Bioinformatyka (zdalne nauczanie)

Transkrypt

Przedmiot: Bioinformatyka
Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli!
Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13
Nr testu 0
Klasa: WNB UZ
1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
A) niezależność prawdopodobieństwa wystąpienia tych substytucji od historii przemian zachodzących w danej pozycji
B) ścisły związek między częstością występowania aminokwasu, a liczbą różnych kodonów dla tego aminokwasu
C) takie samo prawdopodobieństwo dla wszystkich substytucji między dowolnymi dwoma aminokwasami
D) istotną rolę aminokwasów sześciokodonowych w pozycjach wykazujących szczególnie wysoki stopień zmienności
mutacyjnej
E) zależność prawdopodobieństwa substytucji od właściwości fizyko-chemicznych i występowania białka
F) istotne znaczenie aminokwasów wystepujących w danej pozycji w przeszłości na prawdopodobieństwo wystąpienia
nowych aminokwasów w wyniku kolejnych mutacji
2. W macierzy PAM250 opisującej obserwowane częstości substytucji aminokwasowych najbardziej konserwatywnym
aminokwasem jest
A) Prolina
B) Tryptofan
C) Glicyna
D) Seryna
E) Cystyna
F) Cysteina
3. Termin "homologiczny" odnosi się np. do dwóch sekwencji aminokwasowych, które
A) są identyczne przynajmniej w 50%
B) są identyczne przynajmniej w 25%
C) wywodzą się od wspólnego przodka
D) kodowane są przez ten sam gen
E) są sekwencjami białek o tej samej funkcji biologicznej
F) wykazują istotne podobieństwo na poziomie struktury pierwszorzędowej i przestrzennej
4. Macierz kodu genetycznego (GCM) stosuje
A) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w
której występuje.
B) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
C) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
hydrofobowości/hydrofilności obszaru, w którym występuje.
E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
F) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
5. PDB jest
A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
B) bazą sekwencji białkowych
C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
F) bazą białkowych struktur przestrzennych
6. Macierz GCM (Genetic Code Matrix) określa stopień identyczności porównywanych kodonów stosując skalę wartości
A) 0 lub 1
B) od 0 do +3
C) ujemnych, dodatnich oraz wartość 0
D) od 0 do +2
E) odpowiadającą częstości podobieństwa występującej dla danej pary kodonów
F) od 1 do +3
7. ClustalX jest
A) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
C) bazą białkowych struktur przestrzennych
D) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
F) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
8. W porównaniu do rodziny sekwencji o długości 400 nukleotydów, rodzina sekwencji o długości 1000 nukleotydów o tym
samym procentowym udziale identyczności jest
A) prawdopodobnie sekwencją kodującą
B) mniej zróżnicowana (bardziej konserwatywna)
C) prawdopodobnie sekwencją niekodującą
D) zróżnicowana w tym samym stopniu
E) nie można określić, która rodzina jest bardziej zróżnicowana, a która mniej
F) bardziej zróżnicowana (mniej konserwatywna)
Generator testów 1.3.1
Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0
Strona: 1
9. HCA Plot jest
A) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
D) programem wyszukującym klastry hydrofobowe w strukturze białek
E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
F) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
10. WebLab Viewer (Viewer Lite) jest
A) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł
B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
F) bazą sekwencji białkowych
11. Zakres potencjalnie możliwej zmienności mutacyjnej danego aminokwasu
A) nie jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu
B) może być różny jedynie dla aminokwasów sześciokodonowych
C) podlega markowowskim regułom ujętym w macierzach stochastycznych PAM i BLOSUM
D) jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu
E) może być różny jedynie dla aminokwasów jednokodonowych
F) nigdy nie prowadzi do powstania kodonu nonsensownego
12. Oryginalny serwer zawierający pakiet BLAST znajduje się w centrum serwisowym:
A) GenomeNet
B) EMBNet
C) NCBI
D) HGC (Human Genome Center)
E) EBI
F) RCSB
13. Trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami odwołuje się do
A) podobieństwa i różnicy we własnościach fizykochemicznych aminokwasów podlegających wzajemnej substytucji w
procesie zmienności mutacyjnej
B) przemian mutacyjnych w odniesieniu do struktury trzeciorzędowej białka
C) statystycznej analizy przemian mutacyjnych kodonów kodujących różne aminokwasy
D) kodonów tych aminokwasów
E) podobieństwa i różnicy w długości łańcucha i włąściwościach strukturalnych aminokwasów podlegających wzajemnej
substytucji w procesie zmienności mutacyjnej
F) częstości wzajemnej substytucji aminokwasów opisywanych przez macierze PAM i BLOSUM
14. Podstawowe założenia algorytmu semihomologii genetycznej sprowadzają się do
A) zastosowania macierzy kodu genetycznego (GCM)
B) macierzy stochastycznych substytucji aminokwasów w pozycjach homologicznych
C) markowowskiego charakteru przemian mutacyjnych w sekwencjach kodujących
