cobas 4800 CT/NG Test

Transkrypt

cobas® 4800 HPV Test
DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
UŻYTKOWNICY SYSTEMU Z OPROGRAMOWANIEM W WERSJI 1.1.2 MUSZĄ PRZESTRZEGAĆ INSTRUKCJI
PODANYCH W CZĘŚCI A.
UŻYTKOWNICY SYSTEMU Z OPROGRAMOWANIEM W WERSJI 2.1 LUB NOWSZEJ MUSZĄ PRZESTRZEGAĆ
INSTRUKCJI PODANYCH W CZĘŚCI B.
WSZYSTKIE INNE CZĘŚCI SĄ WSPÓLNE DLA WSZYSTKICH UŻYTKOWNIKÓW OPROGRAMOWANIA.
®
cobas 4800 System Sample Preparation Kit
®
cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit
®
cobas 4800 HPV Controls Kit
®
cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit
c4800 SMPL PREP
c4800 HPV AMP/DET
c4800 HPV CTLS
c4800 LIQ CYT
®
cobas 4800 System Wash Buffer Kit
c4800 WB
960 Tests
240 Tests
960 Tests
240 Tests
10 Sets
P/N: 05235804190
P/N: 05235782190
P/N: 05235910190
P/N: 05235901190
P/N: 05235855190
960 Tests
240 Tests
960 Tests
240 Tests
P/N: 05235839190
P/N: 05235812190
P/N: 05235871190
P/N: 05235863190
UWAGA: Zakup niniejszego produktu umożliwi nabywcy zastosowanie go do amplifikacji i detekcji sekwencji kwasu
nukleinowego z zastosowaniem reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) oraz związanych z nią procesów w ramach
diagnostyki in vitro z użyciem materiału ludzkiego. Wraz z nabyciem niniejszego produktu nabywca nie otrzymuje żadnego
patentu ogólnego ani innej licencji, oprócz prawa do określonego, szczególnego zastosowania produktu.
ZASTOSOWANIE
®
Test cobas 4800 Human Papillomavirus (HPV) jest jakościowym testem in vitro służącym do wykrywania wirusa brodawczaka ludzkiego
w próbkach pacjentek. Do detekcji 14 typów wirusa HPV o wysokim stopniu ryzyka (ang. high-risk — HR) w teście tym, w ramach pojedynczej
analizy, wykorzystuje się amplifikację docelowego DNA przez reakcję łańcuchowej polimerazy (PCR) oraz hybrydyzację kwasów
nukleinowych. Test pozwala na oznaczenie szczególnie typów wirusa HPV 16 i HPV 18 i równoczesne wykrycie innych typów o wysokim
stopniu ryzyka (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68) przy klinicznie istotnych poziomach zakaźności. Próbki są ograniczone do
®
komórek szyjki macicy pobieranych do podłoża do przechowywania pobranych komórek cobas PCR Cell Collection Media (Roche Molecular
®
TM
Systems, Inc.), płynnego podłoża PreservCyt (Hologic Corp.) oraz płynu konserwującego SurePath (BD Diagnostics-TriPath).
®
Wskazania do stosowania testu cobas 4800 HPV są następujące:
®
(a) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia jako badanie przesiewowe u pacjentek, których wyniki cytologii szyjki macicy wykazały
ASC-US (atypowe komórki nabłonka płaskiego szyjki macicy o nieokreślonym znaczeniu, ang. atypical squamous cells of undetermined
significance), w celu określenia potrzeby skierowania ich na kolposkopię.
®
(b) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia jako badanie przesiewowe u pacjentek, których wyniki cytologii szyjki macicy wykazały
ASC-US w celu oceny obecności lub braku genotypów 16 i 18 wirusa HPV o wysokim stopniu ryzyka.
®
(c) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia dodatkowo obok cytologii szyjki macicy w celu oceny obecności lub braku typów
wirusa HPV o wysokim stopniu ryzyka.
®
(d) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia dodatkowo obok cytologii szyjki macicy w celu oceny obecności lub braku genotypów 16
i 18 wirusa HPV.
®
(e) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia jako pierwotne badanie przesiewowe pierwszego rzutu w celu identyfikacji kobiet,
u których występuje zwiększone ryzyko rozwoju raka szyjki macicy lub obecności choroby w wysokim stopniu zaawansowania.
®
(f) Test cobas 4800 HPV jest wskazany do użycia jako pierwotne badanie przesiewowe pierwszego rzutu w celu oceny obecności lub braku
genotypów 16 i 18 wirusa HPV.
®
Wyniki testu cobas HPV łącznie z dokonaną przez lekarza oceną wcześniejszych badań cytologicznych, innych czynników ryzyka i znanych
®
lekarzowi wytycznych mogą służyć jako wskazówka do wyboru sposobu leczenia pacjentki. Wyniki testu cobas HPV nie powinny być
powodem rezygnacji z kolposkopii u kobiet.
PODSUMOWANIE ORAZ OPIS TESTU
Długotrwałe zakażenie wirusem brodawczaka ludzkiego (HPV) jest przyczyną raka szyjki macicy oraz jego prekursora – neoplazji
1-3
śródnabłonkowej szyjki macicy (ang. cervical intraepithelial neoplasia – CIN) . Obecność zakażenia wirusem HPV można domniemywać
3
w ponad 99% przypadków raka szyjki macicy na całym świecie . HPV jest małym wirusem pozbawionym otoczki, zawierającym dwie nici DNA,
4,5
którego genom składa się z około 8000 nukleotydów. Istnieje przeszło 118 różnych typów HPV i około 40 różnych gatunków wirusa HPV,
6,7
które mogą zakażać błonę śluzową w okolicy odbytowo-płciowej człowieka . Jednak tylko część spośród typów od 13 do 18 jest uważana za
3,8-13
wirusy wysokiego ryzyka dla rozwinięcia się raka szyjki macicy i jego zmian prekursorowych
. W analizie danych wieloośrodkowego
badania porównawczego przypadków Międzynarodowej Agencji Badań nad Rakiem (International Agency of Research on Cancer, IARC) iloraz
szans (ang. Odds Ratio – OR) dla raka płaskonabłonkowego z powodu zakażenia wirusem HPV wynosił 158,2, przy czym analiza była
12
ograniczona do badań z zastosowaniem zatwierdzonych technik detekcji wirusa HPV . W badaniu tym iloraz szans dla raka szyjki macicy
12
wynosił od 109 do 276 w badaniach z różnych części świata .
Część Informacje na temat wersji dokumentu znajduje się na końcu tego dokumentu.
05990335001-10PL
1
Doc Rev. 11.0
Chociaż długotrwałe zakażenie wirusem HPV o wysokim stopniu ryzyka (HR) stanowi niezbędny czynnik powstania raka szyjki macicy i jego
zmian prekursorowych, bardzo niewielki procent tych zakażeń prowadzi do rozwinięcia się opisanych stanów chorobowych. Zakażenie
wirusem HPV przenoszone drogą płciową jest niezwykle częste, przy szacunkowej częstości dochodzącej do 75% wszystkich kobiet
14
narażonych na ekspozycję na wirusa . Jednak > 90% zakażonych kobiet rozwinie skuteczną odpowiedź immunologiczną i zwalczy zakażenie
15-20
w okresie od 6 do 24 miesięcy, bez wystąpienia jakichkolwiek następstw zdrowotnych . Zakażenie dowolnym typem wirusa HPV może
wywołać neoplazję śródnabłonkową szyjki macicy (CIN), choć po zwalczeniu zakażenia wirusem HPV takie niebezpieczeństwo zwykle
21
także zanika .
W krajach rozwiniętych, prowadzących przesiewowe programy wykrywania raka szyjki macicy, od połowy lat 50. stosuje się rozmaz Pap jako
podstawowe narzędzie wykrywania wczesnych prekursorów raka szyjki macicy. Chociaż badanie to spektakularnie zmniejszyło w tych krajach
wskaźniki umieralności z powodu raka szyjki macicy, jednak rozmaz Pap wymaga interpretacji przez bardzo doświadczonego cytopatologa
i jest to test o relatywnie niskiej dokładności, z wysokim odsetkiem wyników fałszywie ujemnych. Nieprawidłowe cechy cytologiczne,
obserwowane w rozmazie Pap, są wywoływane przede wszystkim przez infekcję wirusem HPV, jednak różnorodne zmiany o podłożu
zapalnym bądź związane ze sposobem pobierania próbek mogą skutkować fałszywie dodatnimi wynikami rozmazu Pap. W przypadku
nieprawidłowego wyniku rozmazu Pap postępowanie z wyboru obejmuje: powtórzenie badania, kolposkopię oraz biopsję. Histologicznie
potwierdzone zmiany wysokiego stopnia wymagają usunięcia chirurgicznego w celu zapobieżenia rozwojowi inwazyjnego raka szyjki macicy.
Wirus brodawczaka ludzkiego jest niezwykle trudny do hodowania in vitro, a nie wszyscy pacjenci zakażeni HPV wykazują możliwą do
zaobserwowania reakcję z wytworzeniem przeciwciał. Badanie kwasu nukleinowego (DNA) za pomocą reakcji PCR jest nieinwazyjną metodą
stwierdzenia obecności zakażenia szyjki macicy wirusem HPV. Wprowadzenie badania DNA w kierunku obecności wirusa HPV zwiększyło
skuteczność programów badań przesiewowych dotyczących wykrywania raka szyjki macicy dzięki wcześniejszemu wykrywaniu zmian
wysokiego ryzyka u kobiet po 30. roku życia z wynikiem NILM badania cytologicznego oraz zmniejszeniu zapotrzebowania na niepotrzebną
kolposkopię i leczenie u pacjentek po 21. roku życia z wynikiem ASC-US badania cytologicznego. Ponadto dobrze udokumentowano wyższą
czułość badania na obecność wirusa HPV w porównaniu z rozmazami Pap w wykrywaniu choroby o wysokim stopniu zaawansowania
22,23
w populacji poddawanej badaniom przesiewowym . Badanie DNA w kierunku obecności wirusa HPV o udowodnionej wyższej czułości
zaproponowano i zastosowano jako pierwotne badanie przesiewowe pierwszego rzutu w niektórych programach badań przesiewowych.
