Nowotwory układu pokarmowego

Nowotwory układu pokarmowego
Nowotwory układu pokarmowego dotyczą żołądka, jelit oraz innych narządów pełniących
funkcje trawienne.
Dziedziczny rozlany rak żołądka jest powodowany mutacjami w genie CDH1 i zazwyczaj dotyka
osoby około 38 r.ż., przy czym skumulowane ryzyko rozwinięcia raka do 80 r.ż. wynosi 80%. U
kobiet występuje także podwyższone ryzyko raka piersi.
Guzy stromalne przewodu pokarmowego są zazwyczaj związane z mutacjami w genie KIT
i zazwyczaj występują jako objaw izolowany, aczkolwiek mogą pojawiać się także w przebiegu
neurofibromatozy typu I. Zespół Carneya-Stratakisa jest związany z występowaniem
przyzwojaków i guzów stromalnych żołądka, co jest efektem nieprawidłowego działania genów
SDHB, SDHC, SDHD. Rak przełyku i rogowiec dłoni i stóp są związane z mutacjami w genie
RHBDF2.
Rak jelita grubego jest jednym z najczęściej występujących nowotworów a jego formy
dziedziczne można podzielić na dwa główne typy: związane i niezwiązane z polipowatością,
czyli występowaniem w ścianie jelita drobnych narośli, które z czasem mogą przekształcić się
w gruczolakoraki. Dziedziczny rak jelita grubego jest najczęściej związany z zespołem Lyncha,
w którym występują uszkodzenia genów związanych z naprawą uszkodzeń DNA (MLH1, MSH2,
PMS2, MSH6). Pacjenci z zespołem Lyncha mają 78% ryzyko zachorowania na raka jelita
grubego, u kobiet występuje ponadto 40-60% ryzyko zachorowania na raka endometrium.
Rodzinna polipowatość gruczolakowata jest związana z występowaniem w jelicie grubym setek
gruczolaków - polipów. Nieleczona choroba, niemal u 100% pacjentów w wieku 35-40 lat
prowadzi do powstania raka. Problem dotyczy 1 na 10 000 osób i jest czasem związana
z występowaniem innych nowotworów, w tym raka brodawkowatego tarczycy
i hepatoblastoma.
Inne, rzadsze zespoły dziedziczne obejmują zespół Peutza-Jeghersa, młodzieńczą
polipowatość i zespół Cowdena. Te zespoły dotykają 1 na 100-200 000 osób. Zespół PeutzaJeghersa związany jest z występowaniem licznych hamartomatycznych polipów w jelicie
grubym oraz ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka jelita grubego, jelita cienkiego,
żołądka i trzustki. Pacjenci z zespołem Cowdena mają hamartomatyczne guzy skóry, jelit
i tarczycy oraz zwiększone ryzyko zachorowania na raka tarczycy i piersi.
Geny i zespoły genetyczne
Gen
Choroba/objawy
APC
Rodzinna polipowatość gruczolakowata, Zespół Gardnera, Guzy desmoidalne
ATM
Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja
AXIN2
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
AD
201
AD/AR
260
Zespół oligodoncja i rak jelita grubego
AD
6
BLM
Zespół Blooma
AR
52
BMPR1A
Polipowatość młodzieńcza
AD
30
BRCA1
Rak piersi, Rak jajnika, Czerniak, Rak prostaty
AD
1161
BRCA2
Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma,
Glejak
AD/AR
1244
BUB1B
Zespół mozaikowatej zróżnicowanej aneuploidii
AD/AR
12
CDH1
Rozlany rak żołądka, Rak piersi
AD
49
CDKN2A
Czerniak, Rak trzustki, Rak płuca, Zespół predyspozycji do nowotworów
AD
26
EPCAM
Zespół Lyncha, Biegunka z enteropatią kępkową
AD/AR
11
FANCC
Anemia Fanconiego
AR
26
GREM1
Zespół mieszanej polipowatości
HNF1A
Rak nerki, Gruczolakowatość wątroby, Cukrzyca typu MODY
AD
45
KIT
Guzy stromalne przewodu pokarmowego, Zespół Leigh, Paraganglioma, Kardiomiopatia
rozstrzeniowa
AD
26
MEN1
Mnoga gruczolakowatość wewnątrzwydzielnicza, Nadczynność przytarczyc
AD
107
MLH1
Zespół Lyncha, Rak jelita grubego (Zespół CoLoN)
AD/AR
638
MSH2
Zespół Lyncha, Zespół Muir-Torre
AD/AR
615
MSH6
Zespół Lyncha
AD/AR
271
MUTYH
Rodzinna polipowatość gruczolakowata
AR
52
NF1
Neurofibromatoza typ 1
AD
203
PALB2
Rak piersi, Rak prostaty, Rak trzustki, Anemia Fanconiego
AD/AR
152
PMS2
Zespół Lyncha
AD/AR
123
POLD1
Rak jelita grubego
AD
1
POLE
Rak jelita grubego, Zespół FILS
AD/AR
1
PTEN
Zespół Cowden
AD
161
RHBDF2
Zespół Howela-Evansa
AD
2
SDHB
Paraganglioma, Pheochromocytoma, Guzy stromalne przewodu pokarmowego
AD
59
SDHC
Paraganglioma, Pheochromocytoma, Guzy stromalne przewodu pokarmowego
AD
11
SDHD
Paraganglioma, Pheochromocytoma, Guzy stromalne przewodu pokarmowego
AD
35
SMAD4
Polipowatość młodzieńcza, Zespół Myhre
AD
115
SMARCB1
Zespół predyspozycji do guzów rabdoidnych, Neurofibromatoza
AD
15
STK11
Zespół Peutza-Jeghersa
AD
60
TMEM127
Pheochromocytoma
AD
19
AD/AR
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
TP53
Zespół Li-Fraumeni, Rak piersi, Chłoniak nieziarniczy, Rak nadnerczy, Rak prostaty
AD
109
TSC1
Stwardnienie guzowate, Limfangioleiomiomatoza
AD
43
TSC2
Stwardnienie guzowate, Limfangioleiomiomatoza
AD
99
VHL
Zespół von Hippel-Lindau, Erytrocytoza
AD/AR
140
Metodologia
Informacja na temat metody badania:
W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas
deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie
spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji,
DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie
zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu.
Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane
wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty
genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia
wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.
Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych
jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie
kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:
Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek
z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej
penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej
choroby.
Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym
prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego
związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie
patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.
Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma
możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.
Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie
ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe
nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby
Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby
Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane
przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular
Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są
pod uwagę następujące kryteria:
wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
określony w analizach bioinformatycznych
potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
zmiana de novo/dziedziczna
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub
Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób
chorych
Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów.
Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation
Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue
Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM,
MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt,
VEP (Variant Effect Predictor).
Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest
wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu
zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki
sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie
znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji
genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak
i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania
wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na
zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia
innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania
pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np.
zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy
intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie
nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji
somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.
Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte
wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację
na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi
sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych
Warsaw Genomics.
Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania:
Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez
zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się
z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki
i konsekwencje przeprowadzenia badania.
Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA
REJESTRACJA
POBRANIE KRWI
Wybranie właściwego testu
genetycznego lub
indywidualnego zestawu
genów
Wypełnienie formularza
zlecenia testu.
Formularz wypełnia pacjent
lub wybrany przez niego
lekarz.
1 probówka z EDTA (9ml).
Pobraną krew można
przechowywać w lodówce
(w temp. +4st C) do 7 dni
OPŁACENIE TESTU
Po wykonaniu testu
WYNIK BADANIA
PRZESŁANIE PRÓBKI
KRWI NA NASZ ADRES
Próbkę można dostarczyć
osobiście lub kurierem
(w temperaturze pokojowej)
w ciągu 48 godzin. Do próbki
dołączamy wydrukowany
i podpisany formularz
zlecenia testu.
KONSULTACJA LEKARSKA
zostanie przekazany osobie
zlecającej test – pacjentowi
lub wybranemu przez niego
lekarzowi
Jak przekazać materiał do badania?
Badanie genetyczne z krwi:
1. Krew należy pobrać do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na
heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi
być na czczo
osoba dorosła - ok. 9 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
dzieci – ok. 4 ml ( minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną
krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać
w temperaturze 4°C)
niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA ( pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94
Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie
nowotworu):
1. Należy pobrać 9 ml krwi do probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani
na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie
musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem
i przechowywać w temperaturze 4°C.
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci:
bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym
z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym
zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej,
albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min.
4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową.
4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy wysłać na adres:
Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego
ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa
tel.: + 48 22 554 36 94
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)