Bioinformatyka — specjalizacja z przyszłości

Bioinformatyka — specjalizacja z
przyszłości
Kiedy przyjedziecie do Gliwic, wśród przedwojennych budynków kampusu
Politechniki Śląskiej bez trudu zauważycie wysoki, odrapany, szary blok.
Tak właśnie wygląda Wydział Automatyki, Informatyki i Elektroniki, przez
studentów innych wydziałów uczelni ochrzczony mianem „Wieży magów”.
To tu kształcą się przyszli inżynierowie bioinformatyki.
Bioinformatyka na Politechnice Śląskiej jest jedną ze specjalizacji prowadzonych
w ramach międzywydziałowych studiów biotechnologicznych. Przez pierwsze dwa
lata studenci mogą czuć się „niczyi”; nieco wyobcowani zarówno wśród
chemików, jak i wśród informatyków. Wszystko się zmienia, kiedy przychodzi czas
na wybór specjalizacji. Dumni ze swoich decyzji studenci zamykają się we
własnych, hermetycznych środowiskach.
Czym tak naprawdę jest bioinformatyka? Programowaniem, programowaniem i
jeszcze raz programowaniem… narzędzi dla biotechnologów innych specjalizacji.
W czasie studiów będziecie mieli okazję poznać podstawy C, C++, Matlaba, R,
Labview, Perla, Php i kilku innych języków programowania oraz aplikacji. Ich
zawiłości nie zawsze są dokładnie tłumaczone na zajęciach. Czasami dostaje się
gotowy skrypt w języku, który widzi się po raz pierwszy na oczy i trzeba z nim
pracować. Nierzadko przez składnię należy przegryzać się o własnych siłach,
jednak studenci nigdy nie są pozbawieni pomocy wykładowców.
„Sprawozdanie” to zdecydowanie najczęściej używane słowo na tych studiach.
Bioinformatykom zdarza się pisać ich po pięć, sześć z każdego tygodnia zajęć.
Czasem trzeba przedstawić wpływ parametrów klasyfikatora nadzorowanych sieci
neuronowych, innym razem zamodelować strukturę przestrzenną anhydrazy albo
zaproponować metodę poprawy kontrastu obrazu mikroskopowego. Bez względu
na to co i w jakim języku się pisze, większość algorytmów trzeba wymyślić
samemu.
W ramach specjalizacji studenci poznają praktycznie wszystko z czym mogą się
spotkać w przyszłej pracy, od klasycznych technik analizy DNA, poprzez
specjalistyczną analizę rzeczywistych danych, skończywszy na tworzeniu
systemów sterujących na przykład oczyszczalnią ścieków, a to i tak tylko ułamek
tego, co oferuje uczelnia. Jeśli ma się pomysł albo znajdzie się odpowiedniego
opiekuna na uczelni, już na trzecim roku można rozpocząć własną pracę
badawczą. W ramach specjalizacji działa również, ostatnio nieco zaniedbane, Koło
Naukowe Bioinformatyków. Reaktywacja planowana jest w październiku. Liczymy,
że świeża krew zasili nasze szeregi i Koło ponownie stanie na nogi.
Kreatywni studenci znajdą zatrudnienie w ośrodkach badawczych. Wiele osób
rozpoczyna badania i analizy konkretnych zagadnień jeszcze w czasie studiów.
Wydawać by się mogło, że programowanie to programowanie i nie ma w tym nic
ciekawego. Wierzcie mi lub nie, ale nie ma nic piękniejszego, niż widok
kompilującego się bez błędów skryptu, jeśli ma się przy okazji świadomość, że to
co się stworzyło, może pomóc na przykład w wykrywaniu mutacji
odpowiedzialnych za nowotwory. Napisany na zaliczenie program wprawdzie nie
zbawi świata, ale przecież i Rzym nie od razu zbudowano.
Jeśli komuś nie odpowiada kariera badacza, zawsze może wykorzystać zdobyte
umiejętności w innej pracy. W wielu miejscach potrzeba programistów, zwłaszcza
mających choćby blade pojęcie o biologii. Każdy szpital czy laboratorium generuje
co dzień dane, które trzeba umiejętnie analizować i składować.
Bioinformatyk, przynajmniej w założeniu, jest specjalistą w dwóch dziedzinach.
Potrafi określić problem analizy jak biolog, po czym może sam sobie dobrać
odpowiedni algorytm rozwiązujący jak informatyk. Problemem pozostaje obecnie
sprzęt. Niektórym analizom nie potrafią podołać nawet najlepsze klastry, a tym
bardziej zwykłe, studenckie komputery. Czasami na wyniki, które powinny być
dostępne od razu, trzeba czekać i tydzień. Być może w przyszłości sprzęt
dostosuje się do potrzeb i możliwości technik bioinformatycznych.
Jeśli macie smykałkę do algorytmiki i nie boicie się nowych wyzwań, wybierzcie
się na bioinformatykę. „Wieża magów” przygarnie wszystkie, nawet najbardziej
szalone indywidua i pokieruje ich dalszym rozwojem.
Marta Danch
Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej
Data publikacji: 02.06.2016r.