www.theta.edu.pl Podstawy bioinformatyki Lista 4 (27.03.2015) 1

www.theta.edu.pl Podstawy bioinformatyki Lista 4 (27.03.2015) 1

www.theta.edu.pl
Podstawy bioinformatyki
Lista 4 (27.03.2015)
1. Przyrównano sekwencje za pomocą macierzy kropkowych. Co możesz
wywnioskować z podanych poniżej wizualizacji? Podpisz każdy rysunek i uzasadnij
odpowiedź. Jeśli stwierdzisz mutację przyrównaj sekwencje (jedna pod drugą) i
wskaż (zaznacz kolorem) zmutowane fragmenty.
2. Poniżej wklejono 2 sekwencje aminokwasowe. Przyrównaj je lokalnie i globalnie
programami (Needle, Matcher, Water) dostępnymi na stronie
www.ebi.ac.uk/Tools/psa/. Odpowiedz na pytania:
a) Czym charakteryzują się wymienione programy?
b) Jaki jest procent podobieństwa sekwencji w przypadku przyrównania lokalnego?
c) Jaki jest procent podobieństwa sekwencji w przypadku przyrównania
globalnego?
d) Które przyrównanie ma największy score?
e) Która macierz substytucji została domyślnie użyta w przyrównaniach obu
sekwencji?
f) Wyjaśnij dlaczego domyślnie kara za rozszerzenie przerwy jest mniejsza niż kara
za jej wstawienie.
MIILWSLIVHLQLTCLHLILQTPNLEALDALEIINYQTTKYTIPEVWKEQPVATIGEDVD
DQDTEDEESYLKFGDDAEVRTSVSEGLHEGAFCRRSFDGRSGYCILAYQCLHVIREYRVH
GTRIDICTHRNNVPVICCPLADKHVLAQRISATKCQEYNAAARRLHLTDTGRTFSGKQCV
PSVPLIVGGTPTRHGLFPHMAALGWTQGSGSKDQDIKWGCGGALVSELYVLTAAHCATSG
www.theta.edu.pl
SKPPDMVRLGARQLNETSATQQDIKILIIVLHPKYRSSAYYHDIALLKLTRRVKFSEQVR
PACLWQLPELQIPTVVAAGWGRTEFLGAKSNALRQVDLDVVPQMTCKQIYRKERRLPRGI
IEGQFCAGYLPGGRDTCQGDSGGPIHALLPEYNCVAFVVGITSFGKFCAAPNAPGVYTRL
YSYLDWIEKIAFKQH
MTLGRRLACLFLACVLPALLLGGTALASEIVGGRRARPHAWPFMVSLQLRGGHFCGATLI
APNFVMSAAHCVANVNVRAVRVVLGAHNLSRREPTRQVFAVQRIFENGYDPVNLLNDIVI
LQLNGSATINANVQVAQLPAQGRRLGNGVQCLAMGWGLLGRNRGIASVLQELNVTVVTSL
CRRSNVCTLVRGRQAGVCFGDSGSPLVCNGLIHGIASFVRGGCASGLYPDAFAPVAQFVN
WIDSIIQRSEDNPCPHPRDPDPASRTH
3. Za pomocą programu BLAST (protein) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSear
ch&LINK_LOC=blasthome – dowiedz się do jakich organizmów należą dwie wyżej
wymienione sekwencje. Wklej pierwszą sekwencję w okno (Enter Query Sequence) i
uruchom program (przycisk BLAST). Poczekaj na wynik. Na podstawie
„identyczności” sekwencji wyrażonej w procentach wywnioskuj z jakiego organizmu
pochodzi dana sekwencja aminokwasowa. Wykonaj te same polecenia dla drugiej
sekwencji.
4. Wyszukaj sekwencje homologiczne za pomocą programu BLAST.
1. Znajdź w bazie nukleotydowej NCBI sekwencję o numerze EF667005.1
2. W menu po prawej stronie znajdź i naciśnij „Run BLAST”
3. Wyszukaj sekwencje, które są blisko spokrewnione („Highly similar sequences”).
Sekwencje jakich gatunków znalazłeś?
4. Spróbuj samodzielnie zinterpretować wynik działania programu BLAST. Zwróć
uwagę na wartości: score i e-value. Zastanów się w jaki sposób mogą one pomóc
Ci wybrać odpowiednie sekwencje do stworzenia drzewa filogenetycznego.
5. Zapisz na dysku kilka sekwencji homologicznych, np. po dwie dla każdego
gatunku.
6. Odszukaj opcję “Distance tree of results”. Jaka jest Twoja interpretacja wyniku?