Mikrobiologia III rok - Wydział Farmaceutyczny

Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
Mikrobiologia
1. Metryczka
WYDZIAŁ FARMACEUTYCZNY
Nazwa Wydziału:
Z ODDZIAŁEM MEDYCYNY LABORATORYJNEJ
ANALITYKA MEDYCZNA, STUDIA JEDNOLITE
Program kształcenia
MAGISTERSKIE, STACJONARNE I NIESTACJONARNE
Rok akademicki:
2016/2017
Nazwa modułu/przedmiotu:
MIKROBIOLOGIA
Kod przedmiotu
am_s_s0
Jednostka/i prowadząca/e kształcenie
ZAKŁAD MIKROBIOLOGII FARMACEUTYCZNEJ
Kierownik jednostki/jednostek
PROF. DR HAB. STEFAN TYSKI
Rok studiów
III
Semestr studiów (semestr, na którym
realizowany jest przedmiot):
V
Typ modułu/przedmiotu
kierunkowy
Prof. dr hab. Stefan Tyski, dr Anna Pietruczuk-Padzik, mgr Izabela
Osoby prowadzące
Maciąg, mgr Iwona Makuch
Erasmus TAK/NIE
NIE
Osoba odpowiedzialna za sylabus
Mgr Iwona Makuch
Liczba punktów ECTS:
15
2. Cele kształcenia
1. Poznanie podstawowych zagadnień mikrobiologii ogólnej i lekarskiej, w tym lekooporności drobnoustrojów
chorobotwórczych.
2. Poznanie podstawowych metod pracy w laboratorium mikrobiologicznym w zakresie bakteriologii, mikologii i
wirusologii, w tym zasad BHP, klasycznych metod diagnostyki mikrobiologiczno-lekarskiej, metod biologii
molekularnej i serologii, stosowanych w badaniach drobnoustrojów, praktycznych aspektów badań różnych
materiałów klinicznych oraz badań lekooporności drobnoustrojów.
3. Poznanie zasad interpretacji wyników badań diagnostyczno-mikrobiologicznych w medycynie.
Strona 1 z 7
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
2.
Wymagania wstępne
1. Student zna podstawy biologii, w tym genetyki, chemii i biochemii z zakresu szkoły średniej oraz I i II roku studiów.
2. Student zna budowę i funkcjonowanie organizmu człowieka, jego narządów i tkanek.
3. Student potrafi posługiwać się podstawowym sprzętem laboratoryjnym oraz mikroskopem.
3.
Przedmiotowe efekty kształcenia
Lista efektów kształcenia
Symbol przedmiotowego
efektu kształcenia
W1
W2
W3
W4
W5
W6
W7
W8
U1
U2
Treść przedmiotowego efektu kształcenia
zna podstawy metodyczne badań analitycznych (w tym:
rozdzielczych, fotometrycznych, spektrometrycznych,
elektrochemicznych, immunochemicznych, analizy
enzymów i substratów, kwasów nukleinowych) i ich
zastosowanie w medycynie laboratoryjnej w zakresie
badań mikrobiologicznych
zna rodzaje i charakterystykę materiału biologicznego,
zasady i metodykę pobierania, transportu,
przechowywania i przygotowania do analizy (w tym:
miejsce i czas pobrania, wpływ czynników
interferujących, dobór antykoagulantów, utrwalaczy i
podłóż transportowych, temperatury), dotyczące specyfiki
materiałów pobieranych do badań mikrobiologicznych
Odniesienie do efektu
kierunkowego (numer)
KW_11
M2_W03
M2_W07
KW_22
M2_W03
M2_W07
zna patogenezę, patomechanizm, epidemiologię, główne
objawy kliniczne, metody diagnostyki i zasady leczenia
najważniejszych chorób wywołanych przez bakterie,
grzyby i wirusy
KW_30
M2_W03
zna teoretyczne i praktyczne aspekty diagnostyki
mikrobiologicznej oraz jej znaczenie dla rozpoznawania
zakażeń, prognozowania przebiegu oraz oceny
lekowrażliwości
KW_31
M2_W03
zna diagnostykę serologiczną chorób infekcyjnych oraz
jej znaczenie dla rozpoznawania, różnicowania,
monitorowania przebiegu choroby i oceny efektów
leczenia w zakresie badań diagnostycznych
drobnoustrojów, które przeprowadzane są w
laboratoriach mikrobiologicznych
zna podstawowe techniki badawcze cytogenetyki i
biologii molekularnej i ich zastosowanie w diagnostyce
chorób nie-infekcyjnych i infekcyjnych w zakresie biologii
molekularnej
