Męska antykoncepcja w pigułce,Nowy marker wczesnego stadium
Transkrypt
Męska antykoncepcja w pigułce,Nowy marker wczesnego stadium
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Minęło już 12 lat od zakończenia Human Genome Project i od publikacji pierwszej „wersji” sekwencji nukleotydowej referencyjnego ludzkiego genomu. Od tego czasu stale wnoszone były poprawki, które korygowały błędy i wnosiły nowe informacje. Dzięki rozwojowi technik sekwencjonowania nowej generacji najnowsza, grudniowa poprawka w końcu przybliża nas do pełnego poznania naszego własnego DNA. Jeżeli korzystamy z zasobów NCBI, UCSC czy Ensembla, niekoniecznie jesteśmy świadomi tego, jak dynamicznie zmieniają się obecnie genomowe bazy danych. Pierwszy „build”, czyli złożona dzięki Human Genome Project sekwencja ludzkiego „genomu referencyjnego” opatrzona była numerem GRCh1. Jak donosi oficjalny blog National Center for Biotechnology Information, NCBI News, w Wigilię opublikowano nową, trzydziestą ósmą już aktualizację (GRCh38). Jest to pierwsze uaktualnienie sekwencji DNA ludzkiego od 2009 roku, można się więc było spodziewać sporych zmian. Istotnie – największym przełomem w nowej edycji genomu jest pierwsza reprezentacja sekwencji centromerowych- arcytrudnych w mapowaniu regionów genomu, złożonych z wielokrotnych powtórzeń kilkunukleotydowych. W poprzednich latach otrzymanie długiego, rzetelnego odczytu sekwenogramów z centromerów było praktycznie awykonalne. Obecnie stało się to możliwe, chociaż wciąż jest trudne. Jak donoszą bioinformatycy z NCBI, w nowej wersji genomu jest tez sporo poprawek. Poczyniono je w każdym z 24 chromosomów. Co więcej, obecnie nie mamy już pojedynczego genomu referencyjnego, ponieważ pewne regiony chromosomowe występują naturalnie w różnych wariantach, co należało uwzględnić w bazie danych i przeglądarkach genomowych. Dla wszystkich, którzy zajmują się genomiką, ważną informacją jest, że nowy „build” póki co nie został opisany („zaanotowany”) i że potrwa to jeszcze około dwóch tygodni. Na razie jest on dostępny w wersji „gołej” sekwencji pod numerem GCA_000001405.15 w bazie Asembly, oraz na serwerach FTP. Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Radzimy zachować ostrożność podczas obróbki danych w oparciu o genom referencyjny w ciągu najbliższych tygodni – może się okazać, że po aktualizacji pewne wyniki analiz będą nieaktualne lub uzyskane rezultaty sprzeczne! Piśmiennictwo: 1. NCBI NEWS. New human genome assembly (GRCh38) released! 24 Dec 2013. 2. NCBI INSIGHTS. Introducing the New Human Genome Assembly: GRCh38. 24 Dec 2013. 3. Serwis BioIt Doktorat za granicą Wyjazd do innego kraju i studia doktoranckie na uczelniach zagranicznych stają się powoli standardem. Powody są różne, chcemy nie tylko podszkolić język, zapewnić sobie atrakcyjność na rynku pracy, poznać inną kulturę. W rzeczywistości doktorat w Polsce oznaczałby często zmaganie się z brakiem odpowiedniego sprzętu, stagnacją uczelni, przestarzałym i niedostępnym systemem. Ponadto bardzo często wiąże się też z zależnością finansową od rodziny lub dodatkowego miejsca zatrudnienia; a przecież i sytuacja na rynku pracy dla doktorów nie maluje się w kolorowych barwach. Jednocześnie wyjazdy są dziś dużo łatwiejsze; nietrudno zdobyć na nie fundusze. Uczelnie zagraniczne chętnie przyjmują polskich absolwentów. Dlatego wielu z nich decyduje się na opuszczenie kraju wiedząc, że doświadczenie takie będzie dla nich bardzo pożyteczne. Trend ten obserwuje się szczególnie w dziedzinach nauki obejmujących biotechnologię, biologię molekularną czy inżynierię genetyczną, czyli te dyscypliny, które dobrze, lecz wolno rozwijają się w naszym kraju (w porównaniu ze Stanami Zjednoczonymi lub Wielką Brytanią). Moim zdaniem oznacza to bardzo wiele dla polskiej nauki i gospodarki. Bowiem wyszkoleni za granicą, otwarci na nowe poglądy i pomysły, ludzie mogliby dokonać potrzebnych nam zmian, wprowadzić do polskiej nauki świeżość i potencjał. Jednak czy będą mieli oni do czego