ćwiczenia laboratoryjne

2016/2017
KRYSTALOCHEMIA MAKROCZĄSTECZEK
ćwiczenia laboratoryjne
dla III roku chemii biologicznej i medycznej
prowadzący ćwiczenia:
15 godzin (3 × 5 godz.):
dr Katarzyna Ślepokura, dr Anna Pyra
LAB 1. Techniki krystalizacji. Bazy krystalizacji makromolekuł: BMCD, MPCD


Student przeprowadza krystalizację wybranego białka, np. lizozymu, hemoglobiny, insuliny, ksylanazy, izomerazy glukozowej etc. (silikonuje szkiełka nakrywkowe, sporządza
roztwory, nastawia płytki krystalizacyjne), sporządza pętelkę, wybiera kryształy, ogląda je
w świetle spolaryzowanym (i przygotowuje do pomiaru dyfrakcyjnego).
Student wyszukuje w bazie krystalizacji biomolekuł (np. Biological Macromolecule Crystallization Database, BMCD lub Marseille Protein Crystallization Database, MPCD) optymalne warunki krystalizacji wybranej makrocząsteczki w jednej z jego postaci krystalicznych.
Sprawozdanie nr 1 musi zawierać: opis ćwiczenia z uwzględnieniem stężeń użytych roztworów wyjściowych, obliczeń, stężeń końcowych i warunków krystalizacji.
LAB 2. Bazy danych strukturalnych: RCSB PDB oraz NDB


Uwaga: przed ćwiczeniami student przygotowuje pięć propozycji makrocząsteczek, z którymi ma zamiar pracować. Na zajęciach zostanie wybrana jedna z nich.
Student pracuje nad wybraną przez siebie makrocząsteczką: interesującym go białkiem,
oligonukleotydem, policukrem itp. Po odszukaniu odpowiedniej pozycji w bazie danych
(RCSB Protein Data Bank, RCSB PDB lub Nucleic Acid Database, NDB) student przygotowuje rysunki (w jednym z wybranych programów graficznych, np. PyMol) ilustrujące
sprawozdanie.
Sprawozdanie nr 2 musi zawierać:
 Kod identyfikacyjny opisywanej struktury (PDB ID, NDB ID).
 Rysunki (maksymalnie 2) przedstawiające najbardziej istotne cechy strukturalne badanej
makrocząsteczki, przygotowane samodzielnie przy pomocy dowolnego programu.
 Opis ogólnej budowy makrocząsteczki, szczególnie miejsca aktywnego lub innych istotnych regionów układu.
LAB 3. Modele w chemii makromolekuł. Baza danych CSD

Student buduje modele przestrzenne trzech cząsteczek związków biologicznie ważnych
(wybranych spośród czterech: (oligo)sacharydów, aminokwasów, peptydów, (oligo)nukleotydów, tłuszczy). Student korzysta z bazy danych struktur organicznych (CSD).
Sprawozdanie nr 3 musi zawierać: opis struktury jednej z trzech zbudowanych cząsteczek
(ze szczególnym uwzględnieniem konformacji i stereochemii układu).