zna metody oceny czynności układu immunologicznego
we wrodzonych i nabytych zaburzeniach odporności
rozumie zasady funkcjonowania aparatury stosowanej w
medycynie laboratoryjnej
potrafi wyjaśnić pacjentowi lub zleceniodawcy wpływ
czynników przedlaboratoryjnych na jakość wyniku (w tym,
konieczność powtórzenia badania) w zakresie
dotyczącym badań mikrobiologicznych
potrafi pobierać materiał do badań, ocenić jego
przydatność, przechowywać i przygotowywać do analizy
Strona 2 z 7
M2_W07
M2_W07
KW_33
M2_W03
M2_W07
KW_35
M2_W03
M2_W07
KW_36
M2_W03
M2_W07
KW_16
M2_W07
K_U01
M2_U01
M2_U03
M2_U04
M2_U07
K_U05
M2_U01
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
w przypadku materiałów do badań mikrobiologicznych,
których pobranie może odbywać się w laboratorium
mikrobiologicznym
4.
5.
M2_U06
U3
umie dobrać optymalne metody analityczne i ocenić
wiarygodność wyników tych analiz w przypadku wyników
badań mikrobiologicznych
K_U06
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
U4
potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki laboratoryjnych
badań mikrobiologicznych w zakresie ogólnym (w tym
przygotowywać podłoża mikrobiologiczne wykonywać
różne techniki posiewów, zakładać hodowle, oceniać
wzrost drobnoustrojów, przygotowywać i oceniać
preparaty bakteriologiczne, wykonywać podstawowe
próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne, oceniać
lekowrażliwość)
K_U21
M2_U02
M2_U04
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
U5
potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki laboratoryjnych
badań mikrobiologicznych przez zapewnienie
odpowiednich warunków pracy (w tym: potrafi
kontrolować procesy sterylizacji, czystość
mikrobiologiczną środowiska, właściwą dezynfekcję rąk i
dobór odpowiednich środków dezynfekcyjnych)
U6
potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki laboratoryjnych
badań mikrobiologicznych w zakresie badań konkretnych
grup drobnoustrojów – bakterii i grzybów (w tym
wykonywać próby identyfikacyjne i oznaczenie
lekowrażliwości z uwzględnieniem specyfiki grupy)
U7
potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki laboratoryjnych
badań mikrobiologicznych w zakresie badań materiałów
klinicznych (w tym: dobór materiału badanego, pobranie i
opracowanie, posiewy, barwienia, ocena wzrostu i
preparatów, antybiogram) oraz ocenić uzyskane wyniki w
odniesieniu do określonej patologii lub jednostki
chorobowej
U8
potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki badań
cytogenetycznych i molekularnych (w tym: analiza
kariotypu, genów i czynników infekcyjnych) oraz
profesjonalnie opracować i interpretować wyniki tych
analiz w zakresie badań molekularnych czynników
infekcyjnych
K_U21
M2_U02
M2_U04
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
K_U21
M2_U02
M2_U04
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
K_U21
M2_U02
M2_U04
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
K_U24
M2_U01
M2_U02
M2_U04
M2_U05
M2_U06
M2_U07
M2_U08
Formy prowadzonych zajęć
Minimalna liczba osób
w grupie
Forma
Liczba godzin
Liczba grup
Wykład
30
1
Seminarium
Nie dotyczy-
Nie dotyczy
Nie dotyczy
Ćwiczenia
120
3/6
10/5
Tematy zajęć i treści kształcenia
Strona 3 z 7
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
W1-W4 Wykład 1- 4: Mikrobiologia i jej historia. Rozwój i znaczenie mikrobiologicznej diagnostyki. Organizmy
prokariotyczne i eukariotyczne, wirusy, podstawy systematyki i taksonomii drobnoustrojów. Budowa komórki
bakteryjnej, funkcje jej składników, formy przetrwalnikowe. Biochemia drobnoustrojów, hodowle drobnoustrojów.
