OpenBabel

OpenBabel
Narzędzia OpenBabel
•
•
•
•
•
•
babel
obchiral
obconformer
obenergy
obfit
obgen
•
•
•
•
•
obgrep
obminimize
obprobe
obrotamer
obrotate
Babel
Składnia
babel <input spec> <output spec> [Options]
Przykład
konwersja pliku my_file.sdf do formatu .smi
babel –isdf my_file.sdf -osmi my_file.smi
• konwerter plików
Babel
Popularne formaty plików
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Canonical SMILES format (can)
Chemical Markup Language (cml, mrv)
InChI format (inchi)
MDL MOL format (mol, mdl, sdf, sd)
Protein Data Bank format (pdb, ent)
SMILES format (smi, smiles)
Sybyl Mol2 format (ml2, sy2, mol2)
ChemDraw CDXML format (cdxml)
ChemDraw Connection Table format
(ct)
ChemDraw binary format (cdx)
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Chemtool format (cht)
Ball and Stick format (bs)
Chem3D Cartesian 1 format (c3d1)
Chem3D Cartesian 2 format (c3d2)
Ghemical format (gpr)
Molden format (molden, mold, molf)
PCModel Format (pcm)
UniChem XYZ format (unixyz)
ViewMol format (vmol)
FASTA format (fasta, fa, fsa)
Crystallographic Information File (cif)
Obchiral
obchiral my_file
• wyświetla informacje na temat chiralności
cząsteczki
Obconformer
obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> my_file
• generuje niskoenergetyczne konformery
Obenergy
obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [my_file]
• oblicza energię cząsteczki
Obfit
obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
• nakłada cząsteczki na siebie według wzoru
SMARTS
Obgen
obgen my_file
• wylicza współrzędne kartezjańskie cząsteczki,
a następnie liczy jej energię stosując zadane
pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer
(o najniższej energii) według metody Monte
Carlo
Obgrep
obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern my_file
• narzędzie do przeszukiwania plików
zawierających dane zbiorów cząsteczek (np. smi
lub sdf) bądź baz danych
Obminimize
obminimize [OPTIONS] my_file
• minimalizuję energię
• optymalizuję geometrię molekuły
Obprobe
obprobe [OPTIONS] atom type partial charge my_file
• generuje siatkę powinowactwa atomu o
zadanym typie i ładunku względem molekuły
(liczy energię oddziaływań elektrostatycznych
między atomem – typ, ładunek – a cząsteczką
• Korzysta z pola siłowego MMFF94
Obprop
Przykładowy output
name [Name]
formula [Formula]
mol_weight [Molecular Weight]
exact_mass [Isotopic Mass]
canonical_SMILES [String]
num_atoms [Number]
num_bonds [Number]
num_residues [Number]
sequence [Residue Sequence]
num_rings [Number of Rings (by SSSR)]
logP [Number (octanol-water partition)]
PSA [Number (topological polar surface area)]
MR [Number (molar refractivity)]
• wyświetla informacje o cząsteczce, np. masa,
ładunek, liczba wiązań…
Obrotamer
obrotamer my_file
• generuje współrzędne konformerów/rotamerów
Obrotate
obrotate SMARTS-pattern my_file atom1 atom2 atom3 atom4 angle
• działanie podobne jak obrotamer, ale dodatkowo
można generować rotamery/konformery
fragmentów molekuły
Windows GUI
http://openbabel.org/wiki/Windows_GUI
Literatura
http://openbabel.org/docs/current/OpenBabel.pdf