ZASADY PROCEDURY
®
Test cobas 4800 HPV oparty jest na dwóch głównych procesach: (1) zautomatyzowanym przygotowaniu próbek w celu jednoczesnej
24
ekstrakcji DNA wirusa HPV i DNA komórkowego; (2) amplifikacji PCR docelowych sekwencji DNA z wykorzystaniem zarówno par primerów
komplementarnych swoistych dla HPV i β-globiny, jak i detekcji w czasie rzeczywistym oznaczonych fluorescencyjnie, rozszczepionych
detekcyjnych sond oligonukleotydowych swoistych dla HPV i β-globiny. Ta jednoczesna ekstrakcja, amplifikacja i detekcja β-globiny w teście
®
cobas 4800 HPV pozwala na kontrolowanie całego procesu oznaczania.
®
Odczynnik Master Mix do testu cobas 4800 HPV zawiera pary primerów i próby swoiste dla DNA 14 typów wirusów HPV wysokiego ryzyka
oraz dla DNA β-globiny. Detekcja DNA (amplikonu) poddanego amplifikacji jest przeprowadzana podczas cyklu termicznego z zastosowaniem
sond oligonukleotydowych oznaczanych przy użyciu czterech różnych barwników fluorescencyjnych. Poddany amplifikacji sygnał pochodzący
od dwunastu typów wirusa HPV wysokiego ryzyka (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68) jest wykrywany przy użyciu tego samego
barwnika fluorescencyjnego, natomiast każdy z sygnałów pochodzących od wirusa HPV16, HPV18 i β-globiny jest wykrywany przy użyciu
przypisanego mu barwnika fluorescencyjnego.
Przygotowanie próbki
®
Przygotowanie próbek do testu cobas 4800 HPV jest zautomatyzowane za pomocą aparatu cobas x 480. Próbki z szyjki macicy, pobrane
®
®
TM
do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt lub płynu konserwującego SurePath , są
poddawane trawieniu w warunkach denaturujących w podwyższonych temperaturach, a następnie poddawane lizie w obecności odczynnika
chaotropowego. Uwolnione kwasy nukleinowe wirusa HPV, razem z DNA β-globiny służącym jako kontrola procesu, są oczyszczane przez ich
absorpcję do cząstek szkła magnetycznego, czyszczone i oddzielane od tych cząstek, po czym są gotowe do procesu amplifikacji
i detekcji PCR.
Amplifikacja PCR
Wybór sekwencji docelowej
®
W teście cobas 4800 HPV wykorzystano primery do określenia sekwencji o długości około 200 nukleotydów w obrębie polimorficznego
regionu L1 genomu HPV. Pula primerów HPV zawarta w odczynniku Master Mix została zaprojektowana w celu amplifikacji DNA wirusów HPV
3,8-13,25
z grupy 14 typów wysokiego ryzyka (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68)
. Fluorescencyjne sondy oligonukleotydowe
wiążą się z polimorficznymi regionami w obrębie sekwencji określonej przez te primery.
Dodatkowa para primerów i sonda ukierunkowana na ludzki gen β-globiny (amplikon o długości 330 par zasad) umożliwiają kontrolę procesu.
Amplifikacja sekwencji docelowej
26
27
Polimerazę DNA EagleZ05, chemicznie zmodyfikowaną wersję polimerazy DNA Thermus species Z05 , wykorzystuje się do wyzwalanej
wysoką temperaturą amplifikacji docelowych fragmentów wirusa HPV oraz kontrolnej β-globiny. Mieszanina zawierająca substraty do reakcji
PCR jest najpierw podgrzewana w celu uaktywnienia polimerazy DNA EagleZ05, denaturacji DNA wirusa i DNA genomu oraz odsłonięcia
docelowych sekwencji dla primerów. W miarę ochładzania się mieszaniny primery sensowne oraz antysensowne hybrydyzują z docelowymi
sekwencjami DNA. Polimeraza DNA EagleZ05 w obecności jonu dwuwartościowego metalu oraz nadmiaru dezoksyrybonukleotydów (dNTP)
wydłuża primer(y) i następuje synteza drugiej nici DNA. Proces ten kończy pierwszy cykl PCR, dostarczając dwuniciowej kopii DNA
docelowego regionu genomu HPV oraz genu β-globiny. Polimeraza DNA wydłuża przyłączone primery wzdłuż docelowych matryc,
wytwarzając docelowy fragment dwuniciowej cząsteczki DNA wirusa HPV o długości około 200 par zasad lub fragment cząsteczki DNA
o długości 330 par zasad, kodujący β-globinę, określany jako amplikon. Proces ten jest powtarzany wielokrotnie, przy czym w każdym z cykli
ilość zwielokrotnionego DNA (amplikonu) ulega podwojeniu. Amplifikacja odbywa się wyłącznie w tych obszarach genomu HPV i/lub genu
β-globiny, które zawarte są pomiędzy parą odpowiednich primerów. Całość genomu nie ulega amplifikacji.
05990335001-10PL
2
Doc Rev. 11.0
Zautomatyzowana detekcja w czasie rzeczywistym
®
29,30
Test cobas 4800 HPV wykorzystuje technologię reakcji PCR w czasie rzeczywistym . Każda sonda oligonukleotydowa w tej reakcji jest
oznaczana barwnikiem fluorescencyjnym, służącym jako reporter, i wygaszaczem wygaszającym emisje fluorescencyjne pochodzące od
barwnika w sondzie jako całości. W miarę postępowania procesu sondy komplementarne do amplikonu wiążą się ze swoistymi jednoniciowymi
sekwencjami DNA i ulegają rozszczepieniu przez aktywność nukleazy od 5' do 3' polimerazy DNA EagleZ05. Po oddzieleniu się barwnika
reporterowego od wygaszacza za sprawą aktywności nukleazy, po wzbudzeniu odpowiednim widmem światła, emituje on promieniowanie
fluorescencyjne o charakterystycznej długości fali. Ta długość fali charakterystyczna dla każdego z barwników umożliwia niezależne
oznaczanie amplikonu HPV16, amplikonu HPV18, innych amplikonów HR (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68) oraz kontroli β-globiny,
ponieważ swoiste dla tych poszczególnych sekwencji sondy są oznaczane różnymi barwnikami.
Amplifikacja wybiórcza
®
Amplifikację wybiórczą badanego kwasu nukleinowego z próbki klinicznej przy użyciu testu cobas 4800 HPV uzyskuje się dzięki
zastosowaniu enzymu AmpErase (uracylo-N-glikozylaza) i trójfosforanu dezoksyurydyny (dUTP). Enzym AmpErase rozpoznaje i katalizuje
28
niszczenie nici DNA zawierających dezoksyurydynę , lecz nie łańcuchów DNA zawierających dezoksytymidynę. Dezoksyurydyny nie
stwierdza się w występującym naturalnie DNA, natomiast jest ona zawsze obecna w amplikonie z uwagi na stosowanie trójfosforanu
dezoksyurydyny zamiast trójfosforanu tymidyny jako jednego spośród dNTP w odczynniku Master Mix; dlatego jedynie amplikon zawiera
dezoksyurydynę. Dezoksyurydyna powoduje wrażliwość zanieczyszczającego amplikonu na rozkład przez enzym AmpErase przed
amplifikacją docelowego DNA. Enzym AmpErase, zawarty w odczynniku Master Mix, katalizuje rozszczepienie DNA zawierającego
dezoksyurydynę w miejscu reszt dezoksyurydynowych przez otwarcie pierścienia dezoksyrybozy w pozycji C1. Podczas ogrzewania
w pierwszym cyklu termicznym łańcuch amplikonu DNA pęka w miejscu, gdzie znajduje się dezoksyurydyna, w ten sposób wykluczając dalszą
amplifikację DNA. Enzym AmpErase jest nieczynny w temperaturach powyżej 55°C, tj. w czasie trwania całego cyklu termicznego, dlatego nie
®
3
niszczy on amplikonu docelowego. Wykazano, że enzym AmpErase w teście cobas 4800 HPV inaktywuje co najmniej 10 kopii amplikonu HPV
zawierającego dezoksyurydynę na jedną reakcję PCR.
