk opisywanych przez teorię hierarchiczną oraz klonalnej ekspansji. W wyniku czynników selekcyjnych dochodzi do selekcji danej grupy CSC, które następnie ulegają specjalizacji tworząc hierarchię komórek nowotworowych o różnym stopniu wyspecjalizowania [2]. Bibliografia [1] Wieczorek K., Niewiarowska J., Nowotworowe komórki macierzyste, Postępy Hig.Med.Dośw. 66:629-636 (2012) [2] Szaryńska M., Kmieć Z., Rola komórek macierzystych w patogenezie i terapii chorób nowotworowych, Forum Medycyny Rodzinnej, tom 5, 1: 47-56 (2011) Nasze prace BioLetyn 12/(III)/2013 Str. 8 Nasze prace Bioinformatic applications for genetic research: Design of the shRNA nucleotide sequence and leading thread prediction in gene therapy Introduction Research on the regulation of genes expression and genes functionality using doublestranded RNA (dsRNA) are carried out since 1990s. During this time it was proven that extracellular constructs of RNA are able to create bindings with transcripts and block the translation process. As the result the gene expression is stopped. This process is called RNA interference (RNAi). There are a lot of specific dsRNA types with various characteristic, which are used in the research. One of them is shRNA (short-hairpin RNA) - it is a short dsRNA with a small loop in the one end. Using shRNAs in tests doesn't activate interpheron pathway, which is result of introduction other RNA duplexes into cell. This solution decrease inflamation formation probability, which is very useful in therapies. RNAi process requires only one strand from dsRNA (called the leading strand), which works as the probe for mRNA. The strand is choosen by Dicer nuclease and it is depend on the Watson-Crick type bonds on the dsRNA structure end. Then, the strand is directed to the RISC complex. This Dicerdependend enzymatic mechanism increase the RNAi efficiency. Theoretically any transcript sequence could be a target for shRNA. Bożena Rolnik1 , Michał Jakubczak1 Institute of Automatic Control1 Silesian University of Technology databases (GeneBank, Clustal, Blast, Vienna RNA Package) for finding the target sequence, doing multisequence alignment and checking final sequence similarity to other known genes. The script generates the target-complement sequence with chosen parameters, for example length and GC pair percentage. It also adds a loop with random nucleotides. Materials and methods Our students project consists of two main parts: designing the nucleotide sequence of shRNA specific to selected target and predicting the leading strand using molecular docking of shRNA to Dicer protein. We have prepared a Matlab script, which uses commercial bioinformatics applications and Fig1. Result of molecular docking anti-VEGF shRNA 3d structure to Dicer protein (from Hex Protein Docking) 12/(III)/2013 BioLetyn Nasze prace Str. 9 In the second part we dock the final shRNA to the Dicer protein and calculate energies between Dicer and both ends of the shRNA [Fig1]. This allow us to predict the leading strand. As the control set for testing our solution we have used sequences from the research where the leading strand is known. Application and results In our work we used created algorithm for significant gene in oncogenesis and cancer development process - VEGF. We design a nucleotide sequence of shRNA specific to all splicing version of human VEGF gene transcript (anti-VEGF shRNA) and dock the shRNA sequence to Dicer protein. Results are presented on fig1 