Co każdy bioinformatyk o życiu wiedzieć powinien
Transkrypt
Co każdy bioinformatyk o życiu wiedzieć powinien
Jakub Mateusz Kowalski Co każdy bioinformatyk o życiu wiedzieć powinien – czyli biologiczne podstawy bioinformatyki. Bioinformatyka – wykorzystanie technik informatycznych w badaniach biologicznych: - symulacje - przetwarzanie danych (głównie sekwencji DNA) Biologia – nauka badająca życie. Życie – zjawisko polegające na istnieniu dynamicznych struktur zdolnych do samopowielania się i ewolucji. Biolodzy zajmują się głównie komórkowymi formami życia. Komórkę możemy traktować jako system przetwarzający informację. Dla komórki bardzo istotną rolę grają białka: - stanowią budulec - przeprowadzają reakcje chemiczne - sterują komórką Białka – biopolimery złożone z aminokwasów połączonych wiązaniem peptydowym. Właściwości białek zależą od ich sekwencji aminokwasów – skąd komórka wie, jak ustawić aminokwasy? Plany budowy białka koduje DNA w postaci genów. Upakowanie DNA: - Eucariota: - nukleosomy - włókna chromatynowe - chromosomy - Procariota: - nukleoid (kenofor, prokarion) - plazmidy Chromosomy: - biblioteki DNA - gen, locus, allel - diploidalność i haploidalność - mitoza - mejoza - crossing-over - centymorgany Replikacja DNA: - różnice między Eucariota a Procariota - inicjacja - widełki replikacyjne - nić wiodąca i nić opóźniona Transkrypcja: - jednostka transkrypcji: - promotor - Procariota (-35, -10) - Eucariota (kompleks preinicjacyjny PIC) - kontrola transkrypcji - terminator Transkrypcja C.D.: - inicjacja, elongacja, terminacja - Eucariota: - poliadenylacja, kapowanie - splicing, edycja - snRNA, rRNA, tRNA - retrotranskryptaza Kod genetyczny: - trójkowy* - czteroliterowy - zdeterminowany - zdegenerowany - niezachodzący* - bezprzecinkowy* - uniwersalny* Kod mitochondrialny Translacja: - (aktywacja) - inicjacja - elongacja - terminacja Techniki biologiczne (DNA): - wycinanie i wklejanie - powielanie: - PCR - klonowanie (DNA, cDNA) - wyszukiwanie - sekwencjonowanie - pomiar długości