ODCZYNNIKI
®
®
Zestaw do przygotowania próbek systemu cobas 4800
(P/N: 05235782190)
MGP
®
(Cząsteczki szkła magnetycznego systemu cobas 4800)
Cząsteczki szkła magnetycznego
93% izopropanolu
Xi
93% (udział wagowy) izopropanolu
F
c4800 SMPL PREP
10 x 4,5 ml
Produkt drażniący
Produkt wysoce
łatwopalny
R: 11-36-67, S: 7-16-24/25-26
EB
®
(Bufor do elucji systemu cobas 4800)
Bufor Tris-HCl
0,09% azydku sodu
®
®
(P/N: 05235804190)
MGP
®
Cząsteczki szkła magnetycznego
93% izopropanolu
Xi
F
240 testów
10 x 18 ml
c4800 SMPL PREP
960 testów
10 x 13,5 ml
Produkt drażniący
Produkt wysoce
łatwopalny
R: 11-36-67, S: 7-16-24/25-26
05990335001-10PL
3
Doc Rev. 11.0
EB
®
Bufor Tris-HCl
0,09% azydku sodu
®
®
Zestaw buforów płuczących systemu cobas 4800
(P/N: 05235863190)
WB
®
(Bufor płuczący systemu cobas 4800)
Dwuwodny cytrynian sodu
0,05% N-metyloizotiazolonu HCl
®
®
(P/N: 05235871190)
WB
®
Dwuwodny cytrynian sodu
0,05% N-metyloizotiazolonu HCl
®
Zestaw do przygotowania płynu do badań
®
cytologicznych systemu cobas 4800
(P/N: 05235812190)
PK
®
(Proteinaza K cobas 4800)
Bufor Tris-HCl
< 0,05% EDTA
Glicerol
Chlorek wapnia
Octan wapnia
< 2% proteinazy K
Xn
< 2% (udział wagowy) proteinazy K
10 x 18 ml
c4800 WB
240 testów
10 x 55 ml
c4800 WB
960 testów
10 x 200 ml
c4800 LIQ CYT
240 testów
10 x 0,9 ml
Produkt szkodliwy
SDS
®
(Odczynnik SDS systemu cobas 4800)
Bufor Tris-HCl
0,2% odczynnika SDS
0,09% azydku sodu
LYS
®
(Bufor do lizy systemu cobas 4800)
Bufor Tris-HCl
37% chlorowodorku guanidyny
< 5% polidokanolu
Xn
37% (udział wagowy) chlorowodorku guanidyny
10 x 3 ml
10 x 10 ml
Produkt szkodliwy
R: 22-36/38, S: 13-26-36-46
N
< 5% (udział wagowy) polidokanolu
Produkt niebezpieczny
dla środowiska
R: 22-41-50, S: 26-39-61
05990335001-10PL
4
Doc Rev. 11.0
®
c4800 LIQ CYT
®
(P/N: 05235839190)
PK
®
Bufor Tris-HCl
< 0,05% EDTA
Glicerol
Chlorek wapnia
Octan wapnia
< 2% proteinazy K
Xn
< 2% (udział wagowy) proteinazy K
960 testów
20 x 1,2 ml
Produkt szkodliwy
SDS
®
Bufor Tris-HCl
0,2% odczynnika SDS
0,09% azydku sodu
LYS
®
Bufor Tris-HCl
37% chlorowodorku guanidyny
< 5% polidokanolu
Xn
37% (udział wagowy) chlorowodorku guanidyny
10 x 9 ml
10 x 36 ml
Produkt szkodliwy
R: 22-36/38, S: 13-26-36-46
N
< 5% (udział wagowy) polidokanolu
Produkt niebezpieczny
dla środowiska
R: 22-41-50, S: 26-39-61
®
®
Zestaw do amplifikacji/detekcji cobas 4800
(P/N: 05235901190)
HPV MMX
®
(Odczynnik Master Mix cobas 4800 HPV)
Bufor Tricine
Octan potasu
Wodorotlenek potasu
Glicerol
< 0,13% dATP, dCTP, dGTP, dUTP
< 0,01% sensownych i antysensownych primerów HPV
< 0,01% sensownych i antysensownych primerów β-globiny
< 0,01% oznaczanych fluorescencyjnie sond HPV
< 0,01% oznaczanych fluorescencyjnie sond β-globiny
< 0,10% polimerazy DNA EagleZ05 (bakteryjnej)
< 0,10% enzymu AmpErase (uracylo-N-glikozylaza) (bakteryjna)
0,09% azydku sodu
HPV Mg/Mn
®
(Roztwór Mg/Mn cobas 4800 HPV)
Octan magnezu
Octan manganu
< 0,02% lodowatego kwasu octowego
0,09% azydku sodu
05990335001-10PL
c4800 HPV AMP/DET
240 testów
10 x 0,5 ml
10 x 1,0 ml
5
Doc Rev. 11.0
®
c4800 HPV AMP/DET
®
Zestaw do amplifikacji/detekcji cobas 4800
(P/N: 05235910190)
HPV MMX
®
Bufor Tricine
Octan potasu
Wodorotlenek potasu
Glicerol
< 0,13% dATP, dCTP, dGTP, dUTP
< 0,01% sensownych i antysensownych primerów HPV
< 0,01% sensownych i antysensownych primerów β-globiny
< 0,01% oznaczanych fluorescencyjnie sond HPV
< 0,01% oznaczanych fluorescencyjnie sond β-globiny
< 0,10% polimerazy DNA EagleZ05 (bakteryjnej)
< 0,10% enzymu AmpErase (uracylo-N-glikozylaza) (bakteryjna)
0,09% azydku sodu
HPV Mg/Mn
®
Octan magnezu
Octan manganu
< 0,02% lodowatego kwasu octowego
0,09% azydku sodu
®
cobas 4800 HPV Controls Kit
c4800 HPV CTLS
®
Zestaw kontroli cobas 4800 HPV
(P/N: 05235855190)
HPV (+) C
®
(Kontrola dodatnia cobas 4800 HPV
Bufor Tris-HCl
EDTA
0,05% azydku sodu
< 0,00001% poly rA RNA (syntetycznego)
< 0,00001% niezakaźnego plazmidu DNA (bakteryjnego) zawierającego sekwencje 16, 18, 39 HPV
< 0,00001% niezakaźnego plazmidu DNA (bakteryjnego) zawierającego sekwencje ludzkiej β-globiny
(–) C
®
(Kontrola ujemna systemu cobas 4800)
Bufor Tris-HCl
EDTA
0,05% azydku sodu
< 0,00001% poly rA RNA (syntetycznego)
UWAGA: Oznakowanie bezpieczeństwa produktu jest zasadniczo zgodne z wytycznymi GHS UE.
960 testów
20 x 1,0 ml
10 x 1,0 ml
10 zestawów
10 x 0,5 ml
10 x 0,5 ml
UWAGA: W razie potrzeby należy odnieść się do odpowiedniego podręcznika użytkownika. Użytkownicy oprogramowania
®
w wersji 1.1.2 powinni odnieść się do Podręcznika użytkownika systemu cobas 4800. Użytkownicy
®
oprogramowania w wersji 2.1 i nowszej powinni odnieść się do Podręcznika systemu cobas 4800 oraz
®
Podręcznika użytkownika testu cobas HPV.
OSTRZEŻENIA I ŚRODKI OSTROŻNOŚCI
A. DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
®
B. Test służy do stosowania z próbkami z szyjki macicy pobranymi przy użyciu pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR,
®
TM
płynnego podłoża PreservCyt oraz płynu konserwującego SurePath .
C. Nie należy pipetować za pomocą ust.
D. Nie wolno jeść, pić ani palić w obszarach roboczych laboratorium. Posługując się próbkami i odczynnikami z zestawów, należy stosować
jednorazowe rękawice, fartuchy laboratoryjne oraz odpowiednią ochronę oczu. Należy dokładnie umyć ręce po pracy z próbkami
i odczynnikami testowymi.
E. Należy unikać zakażenia odczynników: bakteryjnego i przez DNA.
F. Należy wyrzucić wszystkie nieużyte odczynniki, postępując zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi.
G. Nie wolno używać odczynników po upływie ich dat przydatności.
H. Nie należy poddawać odczynników pulowaniu.
I. Karty charakterystyki substancji niebezpiecznych (Material Safety Data Sheets – MSDS) są dostępne na żądanie w miejscowym
przedstawicielstwie firmy Roche.
J. W celu zapobieżenia zanieczyszczeniu konieczne jest noszenie rękawic i ich zmiana przed przystąpieniem do ponownej pracy z próbkami
®
i odczynnikami cobas 4800.
K. Z próbkami należy obchodzić się tak jak z materiałem zakaźnym, stosując laboratoryjne procedury bezpieczeństwa, takie jak określone
31
32
w dokumentach Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories oraz CLSI Document M29-A3 .
05990335001-10PL
6
Doc Rev. 11.0
L. Odczynnik LYS zawiera chlorowodorek guanidyny. Nie dopuścić do bezpośredniego kontaktu między chlorowodorkiem guanidyny
i podchlorynem sodu (wybielacz) lub innymi wysoko reaktywnymi odczynnikami, takimi jak kwasy lub zasady. Takie mieszaniny
mogą wydzielać trujące gazy. Jeśli płyn zawierający chlorowodorek guanidyny ulegnie rozlaniu, do czyszczenia należy używać
odpowiedniego detergentu laboratoryjnego i wody. W przypadku rozlania płynu zawierającego potencjalne czynniki zakaźne do
czyszczenia należy używać NAJPIERW detergentu laboratoryjnego i wody, a następnie 0,5-procentowego roztworu podchlorynu sodu.
M. Odczynnik MGP zawiera izopropanol i jest wysoce łatwopalny. Należy przechowywać go z dala od otwartego ognia i potencjalnych źródeł
iskier.
N. Odczynniki EB, SDS, HPV MMX, HPV Mg/Mn, (–) C i HPV (+) C zawierają azydek sodu. Azydek sodu może reagować z instalacjami
wodno-kanalizacyjnymi wykonanymi z ołowiu lub miedzi, tworząc silnie wybuchowe azydki metali. Usuwając roztwory zawierające azydek
sodu do zlewów laboratoryjnych, należy spłukać rury dużą ilością zimnej wody, aby zapobiec nagromadzeniu azydków.
O. Podczas pracy z jakimikolwiek odczynnikami należy używać osłon na oczy oraz fartuchów laboratoryjnych i rękawic jednorazowych. Należy
unikać kontaktu wymienionych materiałów ze skórą, oczami i błonami śluzowymi. Jeżeli dojdzie do kontaktu, należy natychmiast spłukać
dużą ilością wody. Jeżeli nie zostaną podjęte odpowiednie środki, może dojść do oparzeń. W razie rozlania należy przed wytarciem
rozcieńczyć wodą.
P. Wszystkie przedmioty jednorazowego użytku są przeznaczone do jednokrotnego użycia. Nie należy ich używać powtórnie.
Q. Do czyszczenia aparatu cobas x 480 lub analizatora cobas z 480 nie wolno używać roztworu podchlorynu sodu (wybielacza).