and fig2. Now we work on interpretation of results. Fig 2. Example of anti-VEGF shRNA 2d structure (RNAford from Vienna RNA Package) Możliwość produkcji cyjanowodoru przez bakterie Pseudomonas fluorescens. Anna Filipczyk1, Michał Nazarewicz2 Instytut Automatyki1 Katedra Biotechnologii Środowiskowej2 Założeniem projektu była izolacja szczepów Politechnika Śląska Cel projektu Pseudomonas fluorescens z gleby oraz sprawdzenie możliwości produkcji cyjanowodoru przez te szczepy bakterii, które na skalę przemysłową służyć by mogły w procesie mikrobiologicznego ługowania metali. Materiały i metody Początkowo zakupiono szczep P. fluorescens z kolekcji szczepów Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, który służył jako szczep kontrolny. Na obecnym etapie projektu wyizolowano dwa szczepy P. fluorescens- jeden z gleby ogrodowej(1), drugi z gleby zanieczyszczonej ściekami(2). Próbki gleby zostały pobrane na terenie Śląska. W celu wyizolowania z próbek gleby bakterii Pseudomonas fluorescens wykonano szereg rozcieńczeń w soli fizjologicznej, które uprzednio wytrząsano przez 24h na maksymalnych obrotach (500 obr/min). Następnie za pomocą posiewu po- wierzchniowego zawiesinę wysiano na podłoże King A. Medium to umożliwia zaobserwowanie w świetle ultrafioletowym przy długości fali 366 nm wytwarzanego barwnika fluoresceiny, dzięki któremu poszukiwane bakterie święcą na zielono. Identyfikację potwierdzono dodatkowo poprzez barwienie metodą Grama i analizę morfologiczną obserwowanych pod mikroskopowych bakterii. Określono również liczebność kolonii. Dla wyizolowanych szczepów wykonano charakterystykę biochemiczną: testy API, test na zdolność do syntezy cyjanowodoru wykrywanego za pomocą pasków CYANESMO, posiewy na podłożu z margaryną ( test zdolności do rozkładu tłuszczów), test na zdolność do syntezy peroksydazy, określenie zapotrzebowania bakterii na tlen. Ponadto dokonano charakterystyki genotypowej: wykonano izolację DNA (oczyszczenie przy użyciu GenomicMini A&A Biotechnology), oczyszczanie BioLetyn Nasze prace 12/(III)/2013 Str. 10 produktu po reakcji enzymatycznej PCR przy użyciu Clean Up A&A Biotechnology oraz sekwencjonowanie z użyciem sekwenatora kapilarnego ABI Prism (Applied Biosystems). Zmierzono również poziom żelaza w glebie, z której dokonywano poboru próbki. Uzyskane wyniki oraz wnioski W ramach dotychczasowych badań wyizolowano z gleby 2 szczepy bakterii Pseudomonas fluorescens. Na podstawie otrzymanych dotychczas wyników można wnioskować o zdolności do produkcji cyjanowodoru przez szczep zakupiony z kolekcji oraz szczep wyizolowany z gleby zanieczyszczonej ściekami. W dalszej części badań najprawdopodobniej zostanie podjęta próba zintensyfikowania procesu wydzielania cyjanowodoru przez pozyskany szczep ze środowiska. Rys. 1 Test lipolityczny dla szczepu Pseudomonas fluorescens z hodowli IIiTD PAN (fot. Michał Nazarewicz, Ania Filipczyk) Tabela 1. Zestawienie otrzymanych wyników dla szczepów Pseudomonas Fluorescens Badanie Szczep z hodowli IIiTD PAN we Wrocławiu Szczep wyizolowany z gleby (1) Szczep wyizolowany z gleby (2) Kształt pałeczki pałeczki pałeczki Barwienie Grama - - - Pigment fluorescencyjny + + + Właściwości proteolityczne + + + Właściwości amylolityczne + + W trakcie realizacji Właściwości lipolityczne + - W trakcie realizacji Produkcja peroksydaz + + + Produkcja cyjanowodoru + - + Porównanie bakteriobójczego działania różnych preparatów higieny jamy ustnej i gardła na mikroorganizmy izolowane