Od automatyka do bioinformatyka

Rozmowy (nie)naukowe| Ewelina Sowka
Od automatyka do bioinformatyka
Rozmawiała Ewelina Sowka
Sukcesy nauczycieli nie zawsze są wśród studentów powszechnie znane. Nie oznacza to jednak,
że takowych nie ma. Ciężka praca w obszarze zarówno dydaktycznym, jak i naukowym, znajduje
odzwierciedlenie między innymi w stypendiach – ostatnio przekonał się o tym dr Roman Jaksik,
pracownik naukowo – dydaktyczny Instytutu Automatyki. Jego działalność została doceniona prze
Fundację na Rzecz Rozwoju Nauki Polskiej, dzięki czemu znalazł się w gronie laureatów konkursu
na stypendia dla młodych uczonych. Czym przekonał do siebie Zarząd Fundacji i jak właściwie
znalazł się tam, gdzie jest dzisiaj?
Czy może Pan zdradzić czytelnikom jak stał się Pan
doktorem na Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki? Czy już od liceum wiedział Pan, że chce związać swoją
przyszłość z nauką?
Biotechnologia interesowała mnie od bardzo dawna,
ale gdy kończyłem szkołę średnią nie było jeszcze takiego
kierunku w ofercie programowej Politechniki Śląskiej.
Uznałem, że rozsądnym wyborem będzie informatyka albo
automatyka i robotyka, chociaż z ostateczną decyzją miałem
bardzo duży problem i przez pewien czas studiowałem na obu
tych kierunkach jednocześnie. Ostatecznie wygrała
automatyka, o czym częściowo zadecydowała bardzo ciekawa
DR INŻ. ROMAN JAKSIK
specjalizacja „przetwarzanie informacji i sterowanie w
jest
absolwentem
i
biotechnologii”, która nawiązywała do moich dotychczas
pracownikiem
Wydziału
odłożonych na bok zainteresowań. W trakcie studiów
Automatyki,
Informatyki
i
Elektroniki
Politechniki
przyszłość wyobrażałem sobie w roli inżyniera utrzymania
Sląskiej w Gliwicach. Jego praca
ruchu albo programisty w firmie IT, szczególnie, że w połowie
badawcza w duzej mierze
piątego roku zacząłem pracować na pełen etat w Katowickim
opiera
się
na
analizie
oddziale firmy Rockwell Automation, zajmującej się
mechanizmow
automatyką przemysłową. Do piątego roku studiów nie
komorkowych obecnych przy
białaczce.
Ponadto
we
zastanawiałem się nad pracą naukową. W stronę nauki
wspo
łpracy
ściągnęła mnie dopiero prof. Rzeszowska, która stała się
z Uniwersytetem w Houston
promotorem mojej pracy magisterskiej i za sprawą której
bada
rozpocząłem studia trzeciego stopnia. Pierwszy rok był bardzo
ciężki, bo poza obowiązkami na uczelni dalej pracowałem w Katowicach. Stopniowo jednak coraz
bardziej odchodziłem od pracy w korporacji, najpierw przechodząc na pół etatu, aż ostatecznie
złożyłem wypowiedzenie, poświęcając się pracy w projektach naukowych.
Czyli nie zawsze był Pan zainteresowany tylko biotechnologią. Jak to się stało, że pomimo studiów
na Automatyce i Robotyce zajmuje się Pan dziś bioinformatyką?
Wbrew pozorom od automatyki do bioinformatyki jest bardzo krótka droga, a sama komórka
to jedynie „trochę” bardziej skomplikowany układ automatycznej regulacji. Temat mojej pracy
magisterskiej dotyczył zagadnień związanych z regulacją ekspresji genów, co wymagało analizowania
dużych zbiorów danych. Pomysły na coraz to bardziej skomplikowane analizy doprowadziły do tego,
Rozmowy (nie)naukowe| Ewelina Sowka
że zacząłem pisać różne programy, przede wszystkim do poszukiwania cech sekwencji
nukleotydowych, zbliżając się coraz bardziej w stronę bioinformatyki. Rozpoczęcie studiów
doktoranckich umożliwiło mi pozyskanie funduszy na dalszy rozwój tego, czego udało mi się nauczyć
w trakcie pisania pracy magisterskiej, poprzez udział w kursach i stażach naukowych na terenie USA
i Wielkiej Brytanii. Na początku nie mogłem się pogodzić z tym, że w bioinformatyce nic nie jest czarne
lub białe i że na każdym kroku trzeba sobie pomagać metodami statystycznymi, żeby odpowiedzieć
nawet na najprostsze pytania. Dziś, pomimo, że dalej mam sentyment do automatyki to nie żałuję
zmiany specjalizacji.
Czym zajmuje się Pan w ramach działalności naukowej?
Aktualnie pracuje w kilku projektach naukowych o dość różnorodnej tematyce.
We współpracy z naukowcami z uniwersytetu w Houston badam tzw. fenotyp mutatora, który
w najprostszym opisie polega na pojawianiu się mutacji indukujących kolejne mutacje, co bardzo
często związane jest z karcynogenezą. W ramach współpracy z oddziałem PAN w Poznaniu zajmuję się
poszukiwaniem mechanizmów molekularnych charakterystycznych dla białaczek typu T-ALL, głównie
na poziomie cząsteczek mikroRNA. Poza tym realizuję jeszcze kilka mniejszych projektów, w ramach
których zajmuję się przede wszystkim rozwijaniem programów z dziedziny biologii systemów,
bioinformatyki oraz mało rozpowszechnionej w Polsce glikoinformatyki.
