Niedokrwistości - Warsaw Genomics

Transkrypt

Niedokrwistości - Warsaw Genomics
Niedokrwistości
Niedokrwistość (anemia) jest chorobą, w której występuje nieprawidłowy poziom lub budowa
czerwonych krwinek (erytrocytów), obniżone stężenie hemoglobiny czy też niedobory żelaza
lub witaminy B12. Prawidłowe funkcjonowanie erytrocytów jest niezbędne do zachowania
właściwego transportu tlenu do tkanek i komórek.
Pierwszymi objawami niedokrwistości jest zazwyczaj nadmierne zmęczenie, bladość skóry,
kruchość włosów i paznokci. Osłabienie układu odpornościowego prowadzi do nadmiernej
podatności na infekcje.
Pomimo iż większość niedokrwistości jest wynikiem nieprawidłowej diety czy zaburzeń ze
strony przewodu pokarmowego, istnieją liczne genetyczne przyczyny choroby. Do
najczęstszych wrodzonych anemii należą talasemie, w których dochodzi do nieprawidłowej
syntezy łańcuchów hemoglobiny.
Niedokrwistość sierpowatokrwinkowa, w której erytrocyty przyjmują charakterystyczny,
sierpowaty kształt, zapewnia pacjentom oporność na zakażenie zarodźcem malarii, co tłumaczy
znacząco zwiększone występowanie nosicieli uszkodzonego genu w rejonie Afryki środkowej
i zachodniej. W Europie najpowszechniej występującym typem niedokrwistości jest
sferocytoza wrodzona, związana z nieprawidłową budową błony erytrocytu i dotykająca ok. 1
na 2000 osób pochodzenia północnoeuropejskiego.
Zawarta w niniejszym zestawieniu anemia Fanconiego jest chorobą, w której obserwuje się
zwiększone ryzyko zachorowania na nowotwory, szczególnie nowotwory hematologiczne.
Geny i zespoły genetyczne
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
ABCB7
Anemia, sideroblastic, and spinocerebellar ataxia
XL
9
ADAMTS13
Schulman-Upshaw syndrome, Thrombotic thrombocytopenic purpura, familial
AR
23
ALAS2
Anemia, sideroblastic, Protoporphyria, erythropoietic
XL
27
AMN
Megaloblastic anemia-1, Norwegian
AR
24
ANK1
Spherocytosis
AD/AR
11
ATM
Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja
AD/AR
260
ATR
Cutaneous telangiectasia and cancer syndrome, Seckel syndrome
AD/AR
6
ATRX
Alfa talasemia z upośledzeniem umysłowym
XL
38
BLM
Zespół Blooma
AR
52
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
BRCA2
Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma,
Glejak
AD/AR
1244
BRIP1
Anemia Fanconiego, Rak piersi
AD/AR
61
C15ORF41
Congenital dyserythropoietic anemia
AR
2
CDAN1
Anemia, dyserythropoietic congenital
AR
10
CUBN
Megaloblastic anemia-1, Finnish
AR
31
EPB42
Spherocytosis
AR
11
ERCC4
Anemia Fanconiego, Xeroderma pigmentosum
AR
10
FANCA
Anemia Fanconiego
AR
27
FANCB
Anemia Fanconiego
XL
7
FANCC
Anemia Fanconiego
AR
26
FANCD2
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCE
Anemia Fanconiego
AR
3
FANCF
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCG
Anemia Fanconiego
AR
11
FANCI
Anemia Fanconiego
AR
7
FANCL
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCM
Anemia Fanconiego
AR
2
G6PD
Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency
XL
34
GATA1
Anemia, without thrombocytopenia, Thrombocytopenia with beta-thalessemia,,
Dyserythropoietic anemia with thrombocytopenia
XL
16
GPI
Hemolytic anemia, nonspherocytic due to glucose phosphate isomerase deficiency
AD
10
GSS
Glutathione synthetase deficiency
AR
7
HBA1
Alpha-thalassemia (Hemoglobin Bart syndrome), Alpha-thalassemia (Hemoglobin H
disease)
AR/Digenic
8
HBA2
Alpha-thalassemia (Hemoglobin Bart syndrome), Alpha-thalassemia (Hemoglobin H
disease)
AR/Digenic
21
HBB
Sickle cell disease, Thalassemia-beta, dominant inclusion body, Other
Thalassemias/Hemoglobinopathies, Beta-thalassemia
AD/AR/Dig
enic
166
HFE
Hemochromatosis, choroba Alzheimera, postać późna
AR/Digenic
7
KLF1
Anemia, dyserythropoietic congenital, Blood group, Lutheran inhibitor
AD/BG
16
LPIN2
Majeed syndrome
AR
5
MTR
Methylmalonic acidemia
AR
11
NBN
Rak piersi, Zespół Nijmegen
AD/AR
45
PALB2
Rak piersi, Rak prostaty, Rak trzustki, Anemia Fanconiego
AD/AR
152
PC
Pyruvate carboxylase deficiency
AR
25
PDHA1
Leigh syndrome, Pyruvate dehydrogenase E1-alpha deficiency
XL
36
PDHX
Pyruvate dehydrogenase E3-binding protein deficiency
AR
12
PKLR
Pyruvate kinase deficiency
AR
14
Gen
Choroba/objawy
PUS1
Mitochondrial myopathy and sideroblastic anemia
RAD51C
Anemia Fanconiego, Rak piersi, Rak jajnika
RPL11
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
AR
5
AD/AR
36
Diamond-Blackfan anemia
AD
6
RPL15
Diamond-Blackfan anemia
AD
1
RPL35A
Diamond-Blackfan anemia
AD
3
RPL5
Diamond-Blackfan anemia
AD
8
RPS10
Diamond-Blackfan anemia
AD
3
RPS17
Diamond-Blackfan anemia
AD
4
RPS19
Diamond-Blackfan anemia
AD
9
RPS24
Diamond-Blackfan anemia
AD
4
RPS26
Diamond-Blackfan anemia
AD
8
RPS29
Diamond-Blackfan anemia
AD
2
RPS7
Diamond-Blackfan anemia
AD
1
SBDS
Anemia aplastyczna, Zespół Shwachmana-Diamonda
AD/AR
12
SEC23B
Anemia, dyserythropoietic congenital
AR
12
SLC19A2
Thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome
AR
10
SLC4A1
Spherocytosis, Ovalcytosis, Renal tubular acidosis, distal, with hemolytic anemia,
Cryohydrocytosis
AD/AR/BG
32
SLX4
Anemia Fanconiego
AR
7
SPTA1
Spherocytosis, Ellipsocytosis, Pyropoikilocytosis
AD/AR
22
SPTB
Spherocytosis, Anemia, neonatal hemolytic, Ellipsocytosis
AD/AR
16
THBD
Nefropatia C3, Atypowy zespół hemolityczno-mocznicowy, Trombofilia związana
z niedoborami trombomoduliny
AD
5
TMPRSS6
Iron-refractory iron deficiency anemia
AR
13
TPI1
Triosephosphate isomerase deficiency
AR
8
XRCC2
Rak piersi
AD/AR
4
YARS2
Myopathy, lactic acidosis, and sideroblastic anemia
AR
15
Metodologia
Informacja na temat metody badania:
W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas
deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie
spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji,
DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie
zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu.
Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane
wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty
genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia
wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.
Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych
jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie
kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:
Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek
z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej
penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej
choroby.
Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym
prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego
związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie
patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.
Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma
możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.
Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie
ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe
nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby
Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby
Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane
przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular
Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są
pod uwagę następujące kryteria:
wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
określony w analizach bioinformatycznych
potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
zmiana de novo/dziedziczna
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub
Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób
chorych
Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów.
Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation
Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue
Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM,
MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt,
VEP (Variant Effect Predictor).
Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest
wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu
zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki
sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie
znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji
genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak
i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania
wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na
zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia
innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania
pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np.
zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy
intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie
nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji
somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.
Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte
wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację
na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi
sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych
Warsaw Genomics.
Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania:
Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez
zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się
z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki
i konsekwencje przeprowadzenia badania.
Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA
REJESTRACJA
POBRANIE KRWI
Wybranie właściwego testu
genetycznego lub
indywidualnego zestawu
genów
Wypełnienie formularza
zlecenia testu.
Formularz wypełnia pacjent
lub wybrany przez niego
lekarz.
1 probówka z EDTA (9ml).
Pobraną krew można
przechowywać w lodówce
(w temp. +4st C) do 7 dni
OPŁACENIE TESTU
Po wykonaniu testu
WYNIK BADANIA
PRZESŁANIE PRÓBKI
KRWI NA NASZ ADRES
Próbkę można dostarczyć
osobiście lub kurierem
(w temperaturze pokojowej)
w ciągu 48 godzin. Do próbki
dołączamy wydrukowany
i podpisany formularz
zlecenia testu.
KONSULTACJA LEKARSKA
zostanie przekazany osobie
zlecającej test – pacjentowi
lub wybranemu przez niego
lekarzowi
Jak przekazać materiał do badania?
Badanie genetyczne z krwi:
1. Krew należy pobrać do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na
heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi
być na czczo
osoba dorosła - ok. 9 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
dzieci – ok. 4 ml ( minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną
krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać
w temperaturze 4°C)
niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94
Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie
nowotworu):
1. Należy pobrać 9 ml krwi do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani
2.
3.
4.
5.
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie
musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem
i przechowywać w temperaturze 4°C.
Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci:
bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym
z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym
zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej,
albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min.
4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową.
Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94

Podobne dokumenty