Rozwój mózgu

Zbigniew Sołtys -
Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13
13 MAKRA I PLUGINY
Największą zaletą ImageJ jest wielka i stale rosnąca liczba programów i makr. Na
stronie. Niewielka część z nich jest instalowana razem z programem, resztę można
ściągnąć ze strony:
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html
Makra można łatwo tworzyć samemu, w najprostszy sposób przez rejestrację
wykonywanych czynności, pisanie pluginów jest bardziej skomplikowane, wymaga
znajomości podstaw języka JAVA.
Pluginy są napisane w Javie, większość występuje w postaci gotowych plików *.class
lub *.jar, które wystarczy wgrać do folderu Plugins w folderze ImageJ lub do
dowolnych podfolderów w tym folderze. Po wgraniu plugin powinien pojawić się w
odpowiednim miejscu w menu Plugins. Niektóre pluginy dostępne są tylko jako pliki
*.java - należy je wówczas przekształcić do plików wykonywalnych korzystając z
polecenia: Plugins → Compile and Run.
Uwaga: Większość pluginów pojawia się w submenu odpowiadającym subfolderowi,
do którego plugin został wgrany. Niektóre pluginy jednak same zakładają swoje
subfoldery, inne jeszcze włączają się do podstawowego menu programu.
Makra to pliki tekstowe, można je pisać w dowolnym edytorze. Powinny mieć
rozszerzenie *.txt albo *.ijm
Podstawowa różnica funkcjonalna między pluginami i makrami polega na tym, że
pluginy są cały czas dostępne do użycia, natomiast makra (poza makrami
startowymi) należy każdorazowo instalować. Zainstalowanie nowego makra
powoduje usunięcie poprzednio instalowanego.
13.1 MAKRA STARTOWE
Rys. 13.1
Przy starcie programu automatycznie instaluje się zestaw makr do rysowania.
Ostatnia ikona w narzędziowniku pozwala na przełączenie do innego zestawu makr,
na przykład do zestawu dodatkowych narzędzi do rysowania (Drawing Tools)
Rys. 13.2
Zbigniew Sołtys -
Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13
albo do makr wywołujących funkcje do obsługi stosów (Stack Tools)
Rys. 13.3
Poszczególne klawisze to uruchomienie lub zatrzymanie animacji, przejscie do
pierwszego obrazu w stosie (<<), do poprzedniego lub następnego obrazu (<lub >),
do ostatniego obrazu w stosie (>>) oraz przyciski dodawania i usuwania obrazów do
lub z stosu.
Opcja Toolset Creator pozwala na stworzenie własnego zestawu ikon - można takim
ikonom przypisać najczęściej przy określonych zadaniach używane pluginy
Rys. 13.4
Zbigniew Sołtys -
Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13
13.2 REJESTROWANIE MAKR
Najprostszym sposobem stworzenia makra jest wykorzystanie rekordera.
Do tego celu służy opcja: Plugins → Macros → Record
Wszystkie wywoływane funkcje będą kolejno wpisywane do okna recordera, np:
Rys. 13.5
Po zarejestrowaniu odpowiednich czynności należy kliknąć przycisk Create i
wówczas pojawi się okno z zarejestrowanym makrem:
Rys. 13.6
Jest to edytor tekstowy, pozwalający na modyfikację makra, a także na jego
uruchomienie (menu: Macros, Run) i znalezienie ewentualnych błędów (Debug)
Recorder pozwala też na przygotowanie pluginu - w tym celu przy opcji Record:
zamiast Macro należy wybrać Plugin. Program wygeneruje plik *.java, który
następnie należy przetworzyć na wykonywalny plugin korzystając z polecenia Plugins
→ Compile and Run. Jednak nie wszystkie tworzone w ten sposób pluginy działają
prawidłowo, dlatego jeśli nie jest to konieczne to nie należy korzystać z tej opcji.
