Kurs specjalistyczny z Modelowania

Kurs specjalistyczny z Modelowania Molekularnego
Białystok, dn. 24.01.2015 r.
Chcesz poznać nowoczesne techniki chemii kwantowej do obliczeń i wizualizacji procesów chemicznych?
Chcesz wykorzystywać modelowanie molekularne do przewidywania oraz planowania swoich eksperymentów?
Chcesz zrozumieć zachowanie się cząsteczek?
Rada Uczelniana Samorządu Doktorantów Uniwersytetu w Białymstoku serdecznie
zaprasza doktorantów i pracowników naukowych do udziału w Kursie specjalistycznym
z Modelowania Molekularnego, który odbędzie się w dniach 7-10 marca 2015 roku
w Instytucie Chemii Uniwersytetu w Białymstoku.
Modelowanie molekularne jest obecnie prężnie rozwijającym się narzędziem do pracy
naukowej nie tylko specjalistom z chemii teoretycznej i fizyki kwantowej, a także
eksperymentatorom. Z każdym rokiem zainteresowanie modelowaniem molekularnym
wzrasta, ponieważ szybko, precyzyjnie i bez stosowania szkodliwych odczynników daje
odpowiedzi na, często niemożliwe do wyjaśnienia metodami eksperymentalnymi, pytania
związane z:
 projektowaniem nowych związków chemicznych (katalizatorów, leków) oraz
materiałów o ściśle zdefiniowanych właściwościach,
 dokładnym wyjaśnieniem procesów, zachodzących na różnych powierzchniach
i w różnych fazach,
 wyznaczeniem możliwych ścieżek reakcji, stanów przejściowych wraz z pełnym
opisem termodynamiki zachodzących procesów
 symulacjami różnych oddziaływań pomiędzy cząsteczkami itp.
Kurs specjalistyczny z Modelowania Molekularnego składa się z dwóch części:
teoretycznej i praktycznej (szczegółowa informacja dostępna w harmonogramie kursu).
W części teoretycznej uczestnicy Kursu dokładnie zapoznają się z pojęciami:
1. Metody chemii kwantowej: od pierwszych zasad do mechaniki molekularnej.
2. Zasoby komputerowe. Zależność wykorzystania metod modelowania molekularnego ze względu na rodzaj
analizowanego układu.
3. Modelowanie molekularne w fazie gazowej, ciekłej i na ciele stałym.
4. Oddziaływania międzycząsteczkowe w cieczach: rozpuszczalnik - substancja rozpuszczona. Solwatacja na
poziomie molekularnym.
5. Modelowanie molekularne związków biologicznych. Podstawy drug design.
6. Optymalizacja i zrównoważenie struktur związków chemicznych.
7. Dynamika molekularna: klasyczna vs ab initio.
8. Zastosowanie podejścia hybrydowego QM/MM do modelowania procesów chemicznych.
9. Modelowanie procesów katalitycznych na powierzchni ciała stałego.
10. Adsorpcja cząsteczek organicznych na powierzchni metali oraz alotropów węgla.
Praktyczna część kursu polega na poznaniu zaawansowanego i aktualnie popularnego
oprogramowania do obliczeń kwantowo-mechanicznych, a także na budowie cząsteczek,
obliczeniach statycznych, przewidywaniu najbardziej prawdopodobnej struktury nowych
związków, wyliczeniu widm IR, CD, NMR związków oraz porównaniu widm z danym
eksperymentalnymi, zapoznaniu się z dynamiką molekularną procesów solwatacji i adsorpcji,
zastosowaniu dynamiki klasycznej do badań obiektów biologicznych oraz wykonaniu
symulacji dynamiką molekularną.
Kurs specjalistyczny z Modelowania Molekularnego
Prowadzący kurs:
 dr Paweł Rodziewicz (Uniwersytet w Białymstoku, Fundacja Upowszechniania Nauk
Chemicznych)
Organizator kursu:
 Rada Uczelniana Samorządu Doktorantów UwB
Patroni i sponsorzy kursu:
 Dziekan Wydziału Biologiczno-Chemicznego Uniwersytetu w Białymstoku
 Polskie Towarzystwo Chemiczne, Oddział w Białymstoku
Ważne terminy:
 rejestracja – do 20.02.2015 r.
 potwierdzenie uczestnictwa przez organizatorów – do 22.02.2015 r.
 wniesienie opłat – do 02.03.2015 r.