z nabłonka jamy ustnej Bożena Mika1, Katarzyna Uszok2 Instytut Automatyki1 Katedra Biotechnologii Środowiskowej2 Politechnika Śląska Cel projektu: Celem projektu było określenie bakteriobójczego działania wybranych preparatów do higieny jamy ustnej i gardła na mikroorganizmy wyizolowane z nabłonka jamy ustnej oraz porównanie ich skuteczności. Materiały i metody: Podczas realizowanego projektu porównano bakteriobójcze działanie preparatów higieny jamy ustnej i gardła dostępnych komercyjnie (Elmex, Eludril, 12/(III)/2013 BioLetyn Nasze prace Str. 11 Hascosept) oraz używanych w leczeniu domowymi sposobami (napar z szałwii i rumianku). Preparaty zostały przygotowane zgodnie z zaleceniami producentów: szałwia w postaci 2,5-3% naparu (napar z 3 g liści szałwii i 100 ml wrzącej wody), rumianek w postaci 2,5-3% naparu (napar z 3 g liści rumianku i 100 ml wrzącej wody), Eludril w postaci roztworu (15 ml preparatu dopełnione ciepłą wodą do zalecanej objętości), Elmex podawany w postaci przygotowanej przez producenta, Hascosept podawany w postaci przygotowanej przez producenta. Następnie każdy z przygotowanych preparatów rozcieńczono dwukrotnie przygotowaną zawiesiną bakterii z nabłonka jamy ustnej (pobranych za pomocą jałowego patyczka do wymazów od 5 osób) z solą fizjologiczną. Próbki dokładnie wymieszano oraz wykonano posiew powierzchniowy na płytkach ze stałym podłożem bulionowym (skład: wyciąg mięsny, pepton, chlorek sodu, agar) w trzech powtórzeniach. Próbę kontrolną stanowiły płytki, na których posiano murawowo zawiesinę bakterii z nabłonka jamy ustnej z solą fizjologiczną (wykonane w trzech powtórzeniach). Ze względu na duże wymagania pokarmowe bakterii jamy ustnej, posiew powierzchniowy wykonano dodatkowo na dwóch podłożach wzbogaconych: podłożu TSA z 5% wyciągiem z krwi baraniej oraz podłożu agarowym z wyciągiem mózgowo-sercowym. Wszystkie płytki inkubowano przez 24 godziny w temperaturze 37°C. Najciekawsze pod względem morfologicznym kolonie identyfikowano z wykorzystaniem barwienia metodą Grama. Dzięki obserwacjom mikroskopowym dokonano oceny morfologicznej wyizolowanych bakterii oraz określono ich przynależność do grupy bakterii Gram-ujemnych i Gram-dodatnich. Uzyskane wyniki oraz wnioski: Na podstawie uzyskanych wyników stwierdzono, że spośród preparatów komercyjnych najniższą skuteczność wykazuje Hascosept. Jednak badania prowadzone przez inną grupę naukowców potwierdziły dużą skuteczność tego preparatu u osób leczonych z powodu różnych chorób jamy ustnej (np. afty, liszaju płaskiego). Świadczy to o działaniu Hascoseptu nakierowanym głównie na bakterie chorobotwórcze. Elmex oraz Eludril charakteryzują się zbliżonymi właściwościami bakteriobójczymi. Zarówno na podłożu TSA jak i agarze mózgowosercowym, liczba uzyskanych kolonii bakterii jest zdecydowanie większa, niż w przypadku podłoża podstawowego (na płytkach kontrolnych). Szczególnie TSA wydaje się być medium, na którym rośnie liczba bakterii jamy ustnej o wysokich wymaganiach odżywczych. Uzyskane wyniki dla zastosowanych preparatów komercyjnych układają się w sposób charakterystyczny dla każdej z badanych osób. Skuteczność tego typu preparatów jest ściśle zależna od indywidualnej mikroflory oraz stanu zdrowia zębów i jamy ustnej. Działanie bakteriobójcze szałwii i rumianku okazało się dużo niższe, niż działanie preparatów chemicznych. Przy czym szałwia wykazuje większe działanie bakteriobójcze, niż rumianek. Ze względu na sposób pobierania materiału, badano