Charakterystyka DNA: oznaczanie stężenia, ciężaru
Transkrypt
Charakterystyka DNA: oznaczanie stężenia, ciężaru
Charakterystyka DNA: oznaczanie stężenia, ciężaru cząsteczkowego i form konformacyjnych DNA przez elektroforezę w żelu agarozowym. Elektroforeza w żelach agarozowych i poliakrylamidowych jest techniką używaną do rozdziału, oznaczania i oczyszczania kwasów nukleinowych i białek. Rozdział polega na migracji rozdzielanych substancji pod wpływem przyłożonego prądu elektrycznego. W obojętnym pH DNA ma ładunek ujemny i wędruje do anody. Stosowane techniki różnią się od siebie zdolnością rozdzielczą i zakresem rozdziału. Żele poliakrylamidowe są najbardziej efektywne, rozdzielają cząsteczki DNA o wielkości od 5 do 500 pz, a w pewnych warunkach można rozdzielić fragmenty DNA różniące się jednym nukleotydem. Można również rozdzielić dwa łańcuchy DNA o takiej samej długości jeśli różnią się one sekwencją nukleotydów. W żelach agarozowych można rozdzielić fragmenty od 200pz do 50000pz, ale ich zdolność rozdzielcza jest niższa. W elektroforezie w żelach agarozowych szybkość migracji liniowych cząstek DNA jest odwrotnie proporcjonalna do log10 z ilości par zasad. Duże cząsteczki migrują wolniej, gdyż większa jest siła tarcia podczas migracji. Liniowe cząsteczki DNA zostają zorientowane przez pole elektryczne i migrują równolegle do lini pola. Na szybkość migracji fragmentów w żelu wpływa: wielkość fragmentów DNA - mniejsze fragmenty wędrują szybciej stężenie żelu: -wzrost stężenia żelu obniża szybkość migracji -wzrost stężenia żelu wpływa również na zakres rozdziału cząsteczek DNA Stężenie żelu Wielkość fragmentów efektywnie rozdzielanych 0,3% 0,6% 0,9% 1,2% 1,5% 2% 5-60kpz 1-20kpz 0,5-7kpz 0,4-6kpz 0,2-3kpz 0,1-2kpz konformacja DNA 3 formy konformacyjne plazmidowego DNA, superspiralna kolista (CCC), otwarta kolista (OC) i liniowa (L) wędrują przez żel z różną szybkością. Zwykle najszybciej wędruje forma CCC, następnie forma L, a najwolniej forma OC. Czasami jednak w zależności od stężenia żelu, wartości przyłożonego prądu i siły jonowej buforu forma liniowa wyprzedza formę CCC. By określić który prążek jest cząsteczką DNA o formie CCC można przeprowadzić doświadczenie polegające na elektroforezie próbki w żelach zawierających różne stężenia bromku etydyny (EtBr). Bromek etydyny rozwija superspiralne skręty DNA i powoduje, że forma CCC migruje wolniej. napięcie prądu Przy niskich napięciach szybkość migracji jest proporcjonalna do przyłożonego napięcia. Jeśli napięcie wzrasta to szybkość migracji cząstek DNA wzrasta w zależności od wielkości. Najlepsze rozdziały elektoforetyczne są otrzymywane przy zastosowaniu prądu ok. 5V/cm odległości pomiędzy elektrodami. Żele agarozowe używane są zwykle do horyzontalnej elektroforezy zanurzeniowej określanej jako "submarine electrophoresis", gdyż żel jest całkowicie zatopiony w buforze w którym wykonywana jest elektroforeza. Używane są trzy rodzaje buforów: boranowy (Tris Borate Electrophoretic buffer - TBE) octanowy (Tris Acetate Electrophoretic buffer - TAE) fosforanowy (Tris Phosphate Electrophoretic buffer - TPE) Bufory różnią się siłą jonową i pojemnością buforową. Najczęściej używany jest bufor boranowy-TBE. Przygotowany 10x stężony roztwór wyjściowy jest rozcieńczany do roztworu roboczego (1x) przed przygotowaniem żelu. Przygotowanie żelu. Żele agarozowe są przygotowywane na płytkach szklanych lub w tzw. rynienkach. Przed wylaniem żelu na rynienkę należy zakleić plastrem jej boczne