Co każdy bioinformatyk o życiu wiedzieć powinien

Jakub Mateusz Kowalski
Co każdy bioinformatyk
o życiu wiedzieć powinien
– czyli biologiczne podstawy bioinformatyki.
Bioinformatyka –
wykorzystanie technik
informatycznych w badaniach
biologicznych:
- symulacje
- przetwarzanie danych
(głównie sekwencji DNA)
Biologia – nauka badająca
życie.
Życie – zjawisko polegające
na istnieniu dynamicznych
struktur zdolnych
do samopowielania się
i ewolucji.
Biolodzy zajmują się głównie
komórkowymi formami życia.
Komórkę możemy traktować
jako system przetwarzający
informację.
Dla komórki bardzo istotną rolę
grają białka:
- stanowią budulec
- przeprowadzają reakcje
chemiczne
- sterują komórką
Białka – biopolimery złożone z
aminokwasów połączonych
wiązaniem peptydowym.
Właściwości białek zależą od
ich sekwencji aminokwasów –
skąd komórka wie, jak
ustawić aminokwasy?
Plany budowy białka koduje
DNA w postaci genów.
Upakowanie DNA:
- Eucariota:
- nukleosomy
- włókna chromatynowe
- chromosomy
- Procariota:
- nukleoid (kenofor, prokarion)
- plazmidy
Chromosomy:
- biblioteki DNA
- gen, locus, allel
- diploidalność i haploidalność
- mitoza
- mejoza
- crossing-over
- centymorgany
Replikacja DNA:
- różnice między Eucariota
a Procariota
- inicjacja
- widełki replikacyjne
- nić wiodąca i nić opóźniona
Transkrypcja:
- jednostka transkrypcji:
- promotor
- Procariota (-35, -10)
- Eucariota (kompleks
preinicjacyjny PIC)
- kontrola transkrypcji
- terminator
Transkrypcja C.D.:
- inicjacja, elongacja,
terminacja
- Eucariota:
- poliadenylacja, kapowanie
- splicing, edycja
- snRNA, rRNA, tRNA
- retrotranskryptaza
Kod genetyczny:
- trójkowy*
- czteroliterowy
- zdeterminowany
- zdegenerowany
- niezachodzący*
- bezprzecinkowy*
- uniwersalny*
Kod
mitochondrialny
Translacja:
- (aktywacja)
- inicjacja
- elongacja
- terminacja
Techniki biologiczne (DNA):
- wycinanie i wklejanie
- powielanie:
- PCR
- klonowanie (DNA, cDNA)
- wyszukiwanie
- sekwencjonowanie
- pomiar długości