Czyszczenie aparatu cobas x 480 lub analizatora cobas z 480 należy przeprowadzać zgodnie z procedurami opisanymi w odpowiednim
®
Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
R. Dodatkowe ostrzeżenia, środki ostrożności oraz procedury mające na celu zredukowanie ryzyka zakażenia, dotyczące aparatu cobas x
®
480 lub analizatora cobas z 480 można znaleźć w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
WYMAGANIA DOTYCZĄCE PRZECHOWYWANIA I UŻYTKOWANIA
A. Nie należy zamrażać odczynników.
B. Odczynniki MGP, EB, PK, SDS, LYS, HPV MMX, HPV Mg/Mn, HPV (+) C oraz (–) C należy przechowywać w temperaturze 2–8°C.
Odczynniki te zachowują stabilność do wskazanej daty ważności.
C. Odczynnik WB należy przechowywać w temperaturze 15–25°C. Odczynnik zachowuje stabilność do podanej daty przydatności.
DOSTARCZONE MATERIAŁY
®
A. cobas 4800 System Sample Preparation Kit
®
(P/N: 05235782190)
MGP
®
EB
®
®
B. cobas 4800 System Sample Preparation Kit
®
(P/N: 05235804190)
MGP
®
EB
®
®
C. cobas 4800 System Wash Buffer Kit
®
(P/N: 05235863190)
WB
®
®
D. cobas 4800 System Wash Buffer Kit
®
(P/N: 05235871190)
WB
®
®
E. cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit
®
Zestaw do amplifikacji/detekcji cobas 4800 HPV
(P/N: 05235901190)
HPV MMX
®
HPV Mg/Mn
®
05990335001-10PL
c4800 SMPL PREP
240 testów
c4800 SMPL PREP
960 testów
c4800 WB
240 testów
c4800 WB
960 testów
c4800 HPV AMP/DET
7
240 testów
Doc Rev. 11.0
®
F. cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit
®
Zestaw do amplifikacji/detekcji cobas 4800 HPV
(P/N: 05235910190)
HPV MMX
®
HPV Mg/Mn
®
®
G. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit
®
(P/N: 05235812190)
PK
®
SDS
®
LYS
®
®
H. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit
®
(P/N: 05235839190)
PK
®
SDS
®
LYS
®
®
I. cobas 4800 HPV Controls Kit
®
Zestaw kontroli cobas 4800 HPV
(P/N: 05235855190)
HPV (+) C
®
(Kontrola dodatnia cobas 4800 HPV)
(–) C
®
(Kontrola ujemna systemu cobas 4800)
c4800 HPV AMP/DET
960 testów
c4800 LIQ CYT
240 testów
c4800 LIQ CYT
960 testów
c4800 HPV CTLS
10 zestawów
®
CZĘŚĆ A: DO UŻYTKU WYŁĄCZNIE Z SYSTEMEM COBAS 4800 Z OPROGRAMOWANIEM W WERSJI 1.1.2
MATERIAŁY WYMAGANE, LECZ NIEDOSTARCZANE
Obsługa próbek i odczynników
®
· Pożywka do przechowywania pobranych komórek cobas PCR (Roche P/N 05619637190, opcjonalna)
· Końcówki CO-RE, 1000 µl, statyw 96 (Roche P/N 04639642001 lub Hamilton P/N 235905)
· Pojemnik na odczynniki 50 ml (Roche P/N 05232732001)
®
· Płytka (z głębokimi dołkami) do ekstrakcji systemu cobas 4800 (Roche P/N 05232716001)
®
· Płytka AD 0,3 ml (z mikrodołkami) i film uszczelniający system cobas 4800 (Roche P/N 05232724001)
· Trwała torba na odpady [Roche P/N 05530873001 (mała) lub 04691989001 (duża)]
· Plastikowa zsuwnia Hamilton STAR (Roche P/N 04639669001)
· Probówki okrągłodenne 13 ml, (Sarstedt P/N 60.541.122) do użytku jako wtórne probówki na próbki
· Korki, kolor naturalny (Sarstedt P/N 65.176.026, do ponownego zamykania przetworzonych próbek w okrągłodennych probówkach typu
Sarstedt 13 ml)
· Rękawice jednorazowe bezpudrowe
Przyrządy i oprogramowanie
· Aparat cobas x 480
· Analizator cobas z 480
®
· Jednostka sterująca systemu cobas 4800 z oprogramowaniem systemu w wersji 1.1.2
®
· Edytor harmonogramu pracy cobas 4800 w wersji 1.1.0.1016
Wyposażenie i materiały opcjonalne
®
· Bufor do przygotowywania próbek cobas (Roche P/N 06526985190; bufor Tris-HCl, 0,4% SDS, 0,09% azydku sodu)
· Pipety: dostarczające do 1000 µl
· Końcówki z barierą aerozolową bez DNazy: dostarczające do 1000 µl
05990335001-10PL
8
Doc Rev. 11.0
·
·
·
·
·
·
·
·
Wirówka laboratoryjna, wyposażona w bęben wirówki o minimalnej wartości RCF równej 1500
Osobna płytka magnetyczna (Roche P/N 05440777001)
Mieszadło wibracyjne (do mieszania jednej probówki)
Mieszadło wibracyjne typu vortexer do mieszania wielu probówek [np. VWR P/N 58816-116]
Etykiety z kodami kreskowymi odporne na działanie ciepła (RACO Industries; nr kat. RAC-225075-9501)
Termometr –20/150°C (VWR, nr kat. 89095-600) lub odpowiednik
Cyfrowy blok grzejny 120 V (VWR, nr kat. 12621-096) lub odpowiednik
Moduł bloku grzejnego z 12 otworami 16 mm (VWR, nr kat. 13259-162) lub odpowiednik
POBIERANIE, TRANSPORT I PRZECHOWYWANIE PRÓBEK
UWAGA: Ze wszystkimi próbkami należy obchodzić się jak z materiałem potencjalnie zakaźnym.
A. Pobieranie próbek
®
®
Próbki z szyjki macicy, pobrane do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt lub płynu
TM
®
konserwującego SurePath , zostały zatwierdzone do użycia z testem cobas 4800 HPV. Próbki z szyjki macicy należy pobierać zgodnie
z instrukcjami producenta.
B. Transport próbek
®
®
TM
konserwującego SurePath , można transportować w temperaturze 2–30°C. Próbki zawierające HPV muszą być transportowane zgodnie
33
z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi dotyczącymi transportu czynników etiologicznych .
C. Przechowywanie próbek
®
®
Próbki z szyjki macicy pobrane do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt lub płynu
TM
konserwującego SurePath można przechowywać w temperaturze 2–30°C przez okres do 6 miesięcy od daty pobrania. Próbki z szyjki macicy
TM
pobrane do płynu konserwującego SurePath
można przechowywać w temperaturze 2–8°C przez maksymalnie 6 miesięcy lub
TM
w temperaturze 15–30°C do 14 dni od daty pobrania. Próbki z szyjki macicy pobrane do płynu konserwującego SurePath można
przechowywać w temperaturze 15–30°C przez okres maksymalnie 6 tygodni od daty pobrania pod warunkiem usunięcia przed wykonaniem
TM
testu na obecność wirusa HPV indukowanych matrycą płynu konserwującego SurePath wiązań krzyżowych poprzez obróbkę z użyciem
®
buforu do przygotowywania próbek cobas (patrz część Próbki oraz wyniki dotyczące stabilności próbek).
INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA
UWAGA: Wszystkie odczynniki oprócz odczynników HPV MMX i HPV Mg/Mn przed załadowaniem do aparatu cobas x 480
muszą znajdować się w temperaturze pokojowej. Odczynniki HPV MMX i HPV Mg/Mn można ładować
bezpośrednio z temperatury przechowywania 2–8°C, ponieważ ich temperatura zrównoważy się z temperaturą
otoczenia wewnątrz aparatu cobas x 480 podczas procesu ich przetwarzania.
®
UWAGA: Próbki pobrane do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża
®
TM
PreservCyt lub płynu konserwującego SurePath przed ich załadowaniem do aparatu cobas x 480 muszą
znajdować się w temperaturze pokojowej.
®
UWAGA: Dokładne instrukcje użytkowania można znaleźć w Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
Liczba testów w serii:
®
®
System cobas 4800 jest przeznaczony do obsługi testu cobas 4800 HPV o liczbie próbek i kontroli od 1 do 22 (do 24 testów w jednym cyklu
®
pracy) i od 1 do 94 próbek i kontroli (do 96 testów w jednym cyklu pracy). Każdy zestaw do przygotowania próbek systemu cobas 4800, zestaw
®
®
do przygotowania płynu do badań cytologicznych systemu cobas 4800, zestaw buforu płuczącego systemu cobas 4800 i zestaw do
®
amplifikacji/detekcji cobas 4800 HPV zawiera ilość odczynników wystarczającą na 10 cykli pracy 24 testów (240 testów w zestawie) lub
®
96 testów (960 testów w zestawie). Zestaw kontroli cobas 4800 HPV zawiera ilość odczynników wystarczającą na 10 cykli pracy 24 lub
®
96 testów (10 kompletów w zestawie). Minimalna liczba dla jednego cyklu pracy w systemie cobas 4800 to 1 próbka plus kontrole. Do
®
przeprowadzenia każdego cyklu pracy konieczne jest jedno powtórzenie kontroli ujemnej systemu cobas 4800 [(–) C] i jedno powtórzenie
®
kontroli dodatniej systemu cobas 4800 HPV [HPV (+) C] (patrz część „Kontrola jakości”).
Przebieg pracy:
UWAGA: Chociaż nie stanowi to optymalnego zużycia odczynników, do cyklu pracy 24 próbek można użyć zestawu
960 testów.
®
®
Test cobas 4800 HPV może być wykonywany w jednym z dwóch przebiegów pracy określanych w oprogramowaniu analizatora cobas 4800 jako
„Full Workflow” lub „PCR Only Workflow”.
