Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu

Bioinformatyka 2 (BT172)
Wykład 1
Struktura i organizacja kursu
dr Krzysztof Murzyn
adiunkt w Zakładzie Biofizyki WBtUJ
pok. B028, tel. 664-6379
10.X.2005
P ODSTAWOWE INFORMACJE
9 godz. wykładów
(45 min, poniedziałek 16:00, sala D104)
30 godz. ćwiczeń
(10 ćwiczeń po 3 45 min, sala D111), terminy: poniedziałek
10:00-12:15, 12:30-14:45, 17:00-18:15.
Ćwiczenia rozpoczynaja˛ si˛e 24 października (poniedziałek). Praca na
zaj˛eciach odbywa si˛e w grupach dwu-osobowych.
6 godz. seminariów
(2 135 min., sala D111, terminy: {9,16}.I.2006), obowiazuje
˛
podział
na grupy ćwiczeniowe.
zaliczenie
Skala ocen
(max. 100 pkt)
bdb
> 90 pkt
+db 85–90 pkt
db 75–85 pkt
+dst 70–75 pkt
dst 60–70 pkt
ndst
< 60 pkt
egzamin pisemny – test wyboru, zadania; 30 pkt
ćwiczenia – w każdym ćwiczeniu: wykonanie
1 pkt sprawozdanie 4 pkt, najsłabsza ocena z
dziesi˛eciu sprawozdań jest odrzucana; 45 pkt
prezentacja seminaryjna na wybrane zagadnienie
z dziedziny bioinformatyki;
25 pkt
ogłoszenia o kursie (zmiana terminu zaj˛eć, oceny z ćwiczeń etc.) a także
instrukcje do ćwiczeń, wykłady, materiały pomocnicze (publikacje,
dokumentacja oprogramowania używanego w trakcie ćwiczeń etc.) b˛eda˛
udost˛epniane na stronach http://bioinfo.mol.uj.edu.pl
K SI A˛ŻKI
Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis, DW Mount, ***, obszerne omówienie
podstawowych zagadnień bioinformatyki (cena od 80 do 150 USD)
Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, AD Baxevanis
˛
której niestety bliżej do beletrystyki niż
& BFF Outellette, *, dobrze napisana ksiażka,
podr˛ecznika; wydanie polskoj˛ezyczne w przygotowaniu (cena ok. 90 USD lub ok. 65 zł)
Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids, R
Durbin, S Eddy, A Krogh, G Mitchison, **, bardzo dobra ksiażka
˛
– niestety omówienie
tylko waskich
˛
zagadnień: metody dopasowania sekwencji (B1), macierze podstawień
(B1), HMM (B2). Algorytmy heurystyczne (BLAST, FASTA) omówione bardzo
pobieżnie (cena: 40 USD).
W YKŁADY
10.X Struktura i organizacja kursu
17.X Uliniowienia wielosekwencyjne
podstawowe definicje i zastosowania
edycja uliniowień wielosekwencyjnych
metody wyznaczania uliniowień wielosekwencyjnych
ocena jakości uliniowienia
24.X Progresywne metody wyznaczania uliniowień wielosekwencyjnych
ClustalW, T-coffee, Muscle
bazy uliniowień referencyjnych
7.XI Probabilistyczne modele sekwencje białek i kwasów nukleinowych
łańcuchy Markowa
ukryte modele Markowa
HMMER i baza PFAM
14.XI Domenowa architektura białek
motywy sekwencyjne i sygnatury białkowe (PROSITE, PRINTS)
domeny (CDD, SMART, ProDom)
W YKŁADY – CD .
21.XI Analiza kontroli metabolicznej
28.XI Molekularna analiza filogenetyczna I.
podstawowe definicje i zastosowania
modele podstawień nukleotydowych
pakiet PHYLIP
5.XII Molekularna analiza filogenetyczna II.
metody wyznaczania drzew filogenetycznych
metody randomizacyjne
12.XII Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych
metody (klasyfikacja danych, ocena jakości klasyfikatora, heurystyka (NN, SVM,
kNN), wizualizacja danych wielowymiarowych (PCA, SOM))
zastosowania (wybrane aspekty numerycznej analizy danych z mikromacierzy,
klasteryzacja hierarchiczna, klasyfikacja profili ekspresji genów)
Ć WICZENIA I SEMINARIA
24.X Globalne uliniowienia wielosekwencyjne
7.XI Edycja uliniowień wielosekwencyjnych
{14,21}.XI Ukryte modele Markowa
28.XI Analiza kontroli metabolicznej
5.XII Motywy sekwencyjne i sygnatury białkowe
12.XII Analiza tempa ewolucji molekularnej
19.XII Rekonstrukcja drzew filogenetycznych w pakiecie
PHYLIP
9.I Seminarium I
16.I Seminarium II
23.I Mikromacierze
30.I Przewidywanie struktury przestrzennej białek
S PRAWOZDANIA Z ĆWICZE Ń – FORMAT
Sprawozdania z ćwiczeń należy dostarczać w terminie do 7 dni od
wykonania danego ćwiczenia.
