„Chemia Strukturalna” – laboratorium, sem. Letni 2011/2012
Transkrypt
„Chemia Strukturalna” – laboratorium, sem. Letni 2011/2012
Chemia, I rok, II stopień Sp. Nieorganiczna „Chemia Strukturalna” – laboratorium, sem. Letni 2011/2012 Ćwiczenie 1 Grupy punktowe dwuwymiarowe i trójwymiarowe (powtórzenie), programy Gplans i Kryst1: wykonywanie rzutów elementów symetrii danych grup na płaszczyznę xy, pozycje szczególne i ogólne punktów w danej grupie punktowej. Ćwiczenie 2 Opis struktury cząsteczek na podstawie danych geometrycznych (długość wiązania, kąt walencyjny i kąt torsyjny); wprowadzenie i zastosowanie programu Mercury: określanie wzoru strukturalnego cząsteczek węglowodorów na podstawie długości wiązań, opis wielościanów koordynacyjnych (określanie liczb koordynacyjnych) na podstawie wartości katów walencyjny (zbiory Cu-kompleks.cif, Li-kompleks.cif i dane z CSD), określanie konformacja układów cyklicznych i acyklicznych – kąty torsyjne (zbiory androst.cif, di-trisach.cif i dane z CSD). Ćwiczenie 3 Struktura zbioru *.res; wykorzystanie programu Mercury: przygotowanie zbioru *.res na podstawie danych z publikacji wyznaczanie i analiza danych strukturalnych (dane krystalograficzne, długości, wiązań, kąty walencyjne i torsyjne, wyznaczanie płaszczyzny sieciowej, itp.). Ćwiczenie 4 Analiza struktury cząsteczek (wykorzystanie programu Mercury): wyznaczanie i analiza danych strukturalnych (dane krystalograficzne, długości, wiązań, kąty walencyjne i torsyjne, wyznaczanie płaszczyzny sieciowej, itp.), opis różnic konformacyjnych form polimorficznych (katalog polimorfizm (cify)), wykorzystanie danych geometrycznych do obliczania objętości cząsteczek ‘izolowanych’, Ćwiczenie 5 Analiza struktury kryształu (wykorzystanie programu Mercury): opis sposobów upakowania cząsteczek w krysztale, analiza sposobu oddziaływania - wiązanie wodorowe: parametry charakteryzujące wiązanie wodorowe, sposoby asocjacji (zbiory hydrogen-bond.cif i w-wodor-3kompl.cif), wpływ rozpuszczalników (solwaty i hydraty) na asocjację cząsteczek (zbiór solwaty.cif). Ćw. 6 i 7. Krystalograficzna Baza Danych (Cambridge Structural Database – CSD): sposoby definicji testu, testy tekstowe i numeryczne, operatory logiczne, definiowanie parametrów geometrycznych, analiza wyników testu, zapisywanie wyników testu (zbiory *.cqs, *.cif, *.res, *.pdf). Ćw. 8 i 9. Nieorganiczna baza danych (Inorganic Crystal Structure Database – ICSD) sposoby definicji testu, testy Chemistry, Symmetry, References, operatory logiczne (and, or, ...), analiza wyników testu, wykorzystanie ICSD - polimorfizm pierwiastków wizualizacja wyników (Vizualize – wykorzystanie opcji programu), zapisywanie wyników testu (zbiory *.lst, *.txt, *.cif, *.vis). Ćw. 10 (w zależności od czasu) Analiza strukturalna cząsteczek/kryształów na podstawie publikacji naukowych. Krystalograficzna Baza Danych (CSD) – testy zaawansowane, definiowanie parametrów strukturalnych, Vista...- rozkłady statystyczne. Układy supramolekularne.