Termin i czas trwania kursu:
7-10 marca 2015 roku
godz. 900 – 1630
Miejsce:
Białystok, Kampus UwB, ul. Ciołkowskiego 1K, Instytut Chemii, s. 2008
Koszt udziału w kursie:
100 zł. - dla doktorantów i pracowników naukowych Uniwersytetu w Białymstoku,
300 zł. - w przypadku uczestników z innych uczelni.
(opłata wlicza wszystkie materiały potrzebne do realizacji kursu oraz przerwy kawowe)
Opłatę za udział w Kursie prosimy wpłacać na konto:
Fundacja Upowszechniania Nauk Chemicznych
63 1940 1076 3124 6396 0000 0000
ul. Hurtowa 1, 15-399 Białystok
z dopiskiem:
KursMM_imię_nazwisko
Ilość miejsc ograniczona (8 uczestników). Decyduje kolejność zgłoszeń. Udział w kursie
jest możliwy tylko pod warunkiem wcześniejszej rejestracji.
Rejestracja dostępna na stronie:
https://docs.google.com/forms/d/1SMdL6ljriylmX6JaihotXcEoeSVDc8W3w6MBEiHlBE/viewform
Kontakt:
[email protected]
85 745 78 15
602 32 00 53
Z szacunkiem,
Rada Uczelniana
Samorządu Doktorantów UwB
Kurs specjalistyczny z Modelowania Molekularnego
Harmonogram Kursu
7 marca
9 marca
900 – 1030 – Powitanie uczestników Kursu.
900 – 1030 – Część teoretyczna kursu 5
Część teoretyczna 1
1030 – 1045 – Przerwa kawowa
1030 – 1045 – Przerwa kawowa
1045 – 1200 – Część teoretyczna kursu 6
1045 – 1200 – Część teoretyczna kursu 2
1200 – 1300 – Przerwa obiadowa
1200 – 1300 – Przerwa obiadowa
1300 – 1430 – Zajęcia praktyczne 5
1300 – 1430 – Zajęcia praktyczne 1
1430 – 1445 – Przerwa kawowa
1430 – 1445 – Przerwa kawowa
1445 – 1630 – Zajęcia praktyczne 6
1445 – 1630 – Zajęcia praktyczne 2
10 marca
8 marca
900 – 1030 – Część teoretyczna kursu 7
900 – 1030 – Część teoretyczna kursu 3
1030 – 1045 – Przerwa kawowa
1030 – 1045 – Przerwa kawowa
1045 – 1200 – Część teoretyczna kursu 8
1045 – 1200 – Część teoretyczna kursu 4
1200 – 1300 – Przerwa obiadowa
1200 – 1300 – Przerwa obiadowa
1300 – 1430 – Zajęcia praktyczne 7
1300 – 1430 – Zajęcia praktyczne 3
1430 – 1445 – Przerwa kawowa
1430 – 1445 – Przerwa kawowa
1445 – 1630 – Zajęcia praktyczne 8.
1445 – 1630 – Zajęcia praktyczne 4
Podsumowanie Kursu
Zajęcia praktyczne 1: Wprowadzenie do systemu operacyjnego Linux. Tworzenie struktur
cząsteczek.
Zajęcia praktyczne 2: Proste obliczenia w fazie gazowej. Optymalizacja geometrii
cząsteczek w podejściu Teorii funkcjonałów gęstości (DFT).
Zajęcia praktyczne 3: Cząsteczki w fazie gazowej: rotacja wokół kąta dwuściennego,
zmiany konformacyjne, projekcje Newmana.
Zajęcia praktyczne 4: Własności spektralne cząsteczek: teoretyczne obliczenia widm IR,
CD, NMR. Analiza orbitali molekularnych: orbitale HOMO i LUMO.
Zajęcia praktyczne 5: Podstawy wizualizacji w programie VMD. Modelowanie
rozpuszczalnika explicite. Analiza trajektorii ruchu cząsteczek za pomocą dynamiki ab initio.
Zajęcia praktyczne 6: Własności fizykochemiczne cieczy. Funkcje rozkładu.
Kurs specjalistyczny z Modelowania Molekularnego
Zajęcia praktyczne 7: Obliczenia na ciele stałym: struktura heksagonalna lodu, adsorpcja
cząsteczek organicznych na lodzie. Wprowadzenie do programu do wizualizacji struktur
krystalicznych VESTA oraz XcrysDen.
Zajęcia praktyczne 8: Obliczenia kwantowo-mechaniczne nanomateriałów węglowych.
Obliczenia zachowania biopolimerów w rozpuszczalnikach na przykładzie cząsteczek białek.