jedynie skuteczność preparatów w zwalczaniu bakterii tlenowych lub tlenowców względnych. Na podstawie uzyskanych wyników wyciągnięto następujące wnioski: Tradycyjne metody oczyszczania jamy ustnej okazały się w mniejszym stopniu skuteczne, niż preparaty chemiczne Szałwia wykazuje silniejsze działanie bakteriobójcze na mikroorganizmy tlenowe i względne tlenowce niż rumianek Środki do higieny jamy ustnej powinny być dopierane indywidualnie Hascosept powinien być przeznaczony głównie do leczenia stanów zapalnych i innych chorób jamy ustnej Elmex i Eludril wykazują dużą skuteczność w utrzymaniu higieny jamy ustnej BIOinspiracje BioLetyn 12/(III)/2013 Str. 12 BIOinspiracje Dieta w profilaktyce nowotworowej "Twoje pożywienie powinno być lekarstwem, a twoje lekarstwo powinno być pożywieniem." Hipokrates Jedzenie należy do fundamentalnych potrzeb człowieka. Bez niego, nie dostarczamy organizmowi potrzebnych do życia i prawidłowego funkcjonowania składników. Z tym, że jeść trzeba nikt raczej dyskutował nie będzie. Natomiast w kwestii jak jeść opinie mogą różnić się diametralnie. Faktem jest to, że nasz sposób odżywiania ma istotny wpływ na nasze zdrowie. Okazuje się, że nieprawidłowa dieta to przyczyna ok. 1/3 nowotworów. Podobny odsetek zachorowań jest też skutkiem palenia tytoniu, natomiast czynniki genetyczne odpowiadają jedynie za ok. 15% przypadków zachorowań na raka [1]. Takie dane zdecydowanie zachęcają do przyjrzenia się własnej diecie i zastanowienia się, czy wystarczająco dbamy o własne zdrowie. Bardzo ciekawą inicjatywą jest European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC) – badanie naukowe prowadzone w różnych krajach Europy, mające na celu odkrycie zależności pomiędzy odżywianiem, stylem życia i czynnikami środowiskowymi a zachorowalnością m.in. na nowotwory. Nie można także zapomnieć o World Cancer Research Fund (WCRF) – jest to organizacja, której celem są badania oraz programy edukacyjne skupiające się na relacji diety, aktywności fizycznej i utrzymania wagi z ryzykiem zachorowania na nowotwór. Efekty pracy publikowane są co kilka lat w raportach. Okazuje się, że dzięki właściwemu stylowi życia większości zachorowań na raka można by z łatwością uniknąć. W badaniach EPIC ora WCRF wykazano, iż spożywanie czerwonego lub przetworzonego mięsa zdecydowanie zwiększa ryzyko wystąpienia raka. Zamiana tego typu mięsa na drób czy ryby jest dobrym wyborem w profilaktyce nowotworów. W EPIC odnotowano ponadto powiązanie spożywania błonnika oraz nabiału, takiego jak mleko czy sery, ze zmniejszonym prawdopodobieństwem wystą- Barbara Kociołek pienia raka jelita grubego. Dodatkowo stwierdzono (zarówno EPIC, jak i WCRF), że picie alkoholu zwiększa ryzyko nowotworów przewodu pokarmowego oraz piersi. Jednak jednym z najgroźniejszych czynników zwiększających prawdopodobieństwo nowotworów okazała się tusza. Otyłość może wpływać na zapadnięcie na raka m.in. przełyku, trzustki, jelita grubego czy nerek (wg WCRF). Niespodziewanym wnioskiem z badań EPIC okazał się brak wpływu jedzenia warzyw i owoców na rozwój nowotworów piersi czy prostaty. WCRF potwierdził, że znaczenie spożywania produktów roślinnych było wcześniej przeceniane, jednak wciąż uznawane są za podstawę większości diet zapobiegających nowotworom. Szczególną uwagę zwrócono na warzywa bez skrobi (ang. non-starchy) np. awokado, brokuły, marchew, fasolę, ogórka, cebulę czy rzodkiew oraz owoce, które prawdopodobnie zmniejszają ryzyko chorób przewodu