D) uniwersalnego charakteru kodu genetycznego dla wszystkich organizmów oraz przyjęcia, że pojedyncza
tranzycja/translacja jest najpowszechniejszym i najczęściej występującym mechanizmem zmienności mutacyjnej
E) zastosowania macierzy unitarnej (UM) dla określenia stopnia identyczności między sekwencjami białek homologicznych
F) przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest jedynym istotnym mechanizmem zmienności mutacyjnej w białkach
homologicznych
15. Wartości zerowe występujące w macierzach typu PAM i BLOSUM odnoszą się do
A) aminokwasów sześciokodonowych
B) zmienności mutacyjnych, które w naturze praktycznie nie występują
C) aminokwasów jednokodonowych
D) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą z takim samym prawdopodobieństwem niezależnie od kierunku
przemiany
E) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą zgodnie z modelem przemian markowowskich
F) zmienności mutacyjnych zachodzących z częstością odpowiadającą losowemu prawdopodobieństwu ich wystąpienia
16. TrEMBL jest
A) bazą białkowych struktur przestrzennych
B) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
D) bazą sekwencji białkowych
F) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
17. Istotność podobieństwa sekwencji aminokwasowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy
są one
A) identyczne w 50%
B) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji.
C) identyczne w 40%
D) identyczne w 25%
E) identyczne w 5%
F) identyczne w 100%
Strona: 2
18. PREDICT7 jest
A) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
C) programem służącym do analizy właściwości fizykochemicznych białka oraz przewidywania struktury drugorzędowej
19. Do aminokwasów sześciokodonowych należą
A) E i D
B) M i W
C) G, R i K
D) L, I i V
E) C, W i P
F) L, R i S
20. TreeView jest
C) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
D) programem służącym do wizualizacji molekularnych drzew filogenetycznych
E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
F) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
21. Algorytm semihomologii genetycznej
A) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do ich właściwości
fizykochemicznych
B) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do struktury przestrzennej
cząsteczki białkowej
C) dokonuje porównania sekwencji nukleotydowych dla fragmentów kodujących w genomie
D) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie aminokwasowym
E) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym i nukleotydowym (ich genów) jednocześnie
F) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie nukleotydowym (ich genów)
22. Dodatkowymi kryteriami oszacowania istotności podobieństwa wyłącznie dla sekwencji aminokwasowych są
A) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji
nieidentycznych
B) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
C) długość porównywanych sekwencji oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych
D) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz długość porównywanych sekwencji
E) relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż
sekwencji
F) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych
23. Podstawę algorytmu semihomologii genetycznej stanowi
A) macierz BLOSUM
B) macierz kodu genetycznego GCM
C) macierz unitarna UM
D) markowowski model mutacyjnej substytucji aminowkasów w pozycjach homologicznych
E) macierz PAM
F) trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami kodowanymi genetycznie
24. DBTSS jest
A) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
B) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
E) bazą sekwencji białkowych
25. Pierwsza (najprostsza) wersja programu SSSS uwzględnia w obliczeniach następujące kryteria oszacowania istotności
podobieństwa:
A) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne między pozycjami nieidentycznymi.
B) procentowy udział identyczności oraz dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji
C) dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji oraz długość porównywanych sekwencji
D) wyłącznie procentowy udział identyczności
E) wyłącznie dystrybucję identycznych pozycji wzdłuż porównywanych sekwencji
F) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji
26. SSSS jest
B) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
D) programem służącym do oszacowania istotności obserwowanego stopnia podobieństwa porównywanych sekwencji
27. Pedro's Biomolecular Research Tools, to
Strona: 3
A) Internetowy zbiór darmowych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki
B) Serwis gromadzący najważniejsze biologiczne bazy danych
C) Serwis konsultacyjny prowadzony przez zespół specjalistów z zakresu nauk biologicznych
D) Międzynarodowe Centrum Badań Genomu Człowieka
E) Internetowy zbiór komercyjnych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki
F) Serwis gromadzący najważniejsze literaturowe bazy danych z zakresu nauk biologicznych
28. Algorytm semihomologii genetycznej korzysta z
A) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
B) wartościowania wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
C) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
w której występuje.
