Niedosłuch związany z zespołami genetycznymi

Niedosłuch związany z zespołami genetycznymi
Geny i zespoły genetyczne
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
ABHD12
Polyneuropathy, hearing loss, ataxia, retinitis pigmentosa, and cataract
AR
8
ACTG1
Deafness, Baraitser-Winter syndrome
AD
15
ADGRV1
Usher syndrome
AR/Digenic
34
ALMS1
Zespół Alströma
AR
28
ANKH
Chondrocalcinosis, Craniometaphyseal dysplasia
AD
12
ATP6V1B1
Renal tubular acidosis with deafness
AR
7
BCS1L
Bjornstad syndrome
AR
22
BSND
Zespół Barttera, Głuchota czuciowo-nerwowa
AR
10
BTD
Biotinidase deficiency
AR
168
CACNA1D
Primary aldosteronism, seizures, and neurologic abnormalities, Sinoatrial node dysfunction
and deafness
AD/AR
4
CD151
Raph blood group
BG
1
CDH23
Deafness, Usher syndrome
AR/Digenic
40
CDKN1C
Zespół Beckwita-Wiedemanna, Zespół IMAGE
AD
23
CHD7
Izolowany niedobór gonadoliberyny, Zespół CHARGE
AD
77
CHSY1
Temtamy preaxial brachydactyly syndrome
AR
6
CIB2
Deafness, Usher syndrome
AR
4
CLRN1
Retinitis pigmentosa, Usher syndrome
AR
15
COL11A1
Marshall syndrome, Fibrochondrogenesis, Stickler syndrome
AD/AR
13
COL11A2
Weissenbacher-Zweymuller syndrome, Deafness, Otospondylomegaepiphyseal dysplasia,
Fibrochondrogenesis, Stickler syndrome
AD/AR
18
COL2A1
Avascular necrosis of femoral head, Stickler syndrome, Rhegmatogenous retinal
detachment, Epiphyseal dysplasia, with myopia and deafness, Czech dysplasia
AD
79
COL4A3
Alport syndrome
AD/AR
14
COL4A4
Alport syndrome
AD/AR
16
COL4A5
Alport syndrome
XL
615
COL4A6
Deafness, with cochlear malformation
XL
12
COL9A1
Stickler syndrome
AR
3
COL9A2
Stickler syndrome
AR
5
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
COL9A3
Epiphyseal dysplasia, multiple
AD
3
DFNB31
Deafness, Usher syndrome
AR
9
DLX5
Split-hand/foot malformation with sensorineural hearing loss
AR
3
EDN3
Hirschsprung disease, Central hypoventilation syndrome, congenital, Waardenburg
syndrome
AD/AR
6
EDNRB
Hirschsprung disease, ABCD syndrome, Waardenburg syndrome
AD/AR
4
EYA1
Otofaciocervical syndrome, Branchiootic syndrome, Branchiootorenal syndrome
AD
28
FGF3
Deafness, congenital with inner ear agenesis, microtia, and microdontia
AR
12
FOXI1
Pendred syndrome, Enlarged vestibular aqueduct
AD
2
GATA3
Hypomagnesemia, renal
AD
14
HARS
Usher syndrome
AR
6
HOXB1
Facial paresis, hereditary congenital
AR
1
KCNE1
Zespół długiego QT, Zespół Jervella i Lange-Nielsena
AD/AR/Dig
enic
20
KCNJ10
Zespół SeSAME - drgawki, głuchota odbiorcza, ataksja, niepełnosprawność intelektualna
i zaburzenia równowagi elektrolitowej
AR/Digenic
16
KCNQ1
Zespół krótkiego QT, Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków, Zespół Jervella i LangeNielsena
AD/AR/Dig
enic
400
LRP2
Donnai-Barrow syndrome, Faciooculoacousticorenal syndrome
AR
15
MANBA
Mannosidosis, lysosomal
AR
9
MITF
Rak nerki, Zespół Waardenburga, Czerniak, Zespół Tietza
AD
10
MYH9
Sebastian syndrome, May-Hegglin anomaly, Epstein syndrome, Fechtner syndrome,
Macrothrombocytopenia and progressive sensorineural deafness
AD
19
MYO7A
Deafness, Usher syndrome
AR
112
NDP
Exudative vitreoretinopathy, Norrie disease
XL
23
NLRP3
Neonatal onset multisystem inflammatory disease (NOMID), Muckle-Wells syndrome,
Chronic infantile neurologic cutaneous articular (CINCA) syndrome
AD
10
PAX3
Craniofacial-deafness-hand syndrome, Waardenburg syndrome
AD/AR
15
PCDH15
Deafness, Usher syndrome
AR/Digenic
23
PDZD7
Usher syndrome
Digenic
1
POLR1C
Treacher Collins syndrome
AR
11
POLR1D
Treacher Collins syndrome
AD/AR
7
SEMA3E
CHARGE syndrome
AD
1
SIX1
Deafness, Branchiootic syndrome, Branchiootorenal syndrome
AD
9
SIX5
Branchiootorenal syndrome
AD
3
SLC19A2
Thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome
AR
10
SLC26A4
Zespół Pendreda, Głuchota
AR
94
SLITRK6
Deafness and myopia
AR
3
SMAD4
Polipowatość młodzieńcza, Zespół Myhre
AD
115
SNAI2
Waardenburg syndrome
AR
2
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
SOX10
Peripheral demyelinating neuropathy, central dysmyelination, Waardenburg syndrome,
and Hirschsprung disease
AD
28
TCOF1
Treacher Collins syndrome
AD
15
TFAP2A
Branchiooculofacial sydrome
AD
9
TIMM8A
Zespół Mohra-Tranebjaerga
XL
11
TYR
Albinism, oculocutaneous
AR
47
USH1C
Deafness, Usher syndrome
AR
11
USH1G
Usher syndrome
AR
7
USH2A
Usher syndrome
AR
123
VCAN
Wagner disease
AD
11
WFS1
Zespół Wolframa
AR
62
Metodologia
Informacja na temat metody badania:
W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas
deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie
spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji,
DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie
zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu.
Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane
wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty
genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia
wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.
Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych
jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie
kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:
Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek
z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej
penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej
choroby.
Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym
prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego
związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie
patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.
Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma
możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.
Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie
ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe
nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby
Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby
Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane
przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular
Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są
pod uwagę następujące kryteria:
wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
określony w analizach bioinformatycznych
potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
zmiana de novo/dziedziczna
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub
Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób
chorych
Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów.
Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation
Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue
Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM,
MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt,
VEP (Variant Effect Predictor).
Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest
wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu
zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki
sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie
znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji
genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak
i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania
wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na
zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia
innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania
pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np.
zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy
intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie
nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji
somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.
Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte
wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację
na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi
sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych
Warsaw Genomics.
Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania:
Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez
zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się
z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki
i konsekwencje przeprowadzenia badania.
Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA
REJESTRACJA
POBRANIE KRWI
Wybranie właściwego testu
genetycznego lub
indywidualnego zestawu
genów
Wypełnienie formularza
zlecenia testu.
Formularz wypełnia pacjent
lub wybrany przez niego
lekarz.
1 probówka z EDTA (9ml).
Pobraną krew można
przechowywać w lodówce
(w temp. +4st C) do 7 dni
PRZESŁANIE PRÓBKI
KRWI NA NASZ ADRES
Próbkę można dostarczyć
osobiście lub kurierem
(w temperaturze pokojowej)
w ciągu 48 godzin. Do próbki
dołączamy wydrukowany
i podpisany formularz
zlecenia testu.
KONSULTACJA LEKARSKA
OPŁACENIE TESTU
Po wykonaniu testu
WYNIK BADANIA
zostanie przekazany osobie
zlecającej test – pacjentowi
lub wybranemu przez niego
lekarzowi
Jak przekazać materiał do badania?
Badanie genetyczne z krwi:
1. Krew należy pobrać do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na
heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi
być na czczo
osoba dorosła - ok. 9 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
dzieci – ok. 4 ml ( minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną
krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać
w temperaturze 4°C)
niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94
Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie
nowotworu):
1. Należy pobrać 9 ml krwi do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani
na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie
musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem
i przechowywać w temperaturze 4°C.
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci:
bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym
z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym
zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej,
albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min.
4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową.
4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)