Komentarz Roche - DolinaBIOtechnologiczna.pl

Komentarz Roche - DolinaBIOtechnologiczna.pl

Komentarz Roche
W nawiązaniu do wpisu, który pojawił się na naszym portalu: Skuteczność
testu na Cobas 4800 dla mutacji BRAF V600 pod znakiem zapytania
zamieszczamy komentarz firmy Roche Diagnostics:
„Autorzy z Quest sugerują, że metoda sekwencjonowania Sanger ma wyższą
czułość analityczną niż test cobas BRAF. Proszę zauważyć że w tym porównaniu
poczyniono kilka błędów metodologicznych:
– do badania testem cobas użyto jeden skrawek ( 5 um), natomiast do
sekwencjonowania od 5-10 um (duża różnica w ilości DNA) a pomimo tego metoda
Sangera dała więcej wyników nieważnych niż cobas.
– działanie testu cobas jest porównywane do metody Sangera, ale wyniki Sangera
są użyte jako referencyjne. W wielu innych badaniach wykazano, że Sanger może
dawać wyniki fałszywie negatywne oraz fałszywie pozytywne stąd do
rozstrzygnięcia niezgodności pomiędzy cobas, a Sanger powinna być użyta trzecia
metoda referencyjna, jak sekwencjonowanie nowej generacji. Tego nie uczyniono.
– częstość mutacji nie-V600E wykryta w tym badaniu jest wyższa niż w innych
doniesieniach. Biorąc pod uwagę mniejszą objętość próbki i brak metody
referencyjnej należy podać w wątpliwość dane o dotyczące częstości mutacji nieV600E. Wielokrotnie obserwowano, że Sanger nie tylko nie wykrywa mutacji, ale
może dawać nieprawidłowe wyniki.
„Poniżej znajdują się wyniki badania walidacyjnego testu cobas w którym
porównywano go z metodą Sangera, a rozbieżne wyniki rozstrzygano
sekwencjonowaniem nowej generacji (metoda 454). Oba manuskrypty
potwierdzają wyższą czułość analityczną testu cobas niż sekwencjonowania
Sanger.”
Roche
***
Detection of BRAF mutations in melanoma: Rate of mutation detection at
codon 600 using Sanger sequencing as compared to the cobas 4800
method.
Sub-category:
Melanoma
Category:
Melanoma/Skin Cancers
Meeting:
2012 ASCO Annual Meeting
Abstract No:
8596
Citation:
J Clin Oncol 30, 2012 (suppl; abstr 8596)
Author(s): Kevin Z. Qu, Qiulu Pan, Xi Zhang, Luis Rodriguez, Jennifer Uyeji,
Hairong Li, Albert Ho, Heather Sanders, Anthony Sferruzza, Daniel Jones,
Frederic Waldman, Quest Diagnostics Nichols Institute; Nichols Institute, San
Juan Capistrano, CA; Nichols Institute, Chantilly, VA; Nichols Instutute, Chantilly,
VA; Quest Diagnostics Nichols Institute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics, San
Juan Capistrano, CA
Abstract:
Background: Detection of BRAF V600 mutations is currently a prerequisite for
approved use of vemurafenib in patients with metastatic melanoma. The cobas
4800 BRAF V600 Mutation Test (Roche Molecular Diagnostics), a PCR-based
assay approved to aid in selecting patients for vemurafenib therapy, primarily
detects V600E. It is also reported to detect V600K, which has been associated
with vemurafenib response as well. We compared the mutation detection rate of
the cobas assay with that of Sanger sequencing. Methods: 125 de-identified
FFPE tissues submitted for BRAF mutation analysis that all showed histologicallyconfirmed melanoma were tested. BRAF mutations were detected using both the
cobas kit and bidirectional Sanger sequencing using BigDye kits (Applied
Biosystems). DNA was extracted from 5-um sections without macrodissection
using the cobas DNA extraction kit (for the cobas test) or from 5-10-um sections
using Agencourt extraction kits (Beckman Coulter) following macrodissection.
Results: The two methods showed agreement in 104/125 (83.2%) of cases
(Table). Sanger sequencing detected V600 dinucleotide mutations in 9 samples
that were negative by the cobas assay. Sanger sequencing produced no results in
10 cases owing to suboptimal PCR, including 2 that were positive by the cobas
assay. The cobas assay produced 2 invalid results, including 1 that was positive
for V600E by Sanger.The cobas assay detected 7/11 V600K mutations.
Conclusions: Overall agreement between cobas and Sanger sequencing was
83.2%. The Sanger method had higher analytic sensitivity, resulting in nine
additional V600 mutations not called by cobas compared to the two seen by cobas
but not Sanger sequencing. Thus, 16% (9/57) more patients would be identified as
candidates for vemurafenib therapy using the Sanger method.
Sanger
sequencing
Not
detected
V600E V600K V600R Non-600
Not detected
3a
4b
cobas
detected
40
7
Invalid
1
Total
a
56
56
44
11
2c
2
2d
2
No
result
Total
7
74
2
49
1
2
10
125
2/3 had dinucleotide mutations (GTG>GAA) and 1 had V600_K601del. b All had
dinucleotide mutations (GTG>AAG). c Both had GTG>AGG dinucleotide mutations.
d
1) G469R; 2) E501G.
Data publikacji: 19.12.2013r.