wracać i jak wielu z nich rzeczywiście zdecyduje się na ponowne zamieszkanie w kraju? Wiele takich osób zapytanych o ewentualny powrót do Polski odpowiada, że tu nie mieliby okazji robić tego, czym zajmowali się dotychczas. Po dziesięciu latach spędzonych w zagranicznych placówkach naukowych nie wyobrażają sobie powrotu. Pytają o to, kto pozwoli im stworzyć samodzielny zespół z podobną tematyką badań czy też gdzie mogliby spożytkować dotychczas zdobyte doświadczenie. Wydaje się, że w tej kwestii niezwykle potrzebna jest nie tylko zmiana sytuacji finansowej polskich uczelni, ale także bardziej przyjazny system tworzenia firm biotechnologicznych oraz wsparcie od państwa. Potrzebujemy dyskusji i współpracy specjalistów z różnych dziedzin, jeszcze lepszego dialogu między firmami i placówkami naukowymi. Jaka jest wasza opinia na temat migracji absolwentów i specjalistów? Wszelkie komentarze będą mile widziane. Agnieszka Gołąb Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Zmiany w rozporządzeniu MZ w sprawie specjalizacji diagnostów W dniu 20 grudnia 2013 roku MZ podpisał Rozporządzenie zmieniające rozporządzenie w sprawie specjalizacji i uzyskiwania tytułu specjalisty przez diagnostów laboratoryjnych! O zmianę wnioskowała Krajowa Izba Diagnostów Laboratoryjnych (KIDL), Centrum Egzaminów Medycznych (CEM) oraz Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego. Parę spraw związanych ze specjalizacją m.in. z Państwowym Egzaminem Specjalizacyjnym Diagnostów Laboratoryjnych (PESDL) uległo zmianie. Wymieniamy niektóre z nich. Całość dokumentu można przeczytać tutaj. 1. PESDL będzie składał się z dwóch części – teoretycznej w formie testu, przy minimalnej ilości dopuszczonych do egzaminu diagnostów równej 20 osób, lub ustnej, gdy chętnych jest poniżej 20 oraz praktycznej. Wcześniej egzamin dzielił się na część testową, egzamin praktyczny i ustny. 2. Wprowadzono dwie nowe dziedziny specjalizacji – laboratoryjną genetykę sądową oraz laboratoryjną toksykologię sądową. 3. Zmiana terminu przystąpienia do egzaminu końcowego – diagnosta laboratoryjny nie jest już ograniczony 12 miesięcznym terminem przystąpienia do PESDL od momentu ukończenia specjalizacji. Obecnie diagnosta, który nie przystąpił do PESDL w wyznaczonym terminie lub uzyskał wynik negatywny egzaminu może przystąpić do niego w innej sesji egzmaminacyjnej. Jeżeli diagnosta zda jedną z części egzaminu to jest ona uznawana w sześciu kolejnych sesjach egzaminacyjnych. 4. Wydłużono czas stażu pracy w medycznym laboratorium diagnostycznym, niezbędny do rozpoczęcia specjalizacji – do 2 lat 5. Zmieniono cenę PESDL – prawdopodobnie obniży się ona ze względu na redukcję ilości części egzaminu – z 700 zł na 450 zł Niestety nie uwzględniono w Rozporządzeniu umieszczenia na stronie internetowej CEM pytań egzaminacyjnych po zakończeniu PESDL! Jest to smutną wiadomością dla osób specjalizujących się, ale niestety można było to przewidzieć. Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Najbliższy egzamin specjalizacyjny odbędzie się wg dotychczasowych przepisów, ale termin składania wniosków na sesję wiosenną został przedłużony do 31.01.2014. Piśmiennictwo: Rozporządzenie MZ z dnia 20 grudnia 2013 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie specjalizacji i uzyskiwania tytułu specjalisty przez diagnostów laboratoryjnych Komentarz Roche W nawiązaniu do wpisu, który pojawił się na naszym portalu: Skuteczność testu na Cobas 4800 dla mutacji BRAF V600 pod znakiem zapytania zamieszczamy komentarz firmy Roche Diagnostics: „Autorzy z Quest sugerują, że metoda sekwencjonowania Sanger ma wyższą czułość analityczną niż test cobas BRAF. Proszę zauważyć że w tym porównaniu poczyniono kilka błędów metodologicznych: – do badania testem cobas użyto jeden skrawek ( 5 um), natomiast do sekwencjonowania od 5-10 um (duża różnica w ilości DNA) a pomimo tego metoda Sangera dała więcej wyników nieważnych niż cobas. – działanie testu cobas jest porównywane do metody Sangera, ale wyniki Sangera