HPV Full Workflow:
„HPV Full Workflow” obejmuje przygotowanie próbek w aparacie cobas x 480 oraz amplifikację/detekcję w analizatorze cobas z 480. Cykl pracy
może obejmować 24 testy (z 1–22 próbek plus 2 kontrole) lub 96 testów (z 1–94 próbek plus 2 kontrole). Szczegółowe informacje można znaleźć
®
w części „Przeprowadzanie przebiegu pracy Full Workflow” poniżej oraz w Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
HPV PCR Only Workflow:
„HPV PCR Only Workflow” obejmuje amplifikację/detekcję w analizatorze cobas z 480. Cykl pracy może obejmować od 1 do 94 próbek plus
2 kontrole. Szczegółowe informacje można znaleźć w części „Przeprowadzanie przebiegu pracy PCR Only” poniżej oraz w Podręczniku
®
użytkownika systemu cobas 4800.
05990335001-10PL
9
Doc Rev. 11.0
Próbki:
®
Istnieją trzy rodzaje próbek z szyjki macicy, które można oznaczać przy użyciu testu cobas 4800 HPV: a) próbki z szyjki macicy
®
®
w płynnym podłożu PreservCyt , b) próbki z szyjki macicy w podłożu do przechowywania pobranych komórek cobas PCR oraz
TM
®
c) próbki z szyjki macicy w płynie konserwującym SurePath . Próbki w podłożu płynnym PreservCyt i próbki w podłożu do
®
przechowywania pobranych komórek cobas PCR można przetwarzać w aparacie cobas x 480 bezpośrednio po ich wyjęciu
z podstawowego pojemnika o pojemności 20 ml, opatrzonego właściwym kodem kreskowym lub po wyjęciu z opatrzonej właściwym
TM
kodem kreskowym okrągłodennej probówki Sarstedt 13 ml. Próbki w płynie konserwującym SurePath muszą zostać przeniesione do
opatrzonej właściwym kodem kreskowym okrągłodennej probówki Sarstedt 13 ml w celu ich przetworzenia w aparacie cobas x 480.
W celu uzyskania informacji na temat procedur właściwego kodowania kreskowego należy zapoznać się z Podręcznikiem użytkownika
®
®
systemu cobas 4800 oraz listą kodów kreskowych dopuszczalnych dla systemu cobas 4800.
UWAGA: Dodatkowa obróbka próbek w płynie konserwującym SurePath nie jest wymagana, jeśli zostaną one przebadane
w ciągu 14 dni w przypadku przechowywania w temperaturze 15–30°C. Po 14 dniach przechowywania
w temperaturze 15–30°C próbki należy przed przeprowadzeniem testu na obecność wirusa HPV poddać obróbce
®
w systemie cobas 4800 w celu usunięcia wiązań krzyżowych indukowanych matrycą.
®
Obróbka próbek w płynie konserwującym SurePath z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas w celu usunięcia wiązań
krzyżowych indukowanych matrycą
UWAGA: W przypadku probówek używanych w procedurze usuwania wiązań krzyżowych indukowanych matrycą (patrz
część Wyposażenie i materiały opcjonalne) konieczne jest zastosowanie etykiet z kodem kreskowym odpornych
na działanie ciepła.
A. Przygotuj po jednej okrągłodennej probówce Sarstedt o pojemności 13 ml oznaczonej kodem kreskowym zawierającej 0,5 ml buforu do
®
przygotowywania próbek cobas na każdą próbkę w płynie konserwującym SurePath przeznaczoną do przebadania.
B. W komorze z przepływem laminarnym wymieszaj przez 10 sekund na mieszadle wibracyjnym próbki w płynie konserwującym SurePath
przed ich przeniesieniem. Przenieś po 0,5 ml każdej próbki w płynie konserwującym SurePath do przygotowanej w punkcie A
okrągłodennej probówki Sarstedt o pojemności 13 ml. Przed przejściem do kolejnego etapu nałóż z powrotem korki na wszystkie probówki.
W przypadku każdej z próbek zmieniaj końcówkę pipety.
C. Mieszaj każdą probówkę na mieszadle wibracyjnym przez 1 sekundę.
D. Przenieś probówki do modułu grzejnego (patrz część Wyposażenie i materiały opcjonalne). W jednej partii można przetworzyć
maksymalnie 48 probówek.
E. Prowadź ogrzewanie w temperaturze 120°C przez 20 minut.
F. Po zakończeniu ogrzewania wyjmij probówki i umieść je w statywie, a następnie pozostaw je do schłodzenia przez 10 minut
w temperaturze otoczenia.
G. Wymieszaj każdą probówkę na mieszadle wibracyjnym przez 5 sekund.
®
®
H. Przenieś próbki do statywów cobas 4800 z 24 pozycjami, wyrzuć korki i przeprowadź przetwarzanie w systemie cobas 4800 w celu
wykonania testu na obecność wirusa HPV.
®
Próbki w płynie konserwującym SurePath poddane działaniu buforu do przygotowywania próbek cobas można przechowywać w celu
wykonania testu na obecność wirusa HPV w przyszłości, jeśli przykładowo w pierwszej kolejności wymagane jest przeprowadzenie oceny
cytologicznej. Należy postępować zgodnie z poniższą procedurą:
A. Wykonaj kolejne czynności z powyższej procedury obróbki do punktu G.
®
B. Probówki z próbkami w płynie konserwującym SurePath poddane obróbce z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas należy
®
przechowywać przed wykonaniem testów na obecność wirusa HPV w systemie cobas 4800 przez maksymalnie 4 tygodnie
w temperaturze 2–30°C.
UWAGA: Minimalna objętość wypełnienia, jaka musi znajdować się w podstawowych pojemnikach zawierających podłoże
®
®
do przechowywania pobranych komórek cobas PCR i płynne podłoże PreservCyt , wynosi 3,0 ml. Stosując
wtórne okrągłodenne probówki 13 ml należy napełniać je minimalną objętością 1,0 ml i maksymalną objętością
10 ml.
®
UWAGA: Do pobierania próbek z szyjki macicy do testu cobas 4800 HPV należy używać wyłącznie podłoża do
®
®
przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt i płynu konserwującego
TM
®
SurePath . Używanie testu cobas 4800 HPV z innymi przyrządami do pobierania próbek i innymi rodzajami
®
pożywek nie zostało zatwierdzone. Używanie testu cobas 4800 HPV z innymi przyrządami do pobierania próbek
i/lub innymi rodzajami pożywek może prowadzić do otrzymania wyników fałszywie ujemnych, fałszywie
dodatnich i/lub nieważnych.
UWAGA: Może być konieczne podzielenie próbek na alikwoty do opatrzonych właściwym kodem kreskowym
okrągłodennych probówek Sarstedt 13 ml w celu ich przetworzenia w aparacie cobas x 480. Do postępowania
z próbkami należy używać pipetorów z końcówkami z barierą aerozolową lub dodatnim wypieraniem. Aby
zapobiec skażeniu krzyżowemu przetworzonych próbek, do ponownego zatykania próbek po ich przetworzeniu
należy używać dodatkowych korków do tych probówek w innym kolorze (neutralnym; patrz rozdział Materiały
wymagane, lecz niedostarczane).
UWAGA: Podczas przenoszenia próbek z podstawowych pojemników do wtórnych, okrągłodennych probówek 13 ml,
należy zachować ostrożność. Przed przeniesieniem należy zamieszać próbki w mieszadle wibracyjnym. Należy
zmieniać końcówki pipet po zakończeniu postępowania z każdą z próbek.
UWAGA: Nie należy przetwarzać próbek, które zawierają widoczną krew lub mają ciemnobrązowy kolor.
05990335001-10PL
10
Doc Rev. 11.0
®
Pojedynczy przebieg pracy może obejmować różne kombinacje próbek (podłoża do przechowywania pobranych komórek cobas PCR,
®
TM
płynne podłoże PreservCyt i/lub płyn konserwujący SurePath ), a każda próbka może zostać oznaczona zarówno przy użyciu podtypu testu
metodą genotypowania HPV wysokiego ryzyka, jak i HPV wysokiego ryzyka Plus.
Przebiegi pracy
Przeprowadzanie przebiegu pracy Full Workflow:
®
®
A. Testowi cobas 4800 HPV można poddawać cykle pracy od 1 do 22 próbek plus jedna kontrola ujemna systemu cobas 4800 i jedna kontrola
®
®
dodatnia systemu cobas 4800 HPV (obejmujące 24 testy) oraz od 1 do 94 próbek plus jedna kontrola ujemna systemu cobas 4800, a także
®
jedna kontrola dodatnia systemu cobas 4800 HPV (obejmujące 96 testów).
®
B. Uruchom system i wykonaj procedury konserwacyjne, postępując zgodnie z instrukcjami opisanymi w Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
C. Utwórz plik harmonogramu pracy dla pełnego cyklu pracy, postępując zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu
®
cobas 4800. Plik harmonogramu pracy nie jest wymagany w przypadku używania sieci LIS.
D. Wybierz rodzaj pożywki dla każdej z próbek.
®
· W pliku harmonogramu pracy wybierz „PreservCyt” dla żądania próbek w płynnym podłożu PreservCyt lub podłożu do
®
przechowywania pobranych komórek cobas PCR.
TM
· W pliku harmonogramu pracy wybierz „SurePath” dla żądania próbek w płynie konserwującym SurePath .
E. Wybierz podtyp testu „HPV High Risk Panel”, aby raportować dowolny pojedynczy wynik lub kombinacje następujących typów wirusa HPV
wysokiego ryzyka: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
F. Wybierz podtyp testu „HPV High Risk Panel Plus Genotyping”, aby raportować dowolny pojedynczy wynik lub kombinacje następujących
typów wirusa HPV wysokiego ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 i oddzielnie raportować wynik typu 16 wirusa HPV
wysokiego ryzyka oraz typu 18 wirusa HPV wysokiego ryzyka.
G. Uruchom nowy cykl pracy, postępując zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania. Wybierz rodzaj testu: „HPV
workflow”.
H. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania próbek i postępowania z plikiem
harmonogramu pracy.
UWAGA: Próbki można ładować w opatrzonych kodem kreskowym podstawowych lub wtórnych probówkach w dowolnej
kolejności, jeśli tylko ich kody kreskowe odpowiadają kodom w harmonogramie pracy.
®
UWAGA: Jeśli podstawowe pojemniki z próbkami zawierające podłoże do przechowywania pobranych komórek cobas
®
PCR lub płynne podłoże PreservCyt są przeznaczone do przetwarzania, przed załadowaniem należy je
zamieszać w mieszadle wibracyjnym.
I. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania wszystkich produktów.
J. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania wszystkich odczynników.
UWAGA: Kontrole [HPV (+) C i (–) C] nie są ładowane wraz z próbkami. Są one ładowane do nośnika na odczynniki
podczas ładowania odczynnika. Kontrolom HPV (+) i (–) są przydzielone odpowiednio dwie pozycje (A1 i B1)
każdej z płytek do ekstrakcji i płytek z mikrodołkami.
®
UWAGA: System cobas 4800 ma wewnętrzny zegar, kontrolujący czas, przez jaki odczynniki znajdują się w systemie. Od
momentu zeskanowania WB jest 1 godzina do zakończenia procesu ładowania i kliknięcia przycisku „Start”. Na
zakładce „Workplace” wyświetlany jest zegar odliczający czas.
UWAGA: Aby zapewnić właściwe przeniesienie odczynnika MGP, zamieszaj w mieszadle wibracyjnym lub energicznie
wstrząśnij butelką MGP przed umieszczeniem jej w pojemniku na odczynniki.
K. Załaduj odczynniki do przygotowywania próbek (WB, MGP, EB, SDS i LYS) do pojemników na odczynniki opatrzonych kodem kreskowym,
stosując metodę „zeskanuj, zeskanuj, włóż, umieść”:
· Zeskanuj kod kreskowy butelki odczynnika.
· Zeskanuj kod kreskowy pojemnika na odczynniki.
· Włóż odczynnik do pojemnika.
· Umieść wypełniony pojemnik na odczynniki w przypisanej mu pozycji w nośniku na odczynniki.
L. Pojemniki na odczynniki są dostępne w dwóch rozmiarach: 200 ml i 50 ml. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego
oprogramowania, dotyczącymi wyboru pojemnika na odczynniki odpowiednich rozmiarów. Kody kreskowe pojemnika na odczynniki muszą
znajdować się po prawej stronie nośnika.
UWAGA: Odczynniki do amplifikacji/detekcji (HPV MMX i HPV Mg/Mn), kontrole [HPV (+) C i (–) C] oraz PK są ładowane
bezpośrednio do nośnika na odczynniki i automatycznie skanowane przez aparat cobas x 480.
UWAGA: Wszystkie odczynniki i pojemniki na odczynniki są opatrzone kodem kreskowym i są przeznaczone do
®
jednokrotnego użycia. Oprogramowanie cobas 4800 śledzi użycie odczynników oraz pojemników na odczynniki
i odrzuca wcześniej używane odczynniki lub pojemniki na odczynniki. Oprogramowanie weryfikuje także, czy do
aparatu załadowano odczynniki z zestawów o odpowiedniej liczbie testów, np. zapobiegając użyciu zestawu
240 testów w cyklu pracy z ponad 22 próbkami pacjentów.
®
UWAGA: Oprogramowanie cobas 4800 monitoruje datę ważności wszystkich odczynników. Odczynniki po upływie daty
®
ważności nie zostaną dopuszczone do stosowania w systemie cobas 4800.
M. Rozpocznij przygotowanie próbek, klikając przycisk „Start Run”.
N. Po pomyślnym zakończeniu procesu przygotowania próbek kliknij przycisk **„Unload”, aby wyładować nośnik na płytki.
** Stan przygotowania próbki można sprawdzić w tym momencie, przed kliknięciem przycisku „Unload”. Patrz Podręcznik użytkownika
®
systemu cobas 4800.
05990335001-10PL
11
Doc Rev. 11.0
®
O. Aby uszczelnić płytkę z mikrodołkami, przenieść płytkę do analizatora cobas 4800 i rozpocząć cykl pracy amplifikacji i detekcji, postępuj
zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu cobas z 480.
®
UWAGA: System cobas 4800 ma wewnętrzny zegar, kontrolujący czas, jaki upływa od momentu dodania
przygotowanych próbek do odczynnika Master Mix będącego w użyciu. Amplifikację i detekcję należy rozpocząć
jak najszybciej, jednak nie później niż 90 minut od zakończenia przebiegu w aparacie cobas x 480. Na zakładce
„Workplace” wyświetlany jest zegar odliczający czas.
P. Po zakończeniu procesu amplifikacji i detekcji wyładuj płytkę z mikrodołkami z analizatora cobas z 480.
®
Q. Aby przeglądać i akceptować poszczególne wyniki, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
Przeprowadzanie przebiegu pracy PCR Only
UWAGA: Przebieg pracy PCR Only jest dostępny jako opcja przywracania, w przypadku gdy pełny przebieg pracy nie
może zostać zakończony z powodu okoliczności, na które użytkownik nie ma wpływu (np. wyłączenie zasilania
podczas cyklu amplifikacji/detekcji).
UWAGA: Tylko próbki, których przetwarzanie w aparacie cobas x 480 zakończyło się pomyślnie, mogą zostać poddane
procesowi amplifikacji/detekcji z zastosowaniem cyklu pracy PCR Only. Podczas cyklu pracy PCR Only kontrola
systemu dotycząca odczynników i innych produktów jest ograniczona. Podczas przebiegu pracy PCR Only nie
zachodzi śledzenie pozycji próbek — użytkownik końcowy musi się upewnić, że bieżąca pozycja próbki w płytce
z mikrodołkami odpowiada przypisanej jej pozycji w pliku harmonogramu pracy. Podczas przygotowywania
płytki z mikrodołkami konieczne jest zachowanie maksymalnej ostrożności, aby zapewnić właściwe
przygotowanie reakcji PCR oraz w celu uniknięcia zakażenia.
UWAGA: Próbki przetworzone w aparacie cobas x 480 mają ograniczoną stabilność. Muszą one zostać poddane
amplifikacji/detekcji w przebiegu pracy PCR Only w ciągu 24 godzin, jeśli są przechowywane w temperaturze od
15°C do 30°C i w ciągu 7 dni, jeśli są przechowywane w temperaturze od 2°C do 8°C.
UWAGA: Aby dokonać zmian w kodach kreskowych dodatnich i ujemnych kontroli, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną
®
w Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
A. Utwórz plik harmonogramu pracy dla przebiegu pracy PCR Only, postępując zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika
®
systemu cobas 4800.
®
1. Informacje na temat kodów kreskowych próbek, rodzajów pożywek, podtypów testów oraz pozycji w płytce do ekstrakcji cobas 4800
dla cyklu pracy wymagającego powtórzenia procesu amplifikacji/detekcji można znaleźć w pliku wydruku wyniku lub eksportu wyniku.
2. W przypadku kontroli dodatnich i ujemnych edytuj ostatnie 4 cyfry, aby określić liczbę ponownych zastosowań kodów kreskowych kontroli
®
dla przebiegu pracy tylko amplifikacji i detekcji, postępując zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
®
B. Przygotuj odczynnik roboczy Master Mix dla testu cobas 4800 HPV:
1. Dla cyklu pracy do 24 testów dodaj 240 µl odczynnika HPV Mg/Mn na jedną butelkę odczynnika HPV MMX (butelka 0,5 ml z zestawu
240 testów).
2. Dla cyklu pracy do 96 testów dodaj 450 µl odczynnika HPV Mg/Mn na każdą z dwóch butelek odczynnika HPV MMX (butelki 1,0 ml
z zestawu 960 testów).
UWAGA: Cykl pracy PCR Only musi się rozpocząć w ciągu 90 minut od dodania odczynnika HPV Mg/Mn do HPV MMX.
System nie kontroluje czasu, jaki upływa od momentu dodania przygotowanych próbek do roboczego
odczynnika Master Mix, będącego w użyciu w przebiegu pracy PCR Only. Użytkownik końcowy musi zapewnić,
że amplifikacja i detekcja rozpoczęła się w wyznaczonym czasie.
C. Dokładnie wymieszaj odczynnik roboczy Master Mix, ostrożnie odwracając fiolkę (fiolki). Nie mieszaj roboczego odczynnika Master Mix na
mieszadle wibracyjnym.
D. Przenieś 25 µl odczynnika roboczego Master Mix do odpowiednich pozycji w płytce z mikrodołkami.
E. Umieść płytkę do ekstrakcji cyklu pracy, który ma zostać powtórzony, na osobnej płytce magnetycznej.
F. Ręcznie przenieś 25 µl eluatu z pozycji w płytce do ekstrakcji do odpowiednich pozycji w płytce z mikrodołkami. Upewnij się, że zostały
zachowane właściwe pozycje (np. eluat w pozycji A1 płytki do ekstrakcji jest przeniesiony do pozycji A1 płytki z mikrodołkami). Upewnij się,
że do płytki z mikrodołkami nie został przeniesiony odczynnik MGP.
®
G. Aby uszczelnić płytkę z mikrodołkami, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
H. Odwiruj płytkę z mikrodołkami za pomocą bębna wirówki przez co najmniej 5 sekund przy wartości RCF wynoszącej 1500.
I. Przenieś płytkę do analizatora cobas z 480 i rozpocznij cykl amplifikacji i detekcji.
J. Po zakończeniu procesu amplifikacji i detekcji wyładuj płytkę z mikrodołkami z analizatora cobas z 480.
®
K. Aby przeglądać i akceptować poszczególne wyniki, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
05990335001-10PL
12
Doc Rev. 11.0
Interpretacja wyników
®
UWAGA: Cały proces walidacji testu i cyklu pracy jest przeprowadzany przez oprogramowanie cobas 4800.
