docSprawozdanie 2008
download 
Reklamacja Transkrypt
Sprawozdanie 2008
Sprawozdanie 2013 podzadanie nr 08-2.21.9 „Ustalanie profili genetycznych DNA powiązanych z cechami użytkowymi bydła ras mlecznych" W ramach tematu wykonano zadania badawcze prowadzące do przeprowadzenia walidacji genomowych wartości hodowlanych dla następujących cech: wskaźnik niepowtarzalności unasienniania jałówek (NRJ), wskaźnik niepowtarzalności unasienniania krów (NRK), odstęp międzyciążowy (OMC), przestój poporodowy (PRP), liczba komórek somatycznych w mleku (SCS), wydajność mleka (MKG), wydajność tłuszczu (FKG) oraz wydajność białka (PKG). Poszczególne etapy prac obejmowały: 1. Obliczenie efektów SNP na stan z 2009 roku na podstawie korespondujących konwencjonalnych wartości hodowlanych. NRJ 1990 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 3 do 2158 NRK 1801 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 3 do 1905 OMC 1752 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 3 do 1277 PRP 1764 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 3 do 1490 SCS 1907 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 2 do 3199 MKG 1913 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 2 do 2756 FKG 1903 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 2 do 2756 PKG 1903 buhajów w zbiorze treningowym z EDC od 2 do 2753 2. Predykcję bezpośrednich (DGV) i genomowych wartości hodowlanych (GEBV) dla „młodych” buhajów na stan z 2009 roku na podstawie efektów SNP obliczonych w poprzednim etapie oraz wartości indeksów pochodzenia (PI). NRJ 249 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 99.07±7.49 i waha się w granicach [75.84-115.70], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.86, a pomiędzy GEBV i PI: 0.76 NRK 249 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 98.57±8.26 i waha się w granicach [75.00-117.7], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.88, a pomiędzy GEBV i PI: 0.76 OMC 249 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 101.51±8.61 i waha się w granicach [78.44-144.28], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.90, a pomiędzy GEBV i PI: 0.74 PRP 249 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 102.28±8.87 i waha się w granicach [80.29-137.65], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.91, a pomiędzy GEBV i PI: 0.76 SCS 193 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 100.35±7.83 i waha się w granicach [79.38-116.09], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.91, a pomiędzy GEBV i PI: 0.73 MKG 199 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 603±357 i waha się w granicach [-1011-1507], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.89, a pomiędzy GEBV i PI: 0.79 FKG 199 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 13.42±10.12 i waha się w granicach [-33.45-41.50], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.89, a pomiędzy GEBV i PI: 0.70 PKG 199 buhajów w zbiorze testowym, średnie GEBV wynosi 17.71±9.72 i waha się w granicach [-31.00-42.76], korelacja pomiędzy GEBV i DGV wynosi 0.90, a pomiędzy GEBV i PI: 0.83 3. Przeprowadzenie walidacji wg zasad Interbull polegających na oszacowaniu parametrów następującego równania regresji liniowej: , gdzie EBV to konwencjonalna wartość hodowlana, to wyraz wolny, to gradient, a GEBV to genomowa wartość hodowlana. NRJ wyraz wolny jest równy -37.71±71.97, gradient jest równy 1.30±0.73, współczynnik R2 wynosi 2%; NRK wyraz wolny jest równy 58.45±45.83, gradient jest równy 0.33±0.46, współczynnik R2 wynosi 0%; OMC wyraz wolny jest równy 66.50±26.80, gradient jest równy 0.36±0.26, współczynnik R2 wynosi 1%; PRP wyraz wolny jest równy 63.54±36.11, gradient jest równy 0.37±0.35, współczynnik R2 wynosi 1%; SCS wyraz wolny jest równy 31.68±10.4, gradient jest równy 0.68±0.10, współczynnik R2 wynosi 19%; MKG wyraz wolny jest równy -234.66±76.85, gradient jest równy 0.87±0.11, współczynnik R2 wynosi 24%; FKG wyraz wolny jest równy -2.06±2.48, gradient jest równy 0.88±0.15, współczynnik R2 wynosi 