są użyte jako referencyjne. W wielu innych badaniach wykazano, że Sanger może dawać wyniki fałszywie negatywne oraz fałszywie pozytywne stąd do rozstrzygnięcia niezgodności pomiędzy cobas, a Sanger powinna być użyta trzecia metoda referencyjna, jak sekwencjonowanie nowej generacji. Tego nie uczyniono. – częstość mutacji nie-V600E wykryta w tym badaniu jest wyższa niż w innych doniesieniach. Biorąc pod uwagę mniejszą objętość próbki i brak metody referencyjnej należy podać w wątpliwość dane o dotyczące częstości mutacji nieV600E. Wielokrotnie obserwowano, że Sanger nie tylko nie wykrywa mutacji, ale może dawać nieprawidłowe wyniki. „Poniżej znajdują się wyniki badania walidacyjnego testu cobas w którym porównywano go z metodą Sangera, a rozbieżne wyniki rozstrzygano sekwencjonowaniem nowej generacji (metoda 454). Oba manuskrypty potwierdzają wyższą czułość analityczną testu cobas niż sekwencjonowania Sanger.” Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 *** Detection of BRAF mutations in melanoma: Rate of mutation detection at codon 600 using Sanger sequencing as compared to the cobas 4800 method. Sub-category: Melanoma Category: Melanoma/Skin Cancers Meeting: 2012 ASCO Annual Meeting Abstract No: 8596 Citation: J Clin Oncol 30, 2012 (suppl; abstr 8596) Author(s): Kevin Z. Qu, Qiulu Pan, Xi Zhang, Luis Rodriguez, Jennifer Uyeji, Hairong Li, Albert Ho, Heather Sanders, Anthony Sferruzza, Daniel Jones, Frederic Waldman, Quest Diagnostics Nichols Institute; Nichols Institute, San Juan Capistrano, CA; Nichols Institute, Chantilly, VA; Nichols Instutute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics Nichols Institute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics, San Juan Capistrano, CA Abstract: Background: Detection of BRAF V600 mutations is currently a prerequisite for approved use of vemurafenib in patients with metastatic melanoma. The cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test (Roche Molecular Diagnostics), a PCR-based assay approved to aid in selecting patients for vemurafenib therapy, primarily detects V600E. It is also reported to detect V600K, which has been associated with vemurafenib response as well. We compared the mutation detection rate of the cobas assay with that of Sanger sequencing. Methods: 125 de-identified FFPE tissues submitted for BRAF mutation analysis that all showed histologicallyconfirmed melanoma were tested. BRAF mutations were detected using both the cobas kit and bidirectional Sanger sequencing using BigDye kits (Applied Biosystems). DNA was extracted from 5-um sections without macrodissection using the cobas DNA extraction kit (for the cobas test) or from 5-10-um sections using Agencourt extraction kits (Beckman Coulter) following macrodissection. Results: The two methods showed agreement in 104/125 (83.2%) of cases (Table). Sanger sequencing detected V600 dinucleotide mutations in 9 samples that were negative by the cobas assay. Sanger sequencing produced no results in 10 cases owing to suboptimal PCR, including 2 that were positive by the cobas assay. The cobas assay produced 2 invalid results, including 1 that was positive for V600E by Sanger.The cobas assay detected 7/11 V600K mutations. Conclusions: Overall agreement between cobas and Sanger sequencing was 83.2%. The Sanger method had higher analytic sensitivity, resulting in nine additional V600 mutations not called by cobas compared to the two seen by cobas but not Sanger sequencing. Thus, 16% (9/57) more patients would be identified as candidates for vemurafenib therapy using the Sanger method. Sanger sequencing Not detected V600E V600K V600R Non-600 Not detected 3a 4b cobas detected 40 7 Invalid 1 Total a 56 56 44 11 2c 2 2d 2 No result Total 7 74 2 49 1 2 10 125 b 2/3 had dinucleotide mutations (GTG>GAA) and 1 had V600_K601del. All had c dinucleotide mutations (GTG>AAG). Both had GTG>AGG dinucleotide mutations. d 1) G469R; 2) E501G. Męska antykoncepcja w pigułce Od wielu lat w środowisku