Niedokrwistości - Warsaw Genomics
Transkrypt
Niedokrwistości - Warsaw Genomics
Niedokrwistości Niedokrwistość (anemia) jest chorobą, w której występuje nieprawidłowy poziom lub budowa czerwonych krwinek (erytrocytów), obniżone stężenie hemoglobiny czy też niedobory żelaza lub witaminy B12. Prawidłowe funkcjonowanie erytrocytów jest niezbędne do zachowania właściwego transportu tlenu do tkanek i komórek. Pierwszymi objawami niedokrwistości jest zazwyczaj nadmierne zmęczenie, bladość skóry, kruchość włosów i paznokci. Osłabienie układu odpornościowego prowadzi do nadmiernej podatności na infekcje. Pomimo iż większość niedokrwistości jest wynikiem nieprawidłowej diety czy zaburzeń ze strony przewodu pokarmowego, istnieją liczne genetyczne przyczyny choroby. Do najczęstszych wrodzonych anemii należą talasemie, w których dochodzi do nieprawidłowej syntezy łańcuchów hemoglobiny. Niedokrwistość sierpowatokrwinkowa, w której erytrocyty przyjmują charakterystyczny, sierpowaty kształt, zapewnia pacjentom oporność na zakażenie zarodźcem malarii, co tłumaczy znacząco zwiększone występowanie nosicieli uszkodzonego genu w rejonie Afryki środkowej i zachodniej. W Europie najpowszechniej występującym typem niedokrwistości jest sferocytoza wrodzona, związana z nieprawidłową budową błony erytrocytu i dotykająca ok. 1 na 2000 osób pochodzenia północnoeuropejskiego. Zawarta w niniejszym zestawieniu anemia Fanconiego jest chorobą, w której obserwuje się zwiększone ryzyko zachorowania na nowotwory, szczególnie nowotwory hematologiczne. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze ABCB7 Anemia, sideroblastic, and spinocerebellar ataxia XL 9 ADAMTS13 Schulman-Upshaw syndrome, Thrombotic thrombocytopenic purpura, familial AR 23 ALAS2 Anemia, sideroblastic, Protoporphyria, erythropoietic XL 27 AMN Megaloblastic anemia-1, Norwegian AR 24 ANK1 Spherocytosis AD/AR 11 ATM Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja AD/AR 260 ATR Cutaneous telangiectasia and cancer syndrome, Seckel syndrome AD/AR 6 ATRX Alfa talasemia z upośledzeniem umysłowym XL 38 BLM Zespół Blooma AR 52 Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze BRCA2 Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma, Glejak AD/AR 1244 BRIP1 Anemia Fanconiego, Rak piersi AD/AR 61 C15ORF41 Congenital dyserythropoietic anemia AR 2 CDAN1 Anemia, dyserythropoietic congenital AR 10 CUBN Megaloblastic anemia-1, Finnish AR 31 EPB42 Spherocytosis AR 11 ERCC4 Anemia Fanconiego, Xeroderma pigmentosum AR 10 FANCA Anemia Fanconiego AR 27 FANCB Anemia Fanconiego XL 7 FANCC Anemia Fanconiego AR 26 FANCD2 Anemia Fanconiego AR 6 FANCE Anemia Fanconiego AR 3 FANCF Anemia Fanconiego AR 6 FANCG Anemia Fanconiego AR 11 FANCI Anemia Fanconiego AR 7 FANCL Anemia Fanconiego AR 6 FANCM Anemia Fanconiego AR 2 G6PD Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency XL 34 GATA1 Anemia, without thrombocytopenia, Thrombocytopenia with beta-thalessemia,, Dyserythropoietic anemia with thrombocytopenia XL 16 GPI Hemolytic anemia, nonspherocytic due to glucose phosphate isomerase deficiency AD 10 GSS Glutathione synthetase deficiency AR 7 HBA1 Alpha-thalassemia (Hemoglobin Bart syndrome), Alpha-thalassemia (Hemoglobin H disease) AR/Digenic 8 HBA2 Alpha-thalassemia (Hemoglobin Bart syndrome), Alpha-thalassemia (Hemoglobin H disease) AR/Digenic 21 HBB Sickle cell disease, Thalassemia-beta, dominant inclusion body, Other Thalassemias/Hemoglobinopathies, Beta-thalassemia AD/AR/Dig enic 166 HFE Hemochromatosis, choroba Alzheimera, postać późna AR/Digenic 7 KLF1 Anemia, dyserythropoietic congenital, Blood group, Lutheran inhibitor AD/BG 16 LPIN2 Majeed syndrome AR 5 MTR Methylmalonic acidemia AR 11 NBN Rak piersi, Zespół Nijmegen AD/AR 45 PALB2 Rak piersi, Rak prostaty, Rak trzustki, Anemia Fanconiego AD/AR 152 PC Pyruvate carboxylase deficiency AR 25 PDHA1 Leigh syndrome, Pyruvate dehydrogenase E1-alpha deficiency XL 36 PDHX Pyruvate dehydrogenase E3-binding protein deficiency AR 12 PKLR Pyruvate kinase deficiency AR 14 Gen Choroba/objawy PUS1 Mitochondrial myopathy and sideroblastic anemia RAD51C Anemia Fanconiego, Rak piersi, Rak jajnika RPL11 Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze AR 5 AD/AR 36 Diamond-Blackfan anemia AD 6 RPL15 Diamond-Blackfan anemia AD 1 RPL35A Diamond-Blackfan anemia AD 3 RPL5 Diamond-Blackfan anemia AD 8 RPS10 Diamond-Blackfan anemia AD 3 RPS17 Diamond-Blackfan anemia AD 4 RPS19 Diamond-Blackfan anemia AD 9 RPS24 Diamond-Blackfan anemia AD 4 RPS26 Diamond-Blackfan anemia AD 8 RPS29 Diamond-Blackfan anemia AD 2 RPS7 Diamond-Blackfan anemia AD 1 SBDS Anemia aplastyczna, Zespół Shwachmana-Diamonda AD/AR 12 SEC23B Anemia, dyserythropoietic congenital AR 12 SLC19A2 Thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome AR 10 SLC4A1 Spherocytosis, Ovalcytosis, Renal tubular acidosis, distal, with hemolytic anemia, Cryohydrocytosis AD/AR/BG 32 SLX4 Anemia Fanconiego AR 7 SPTA1 Spherocytosis, Ellipsocytosis, Pyropoikilocytosis AD/AR 22 SPTB Spherocytosis, Anemia, neonatal hemolytic, Ellipsocytosis AD/AR 16 THBD Nefropatia C3, Atypowy zespół hemolityczno-mocznicowy, Trombofilia związana z niedoborami trombomoduliny AD 5 TMPRSS6 Iron-refractory iron deficiency anemia AR 13 TPI1 Triosephosphate isomerase deficiency AR 8 XRCC2 Rak piersi AD/AR 4 YARS2 Myopathy, lactic acidosis, and sideroblastic anemia AR 15 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA POBRANIE KRWI Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. 1 probówka z EDTA (9ml). Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4st C) do 7 dni OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu. KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test – pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo osoba dorosła - ok. 9 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) dzieci – ok. 4 ml ( minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy wysłać na adres: Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa tel.: + 48 22 554 36 94 Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać 9 ml krwi do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani 2. 3. 4. 5. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy wysłać na adres: Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa tel.: + 48 22 554 36 94