Protein alignment

Protein alignment:
1.Z bazy http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pobierz sekwencję aminokwasową dla białka:
>45383956|Graf-Gallus
oraz domeny GAP białek:
>6433901|Graf Homo
>14587851|Graf2
>3024550|p50-RhoGAP
>66346662|bpgap1
>29469071|grit
>68299128|ARAP1
>108861903|Dlc-1
>4505507|oligophrenin 1
>116174786|PSGAP
>62286899|GMIP
>8886143|p190-A
>95091875|ARHGAP6
2.Utwórz plik *.txt z pobranymi sekwencjami
3.Przy pomocy programu ClustalW dokonaj alignmentu http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
4.W katalogu lokalnym zapisz plik *.aln
5.W programie JalView utwórz drzewo filogenetyczne na podstawie % identyczności
sekwencji, posortuj alignment na tej podstawie
6.Przeprowadź wizualizacje alignmentu w programie ESPript:
http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/ z zaznaczeniem elementów strukturalnych GrafGallus (pdb:1F7C - http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do ), zapisz jako *.pdf oraz
*.tif (rozdzielczość 300 dpi)