„Chemia Strukturalna” – laboratorium, sem. Letni 2011/2012

Chemia, I rok, II stopień
Sp. Nieorganiczna
„Chemia Strukturalna” – laboratorium, sem. Letni 2011/2012
Ćwiczenie 1
Grupy punktowe dwuwymiarowe i trójwymiarowe (powtórzenie), programy Gplans i Kryst1:
wykonywanie rzutów elementów symetrii danych grup na płaszczyznę xy,
pozycje szczególne i ogólne punktów w danej grupie punktowej.
Ćwiczenie 2
Opis struktury cząsteczek na podstawie danych geometrycznych (długość wiązania, kąt walencyjny i kąt
torsyjny); wprowadzenie i zastosowanie programu Mercury:
określanie wzoru strukturalnego cząsteczek węglowodorów na podstawie długości wiązań,
opis wielościanów koordynacyjnych (określanie liczb koordynacyjnych) na podstawie wartości katów
walencyjny (zbiory Cu-kompleks.cif, Li-kompleks.cif i dane z CSD),
określanie konformacja układów cyklicznych i acyklicznych – kąty torsyjne (zbiory androst.cif, di-trisach.cif i dane z CSD).
Ćwiczenie 3
Struktura zbioru *.res; wykorzystanie programu Mercury:
przygotowanie zbioru *.res na podstawie danych z publikacji
wyznaczanie i analiza danych strukturalnych (dane krystalograficzne, długości, wiązań, kąty walencyjne i
torsyjne, wyznaczanie płaszczyzny sieciowej, itp.).
Ćwiczenie 4
Analiza struktury cząsteczek (wykorzystanie programu Mercury):
wyznaczanie i analiza danych strukturalnych (dane krystalograficzne, długości, wiązań, kąty walencyjne i
torsyjne, wyznaczanie płaszczyzny sieciowej, itp.),
opis różnic konformacyjnych form polimorficznych (katalog polimorfizm (cify)),
wykorzystanie danych geometrycznych do obliczania objętości cząsteczek ‘izolowanych’,
Ćwiczenie 5
Analiza struktury kryształu (wykorzystanie programu Mercury):
opis sposobów upakowania cząsteczek w krysztale,
analiza sposobu oddziaływania - wiązanie wodorowe: parametry charakteryzujące wiązanie wodorowe,
sposoby asocjacji (zbiory hydrogen-bond.cif i w-wodor-3kompl.cif),
wpływ rozpuszczalników (solwaty i hydraty) na asocjację cząsteczek (zbiór solwaty.cif).
Ćw. 6 i 7.
Krystalograficzna Baza Danych (Cambridge Structural Database – CSD):
sposoby definicji testu,
testy tekstowe i numeryczne,
operatory logiczne,
definiowanie parametrów geometrycznych,
analiza wyników testu,
zapisywanie wyników testu (zbiory *.cqs, *.cif, *.res, *.pdf).
Ćw. 8 i 9.
Nieorganiczna baza danych (Inorganic Crystal Structure Database – ICSD)
sposoby definicji testu,
testy Chemistry, Symmetry, References,
operatory logiczne (and, or, ...),
analiza wyników testu,
wykorzystanie ICSD - polimorfizm pierwiastków
wizualizacja wyników (Vizualize – wykorzystanie opcji programu),
zapisywanie wyników testu (zbiory *.lst, *.txt, *.cif, *.vis).
Ćw. 10 (w zależności od czasu)
Analiza strukturalna cząsteczek/kryształów na podstawie publikacji naukowych.
Krystalograficzna Baza Danych (CSD) – testy zaawansowane, definiowanie parametrów strukturalnych,
Vista...- rozkłady statystyczne.
Układy supramolekularne.