pokarmowego. Dowiedziono, że aktywność fizyczna zapobiega powstawaniu nowotworów [2]. Odpowiednie jedzenie może zarówno ustrzec nas przed niektórymi nowotworami, ale także wspomagać ich leczenie. Bardzo dużo jednak zależy od rodzaju choroby. Nie ma uniwersalnej diety antyrakowej. Najlepiej więc zwrócić się do specjalisty w tej dziedzinie, czyli dietetyka. Oczywiście, nie każdy może sobie na to pozwolić. Wtedy warto poszukać zaleceń ogólnych. „Dieta a Nowotwór. Poradnik dla pacjentów” Wielkopolskiego Centrum Onkologii sugeruje, aby w trakcie leczenia spożywać posiłki w następujących proporcjach (w % dziennego zapotrzebowania na kalorie): ok. 1520% pełnowartościowych produktów białkowych, 55% węglowodanów, głównie złożonych oraz nie więcej niż 30% tłuszczów, najlepiej roślinnych. Warto także zadbać o to, by nie jeść produktów spleśniałych oraz unikać potraw przypalonych, bądź wędzonych. Dobrze jest odżywiać się lekkostrawnie i spożywać małe posiłki 5 razy dziennie. Duże znaczenie mają włączone w dietę warzywa i owoce. Mimo, iż w badaniu EPIC nie potwierdzono 12/(III)/2013 BioLetyn BIOinspiracje Str. 13 skuteczności jedzenia produktów roślinnych w profilaktyce czy walce z nowotworem, większość źródeł podkreśla ich istotną rolę w takiej diecie. Zadaniem warzyw i owoców jest przede wszystkich dostarczenie witamin oraz minerałów, a także antyoksydantów i błonnika. Powinny one być świeże, najlepiej surowe, choć czasem konieczne jest podawanie w formie puree i przecierów (w przypadku nowotworów układu pokarmowego). Ważne jest jednak i to, aby nie wprowadzać zbyt rygorystycznych zmian czy potraw nielubianych. Tym bardziej, że podczas chemioterapii często zmienia się odczuwanie smaku: potrawy wydają się bardziej słone i gorzkie, mogą mieć metaliczny posmak. Jeżeli to, co jemy jest smaczne i nie wywołuje niekorzystnych skutków, nie ma powodu by rezygnować z takiego posiłku [3]. Leczenie nowotworów z wykorzystaniem metod naturalnych także sprowadza się do skierowania swojej diety na warzywa i owoce, w szczególności zielone warzywa, pomidory, czosnek i cebulę, cytrusy i soję. Zalecane jest także picie herbaty. Często spotykanym elementem takich diet jest olej lniany albo tran [4]. Oczywistym jest, że lepiej zapobiegać niż leczyć, więc warto w profilaktyce nowotworów stosować się do zasad zdrowego i racjonalnego żywienia. Zjedzenie porcji warzyw czy owoców w większości przypadków nie jest nadludzkim wyczynem, natomiast może mieć pozytywny wpływ na nasze zdrowie. Należy jednak pamiętać, że podstawą zdrowego stylu życia jest aktywność fizyczna. Jak powiedział Wiktor Dega „Ruch może zastąpić niemal każde lekarstwo, ale wszystkie leki razem wzięte nie zastąpią ruchu” . Bibliografia: [1] źródło internetowe: http://onkologia.opole.pl/index.php? option=com_content&view=article&id=612&Itemid=169 [2] źródło internetowe: http://epic.iarc.fr/keyfindings.php [3] źródło internetowe: http://www.wco.pl/media/files/file/5/6/1245668462dieta_a_ nowotwor.pdf [4] źródło internetowe: http://www.nowotwor.zdrowe.com.pl/nowotworpokarmy.html Produkty pszczele: Miód - czyli to, co Puchatek lubi najbardziej. Część 1 Powstawanie miodu Miód powstaje w wyniku przekształcenia zebranego przez pszczoły miodne (Apis mellifera) nektaru lub spadzi w ich wolu miodowym. Jest ono zbudowane z trzech warstw mięśni, które umożliwiają stałe ruchy ścian wola i w związku z tym, możliwe jest równomierne mieszanie się jego zawartości z wydzielinami gruczołów układu pokarmowego [Rys. 