Prof. Mariusz Jaskolski Poznań, 21 września 2012 Zakład

Prof. Mariusz Jaskolski
Zakład Krystalografii UAM
Poznań, 21 września 2012
Biokrystalografia
Wykład dla studentów kierunku Bioinformatyka
Semestr zimowy 2012/13
Poniedziałek, godz. 18:00-19:30, sala 352, Coll. Chemicum Novum
Piątek, godz. 13.15-14.45, sala 352, Coll. Chemicum Novum
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
Symetria punktowa, układy krystalograficzne, grupy punktowe
Symetria translacyjna, sieci Bravais'go, grupy przestrzenne; enancjomorfizm
Symbole węzłów, prostych, wskaźniki płaszczyzn sieciowych; obliczanie geometrii molekuł; sieć odwrotna
Konwencjonalne, synchrotronowe i laserowe źródła promieniowania rentgenowskiego; dyfrakcja promieniowania
rentgenowskiego na kryształach
Konstrukcja Ewalda; metoda oscylacyjna; metoda Lauego; dyfrakcja na włóknach i strukturach helikalnych
Czynnik struktury; działania na liczbach zespolonych; wykres Arganda; elementy teorii transformacji Fouriera;
funkcja Pattersona
Problem fazowy i metody jego rozwiązania: metody bezpośrednie; metoda podstawienia izomorficznego MIR Perutza
i diagram Harkera; metoda podstawienia cząsteczkowego MR; rozpraszanie anomalne i metoda dostrojonej dyfrakcji
anomalnej MAD Hendricksona
Mapy gęstości elektronowej; budowa modelu; ulepszanie faz
Udokładnianie struktur makromolekularnych; metoda najmniejszych kwadratów; metoda największej wiarogodności;
symulacja dynamiki molekularnej; więzy stereochemiczne; biblioteki stereochemiczne dla makromolekuł; wykres
Ramachandrana
Rozdzielczość, ocena jakości modelu struktury; wiarygodność modeli; rzetelność naukowa; walidacja i problem
nadinterpretacji danych; deponowanie struktur makromolekularnych w Protein Data Bank (PDB)
Wiązania i oddziaływania chemiczne; konwencjonalne i nietypowe wiązania wodorowe; elementy krystalochemii
Anatomia i taksonomia zwoju białkowego; defekty konformacyjne i struktura agregatów amyloidowych
Anatomia kwasów nukleinowych
Wybrane przykłady kompleksów makromolekularnych struktura rybosomu; struktury helikalne i superhelikalne;
triangulacja wirusów ikozaedrycznych
Krystalizacja białek
Literatura
1.
2.
3.
4.
M. Jaskólski, Krystalografia dla biologów, Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań, 2010.
Z. Kosturkiewicz, Metody krystalografii, wyd. 2, Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań 2004
B. Rupp, Biomolecular Crystallography, Garland Science, 2010.
A. Lesk, Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics, Oxford U. Press 2010.