Podstawy genetyki drobnoustrojów. W1, W6
W5 Wykład 5: Bakterie istotne klinicznie – charakterystyka, chorobotwórczość i mechanizmy patogenezy, leczenie. W1,
W3, W4, W5
W6 Wykład 6: Antybiotyki i chemioterapeutyki – mechanizmy działania i oporności. W4, W8
W7 Wykład 7: Grzyby chorobotwórcze, grzybice, leki przeciwgrzybicze. W1, W3
W8-W9 Wykład 8-9: Podstawy wirusologii, wirusy chorobotwórcze dla ludzi, choroby wirusowe. W1, W3
W10 Wykład 10: Szczepionki, szczepienia, preparaty przeciwciał, bakteriofagi, zakażenia szpitalne. W5, W7
W11 Wykład 11: Funkcjonowanie i wyposażenie nowoczesnego laboratorium mikrobiologicznego w szpitalu. W1, W5
C1 – C2 BHP w laboratorium mikrobiologicznym. Techniki posiewów drobnoustrojów. Podłoża mikrobiologiczne –
ogólna charakterystyka i podział. Przygotowywanie i barwienie mikroskopowych preparatów mikrobiologicznych. W1,
U4
C3 – Wybrane próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne stosowane w identyfikacji drobnoustrojów. W1, W5, U4,
C4 – Dezynfekcja i antyseptyka – definicje; grupy środków dezynfekcyjnych i antyseptycznych; zasady postępowania
przy skażeniu materiałem biologicznym; mycie i dezynfekcja rąk oraz walidacja kompetencji higieny rąk. Badanie
czystości mikrobiologicznej środowiska (powietrze, powierzchnie). W1, U5
C5 – Sterylizacja- metody sterylizacji, kontrola sterylizacji – fizyczna, chemiczna i biologiczna. Przygotowywanie
podłoży bakteriologicznych W1, U4, U5
C6-7 - Metody oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów (dyfuzyjno-krążkowa, E-testy, MIC, MBC). Metody liczenia
drobnoustrojów. Metody typowania drobnoustrojów. Stosowanie zestawów komercyjnych w diagnostyce
mikrobiologicznej W1, U4
C8-9 - Metody diagnostyki molekularnej w mikrobiologii - rodzaje i znaczenie plazmidów naturalnie występujących w
bakteriach; analiza wzorów plazmidowych; PCR i jej odmiany. Metody molekularne w epidemiologii: RAPD, RFLP,
PFGE, rybotypowanie. Diagnostyka drobnoustrojów trudnych w hodowli z wykorzystaniem metod
molekularnych.ypowanie. Diagnostyka drobnoustrojów trudnych w hodowli z wykorzystaniem metod molekularnych.
