Ramowy zakres zagadnień realizowanych na zajęciach z Podstaw

Ramowy zakres zagadnień realizowanych na
zajęciach z Podstaw Bioinformatyki
Wiktor Beker, Mateusz Jasik
3 października 2016
Przedstawiony poniżej spis zagadnień ma charakter ramowy. Szczegółowy
harmonogram zajęć oraz terminy kartkówek zostaną ustalone w trakcie trwania
semestru, w zależności od rozwoju sytuacji.
1. Wprowadzenie. Obsługa komputera z systemem Linux. Podstawy obsługi
powłoki bash - poruszanie się po systemie plików. Prawa dostępu. Obsługa
edytora nano i praca zdalna (PuTTY i WinSCP).
Kartkówka: Linux (5 ptk)
2. Podstawy Pythona. Obsługa interpretera. Podstawowe pojęcia: wyrażenia (expression), zmienne, typy zmiennych i konwersja typu. Obsługa
wejścia/wyjścia (funkcje input, raw_input i print).Wbudowana pomoc
(funkcje dir i help).
3. Instrukcje warunkowe (bloki if ... elif ... else). Wyrażenia logiczne.
Kartkówka: Instrukcje warunkowe (5 ptk)
4. Postawowe struktury danych- listy. Instrukcje iteracyjne- pętla for. Funkcja range.
Kartkówka: Listy i pętle (5 ptk)
5. Pętla warunkowa while.
6. Biotechnologiczne bazy danych (PDB,Uniprot).
7. Operacje na obiektach łańcuchowych (typ string, metody split, strip,
join). Formatowanie obiektów łańcuchowych. Odczyt danych z pliku oraz
zapis do pliku.
Kartkówka: Bazy danych i Python (10 ptk)
1