2]. Dzięki aktywności dodawanych enzymów, już w trakcie połykania substancji, a następnie w wolu zachodzą w niej procesy chemiczne. Część pożywienia, jest źródłem energii dla pszczoły, natomiast pozostała zawartość wola zostaje przekazana młodym robotnicom, które kolejno powtarzają proces przetwarzania substancji. Wielokrotne powtarzanie tej czynności umożliwia dobre wymieszanie surowca miodowego z wydzielinami gruczołowymi oraz jego zagęszczenie (utrata ok. 10-15% Bożena Mika wody). Taki produkt składany jest w komórkach dolnych części plastrów [Rys. 1]. Gdy ,,miód pierwotny” zgęstnieje, zostaje przenoszony do komórek górnych partii plastrów, gdzie zostaje zasklepiony wieczkami woskowymi. Dalsze procesy chemiczne Rys.1 Składanie miodu w komórkach plastrów (źródło: [4]) BIOinspiracje BioLetyn 12/(III)/2013 Str. 13 Str. 14 następują w wyniku reakcji enzymatycznej - sacharoza jest rozkładana na glukozę i fruktozę. Zmiany właściwości fizycznych miodu przejawiają się głównie utratą wody. Do wyprodukowania 1 kg miodu, pszczoły muszą zebrać nektar z ok. 1,6 mln kwiatów akacji lub 6 mln pojedynczych kwiatków koniczyny. Pszczela rodzina do zaspokojenia swoich potrzeb latem i zimą wykorzystuje średnio ok. 90 kg miodu [1, 2]. Skład miodu i jego zastosowanie W różnych odmianach miodów, określono ponad 300 składników, zarówno organicznych, jak i nieorganicznych. Miód zawiera ok. 180 związków niezbędnych dla naszego organizmu. Naturalne cukry stanowią 70-80% masy miodu, a do najważniejszych z nich należą fruktoza i glukoza. Te cukry proste są wchłaniane bezpośrednio do krwi z pominięciem etapu trawienia. Dzięki substancjom towarzyszącym glukoza zawarta w miodzie jest czterdziestokrotnie efektywniej przyswajana przez organizm, niż wytworzona chemicznymi sposobami. Fruktoza jest głównie magazynowana w wątrobie w formie glikogenu, dzięki czemu wzmacniane są jej funkcje ochronne i detoksykacyjne. Dlatego też, osobom nadużywającym np. kawy, herbaty, nikotyny czy alkoholu pomocne może okazać się odtruwające działanie miodu. Dwie łyżki miodu zjedzone na czczo obniżają poziom alkoholu we krwi o 15%. Miód jest również cennym źródłem białek (albumin i globulin), czy aminokwasów endo- i egzogennych. Do niezbędnych dla ludzkiego organizmu składników mineralnych zawartych w miodzie można zaliczyć potas, wapń, sód, chrom, magnez, miedź, żelazo, mangan, cynk, fosfor, mangan, molibden i wiele innych. Te mikro- i makroelementy pełnią ważne funkcje w reakcjach enzymatycznych, aktywacji hormonalnej i wielu innych procesach fizjologicznych. Ponadto występujące w takiej formie charakteryzują się wysoką przyswajalnością. Przykładem może być żelazo przyswajane w 62%, które w przypadku innych produktów przyswajane jest tylko w 10-15% (z produktów roślinnych) lub 2025% (z pokarmów pochodzenia zwierzęcego) [1, 2]. Ilość oraz właściwości miodów zależą od jego rodzaju. W dużym stopniu zależne jest to od surowca, z którego został wytworzony i sposobu zachodzenia procesu jego dojrzewania. Miody różnią się od siebie smakiem, aromatem, barwą, konsy- stencją, a nawet przypisywanym im właściwościami leczniczymi[1, 2]. Niestety miód nie zachowuje swoich właściwości na zawsze. Jego aktywność enzymatyczna z czasem się obniża. Dodatkowo wraz z długością przechowywania miodu (głównie w temperaturze wyższej niż 18°C) wzrasta w nim zawartość 5-HMF (5hydroksymetylofurfural). Jest to produkt procesów dehydratacji monosacharydów w środowisku kwaśnym[1, 3]. Miód należy