W6, U8
C10 - Repetytorium z mikrobiologii ogólnej i diagnostyki molekularnej. W1, W5, W6
C11- Rodzaj Mycobacterium - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka,
lekowrażliwość. Drobnoustroje wywołujące choroby przenoszone drogą płciową W3, W4, U6
C12 – Rodzaj Staphylococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka,
lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki. Rodzaj Micrococcus - ogólna charakterystyka, różnicowanie z
rodzajem Staphylococcus. W3, W4, U6
C13 – Rodzaje: Streptococcus, Enterococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość,
diagnostyka, lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki W3, W4, U6
C14 - Rodzaje Corynebacterium, Listeria - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość,
Strona 4 z 7
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
diagnostyka W3, W4, U6
C15- Grzyby - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady
postępowania z materiałem klinicznym pobieranym do badań mykologicznych. W3, W4, U6
C16 - Rodzaj Bacillus. Beztlenowce - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, metody
hodowli, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady postępowania z materiałem klinicznym pobieranym w kierunku
beztlenowców W3, W4, U6
C17-18 - Gram-ujemne pałeczki niewybredne: fermentujące (rodzina Enterobacteriaceae) i niefermentujące oraz Gramujemne pałeczki wybredne- ogólna charakterystyka, najważniejsze rodzaje i gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka,
lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki W3, W4, U6
C19 - Repetytorium z mikrobiologii lekarskiej W3, W4
C20-27 Diagnostyka zakażeń układowych. Analiza mikrobiologiczna materiałów klinicznych - samodzielna praca
studenta pod kontrolą asystenta W2, U1, U2, U3, U7
C28 - Praca przyszpitalnego laboratorium mikrobiologicznego – organizacja pracy w laboratorium, tok badania
mikrobiologicznego, automatyzacja, metody serologiczne i genetyczne. Zakażenia szpitalne. W2, U1, U2, U3, U7
6.
Sposoby weryfikacji efektów kształcenia
Symbol
przedmiotowego
efektu
kształcenia
W1, W5,W6, U4,
U5, U8
Symbole form
prowadzonych zajęć
Sposoby weryfikacji efektu
kształcenia
Kryterium zaliczenia
C1-C10, W6
kolokwium testowe
60% poprawnych odpowiedzi
W3, W4, U6
C11-C19
kolokwium testowe
60% poprawnych odpowiedzi
W2, U1, U2, U3,
U7
C20-C28
kolokwium opisowe
51% poprawnych odpowiedzi
C20-C28
Raporty z ćwiczeń
W pełni prawidłowo opisany tok
postępowania diagnostycznego
W1-W11
Egzamin
60% poprawnych odpowiedzi
W2, U1, U2, U3,
U7
W1, W3, W4,
W5, W6, W7, W8
7.
Kryteria oceniania
Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium testowe i egzamin testowy
Ocena
Kryteria
2,0 (ndst)
poniżej 60%
3,0 (dost)
60%
3,5 (ddb)
Nieobowiązkowe
4,0 (db)
Nieobowiązkowe
4,5 (pdb)
Nieobowiązkowe
5,0 (bdb)
Nieobowiązkowe
Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium opisowe
Strona 5 z 7
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
Ocena
Kryteria
2,0 (ndst)
poniżej 51%
3,0 (dost)
51%
3,5 (ddb)
nieobowiązkowe
4,0 (db)
nieobowiązkowe
4,5 (pdb)
nieobowiązkowe
5,0 (bdb)
nieobowiązkowe
Forma zaliczenia przedmiotu: raporty z ćwiczeń
Ocena
8.
Zaliczenie bez oceny
Literatura
Literatura obowiązkowa:
1. Hryniewicz W., Mészáros J. [red]: Antybiotyki w profilaktyce i leczeniu zakażeń; Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa
2001
2. Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.: Mikrobiologia lekarska. Wyd. Lek. PZWL, Warszawa 2007
3. Kunicki-Goldfinger W. J. H.: Życie bakterii; Wyd. nowe (VII zmienione) [red.]: Baj. J., Markiewicz Z. Wyd. Naukowe
PWN, Warszawa 2005
4. Maciąg I. E., Starościak B. J. [red.]: Mikrobiologia praktyczna. Materiały do ćwiczeń dla studentów Wydziału
Farmaceutycznego i Oddziału Analityki Medycznej. Oficyna Wydawnicza WUM, Warszawa 2013
5. Heczko P.B., Wróblewska M., Pietrzyk A. [red.]: Mikrobiologia lekarska. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa
2014
6. Wolinowska R.: Metody molekularne w diagnostyce mikrobiologicznej. Oficyna Wydawnicza WUM, Warszawa, 2010
oraz uzupełnienia
7. Szewczyk E. [red]: Diagnostyka bakteriologiczna. Wydanie II zmienione, Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2013