Niedawno został Pan laureatem konkursu START, organizowanego przez Fundację na rzecz
Nauki Polskiej, w którym młodzi uczeni mają szansę zdobyć roczne stypendium. Jak Pan sądzi,
co sprawiło, że to właśnie Pan znalazł się w gronie wyróżnionych? Jakie osiągnięcia
zaprezentował Pan Zarządowi Fundacji?
Fundacja przede wszystkim ocenia osiągnięcia naukowe i dorobek w postaci artykułów
w czasopismach z listy filadelfijskiej. W przeciwieństwie jednak do konkursów MNISW czy NCN
fundacja nie publikuje szczegółowych wyników. Nawet po rozstrzygnięciu konkursu kandydaci
nie dostają informacji o tym, za co przyznane zostały punkty, ani nawet który z kandydatów ile ich
uzyskał, przez co ciężko jest napisać dobry wniosek. Na ocenę wpływ mają także doświadczenie
w prowadzeniu projektów naukowych oraz inne zdobyte nagrody i stypendia. W moim przypadku bez
wątpienia pomogło mi prowadzenie własnego grantu NCN oraz stypendium MNISW dla doktorantów,
które udało mi się uzyskać w konkursie z 2013 roku.
Czy uważa Pan biotechnologię oraz bioinformatykę za rozwojowe dziedziny nauki? Czy znajdzie
się tam miejsce dla kolejnych pokoleń studentów? Jak według Pana wypadają te kierunki na tle
całej Politechniki Śląskiej?
Biotechnologia z roku na rok staje się coraz bardziej popularna i pomimo, że w Polsce jest
nadal bardzo mało firm z tej branży to jest to bez wątpienia przyszłościowy kierunek. Najmocniejszą
stroną biotechnologii prowadzonej na PŚ jest moim zdaniem jej interdyscyplinarność, czego brakuje
większości pozostałych kierunków. Coraz większy nacisk kładzie się na promowanie działalności
mających na celu przekraczanie granic pomiędzy różnymi dziedzinami nauki i nie bez powodu.
Interdyscyplinarne studia uczą patrzenia na problemy z różnej perspektywy, przez co stajemy się
bardziej elastyczni i uczymy się radzić sobie z nietypowymi wyzwaniami. To jest cecha bardzo często
poszukiwana na rynku pracy. W kwestii zatrudnienia po biotechnologii ciężko jest mi się wypowiadać,
z osobistych doświadczeń wiem jednak, że na bioinformatyków jest coraz większe zapotrzebowanie
zarówno w Polsce jak i za granicą.
Rozmowy (nie)naukowe| Ewelina Sowka
Co sądzi Pan o pracy w kołach naukowych podczas studiów? Czy był Pan członkiem takich kół?
Jeśli tak, to jak taka działalność wpłynęła na rozwój Pana kariery?
Koła naukowe w bardzo dobry sposób uzupełniają plan studiów, dając możliwość
praktycznego wykorzystania zdobywanej wiedzy i z pierwszej ręki wiem, że członkostwo w kołach
naukowych jest doceniane przez pracodawców. W czasie studiów magisterskich nie należałem do
żadnego koła naukowego, czego z perspektywy czasu bardzo żałuję. Koła nie były wtedy jednak tak
popularne i atrakcyjne pod względem programowym.
Jakie są Pana zainteresowania poza nauką? Czy znajduje Pan czas na rozwijanie swoich pasji?
Moją największą pasją są podróże, szczególnie rowerowe i każdą wolną chwilę staram się
spędzać poza domem. Szczególną atrakcją są dla mnie polskie zamki i pałace oraz historie,
jakie często są z nimi związane. Fascynuje mnie także kultura azjatycka, chociaż jak dotąd udało mi się
zwiedzić tylko Indie i Tajlandię. Następna w kolejności będzie mam nadzieję Japonia. Na co dzień
odpoczywam oglądając filmy, szczególnie takie, przy których nie trzeba zbyt intensywnie myśleć :)
Jakich rad mógłby Pan udzielić studentom zainteresowanym studiami doktoranckimi?
Praca naukowa wymaga dużego zaangażowania i sporych nakładów pracy, co ma
bardzo duży wpływ na życie poza uczelnią. Elastyczne godziny pracy stwarzają dużo możliwości,
ale jednocześnie wymagają umiejętności samodzielnego organizowania czasu pracy. Czytanie
literatury naukowej to podstawa, trzeba tez dużo samemu pisać, ponieważ artykuły, szczególnie
w anglojęzycznej literaturze, są podstawą do rozliczania pracy naukowej. Sama praca daje ogromną
satysfakcję, szczególnie, gdy udaje się pokazać coś nowego, na co nikt wcześniej nie zwrócił uwagi,
stwarza też możliwości do poznania wielu ciekawych ludzi z różnych zakątków świata.
W trakcie wyjazdów na warsztaty i konferencje miałem okazję poznać doktorantów z różnych
krajów i wydaje mi się, że w Polsce mamy dobre warunki do rozpoczynania pracy naukowej. Początki
są ciężkie i samo stypendium doktoranckie jest bardzo niskie, ale istnieje wiele różnych programów
stypendialnych dla osób rozpoczynających karierę naukową oraz wiele możliwości pozyskania
funduszy na staże, szkolenia i konferencje naukowe. Najważniejsze to wybrać dobry temat, zgodny
z naszymi zainteresowaniami, bo bez tego ciężko jest znaleźć odpowiednią motywację do pracy,
a robiąc coś na siłę będziemy tylko sami siebie krzywdzić.