D) wartościowania stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
E) trójwymiarowego diagramu wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
F) odrębnego wartościowania pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
29. Sekwencja konsensusowa jest to
A) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie
niespokrewnionych ze sobą
B) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych
C) wynik graficznej interpretacji dot matrix
D) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych
E) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny
F) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę
30. Swiss-Prot jest
B) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
E) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
31. Białka homologiczne, są to:
A) Białka o podobnej funkcji biologicznej
B) Białka o identycznej sekwencji aminokwasowej
C) Białka o podobnej strukturze i funkcji biologicznej
D) Różne białka kodowane przez ten sam gen
E) Białka wywodzące się filogenetycznie od wspólnego przodka
F) Białka o podobnej strukturze
32. Do podstawowych kryteriów oszacowania istotności podobieństwa sekwencji biologicznych należą
A) procentowy udział identyczności, długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż
sekwencji
B) procentowy udział identyczności oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
C) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji
D) procentowy udział identyczności, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji
identycznych wzdłuż sekwencji
E) długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
F) długość porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji
identycznych wzdłuż sekwencji
33. Istotność podobieństwa sekwencji nukleotydowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są
one
A) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji.
B) identyczne w 100%
C) identyczne w 40%
D) identyczne w 25%
E) identyczne w 50%
F) identyczne w 5%
34. BLAST jest
A) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
B) bazą białkowych struktur przestrzennych
C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
35. Największy stopień zróżnicowania w obrębie kodonów synonimowych obserwuje się w przypadku kodonów
A) metioniny
B) tryptofanu
C) seryny
D) cysteiny
E) leucyny
F) argininy
Strona: 4
36. Analiza istotności podobieństwa sekwencji uwzględniająca trzy podstawowe kryteria oszacowania pozwala na
A) kompletne projektowanie molekuł o zadeklarowanej funkcji biologicznej i specyficzności działania
B) przeprowadzenie wirtualnej odwrotnej translacji
C) obliczenie dystansów ewolucyjnych miedzy sekwencjami i konstrukcję molekularnych drzew filogenetycznych
D) bezpośrednie przewidywanie struktury trzeciorzędowej
E) przewidywanie nieodkrytych jeszcze sekwencji, należących do danej rodziny
F) bezpośrednie wyjaśnienie mechanizmów różnicowania ewolucyjnego fragmentów nieidentycznych
37. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach porównawczych
A) spsobu zwinięcia łańcuchów białkowych na poziomie struktury drugorzędowej
B) struktur przestrzennych
C) funkcji biologicznych białek
D) tempa i zakresu zmienności analizowanych na wielu poziomach organizacji cząsteczki
E) chromosomowej lokalizacji genów kodujących porównywane białka
F) sekwencji aminokwasowych łańcuchów białkowych
38. Relacje genetyczne porównywanych pozycji nieidentycznych stanowią kryterium oszacowania istotności podobieństwa
A) sekwencji aminokwasowych
B) sekwencji nukleotydowych
C) sekwencji nukleotydowych RNA
D) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych
E) sekwencji nukleotydowych DNA
F) sekwencji nukleotydowych mRNA i białek
39. Ponadprzeciętny, wybujały stopień zmienności mutacyjnej obserwowany w niektórych pozycjach białek homologicznych
może być osiągnięty przy udziale
A) kodonów aminokwasów sześciokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego
B) intensywnego nagromadzenia czynników mutagennych
C) procesów pozatranslacyjnych (zachodzących poza rybosomami)
D) procesów posttranslacyjnych
E) plazmidów
F) kodonów aminokwasów jednokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego
40. Algorytm semihomologii genetycznej oparty jest na...
A) markowowskim modelu przemian mutacyjnych aminokwasów w białkach
B) macierzy stochastycznej PAM substytucji aminokwasów
C) trójwymiarowym diagramie relacji genetycznych między aminokwasami
D) macierzy stochastycznej BLOSUM substytucji aminokwasów
E) danych na temat własności fizyko-chemicznych aminokwasów
F) danych statystycznych występowania aminokwasów w poszczególnych typach struktur drugorzędowych
41. Analiza porównawcza nieidentycznych fragmentów jest jednym z kryteriów oszacowania istotności podobieństwa
A) sekwencji nukleotydowych DNA
B) wyłącznie struktury drugorzędowej kwasów nukleinowych
C) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych
D) wyłącznie struktury trzeciorzędowej białek
E) sekwencji aminokwasowych
F) sekwencji nukleotydowych RNA
42. Wynik analizy porównawczej podobieństwa sekwencji tym bardziej może świadczyć o ich pokrewieństwie, im
prawdopodobieństwo uzyskania takiego wyniku jest
A) bardziej zróżnicowane w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji
B) bardziej jednolite w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji
C) wyższe
D) to kryterium jest nieistotne w aspekcie oceny istotności podobieństwa sekwencji
E) niższe
F) bardziej potwierdzane przez wartości zawarte w macierzach PAM lub BLOSUM
43. Metody optymalnego wzajemnego dopasowania dwóch sekwencji w celu dokonania analizy porównawczej kojarzą się z
nazwiskami
A) Garnier i Robson
B) Watson i Crick
C) Needleman i Wunsch
D) Dayhoff i Eck
E) Chou i Fasman
F) Michaelis i Menten
44. Mutacje punktowe prowadzące do zmiany aminokwasu w danej pozycji białka na inny...
A) są procesem markowowskim z wyjątkiem białek homologicznych
B) są procesem markowowskim tylko dla aminokwasów sześciokodonowych
C) są procesem markowowskim z wyjątkiem aminokwasów sześciokodonowych
D) są procesem markowowskim tylko w przypadku białek homologicznych
E) nie są procesem markowowskim
F) są procesem markowowskim
45. Algorytm MDM opracowany został w celu
A) rozpatrywania częstości mutacyjnej zamiany jednego aminokwasu w inny w procesie ewolucji akceptowanym przez
dobór naturalny
Strona: 5
B) tworzenia bazy struktur białkowych
C) przewidywania struktury drugorzędowej białek
D) przeprowadzenia wirtualnej odwrotnej translacji na podstawie dopasownych homologicznych sekwencji
aminokwasowych
E) analizy interakcji białko-białko
F) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową białka kodowanego przez dany gen
46. W macierzach typu PAM i BLOSUM kierunek przemian mutacyjnych prowadzących do substytucji jednego aminokwasu w
inny jest
A) określony tylko dla aminokwasów sześciokodonowych
B) nieokreślony dla wszystkich par aminokwasów
C) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem sześciokodonowych
D) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem jednokodonowych
E) określony dla wszystkich par aminokwasów
F) określony tylko dla aminokwasów jednokodonowych
47. Tranzycja jest to...
A) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2)
B) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną
C) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie
D) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych
(np. wymiana puryna-pirymidyna)
E) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np.
wymiana puryna-puryna)
F) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden
48. Macierz unitarna (UM - unitary matrix) pozwala oszacować
A) częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji
aminokwasowych
B) relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych
C) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych
D) stopień identyczności optymalnie dopasowanych sekwencji
E) parametry struktury drugorzędowej porównywanych białek
F) mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych
49. Liczba elementów (węzłów) w uproszczonym planarnym diagramie relacji genetycznych aminokwasów wynosi
A) 12
B) 61
C) 64
D) 10
E) 16
F) 20
50. Białko uważa się za przynależne do danej rodziny białek jeśli
A) wykazuje istotny stopień identyczności przynajmniej z połową białek należących do tej rodziny
B) wykazuje istotne podobieństwa w strukturze przestrzennej z innymi białkami tej rodziny
C) wykazuje ono co najmniej 80% identyczność z innymi członkami tej rodziny
D) wykazuje ono co najmniej 20% identyczność z innymi członkami tej rodziny
E) jest ono homologiczne do wszystkich członków tworzących tę grupę
F) wykazuje ono co najmniej 50% identyczność z innymi członkami tej rodziny
51. Stopień identyczności porównywanych sekwencji jest to
A) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby pozycji nieidentycznych
B) parametr określający zbieżność cech fizykochemicznych porównywanych cząsteczek
C) parametr określający zbieżność w budowie przestrzennej porównywanych cząsteczek
D) względny udział identycznych fragmentów struktury przestrzennej porównywanych cząsteczek
E) parametr określajacy podobieństwo funkcjonalne porównywanych biomolekuł
F) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby wszystkich porównywanych pozycji
52. Macierze typu BLOSUM stosują
A) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
C) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
F) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w
której występuje.