15%; PKG wyraz wolny jest równy 1.77±2.19, gradient jest równy 0.66±0.11, współczynnik R2 wynosi 15%; 4. Przygotowanie zbiorów danych dla Interbull. podzadanie nr rej. 08-2.22.9 "Wykorzystanie analizy genomicznej do zwiększenia dokładności oceny wartości hodowlanej bydła ras mlecznych" W ramach tematu wykonano zadania badawcze prowadzące do obliczenia genomowych wartości hodowlanych dla zgenotypowanych osobników z polskiej populacji bydła mlecznego oraz przygotowanie danych dla próbnej, międzynarodowej oceny genomowej wartości hodowlanej prowadzonej przez Interbull. Poszczególne etapy prac obejmowały: 1. Obliczenie wartości efektów SNP na podstawie dostępnej populacji referencyjnej i konwencjonalnych wartości hodowlanych korespondujących z oceną z sierpnia 2013, dla wszystkich cech, dla których prowadzona jest konwencjonalna ocena wartości hodowlanej, z pominięciem długowieczności. Liczba osobników o znanych genotypach wyniosła 6 212 i była wyższa o 1 837 w porównaniu z oceną z sierpnia 2012. Całkowita liczba analizowanych rekordów danych wyniosła 282 617 424 200 085 185, o 82 532 239 więcej niż w ocenie z ubiegłego roku. Liczba buhajów w zbiorze referencyjnym, czyli buhajów posiadających zarówno genotypy jak i konwencjonalne wartości hodowlane wahała się od 2 341 dla odstępu międzyciążowego, do 2 531 dla wydajności mleka, białka i tłuszczu. 2. Obliczenie bezpośrednich wartości genomowe (DGV) oraz ich dokładności, dla wszystkich osobników posiadających genotypy. 1 średnia dokładność DGV 2012 średnia dokładność DGV 2013 0.16 różnica 2013-2012 0.14 0.9 0.12 0.8 0.08 0.1 0.06 0.7 0.04 NRJ NRK OMC PRP FKG MKG PKG SCS BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RUH RWI STA TYP UDE USU UWI 0.5 0 -0.02 NRJ NRK OMC PRP FKG MKG PKG SCS BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RUH RWI STA TYP UDE USU UWI 0.02 0.6 Rys. 1: Różnice w średniej dokładności DGV (grupa referencyjna + testowa) pomiędzy ocenami 08.2013 i 08.2012. 0.8 minimalna dokładność DGV 2012 minimalna dokładność DGV 2013 0.7 0.15 różnica 2013-2012 0.1 0.6 0.05 0 0.4 NRJ NRK OMC PRP FKG MKG PKG SCS BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RUH RWI STA TYP UDE USU UWI 0.5 -0.05 0.3 -0.1 NRJ NRK OMC PRP FKG MKG PKG SCS BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RUH RWI STA TYP UDE USU UWI 0.2 Rys. 2: Różnice w minimalnej dokładności DGV (grupa testowa) pomiędzy ocenami 08.2013 i 08.2012. 3. Obliczenie genomowych wartości hodowlanych (GEBV) uzyskanych z połączenia bezpośrednich wartości genomowych z wartościami indeksów pochodzenia oraz ich dokładności, dla buhajów nieposiadających własnych konwencjonalnych wartości hodowlanych. STA SCS 0.7 0.7 0.6 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 PKG NRK 0.7 0.7 0.6 0.6 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.3 0.2 0.2 0.1 0.1 Rys. 3: Różnice w średniej dokładności indeksu pochodzenia (PI), DGV oraz GEBV pomiędzy ocenami 08.2013 i 08.2012, przedstawione dla wybranych cech. Obliczenie genomowych wartości hodowlanych (GEBV) uzyskanych z połączenia bezpośrednich wartości genomowych z konwencjonalnymi wartościami hodowlanymi oraz ich dokładności, dla buhajów posiadających własne konwencjonalne wartości hodowlane. 4. 0.7 średnia dokładność GEBV 2013 średnia dokładność GEBV 2012 0.04 różnica 2013-2012 0.03 0.6 0.02 0.5 UWI STA UDE RLR RUH OUS FTP OCS BDE FAN FKG PKG NRJ 0 0.4 OMC 0.01 NRJ NRK OMC PRP FKG MKG PKG SCS BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RUH RWI STA TYP UDE USU UWI -0.01 0.3 -0.02 Rys. 4: Różnice w średniej dokładności GEBV pomiędzy ocenami 08.2013 i 08.2012 dla buhajów z grupy testowej. 5. Przygotowanie plików do wykonania międzynarodowej oceny genomowej wartości hodowlanej przez Interbull. 1000 900 800 700 500 ANG BDE CWI FAN FKG FTL FTP FUA MKG NRJ NRK OCS OFL OMC OUS PKG PRP RAN RLR RLS RUH RWI SCS SIZ STA TYP UDE USU UWI 600 Rys. 5: Liczba buhajów tworzących grupę testową w ocenie z sierpnia 2013 wykorzystanych w testowej międzynarodowej ocenie wartości hodowlanych.