Uwaga 1
Recorder nie rejestruje ustawień wykonywanych przy pomocy suwaków. Dlatego jeśli
chcemy wprowadzić do programu na przykład określony zakres dla funkcji Threshold
to należy skorzystać z polecenia Set. Podobnie, jeśli chcemy aby aby makro
zarejestrowało przechodzenia między obrazami w stosie, należy posłużyć się
poleceniami Next Slice, Previous Slice z menu Image → Stacks.
Uwaga 2
Jeśli makro ma wykonywać pomiary, należy do makra wprowadzić polecenia Set
Measurements i ewentualnie Set Scale. Zagwarantuje to, że makro za każym razem
Zbigniew Sołtys -
Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13
wykona pomiary przy takich samych ustawieniach - w przeciwnym przypadku makro
pobierze takie ustawienia, jakie będą w danym momencie ustawione w programie.
Uwaga 3.
Nie wszystkie pluginy dają się wywołać przy pomocy makra
13.3 Pętle w makrach.
Jeśli makro ma wielokrotnie wykonać tą samą czynność lub sekwencję czynności to
można posłużyć się poleceniem języka Java deklarującym pętlę. Na przykład,
zamiast powtarzać kilkadziesiąt razy sekwencję poleceń potrzebnych przy pomiarze
wymiaru fraktalnego metodą dylatacji:
run("Dilate");
run("Measure");
run("Dilate");
run("Measure");
run("Dilate");
run("Measure")
.............................
można skorzystać z polecenia:
for (i=1; i<64; i++)
{
run("Dilate");
run("Measure")
}
Takie makro 63 razy wykona kolejno dylatację i pomiar obrazu.
Makro z zagnieżdżoną pętlą (pętla w pętli) do wyszukiwania nalepszych wartości
parametrów algorytmu Bernstena zostało przedstawione w części 7.
13.4 INSTALOWANIE MAKR
Makra instalujemy korzystając z Plugins→ Macros → Install
Rys. 13.7
Zbigniew Sołtys -
Komputerowa Analiza Obrazu Mikroskopowego 2015 część 13
Nazwa zainstalowanego makra (w powyższym przypadku RGB_Histogram) pojawi
się na dole rozwijanej listy.
Jednorazowo może być zainstalowany tylko jeden plik makrowy. Ale taki plik może
zawierać wiele makr jednocześnie, i co więcej - można te makra wywoływać przy
pomocy na przykład klawiszy funkcyjnych (lub normalnych klawiszy - choć tu może
pojawić się konflikt z wpisanymi do programu klawiszami skrótów) . Takie makro
musi być jednak odpowiednio przygotowane, np:
macro "blue [F1]"
{
run("Delete Slice");
run("Delete Slice");
}
macro "stack [F2]"
{
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
run("Size...", "width=512 height=512 constrain
interpolation=Bilinear");
run("Image Sequence... ");
}
Mamy dwa makra w jednym pliku. Wciśnięcie F1 powoduje usunięcie dwóch
pierwszych obrazów ze stosu (np. RGB)
Wciśnięcie F2 powoduje że wszystkie obrazy zostaną połączone w jeden stos,
następnie ich rozmiary zostaną zmienione na 512 x 512 pikseli, i na koniec zostanie
wywołane okno, dzięki któremy obrazy ze stosu zostaną zapamiętane jako odrębne
obrazy.
Przygotowanie makr niekiedy wymaga dość dużej liczby prób. Dlatego dobrze jest do
takiego opracowywanego złożonego makra wprowadzić polecenia, które uproszczą
proces instalacji, np.
macro"makro [F2]"
{
run("Install...", "install=C:\\ImageJ\\macros\\Bernsen.txt");
}
To jest makro z pliku Bernsen.txt. Instalując plik z takim makrem możemy go potem
dowolnie modyfikować i wówczas każdorazowe wciśnięcie F2 spowoduje
załadowanie zmodyfikowanej wersji makra, bez konieczności uruchamiania całej
procedury istalacyjnej. Oczywiście, zmodyfikowane makro musi zostać wcześniej
zapamiętane.