UWAGA: Ważny przebieg może obejmować zarówno ważne, jak i nieważne wyniki próbek.
W przypadku prawidłowego cyklu wyniki próbek interpretuje się w sposób przedstawiony w tabelach 1A i 2A:
Tabela 1A
®
Interpretacja wyników testu cobas 4800 HPV na obecność DNA wirusa HPV
®
Raport wyniku i jego interpretacja
Test cobas 4800 HPV
Podtyp testu „HPV High Risk Panel”:
Dodatnie HPV wysokiego ryzyka
HR HPV POS
Wynik próbki jest dodatni dla DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących typów wirusa HPV
wysokiego ryzyka: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
Ujemne HPV wysokiego ryzyka*
HR HPV NEG
DNA HPV typu 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 było niewykrywalne lub poniżej wcześniej
ustawionego progu.
Nieważne HPV wysokiego ryzyka
Invalid
Wyniki są nieważne. W celu otrzymania ważnego wyniku ponownie przeprowadź test oryginalnej próbki.
Brak wyników dla próbki
Instrukcje dotyczące przeglądania znaczników cyklu pracy i zalecanych czynności można znaleźć w
Failed
®
Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800. W celu otrzymania ważnego wyniku ponownie przeprowadź
test oryginalnej próbki.
Podtyp testu „HPV High Risk Panel Plus Genotyping”:
Dodatni inny typ HPV wysokiego ryzyka, dodatni HPV16, dodatni HPV18.
Other HR HPV POS,
Wynik próbki jest dodatni dla DNA HPV typu 16 i 18 oraz DNA któregokolwiek typu lub kombinacji
HPV16 POS, HPV18 POS
następujących typów wirusa HPV wysokiego ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
Dodatni inny typ HPV wysokiego ryzyka, dodatni HPV16, ujemny HPV18*.
Wynik próbki jest dodatni dla DNA HPV typu 16 oraz DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących
Other HR HPV POS,
HPV16 POS, HPV18 NEG typów wirusa HPV wysokiego ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
DNA HPV typu 18 było niewykrywalne lub poniżej wcześniej ustawionego progu.
Dodatni inny typ HPV wysokiego ryzyka, ujemny HPV16*, dodatni HPV18.
Wynik próbki jest dodatni dla DNA HPV typu 18 oraz DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących
Other HR HPV POS,
HPV16 NEG, HPV18 POS typów wirusa HPV wysokiego ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
Dodatni inny typ HPV wysokiego ryzyka, ujemny HPV16*, ujemny HPV18*.
Wynik próbki jest dodatni dla DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących typów wirusa HPV
Other HR HPV POS,
HPV16 NEG, HPV18 NEG wysokiego ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
DNA HPV typu 16 i 18 było niewykrywalne lub poniżej wcześniej ustawionego progu.
Ujemny inny typ HPV wysokiego ryzyka*, dodatni HPV16, dodatni HPV18.
DNA HPV typu 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 był niewykrywalny lub poniżej wcześniej
Other HR HPV NEG,
HPV16 POS, HPV18 POS ustawionego progu.
W próbce wykryto obecność DNA HPV typu 16 i 18.
Ujemny inny typ HPV wysokiego ryzyka*, ujemny HPV16*, dodatni HPV18.
DNA HPV typu 16, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 był niewykrywalny lub poniżej wcześniej
Other HR HPV NEG,
HPV16 NEG, HPV18 POS ustawionego progu.
W próbce wykryto obecność DNA HPV typu 18.
Ujemny inny typ HPV wysokiego ryzyka*, dodatni HPV16, ujemny HPV18*.
DNA HPV typu 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 był niewykrywalny lub poniżej wcześniej
Other HR HPV NEG,
HPV16 POS, HPV18 NEG ustawionego progu.
Ujemny inny typ HPV wysokiego ryzyka*, ujemny HPV16*, ujemny HPV18*.
Other HR HPV NEG,
DNA HPV typu 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 był niewykrywalny lub poniżej wcześniej
HPV16 NEG, HPV18 NEG
ustawionego progu.
Nieważny.
Invalid
Wyniki są nieważne. W celu otrzymania ważnych wyników ponownie przeprowadź test oryginalnej próbki.
Instrukcje dotyczące przeglądania znaczników cyklu pracy i zalecanych czynności można znaleźć w
Failed
®
Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800. W celu otrzymania ważnych wyników ponownie przeprowadź
test oryginalnej próbki.
*Wynik ujemny nie wyklucza obecności zakażenia wirusem HPV, gdyż wyniki zależne są od odpowiedniego pobrania próbki,
nieobecności inhibitorów oraz obecności ilości DNA wystarczającej do detekcji.
05990335001-10PL
13
Doc Rev. 11.0
Tabela 2A
®
Interpretacja wyników testu cobas 4800 HPV dla pacjentów z nieprawidłowościami cytologicznymi
Wyniki
Interpretacja
Other HR HPV* NEG, HPV16 NEG,
Bardzo małe prawdopodobieństwo dla ≥ CIN2.
HPV18 NEG
Other HR HPV* POS, HPV16 NEG,
Zwiększone prawdopodobieństwo, że ≥ CIN2 zostanie wykryte podczas kolposkopii.
HPV18 NEG
HPV16 POS i/lub HPV18 POS
Najwyższe prawdopodobieństwo, że ≥ CIN2 zostanie wykryte podczas kolposkopii
34,35
.
*Inne DNA HR HPV obejmują następujące typy: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
UWAGA: Ujemne wyniki HPV nie powinny być powodem rezygnacji z kolposkopii u kobiet.
UWAGA: Oprócz wyników wyszczególnionych w tabeli powyżej możliwe są także wyniki nieważne dla jednej lub wielu
kombinacji. W razie otrzymania takich wyników, jak na przykład:
Other HR HPV NEG, HPV16 POS, HPV18 Invalid
Wyniki dodatnie i ujemne powinny być interpretowane tak jak to przedstawiono w Tabeli 1A. W tym przykładzie
wyniki HPV 18 są nieważne. W celu otrzymania ważnych wyników ponownie przeprowadź test oryginalnej próbki.
UWAGA: Ujemne wyniki wskazują, że stężenia DNA HPV są niewykrywalne lub poniżej wcześniej ustawionego progu.
UWAGA: Dodatnie wyniki testu wskazują na obecność któregokolwiek typu lub więcej typów wirusa, jednak ponieważ
pacjentki są często współzakażone jego typami niskiego ryzyka, nie wyklucza to obecności typów niskiego
ryzyka u pacjentek z zakażeniami mieszanymi.
UWAGA: Wyniki tego testu powinny być interpretowane wyłącznie w połączeniu z informacjami pochodzącymi z oceny
klinicznej pacjentki i jej historii choroby.
KONTROLA JAKOŚCI
®
Każdy cykl pracy obejmuje jeden zestaw kontroli dodatnich i ujemnych testu cobas 4800 HPV. W przypadku każdego cyklu pracy, aby przez
®
®
oprogramowanie cobas 4800 zostały wyświetlone możliwe do odnotowania wyniki testu cobas 4800 HPV tego cyklu pracy, muszą zostać
uzyskane ważne wyniki zarówno dla kontroli dodatniej, jak i ujemnej.
Kontrola dodatnia
Wynik kontroli HPV (+) musi być oznaczony jako „Valid”. Jeżeli wyniki kontroli HPV (+) są stale nieważne, skontaktuj się z miejscowym biurem
firmy Roche w celu uzyskania pomocy technicznej.
Kontrola ujemna
Wynik kontroli (–) musi być oznaczony jako „Valid”. Jeżeli wyniki kontroli (–) są stale nieważne, skontaktuj się z miejscowym
przedstawicielstwem firmy Roche w celu uzyskania pomocy technicznej.
Koniec części A
®
CZĘŚĆ B: DO UŻYTKU WYŁĄCZNIE Z SYSTEMEM COBAS
NOWSZEJ
4800 Z OPROGRAMOWANIEM W WERSJI 2.1 LUB
MATERIAŁY WYMAGANE, LECZ NIEDOSTARCZANE
Obsługa próbek i odczynników
®
· Pożywka do przechowywania pobranych komórek cobas PCR (Roche P/N 05619637190, opcjonalna)
· Końcówki CO-RE, 1000 µl, statyw 96 (Roche P/N 04639642001 lub Hamilton P/N 235905)
®
· Płytka (z głębokimi dołkami) do ekstrakcji systemu cobas 4800 (Roche P/N 05232716001)
®
· Płytka AD 0,3 ml (z mikrodołkami) i film uszczelniający systemu cobas 4800 (Roche P/N 05232724001)
· Trwała torba na odpady [Roche P/N 05530873001 (mała) lub 04691989001 (duża)]
· Plastikowa zsuwnia Hamilton STAR (Roche P/N 04639669001)
· Probówki okrągłodenne 13 ml (Sarstedt P/N 60.541.122) do użytku jako wtórne probówki na próbki
· Korki, kolor naturalny (Sarstedt P/N 65.176.026) do ponownego zamykania przetworzonych próbek w okrągłodennych probówkach typu
Sarstedt 13 ml
· Rękawice jednorazowe bezpudrowe
Urządzenia i oprogramowanie
· Aparat cobas x 480
· Analizator cobas z 480
®
· Jednostka sterująca systemu cobas 4800 z oprogramowaniem systemu w wersji 2.1 lub nowszej
®
®
· System cobas 4800 cobas HPV AP z oprogramowaniem w wersji 2.0. lub nowszej
05990335001-10PL
14
Doc Rev. 11.0
Wyposażenie i materiały opcjonalne
®
· Bufor do przygotowywania próbek cobas (Roche P/N 06526985190; bufor Tris-HCl, 0,4% SDS, 0,09% azydku sodu)
· Pipety: umożliwiające dozowanie do 1000 µl
· Końcówki z barierą aerozolową bez DNazy: umożliwiające dozowanie do 1000 µl
· Wirówka laboratoryjna, wyposażona w bęben wirówki o minimalnej wartości RCF równej 1500
· Osobna płytka magnetyczna (Roche P/N 05440777001)
· Mieszadło wibracyjne (do mieszania jednej probówki)
· Mieszadło wibracyjne typu vortexer do mieszania wielu probówek [np. VWR P/N 58816-116]
· Etykiety z kodami kreskowymi odporne na działanie ciepła (RACO Industries; nr kat. RAC-225075-9501)
· Termometr –20/150°C (VWR, nr kat. 89095-600) lub odpowiednik
· Cyfrowy blok grzejny 120 V (VWR, nr kat. 12621-096) lub odpowiednik
· Moduł bloku grzejnego z 12 otworami 16 mm (VWR, nr kat. 13259-162) lub odpowiednik
POBIERANIE, TRANSPORT I PRZECHOWYWANIE PRÓBEK
UWAGA: Ze wszystkimi próbkami należy obchodzić się jak z materiałem potencjalnie zakaźnym.