przechowywać w szczelnym, szklanym naczyniu, aby nie wchłaniał pary wodnej z powietrza. Duża wilgotność powietrza sprzyja procesom fermentacyjnym miodu. Natomiast pod wpływem światła i wysokiej temperatury, enzymy w nich zawarte mogą ulec denaturacji. Optymalna temperatura umożliwiająca wieloletnie przechowywanie miodu wynosi 6-10°C. Należy również pamiętać, aby miód dodawać do płynów o temperaturze nie wyższej niż ok. 40-45°C [1, 2]. Rys. 2 Układ pokarmowy pszczoły miodnej: 1- gruczoł wargi dolnej- część tułowiowa, 2- gruczoł wargi dolnej- część potyliczna, 3- ujście gruczołu wargi dolnej, 4- gruczoł gardzielowy, 5- gardziel, 6- przełyk, 7- wole, 8- przedżołądek, 9- jelito środkowe, 10- jelito cienkie, 11- jelito proste, 12 - gruczoły rektalne (na podstawie [1]) Bibliografia: [1] Gałuszka H., Miód pszczeli, powstawanie, wartość odżywcza, zastosowanie, Sądecki Bartnik (1998), Nowy Sącz [2] Stangaciu S., Hartenstein E., Leki z pszczelej apteki, Klub dla Ciebie (2007), Warszawa [3] Śliwińska A., Przybylska A., Bazylak G., Wpływ zmian temperatury przechowywania na zawartość 5- hydroksymetylofufuralu w odmianowych i wielokwiatowych miodach pszczelich, Bromat.Chem.Toksykol. XLV: 271-279 (2012) dostęp internetowy: http://www.ptfarm.pl/pub/File/ Bromatologia/2012/3/271-279.pdf [4] źródło internetowe: http://fotoblogia.pl/2012/06/03/zrob -to-sam-plaster-miodu-na-lampe-systemowa-wideoporadnik 12/(III)/2013 BioLetyn ABC... ABC życia studenckiego Str. 15 Praktyki studenckie Zainwestuj w siebie! Czyli gdzie udać się na praktyki Zakład Patomorfologii Beskidzkiego Centrum Onkologii im. Jana Pawła II w Bielsku-Białej Gdzie? Zakład Patomorfologii Beskidzkiego Centrum Onkologii im. Jana Pawła II w Bielsku-Białej (oraz analogiczne oddziały w wielu innych szpitalach, np. Zakład Patologii Nowotworów Instytutu Onkologii w Gliwicach) Dla kogo? dla wszystkich tych, którym nie jest straszny zapach formaliny i acetonu unoszący się nieustannie we wszystkich pomieszczeniach, ani którzy nie mdleją na widok organów wewnętrznych „na żywo”, szczególnie dla osób z niespełnionym snem o studiach medycznych Monika Jurczyk dzie oraz ważna książeczka sanepidowska i ubezpieczenie OC i NNW obejmujące pokrycie kosztów postępowania poekspozycyjnego HIV/HCV/HBV (w przypadku praktyk w BCO) lub ubezpieczenie OC na kwotę 40 tys. zł i NNW (w przypadku praktyk w IO w Gliwicach). Okiem praktykanta: Liczba zajęć, które dostajemy na praktykach, zależy tylko od nas – możemy przez cały dzień pracy pić kawę w pomieszczeniu socjalnym, ale możemy także (gorąco polecam takie rozwiązanie) starać się wynieść jak najwięcej wiedzy i umiejętności. Osobiście najczęściej Przydatna wiedza i łapałam się usuwania umiejętności: znajonadmiaru parafiny z mość anatomii człowieka i mechanizmów im- Rys. 1 Fragmenty tkanek zatopione w bloczkach parafinowych (fot. bloczków – zajęcie łaMonika Jurczyk) twe, choć może odromunocytochemii, FISH/ binę nużące. Oprócz SISH, sprawność manualna tego barwienie i nakrywanie szkiełek (procesy Nabyta wiedza i umiejętności: znajomość technik zautomatyzowane), układanie materiałów archiwalhistologicznych parafinowych i mrożeniowych nych. Miałam okazję spróbować trudnej sztuki kro(zatapianie tkanek w bloku parafinowym, krojenie jenia preparatu na mikrotomie i przyklejania go na na mikrotomie i przygotowanie preparatów na szkiełko. Spore wrażenie, zwłaszcza przez kilka szkiełkach, barwienie topograficzne i inne, przygo- pierwszych dni, robiło na mnie obserwowanie, jak