Analiza sekwencji białek - Instytut Badań Systemowych PAN

Wykład dla doktorantów
05.11.2016
Analiza sekwencji białek
Dr hab. Witold Rudnicki, prof UwB
Centrum Obliczeniowe oraz Instytut Informatyki Uniwersytetu w Białymstoku,
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego UW
Streszczenie:
Na wykładzie zostaną zaprezentowane podstawowe problemy
związane z analizą sekwencji białek oraz związku własności
fizycznych i chemicznych z ewolucją na poziomie molekularnym. W
szczególności zaprezentowane zostaną wyniki własnych badań
zmierzających do wprowadzenia nowego sposobu opisu własności
reszt aminokwasowych przez reprezentację aminokwasów jako
wektorów w czterowymiarowej przestrzeni własności.
Wpływ własności fizycznych i chemicznych aminokwasów na
ewolucję białek jest od dawna uznany, a pogląd ten jest oparty
zarówno na strukturze kodu genetycznego jak i różnych miarach
podobieństwa
aminokwasów.
Mimo
tego,
podobieństwo
aminokwasów skwantyfikowane w postaci macierzy podobieństwa nie
jest odtwarzalne z własności aminokwasów. W zaproponowanym
podejściu problem został odwrócony. Pokazano, że macierze
podobieństwa aminokwasów opisujące podobieństwa aminokwasów
dla różnych odległości ewolucyjnych można zrekonstruować
używając jednego zestawu syntetycznych własności aminokwasów,
skorelowanych z hydrofobowością, rozmiarem, kształtem i ładunkiem
elektrycznym reszty aminokwasowej. W trakcie wykładu zostanie
opisany sposób w jaki wyniki te zostały uzyskane i w jaki sposób
mogą być wykorzystane.