Sprawozdanie z ćwiczeń powinno być dostarczone w postaci
pojedynczego pliku w formacie PDF (Adobe Portable Document
Format).
Ogólnodost˛epny pakiet biurowy OpenOffice umożliwia bezpośrednie
tworzenie dokumentów PDF. Aby tworzyć takie dokumenty w oparciu o
komercyjny MicrosoftOffice można użyć programu pdf995
(http://www.pdf995.com).
Wielkość pliku z deponowanym sprawozdaniem nie może przekroczyć
2 MB. W uzasadnionych przypadkach sprawozdanie może zawierać
powiazania
˛
hipertekstowe do plików/dokumentów nie zawartych w
deponowanym archiwum plikowym, a znajdujacych
˛
si˛e na serwerze
bioinfo w udost˛epnionym poprzez sieć internet katalogu (np.
http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/students/
binf2_A0/data/EditMSA/jalview.eps).
S PRAWOZDANIA Z ĆWICZE Ń – ZAWARTO Ś Ć
Podstawowe dane dotyczace
˛ sprawozdania zebrane w tabeli na poczatku
˛ dokumentu.
Anastazja Wierutna
Ferdynand Nielepszy
Edycja uliniowień wielosekwencyjnych
binf2_A4
7.11.2005
12.11.2005
1. Opis celu ćwiczenia (lub puste miejsce jeśli tekiego celu nie udało si˛e ustalić ;-))
2. Odpowiedzi na pytania postawione w instrukcji do ćwiczeń, rozwiazania
˛
zadań i
interpretacj˛e uzyskanych wyników należy podawać w stabelaryzowanej formie,
powołujac
˛ si˛e na punkt instrukcji, którego dana odpowiedź dotyczy, np.
2 / 8 ... tak (por. rysunek 3, źródło: LabEditMSA/clustalx-2_8.msf)
3 / 4 ...
gdzie lokalizacja pytania/zadania w instrukcji podawana jest w formacie
numer etapu / podpunkt w pierwszej kolumnie tabeli.
3. Jeśli instrukcja do ćwiczeń zawierała zadania dodatkowe i obowiazkowa
˛
cz˛eść ćwiczenia
została w całości wykonana, w tej cz˛eści sprawozdania może znaleźć si˛e opis
rozwiazania
˛
zadań dodatkowych w formie jak powyżej.
D EPONOWANIE SPRAWOZDA Ń I PREZENTACJI
proces deponowania zachodzi na drodze elektronicznej
każda grupa ćwiczeniowa otrzymuje kart˛e haseł jednorazowych, na
której każdemu ćwiczeniu/prezentacji przyporzadkowany
˛
jest określony
kod
każdy kod można użyć tylko jeden raz, co oznacza, że dla danego
ćwiczenia nie można wysyłać kolejnych wersji sprawozdania/prezentacji
czas zdeponowania sprawozdania zachowywany jest na serwerze
ćwiczeniowym; sprawozdania należy oddawać do 7 dni od zakończenia
ćwiczeń, opóźnienia (max. 2 tygodnie) wpłyna˛ na obniżenie oceny
prezentacje należy deponować do 20.I.2006
K ARTA KODÓW
identyfikator grupy
ćwiczeniowej
hasło (bioinfo.mol.uj.edu.pl)
:
binf2_A4
: BDCV16K7
identyfikator ćwiczenia
: kod ćwiczenia
test :
86672
numer 1 :
37621
numer 2 :
38663
numer 3 :
46333
43399
numer 4 :
numer 5 :
11607
numer 6 :
90674
numer 7 :
63893
numer 8 :
91173
numer 9 :
95249
numer 10 :
95240
prezentacja 1:
68032
prezentacja 2:
32086
prezentacja 3:
20368
S EMINARIA
szczegółowe kryteria oceny prezentacji oraz lista zagadnień do wyboru
(wraz z odnośnikami literaturowymi) zostana˛ podane w terminie do
16.XI.2005.
czas prezentacji: 20min, forma: Adobe PDF (pdflatex/pdfscreen),
OpenOffice Impress, MicrosoftOffice PowerPoint)
podstawa˛ ocenienia prezentacji seminaryjnej, jest jej przygotowanie,
wygłoszenie oraz zdeponowanie na serwerze bioinfo w terminie do
20.I.2006.