53. Macierze z grupy PAM
A) opisują relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych
B) opisują odległości między kontaktującymi się pozycjami w cząsteczce białkowej
C) opisują procentowy udział pozycji identycznych w porównywanych białkach homologicznych
D) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych
E) opisują mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych
F) opisują częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji
aminokwasowych
Strona: 6
54. Dot matrix jest to określenie
A) graficznej interpretacji wyniku porównania najwyżej dwóch różnych sekwencji
B) graficznej interpretacji wyniku porównania wyłącznie dwóch różnych sekwencji
C) narzędzia tłumaczącego "język kodu genetycznego" na "język aminokwasowy"
D) sposobu określania relacji genetycznych między różnymi aminokwasami występującymi w odpowiadających sobie
pozycjach białek homologicznych
E) macierzy o charakterze i przeznaczeniu podobnym do macierzy PAM i BLOSUM
F) macierzy opisującej odległości między poszczególnymi aminokwasami w strukturze przestrzennej cząsteczki białkowej
55. Kryterium dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji uwzględniane jest poprzez szczegółową
analizę
A) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
B) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
C) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
D) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne
E) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne
F) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
56. William Pearson jest twórcą
A) bazy sekwencji aminokwasowych białek Swiss-Prot występujących w naturze
B) pakietu programów BLAST
C) serwisu bioinformatycznego NCBI
D) bazy struktur białkowych PDB
E) programów z grupy FASTA służących do analizy porównawczej sekwencji homologicznych
F) bazy danych genomu człowieka
57. Dwie sekwencje składające się z x i y elementów można wzajemnie dopasować na
A) (x+y)! sposobów
B) (x+y)*(x-y) sposobów
C) x*y sposobów
D) x+y-1 sposobów
E) x+y sposobów
F) x-y sposobów
58. ExPASy jest
C) bazą sekwencji białkowych
D) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
59. Program FASTA służy do
A) wykrywania lokalnego podobieństwa porównywanych sekwencji
B) przewidywania struktury trzeciorzędowej białek
C) przewidywania struktury drugorzędowej białek
D) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową
E) przeszukiwania strukturalnej bazy danych białek (PDB)
F) analizy interakcji białko-białko
60. GEISHA jest
A) bazą sekwencji białkowych
E) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
61. Obserwowane podobieństwo porównywanych sekwencji jest tym istotniejsze (mniej przypadkowe) im
A) więcej sekwencji wykazuje podobieństwo na podobnym poziomie
B) wartość E-value (expect value) jest większa
C) wartość E-value (expect value) jest bardziej ujemna
D) wyniki zastosowania macierzy PAM bardziej różnią się od wyników zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie
porównawczej
E) wartość E-value (expect value) jest mniejsza
F) wyniki zastosowania macierzy PAM są bliższe wynikom zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie porównawczej
62. W uproszczonym (planarnym) diagramie relacji genetycznych między aminokwasami
A) pomija się znaczenie transwersji w przemianach mutacyjnych na poziomie aminokwasów
B) zakłada się kodowanie każdego aminokwasu przez tylko jeden rodzaj kodonu
C) zakłada się jednołańcuchową strukturę białek
D) zakłada się, że istotne znaczenie w kodowaniu aminokwasów i procesach zmienności mutacyjnej ma tylko druga
pozycja kodonu
E) ignorowane są aminokwasy jednokodonowe
F) pominięte jest znaczenie trzeciej pozycji kodonu w kodowaniu aminokwasu
63. Programy pozwalające na wzajemne dopasowanie sekwencji homologicznych, to:
A) Rasmol i Swiss-Prot
Strona: 7
B) Corm i PDB
C) Rasmol i WebLab Viewer
D) ClustalX i GEISHA
E) GEISHA i HCA
F) Swiss-Prot I ClustalX
64. Programy z grupy SSSS obliczają stopień istotności podobieństwa porównywanych sekwencji w odniesieniu do
A) wartości zawartych w macierzach PAM i BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
B) wartości zawartych w macierzach BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
C) nielosowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji
D) relacji genetycznych między pozycjami nieidentycznymi
E) wartości zawartych w macierzach PAM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
F) losowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji
65. Programy służące do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł, to:
A) Corm i TrEMBL
B) GEISHA i HCA
C) Rasmol i Swiss-Prot
D) ClustalX i GEISHA
E) Swiss-Prot i ClustalX
F) Rasmol i WebLab Viewer
66. Do biologicznych baz danych należą:
A) Corm, PDB i TrEMBL
B) Rasmol, Swiss-Prot i PDB
C) PDB, Swiss-Prot i DBTSS
D) TrEMBL, BLAST i Swiss-Prot
E) BLAST, ExPASy i PDB
F) DBTSS, TrEMBL i ExPASy
67. Prawdopodobieństwo losowego wystąpienia danego stopnia identyczności (Pan) w funkcji długości porównywanych
sekwencji (n) jest
A) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n)) tylko dla sekwencji aminokwasowych
B) liniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(Pan); n)
C) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n)) tylko dla sekwencji nukleotydowych
D) nieliniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(Pan); n)
E) liniowo zależne w normalnej skali (Pan; n)
F) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n))
68. Accelrys i Tripos to nazwy
A) strukturalnych baz danych
B) komercyjnych firm oferujących oprogramowanie do analizy strukturalnej i modelowania struktur białkowych
C) genomowych baz danych
D) serwisów darmowego oprogramowania bioinformatycznego
E) baz danych sekwencji białkowych
F) programów służących do analizy teoretycznej biomolekuł
69. Macierze typu PAM stosują
A) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
C) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
F) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w
której występuje.