krawędzie lub umieścić rynienkę w aparacie do wylewania żeli. Objętość przygotowanego żelu zależy od pojemności płytki. W celu przygotowania żelu należy do odważonej agarozy dodać odpowiednią objętość buforu do elektroforezy np. TBE. Taką zawiesinę należy gotować do całkowitego rozpuszczenia agarozy, a następnie ochłodzić do temperatury ok. 45C. Żel wylać na uprzednio przygotowaną płytkę szklaną lub rynienkę i ustawić grzebień. Grzebień powinien być ustawiony równolegle do krawędzi żelu, a jego zęby powinny się znajdować w odległości ok. 0,5-1 mm od dolnej powierzchni. Żel krzepnie ok. 20 min. w zależności od temperatury otoczenia. Żele zawierające mniej niż 0,7% agarozy są przygotowywane w chłodni w temperaturze 4C. Po zastygnięciu żelu należy ostrożnie wyjąć grzebień przytrzymując delikatnie powierzchnię żelu. Przygotowany żel należy umieścić w aparacie do elektroforezy i zalać buforem 1 x TBE. Przygotowanie próbek DNA. Do sprawdzenia ilości wyizolowanego DNA używany jest zwykle 1l roztworu DNA. Dla zwiększenia objętości i ograniczenia strat przy nakładaniu do próbki dodajemy 4l buforu TC lub wody. Do tak przygotowanej próbki dodajemy 1l 6x stężonego buforu obciążającego. Bufor obciążający służy do zagęszczenia próbki DNA tak by umożliwić jej nałożenie do studzienki w żelu. Bufor obciążający zawiera jeden lub dwa barwniki do elektroforezy tj. ksylen cyjanol (0,25%) i błękit bromofenolowy (0,25%) oraz 40% sacharozę lub 30% glicerol. Barwniki elektroforetyczne mirują w żelu razem z cząsteczkami DNA. Błękit bromofenolowy migruje ok. 2,2 razy szybciej niż ksylen cyjanol. Szybkość migracji błękitu bromofenolowego odpowiada szybkości migracji liniowej cząsteczki dsDNA (dwuniciowe DNA) o wielkości 300pz, podczas gdy ksylen cyjanol migruje z szybkością równą fragmentom dsDNA o wielkości 4000pz. Po nałożeniu próbek na żel i podłączeniu do zasilacza ustawiamy napięcie na ok. 120140V. Elektroforezę prowadzimy do momentu, gdy błękit bromofenolowy osiągnie 3/4 długości żelu. Po odłączeniu napięcia żel przenosimy do naczynia zawierającego roztwór bromku etydyny. Bromek etydyny jest silnym mutagenem, dlatego czynności te należy wykonywać w rękawiczkach. Bromek etydyny Bromek etydyny jako barwnik akrydynowy wnika pomiędzy nici DNA specyficznie wybarwiając żel. Po oświetleniu żelu lampą UV 260 nm DNA świeci na czerwono. Również niezwiązany z DNA bromek świeci na czerwono. Dla odpłukania niespecyficznie związanego z żelem bromku, żel zostawiamy na kilka godzin w wodzie destylowanej. Czasami bromek etydyny jest dodawany bezpośrednio do żelu. W czasie elektroforezy bromek wędruje w przeciwnym kierunku niż DNA i jest usuwany z żelu wybarwiając specyficznie DNA. Elektroforeza w zmiennym polu elektrycznym W elektroforezie w żelu agarozowym można rozdzielić efektywnie fragmenty DNA o wielkości do kilkudziesięciu tysięcy par zasad. Rozdziały takie można uzyskać w niskoprocentowych żelach (0,2%-0,35%), ale takie żele są bardzo nietrwałe i wymagają specjalnej obróbki. Rozdział dużych fragmentów rzędu kilkuset kpz uzyskuje się przez elektroforezę w zmiennym polu elektrycznym. Duże cząsteczki DNA są uwięzione w żelu i przy zmianie biegunów pola elektrycznego duże fragmenty wymagają dłuższego czasu na zmianę orientacji podczas, gdy krótsze fragmenty szybciej zmieniają orientację i szybciej migrują. W oryginalnie opisanej metodzie uzyskano rozdziały fragmentów o wielkości 2Mpz (mega par zasad), a dalsze usprawnienia metody umożliwiają rozdział 5Mpz DNA.