8. Gromadecki J., Wróbel R.: Składniki aktywne występujące w preparatach dezynfekcyjnych i antyseptycznych.
Zakażenia 1/2010; s. 29-36
9. Kutrowska E.: Antyseptyki stosowane do leczenia ran i błon śluzowych oraz do celów profilaktycznych. Zakażenia
2/2009; s. 17-22
10. Röhm-Rodowald E., Jakimiak B., Chojecka A., Podgórska M.: Oporność drobnoustrojów na środki dezynfekcyjne.
Zakażenia 3/2009; s. 5-9
11. Mycie i dezynfekcja rąk oraz sterylizacja – materiały własne ZMF
12. Materiały internetowe Krajowego Ośrodka Referencyjnego ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów (www.korld.edu.pl):
Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki. Zakładki:
Rekomendacje KORLD; Rekomendacje EUCAST
Literatura uzupełniająca:
1. Baj J., Markiewicz Z. [red.]: Biologia molekularna bakterii. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2006
2. Gołąb J., Jakóbisiak M., Lasek W., Stokłosa T. [red]: Immunologia; Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2012
3. Krawczyk B., Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. Wyd. Politechniki Gdańskiej, Gdańsk 2008
4. Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red.]: Choroby zakaźne i pasożytnicze – epidemiologia i
profilaktyka. Alfa-medica press Bielsko-Biała 2007
5. Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red]: Wakcynologia. Wyd.II. Alfa-medica press, Bielsko-Biała 2007
Strona 6 z 7
Załącznik nr 1 do zarządzenia nr 54/2015 Rektora WUM z dnia 14.07.2015 r.
Załącznik nr 2 do procedury opracowywania i okresowego przeglądu programów kształcenia
6. Murray P. R., Rosenthal K. S., Pfaller M. A.: Mikrobiologia. Wyd. Elsevier – Urban&Partner, Wrocław 2011
7. Piekarowicz A.: Podstawy wirusologii molekularnej. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2004
8. Tyski S.: Antyseptyka. W: Zakażenia szpitalne. Podręcznik dla zespołów kontroli zakażeń. Red. Heczko P.B.,
Wójkowska-Mach J., Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa 2009, str. 184-202
9. Krzyściak P., Skóra M., Macura A. B. : Atlas grzybów chorobotwórczych człowieka, MedPharm Polska, Wrocław
2011
10.I. Karpiuk, S. Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. I. Nowe antybiotyki i
chemioterapeutyki dopuszczone do obrotu. Przegl. Epidemiol. 66 (4) 567-573 (2012)
11. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. II. Badania kliniczne, nowe
antybiotyki ß–laktamowe i inhibitory ß–laktamaz. Przegl. Epidemiol. 67 (1) 135-140 (2013)
12. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów do terapii przeciwbakteryjnej. III. Nowe chemioterapeutyki
przeciwbakteryjne z grupy chinolonów w badaniach klinicznych. Przegl. Epidemiol. 67 (3) 557-561 (2013)…
Kalkulacja punktów ECTS (1 ECTS = od 25 do 30 godzin pracy studenta)
9.
Forma aktywności
Liczba godzin
Liczba punktów ECTS
Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim:
Wykład
30
1
Seminarium
Nie dotyczy
Nie dotyczy
Ćwiczenia
120
4
Samodzielna praca studenta
Przygotowanie studenta do zajęć
120
4
Przygotowanie studenta do zaliczeń
165
5,5
Inne (jakie?) Przygotowanie raportów z ćwiczeń
15
0,5
15
Razem
10.
Informacje dodatkowe
Dane kontaktowe: Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej, Warszawa ul. Oczki 3, tel. 22-628.08.22, email:
[email protected]; http://zmf.wum.edu.pl/informacje_analityka
Podpis Kierownika Jednostki
Podpis osoby odpowiedzialnej za sylabus
Strona 7 z 7