70. Informacja genetyczna o obsadzeniu danej pozycji sekwencji białkowej w przeszłości
A) może dotyczyć nawet 2/3 całej informacji zawartej w kodonie
B) jest całkowicie usuwana po 3 przemianach mutacyjnych typu tranzycji/transwersji
C) nie ma znaczenia dla prawdopodobieństwa wystąpienia dalszych przemian mutacyjnych
D) jest całkowicie usuwana po 1 przemianie mutacyjnej typu tranzycji/transwersji
E) dotyczy najwyżej 1/3 całej informacji zawartej w kodonie
F) opisana jest w macierzach stochastycznych typu PAM i BLOSUM
71. Algorytm semihomologii genetycznej
A) stosuje model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek
B) opiera się na macierzy unitarnej (UM) w ocenie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji
C) jest typowym algorytmem statystycznym
D) pomija model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek
E) odwołuje się do struktury przestrzennej białek w analizie ich przemian ewolucyjnych
F) stosuje macierz PAM do interpretowania ewolucyjnych przemian białek
72. Dany stopień (procent) identyczności porównywanych sekwencji jest tym istotniejszy im sekwencje są
A) liczniejsze
B) dłuższe
C) krótsze
Strona: 8
D) mniej zróżnicowane
E) mniej liczne
F) bardziej zróżnicowane
73. Rasmol jest
A) bazą sekwencji białkowych
D) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł
74. Antheprot jest
B) programem służącym m.in. do przewidywania struktury drugorzędowej białek
D) bazą sekwencji białkowych
E) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
75. Wirtualna odwrotna translacja jest to
A) teoretyczne przewidywanie biosyntezy białka, w którym aminokwasy sześciokodonowe zastąpione są przez
aminokwasy jednokodonowe
B) teoretyczny model innego sposobu odczytywania kodu genetycznego polegający na odwróceniu kolejności pozycji w
kodonie
C) teoretyczny model translacji przebiegającej w kierunku od C-końca do N-końca łańcucha białkowego
D) proces odtwarzania właściwej sekwencji nukleotydowej genu oparty na analizie relacji genetycznych między
aminokwasami zajmujacymi odpowiadające sobie pozycje w sekwencjach białek homologicznych
E) nieistniejący w naturze proces translacji oparty odczytywaniu informacji genetycznej poza otwartą ramką odczytu
F) teoretyczny opis procesu pozarybosomowych przemian sekwencji białkowych
76. Macierz unitarna (UM) stosuje
A) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
B) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
C) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
w której występuje.
D) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
E) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
F) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
77. Algorytm semihomologii genetycznej uwzględnia
A) rozmiary łańcucha bocznego aminokwasów
B) udział aminokwasów w stabilizacji struktury trzeciorzędowej
C) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej i trzeciorzędowej
D) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej
E) właściwości fizykochemiczne aminokwasów
F) przemiany kodonów aminokwasowych na drodze pojednynczej tranzycji lyb transwersji
78. Corm jest
A) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
C) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
D) bazą białkowych struktur przestrzennych
Strona: 9

Bioinformatyka (zdalne nauczanie)

Transkrypt

Podobne dokumenty

Redukcja redundancji wyników identyfikacji poprzez

Wykład 3 - Marcin Filipecki

Tematy_MSzczepanski

Laboratorium 3 - Instytutu Informatyki UJ

Bartosz Rybicki 71358