towanie materiału cytologicznego oraz śródopera- lekarze patolodzy kroją i opisują makroskopowo cyjnego), poszerzenie wiedzy cyto- i histologicznej dostarczony materiał, który następnie mogłam obWymagane dodatkowe dokumenty: pisemny wnio- serwować pod mikroskopem pod okiem jednego z sek do Dyrektora Naczelnego szpitala z prośbą o diagnostów. Może nie były to praktyki ściśle związaumożliwienie odbycia praktyk w wybranym zakła- ne z biotechnologią/bioinformatyką, ale osoby po BioLetyn ABC... 12/(III)/2013 Str. 15 Str. 16 tych kierunkach mogą w przyszłości z powodzeniem starać się o zatrudnienie w takim miejscu pracy. Większość rzeczy była dla mnie zupełną nowością, jednak dzięki wspaniałemu i otwartemu na praktykantów zespołowi (zarówno techników, jak i lekarzy) mogłam wiele zobaczyć i wiele się nauczyć. Laboratorium Bioinformatyki Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej Polskiej Akademii Nauk Michał Jakubczak Rys. 2 Obraz histopatologiczny tkanki płuca (fot. Monika Jurczyk) Gdzie? Laboratorium Bioinformatyki podlegające pod Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej Polskiej Akademii Nauk w Warszawie Dla kogo? dla wszystkich zainteresowanych bioinformatyką strukturalną, zastanawiających się nad pracą w szeroko pojętej nauce Przydatna wiedza i umiejętności: wiedza nt. białek, biegłość w informatyce i naukowym angielskim, samodzielność w pracy i przede wszystkim chęci Nabyta wiedza i umiejętności: dogłębne poznanie działania białek GPCR, przeprowadzanie dokowań molekularnych z wykorzystaniem dostępnego oprogramowania (AutoDock 4.2, AutoDock Vina itp.), modelowanie dynamiki błony komórkowej, zasady działania pól siłowych w dynamice molekularnej, podstawy pracy w środowisku Linuxa, praca z chemicznymi bazami danych, automatyzacja pracy programów, praca na klastrze obliczeniowym, współpraca przy tworzeniu publikacji naukowych Wymagane dodatkowe dokumenty: bilet kolejowy do Warszawy Centralnej Okiem praktykanta: Początkowo miałem pewne wątpliwości, gdy wysyłałem swoją aplikację w to miejsce. Na dobrą sprawę - dlaczego ktoś miałby traktować poważnie narwanego studenta z Gliwic, który przyjeżdża do "wielkiego świata" na praktyki? W końcu można go potraktować protekcjonalnie, dać coś nudnego do roboty, czego nie chce się ro- bić nikomu innemu i będzie spokój. Można, ale nie w tym miejscu. Jedną z największych zalet Laboratorium Bioinformatyki w Warszawie jest fakt, że nikt Cię tam nie traktuje jako "zło konieczne", wręcz przeciwnie - jako partnera. Dostajesz możliwość wykazania się swoimi umiejętnościami, jak również zdobycia nowych. Jeżeli lubisz programować, dostaniesz coś do programowania. Jeżeli nie za bardzo za tym przepadasz, zawsze możesz dostać inne rzeczy. Zazwyczaj wygląda to tak, że uczestniczy się w badaniach naukowych swojego opiekuna w mniejszym lub większym stopniu wszystko zależy od tego, co potrafisz - lub, co ważniejsze, czego chcesz się nauczyć. Można się przy tym dużo dowiedzieć na temat pisania publikacji naukowych, a przy odrobinie szczęścia zostać współautorem pracy. Miłym aspektem pracy w LB jest również fakt, że ma się naprawdę dużo swobody - elastyczne godziny, własne stanowisko pracy razem z nowym komputerem i możliwość wejścia do zakładu o każdej porze dnia (nocy nie sprawdzałem), bez konieczności nadzoru stałego pracownika. Zdecydowanie polecam. Jeśli zainteresowało Cię jakieś miejsce lub zagadnienie, pisz śmiało na adres redakcji, w tytule wpisując ”praktyki”.