naukowym trwają poszukiwania męskiej antykoncepcji. Dotychczasowe strategie kontrolowania męskiej płodności koncentrowały się na procesach spermatogenezy oraz mechanizmach kontroli hormonalnej, których celem była produkcja dysfunkcyjnych plemników, niezdolnych do zapłodnienia. Naukowcy z Australii i Wielkiej Brytanii zasugerowali nowy kierunek antykoncepcji dla mężczyzn, którego założenie opiera się na zahamowaniu pierwszej fazy emisji ejakulacji. Podczas wytrysku sperma jest transportowana z najądrzy do nasieniowodów przy udziale mięśni gładkich. W badaniu wykazano, że pełną niepłodność męskich osobników badanych myszy uzyskuje się przez zablokowanie dwóch receptorów α1A-adrenergicznego i P2X1-purynergicznego, odkrytych na komórkach mięśni gładkich najądrzy. Pośredniczą one w transporcie plemników do ejakulatu. Badacze z Monash Institute of Pharmaceutical wierzą, że wiedza ta może być impulsem do opracowania środków antykoncepcyjnych dla mężczyzn. Zwracają oni uwagę, że zaletą leku byłaby odwracalność skutków jego stosowania, a także brak wpływu na żywotność plemników oraz funkcje seksualne i ogólny stan zdrowia mężczyzny. Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Na rynku medycznym istnieje już lek, którego działanie opiera się na blokowaniu omawianego receptora α1A-adrenergicznego. Lek ten jest stosowany w leczeniu łagodnego rozrostu gruczołu krokowego. Jednakże do zapewnienia skutecznej antykoncepcji męskiej konieczne jest jeszcze opracowanie inhibitora P2X1purynergicznego. O ile dalsze badania się powiodą, jest nadzieja na powstanie męskiej pigułki antykoncepcyjnej w ciągu najbliższych 10-ciu lat. Piśmiennictwo: White CW., Choong YT., Ventura S. et al. Male contraception via simultaneous knockout of 1A-adrenoceptors and P2X1-purinoceptors in mice. PNAS, 2013; 110, 51: 20825-20830. Nowy marker wczesnego stadium raka piersi Według naukowców z Houston Methodist Research Institute już wkrótce proste badanie krwi może umożliwić wczesną diagnostykę nowotworów gruczołu sutkowego bez konieczności przeprowadzania kosztownej dla służby zdrowia i inwazyjnej dla pacjentek biopsji piersi. Zespół badaczy pod kierownictwem Tony Hu odkrył, że mieszanina sześciu białek będących produktem działania enzymu karboksypeptydazy N (CPN) pozwoli zdiagnozować wczesne stadium raka piersi oraz może stać się istotnym elementem monitorowania leczenia. Aktywność CPN porównywano w próbkach krwi pobranych od myszy, zdrowych mężczyzn oraz kobiet ze zdiagnozowanym rakiem piersi. Aktywność CPN była wyraźnie zwiększona w tkankach nowotworowych w porównaniu do normalnych tkanek. Zaobserwowano również znacząco wyższe stężenie we krwi wszystkich sześciu peptydów u pacjentek w I fazie nowotworu. Stężenie tych peptydów było najwyższe w surowicy myszy w 2 tygodnie po wszczepieniu komórek nowotworowych. Zaobserwowano także znaczący spadek poziomu CPN po 8 tygodniach, co mogłoby sugerować nieskuteczność markera w późniejszych stadiach raka i wymaga dalszych badań. Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Wyniki badania dowodzą zatem, że gdyby udało się opracować test diagnostyczny bazujący na aktywności CPN, jego zastosowanie umożliwiłoby nieinwazyjne wykrywanie wczesnego stadium nowotworów gruczołu sutkowego. Małgorzata Kalaga Piśmiennictwo: Li Y.,Li Y., Chen T. et al. Circulating Proteolytic Products of Carboxypeptidase N for Early Detection of Breast Cancer. Clin Chem, 2013. Forum bioanalityczne i diagnostyki In-vitro – bezpłatna rejestracja EDCA (European Diagnostic Clusters Alliance) zaprasza do bezpłatnej rejestracji na „5th Berlin-Brandenburg Technology Forum – In vitroDiagnostics und Bioanalysis“, które odbędzie się w dniach 5-6 czerwca w Poczdamie (Niemcy). Warsztaty, wykłady, prezentacje technologii, spotkania B2B, networking, wizyta w Potsdam-Golm Science Park – to oferta dla instytucji lub osób zainteresowanych nawiązaniem międzynarodowej współpracy w zakresie diagnostyki. Więcej: http://edc-alliance.eu/news/507/technology-forum-in-vitro-diagnostics-56-june-201 