Identyfikacja osobnicza zwierząt w oparciu o markery

ROCZNIKI NAUKOWE ZOOTECHNIKI
Monografie i Rozprawy
ANNA RADKO
Identyfikacja osobnicza zwierząt
w oparciu o markery mikrosatelitarne
DNA na przykładzie bydła domowego
(Bos taurus) i jelenia szlachetnego
(Cervus elaphus)
Individual identification of animals based
on DNA microsatellite markers in cattle
(Bos taurus) and red deer (Cervus elaphus)
INSTYTUT ZOOTECHNIKI PAŃSTWOWY INSTYTUT BADAWCZY
KRAKÓW 2011
SPIS TREŚCI
1. WSTĘP. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . PRZEGLĄD LITERATURY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . SEKWENCJE MIKROSATELITARNE (STR). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Główne modele mutacji wpływających na ewolucję mikrosatelitów. . . . . . . . . . . . . . Główne czynniki utrudnień w identyfikacji STR. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Metody statystyczne stosowane w analizach STR. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . BOVIDAE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Badania identyfikacyjne na podstawie DNA u bydła (Bos taurus). . . . . . . . . . . . . . . CERVIDAE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Badania identyfikacyjne na podstawie DNA u jelenia szlachetnego (Cervus elaphus). . . . 2. MATERIAŁ I METODY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . BOVIDAE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . MATERIAŁ BIOLOGICZNY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . METODY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Izolacja DNA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Wykorzystane do badań markery. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Amplifikacja DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Elektroforeza produktów PCR metodą elektroforezy kapilarnej. . . . . . . . . . . . . . . . Identyfikacja osobnicza bydła wykonana na zlecenie policji. . . . . . . . . . . . . . . . . . CERVIDAE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . MATERIAŁ BIOLOGICZNY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . METODY. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Izolacja DNA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Wybór markerów do badań. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Amplifikacja DNA z poszczególnych loci . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Amplifikacja DNA w reakcji PCR 13-plex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Identyfikacja osobnicza wykonana na zlecenie Państwowej Straży Łowieckiej. . . . . . . . Analiza statystyczna . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3. WYNIKI I ICH OMÓWIENIE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . BOVIDAE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Liczba zidentyfikowanych alleli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ocena polimorfizmu analizowanych markerów oraz określenie ich przydatności do weryfikacji rodowodów i identyfikacji bydła . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ocena przydatności zestawów STR do identyfikacji osobniczej oraz badań rodowodowych . CERVIDAE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Wybór markerów do badań. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Amplifikacja DNA w reakcji PCR 13-plex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
7
8
9
10
17
22
22
26
26
31
31
31
31
31
32
33
34
34
34
34
35
35
35
35
38
39
39
41
41
41
44
47
54
54
56
Zmienność genetyczna populacji na podstawie 12 STR. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ocena polimorfizmu analizowanych markerów oraz określenie ich przydatności do identyfikacji jelenia. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4. WNIOSKI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5. LITERATURA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6. STRESZCZENIE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7. SUMMARY . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8. ZAŁĄCZNIKI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
62
70
72
79
81
83