Zapytanie ofertowe nr 12/2013387.78 kB - Inno

Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
Gdańsk, dnia 13.12.2013 r.
ZAPYTANIE OFERTOWE nr 12/2013
Zakup specjalistycznego oprogramowania do komputerowej pracowni
chemicznej
dla uczestników Projektu
„Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie
agrochemii, chemii i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
Program Operacyjny Kapitał Ludzki (PO KL)
Priorytet IV, Szkolnictwo Wyższe i Nauka
Działanie 4.1 Wzmocnienie i rozwój potencjału dydaktycznego uczelni oraz
zwiększenie liczby absolwentów kierunków o kluczowym znaczeniu dla gospodarki
opartej na wiedzy.
Poddziałanie 4.1.2. Zwiększenie liczby absolwentów kierunków o kluczowym
znaczeniu dla gospodarki opartej na wiedzy.
Zamawiający:
Nazwa : UNIWERSYTET GDAŃSKI W GDAŃSKU
Adres : 80-952 GDAŃSK, UL. BAŻYŃSKIGO 1A
NIP 584-020-32-39
SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA:
Przedmiotem zamówienia jest zakup specjalistycznego oprogramowania do pracowni
komputerowych Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego.
Opis przedmiotu zamówień:
1. Nazwa oprogramowania: HyperChem ver. 8.0, ACD ChemSketch.
2. Specyfikacja:
HyperChem ver. 8.0:
a) Typy obliczeń:
 Obliczenia energii przy zdefiniowanej geometrii (single point);
 Optymalizacja energii układu;
 Obliczanie widm wibracyjnych;
 Poszukiwanie stanu przejściowego;
 MD;
Projekt „Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie agrochemii, chemii
i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
BIURO PROJEKTU: Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii ul. Wita Stwosza 63, 80-952 Gdańsk, pok. F118
e-mail: [email protected], [email protected], tel. 58 523 51 50
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego






Klasyczne trajektorie ruchu cząstek;
Pola siłowe do opisu kolizji;
Badanie wpływu temperatury na proces;
Dynamika Langevin;
Metropolis MC;
Stany wzbudzone - oddziaływania konfiguracyjne CI.
b) Metody obliczeniowe:
 DFT;
 Ab initio QM
o Duży wybór funkcji bazowych od STO-1G do D95** (w tym STO-3G, 321G*, 6-31G**)
o Dodatkowe funkcje bazy (s, p, d, sp, spd) Możliwość edycji funkcji bazy;
 Półempiryka QM
o CNDO
o INDO
o MINDO/3
o MNDO
o MNDO/d
o AM1
o RM1
o PM3 (obsługa metali przejściowych)
o ZINDO/1
o ZINDO/S;
 MM (Mechanika Molekularna)
o Cztery pola siłowe do zastosowań ogólnych
o Pola siłowe dedykowane dla cząsteczek organicznych (Amber, BIO,
OPLS);
 Techniki sprzężone
o Możliwość obliczeń QM na fragmencie układu i traktowanie pozostałe
części układu (np. rozpuszczalnika) w sposób klasyczny.
c) Zestaw umożliwia również obsługę wzorów strukturalnych w formie
graficznej:
 Oznaczanie, obracanie, przesuwanie, zmianę rozmiaru za pomocą myszy;
 Konwersja tworzonych obrazów 2D na 3D;
 Zamiany dowolnego wodory we wzorze strukturalnym na wybrany podstawnik;
Projekt „Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie agrochemii, chemii
i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
BIURO PROJEKTU: Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii ul. Wita Stwosza 63, 80-952 Gdańsk, pok. F118
e-mail: [email protected], [email protected], tel. 58 523 51 50
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego






Dowolne definiowanie długości wiązań, kątów między wiązaniami, katów
torsyjnych.;
Definiowanie atomów, ładunku oraz masy;
Tworzeni klasterów cząsteczkowych (przesuwanie pojedynczych atomów jaki
grup atomów w klasterze;
Budowanie białek i kwasów nukleinowych z wykorzystaniem bibliotek
aminokwasów i zasad;
Badanie solwatacji przy wykorzystaniu periodycznych pudełek symulacyjnych;
Import struktur z wielu formatów:
o Brookhaven *.PDB
o ChemDraw *.CHN
o MAPC Z-matrix
o MDL *.MOL
o ISIS *.Sketch
o Tripos *.MOL2.
d) Wyświetlanie struktur:
 Wyświetlanie struktur przy wykorzystaniu:
o „kulek i patyków"
o „kulek i cylindrów"
o „sfer"
o „patyków"
o „rurek";
 Dowolne definiowanie promieni „sfer" i szerokości „cylindrów";
 Dodawanie wizualizacji oddziaływań Van der Walsa do dowolnej struktury;
 Zachowanie perspektywy przy wyświetlaniu;
 Definiowanie rozdzielczości obrazu;
 Wybieranie grupa atomów i ich oznaczenie w celu późniejszej obserwacji;
 Definiowalne etykiety poszczególnych atomów;
 Wyświetlanie szkieletów białek (wstążki, /^-kartki, spirale itp.);
 Wizualizacja wiązań wodorowych;
 Wyświetlanie momentów dipolowych, wektorów gradientów;
 Wizualizacja wibracji cząsteczek.
Projekt „Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie agrochemii, chemii
i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
BIURO PROJEKTU: Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii ul. Wita Stwosza 63, 80-952 Gdańsk, pok. F118
e-mail: [email protected], [email protected], tel. 58 523 51 50
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
ACD ChemSketch:
• Rysowanie wzorów strukturalnych 2D i 3D;
• Optymalizacja (oczyszczanie) narysowanej struktury;
• Rysowanie reakcji i ścieżek reakcji;
• Rysowanie aparatury laboratoryjnej;
• Rysowania diagramów, grafów itp.;
• Generowanie nazw (systematycznych, InChi, Smiles) na podstawie struktury;
• Obliczanie wartości LogP;
• Zapisywanie wyników pracy w plikach PDF oraz obsługa plików MOL,
ChemDraw i szeregu plików graficznych.
TYP LICENCJI:
Dożywotnia licencja na opisane oprogramowanie z możliwością instalacji na
komputerach Wydziałowych.
Licencja będzie dostarczona do siedziby Zamawiającego.
WYMOGI FORMALNE:
Oferta powinna zawierać
1) Pełną nazwę oferenta oraz adres lub siedzibę.
2) Dane osoby uprawnionej do kontaktu w imieniu Wykonawcy (imię, nazwisko,
telefon, e-mail).
3) Wycenę zamówienia:
Oferuję wykonanie przedmiotu zamówienia za:
cenę netto ....................................zł.
(słownie).........................................................................................................................
.......
podatek VAT
(słownie).........................................................................................................................
.......
cenę brutto ...................................zł.
(słownie).........................................................................................................................
.......
Sposób i termin złożenia oferty
Projekt „Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie agrochemii, chemii
i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
BIURO PROJEKTU: Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii ul. Wita Stwosza 63, 80-952 Gdańsk, pok. F118
e-mail: [email protected], [email protected], tel. 58 523 51 50
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
Oferta powinna być sporządzona w języku polskim i podpisana przez osobę
upoważnioną. Podpisany skan oferty powinien zostać przesłany na adres:
[email protected]
Ofertę prosimy złożyć do dnia 20.12.2013 r.
Osoba do kontaktu: Michał Bujak, tel. 723 969 508
e-mail: [email protected]
Niniejsze zapytanie ofertowe nie jest zamówieniem i otrzymanie od Państwa oferty
nie powoduje powstania zobowiązania wobec stron.
Zamawiający
informuje,
że
przedmiot
niniejszego
zapytania
będzie
współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu
Społecznego w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.
Projekt „Kształcenie kadr dla innowacyjnej gospodarki opartej na wiedzy w zakresie agrochemii, chemii
i ochrony środowiska (Inno-AgroChemOś)”
BIURO PROJEKTU: Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii ul. Wita Stwosza 63, 80-952 Gdańsk, pok. F118
e-mail: [email protected], [email protected], tel. 58 523 51 50