3-in-potsdam/ Wirus H1N1 wykryto u ssaków morskich Wirus grypy H1N1 odkryto u słoni morskich w Kalifornii, rok po pojawieniu się wirusa świńskiej grypy u ludzi. Wyniki badań zwierząt nie pozostawiają wątpliwości, wirus H1N1 może infekować również ssaki morskie. Wyniki badań są nie tylko użyteczne dla badaczy zajmujących się międzygatunkową transmisją wirusa H1N1, ale też niosą ważną informację dla osób mających zawodowy kontakt ze zwierzętami morskimi. Publikacja źródłowa: Tracey Goldstein, Ignacio Mena, Simon J. Anthony, Rafael Medina, Patrick W. Robinson, Denise J. Greig, Daniel P. Costa, W. Ian Lipkin, Adolfo Garcia-Sastre, Walter M. Boyce. Pandemic H1N1 Influenza Isolated from Free-Ranging Northern Elephant Seals in 2010 off the Central California Coast. PLoS ONE, 2013; 8 (5) Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 W Krakowie odbywał się XIII Festiwal Nauki Do 18 maja br. odbywał się XIII Festiwal Nauki w Krakowie. Organizatorzy zapewnili wiele unikalnych atrakcji, a zwiedzający byli zachwyceni. Jak twierdzą zwiedzający z roku na rok impreza jest coraz ciekawsza i adresowana do coraz szerszej publiczności, przybliżając w przystępny sposób krakowską naukę nawet najmłodszym uczestnikom festiwalu. Głównym koordynatorem wydarzenia był po raz trzeci Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie, który obchodzi w 2013 roku Jubileusz 60-lecia. W organizację Festiwalu zaangażowanych zostało 13 uczelni wyższych Krakowa, 3 Instytuty Naukowe PAN oraz 8 Instytucji zaproszonych. Zobacz film z festiwalu! http://youtu.be/rJbD_E6Xbj4 Tegoroczna edycja nosiła hasło „Oblicza wody”, nawiązując do obchodów Międzynarodowego Roku Współpracy w Dziedzinie Wody ogłoszonego przez ONZ. Ma on na celu m.in. podniesienie świadomości na temat potrzeby podejmowania działań dążących do wzmożenia międzynarodowej współpracy w dziedzinie wody, podniesienie świadomości o wyzwaniach stojących przed zarządzaniem wodą w zakresie planowania, dostępu do wody, a także poprawę jakości edukacji w kwestii wody. Program Festiwalu Nauki w Krakowie: http://festiwalnauki.ur.krakow.pl/index.php/program-festiwal-nauki-w-krakowie W ramach festiwalu w zeszłą sobotę, 18 maja organizatorzy zapraszali na niepowtarzalną atrakcję – godzinny rejs statkiem po Wiśle. Bezpłatne bilety można było uzyskać uczestnicząc w konkursach zorganizowanych w namiotach podczas Festynu na płycie Rynku Głównego Całość wydarzenia była rejestrowana jest przez Studio Telewizyjne Festiwalu Nauki w Krakowie. Filmy są dostępne na kanale http://www.youtube.com/studioTVfnauki You Tube: Głównym Sponsorem XIII Festiwalu Nauki w Krakowie jest Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji Spółka Akcyjna w Krakowie. Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0 Minojczycy byli pochodzenia europejskiego Pierwsza europejska cywilizacja – Minojczycy – miała europejskie korzenie. Analiza mitochondrialnego DNA starożytnych mieszkańców wyspy Kreta nie pozostawia jakiejkolwiek wątpliwości i obala poprzednie teorie na temat ich pochodzenia. W 1900 roku archeolog Arthur Evans odnalazł na krecie Pałac Minosa, którego budowniczymi byli Minojczycy, wiek pałacu szacuje się na ok. 4000 lat. Evans założył, że cywilizacja ta pochodziła od wygnanej z Egiptu ponad 5000 lat temu grupy uchodźców. Ta teoria była wielokrotnie podważana przez innych archeologów, jednak ostateczne dowody zostały dostarczone dzięki analizie mtDNA ze znalezionych w jaskiniach na Krecie 37 szkieletów. Analiza dostarczyła dowodów, że Minojczycy pochodzą od europejskiej populacji rolników, którzy zamieszkali Kretę kilka tysięcy lat wcześniej. DNA pobrano od 100 szkieletów ( kości i zęby), jednak tylko 37 z nich mogło dostarczyć mtDNA zadawalającej jakości. Szkielety pochodziły sprzed 4900-3800 lat. DNA izolowano i analizowano niezależnie w dwóch laboratoriach. Publikacja źródłowa: Hughey, J. R. et al. Nature Commun. 4, 1871 (2013). Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0