A.
Pobieranie próbek
®
®
TM
®
konserwującego SurePath , zostały zatwierdzone do użycia z testem cobas 4800 HPV. Próbki z szyjki macicy należy pobierać zgodnie
z instrukcjami producenta.
B.
Transport próbek
®
®
TM
konserwującego SurePath , można transportować w temperaturze 2–30°C. Próbki zawierające HPV muszą być transportowane zgodnie
33
z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi dotyczącymi transportu czynników etiologicznych .
C.
Przechowywanie próbek
®
®
Próbki z szyjki macicy pobrane do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR oraz płynnego podłoża PreservCyt można
przechowywać w temperaturze 2–30°C przez okres do 6 miesięcy od daty pobrania. Próbki z szyjki macicy pobrane do płynu konserwującego
TM
SurePath można przechowywać w temperaturze 2–8°C przez maksymalnie 6 miesięcy lub w temperaturze 15–30°C do 14 dni od daty
TM
pobrania. Próbki z szyjki macicy pobrane do płynu konserwującego SurePath można przechowywać w temperaturze 15–30°C przez okres
maksymalnie 6 tygodni od daty pobrania pod warunkiem usunięcia przed wykonaniem testu na obecność wirusa HPV indukowanych matrycą
TM
płynu konserwującego SurePath wiązań krzyżowych poprzez obróbkę z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas (patrz część
Próbki oraz wyniki dotyczące stabilności próbek).
INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA
UWAGA: Wszystkie odczynniki oprócz odczynników HPV MMX i HPV Mg/Mn przed załadowaniem do aparatu cobas x 480
muszą znajdować się w temperaturze pokojowej. Odczynniki HPV MMX i HPV Mg/Mn można ładować
bezpośrednio z temperatury przechowywania 2–8°C, ponieważ ich temperatura zrównoważy się z temperaturą
otoczenia wewnątrz aparatu cobas x 480 podczas procesu ich przetwarzania.
®
UWAGA: Próbki pobrane do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża
®
TM
PreservCyt lub płynu konserwującego SurePath przed ich załadowaniem do aparatu cobas x 480 muszą
znajdować się w temperaturze pokojowej.
®
UWAGA: Dokładne instrukcje użytkowania można znaleźć w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
Liczba testów w serii:
®
®
System cobas 4800 jest przeznaczony do obsługi testu cobas 4800 HPV o liczbie próbek i kontroli od 1 do 94 (do 96 testów w jednym cyklu
®
pracy). Każdy zestaw do przygotowania próbek systemu cobas 4800, zestaw do przygotowania płynu do badań cytologicznych systemu
®
®
cobas 4800 i zestaw buforu płuczącego systemu cobas 4800 HPV zawiera ilość odczynników wystarczającą na 10 cykli pracy 24 testów
®
(240 testów w zestawie) lub 96 testów (960 testów w zestawie). Każdy zestaw do amplifikacji/detekcji cobas 4800 HPV zawiera ilość
odczynników wystarczającą na 10 cykli pracy 24 testów (240 testów w zestawie) lub 96 testów (960 testów w zestawie); w celu optymalizacji
®
wykorzystania odczynników dla 48 lub 72 testów można użyć wielu zestawów 240 testów. Zestaw kontroli cobas 4800 HPV zawiera ilość
®
odczynników wystarczającą na 10 cykli pracy (10 kompletów w zestawie). Minimalna liczba dla jednego cyklu pracy w systemie cobas 4800 to
®
1 próbka plus kontrole. Do przeprowadzenia każdego cyklu pracy konieczne jest jedno powtórzenie kontroli ujemnej systemu cobas 4800 [(–) C]
®
i jedno powtórzenie kontroli dodatniej systemu cobas 4800 HPV [HPV (+) C] (patrz część „Kontrola jakości”).
Przebieg pracy:
UWAGA: Chociaż nie stanowi to optymalnego zużycia odczynników, do cyklu pracy 24 próbek można użyć zestawu do
przygotowania 960 testów, a do cyklu pracy 24, 48 lub 72 próbek można użyć zestawu do amplifikacji/detekcji
960 testów HPV.
®
®
Test cobas 4800 HPV można przeprowadzać z zastosowaniem dwóch przebiegów pracy, nazywanych w oprogramowaniu cobas 4800:
„Full Workflow” i „Recovery Workflow”.
05990335001-10PL
15
Doc Rev. 11.0
HPV Full Workflow:
„HPV Full Workflow” obejmuje przygotowanie próbek w aparacie cobas x 480 oraz amplifikację/detekcję w analizatorze cobas z 480. Cykl
pracy może obejmować 24 testy (z 1–22 próbek plus 2 kontrole) lub 96 testów (z 1–94 próbek plus 2 kontrole). Szczegółowe informacje można
®
znaleźć w części „Przeprowadzanie przebiegu pracy Full Workflow” poniżej oraz w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
HPV Recovery Workflow:
„HPV Recovery Workflow” obejmuje ręczne przygotowanie płytek PCR przy użyciu eluatu z przetworzonej płytki głębokodołkowej, a następnie
amplifikację/detekcję na analizatorze cobas z 480. Szczegółowe informacje można znaleźć w części „Przeprowadzanie przebiegu pracy
®
Recovery Workflow” poniżej oraz w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
Próbki:
®
Istnieją trzy rodzaje próbek z szyjki macicy, które można oznaczać przy użyciu testu cobas 4800 HPV: a) próbki z szyjki macicy w płynnym
®
®
podłożu PreservCyt , b) próbki z szyjki macicy w podłożu do przechowywania pobranych komórek cobas PCR oraz c) próbki z szyjki macicy
TM
®
w płynie konserwującym SurePath . Próbki w podłożu płynnym PreservCyt , próbki w podłożu do przechowywania pobranych komórek
®
cobas PCR oraz próbki SurePath w pojemnikach bez plastikowych wkładek można przetwarzać w aparacie cobas x 480 bezpośrednio po ich
wyjęciu z pojemników podstawowych opatrzonych właściwym kodem kreskowym lub po wyjęciu z opatrzonej właściwym kodem kreskowym
TM
okrągłodennej probówki Sarstedt 13 ml. Próbek w płynie konserwującym SurePath w pojemnikach podstawowych z plastikowymi wkładkami
nie można przetwarzać bezpośrednio po ich wyjęciu z pojemników podstawowych. Te próbki SurePath muszą zostać przeniesione do
opatrzonej właściwym kodem kreskowym okrągłodennej probówki Sarstedt 13 ml w celu ich przetworzenia w aparacie cobas x 480. W celu
uzyskania informacji na temat procedur właściwego kodowania kreskowego należy zapoznać się z odpowiednim Podręcznikiem użytkownika
®
®
systemu cobas 4800 oraz listą kodów kreskowych dopuszczalnych w systemie cobas 4800.
UWAGA: Po 14 dniach przechowywania w temperaturze 15–30°C próbki podstawowe SurePath należy poddać obróbce w celu
usunięcia wiązań krzyżowych indukowanych matrycą przed przeprowadzeniem testu na obecność wirusa HPV
®
w systemie cobas 4800.
®
Obróbka próbek podstawowych w płynie konserwującym SurePath z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas w celu usunięcia
wiązań krzyżowych indukowanych matrycą
UWAGA:
W przypadku probówek używanych w procedurze usuwania wiązań krzyżowych indukowanych matrycą (patrz
część Wyposażenie i materiały opcjonalne) konieczne jest zastosowanie etykiet z kodem kreskowym odpornych
na działanie ciepła.
UWAGA:
Zaleca się przeprowadzenie czynności opisanych w punktach B, C, G i H poniżej w komorze z przepływem
laminarnym, aby zminimalizować ryzyko zakażenia krzyżowego.
A. Przygotuj po jednej okrągłodennej probówce Sarstedt o pojemności 13 ml oznaczonej kodem kreskowym zawierającej 0,5 ml buforu do
TM
przygotowywania próbek cobas na każdą próbkę w płynie konserwującym SurePath przeznaczoną do przebadania.
TM
B. Zworteksuj przez 10 sekund próbki w płynie konserwującym SurePath przed ich przeniesieniem. Przenieś po 0,5 ml każdej próbki
TM
w płynie konserwującym SurePath do przygotowanej w punkcie A okrągłodennej probówki Sarstedt o pojemności 13 ml. Przed
przejściem do kolejnego etapu nałóż z powrotem korki na wszystkie probówki. W przypadku każdej z próbek zmieniaj końcówkę pipety.
C. Mieszaj każdą probówkę na mieszadle wibracyjnym przez 1 sekundę.
D. Przenieś probówki do modułu grzejnego (patrz część Wyposażenie i materiały opcjonalne). W jednej partii można przetworzyć
maksymalnie 48 probówek.
E. Prowadź ogrzewanie w temperaturze 120°C przez 20 minut.
F. Po zakończeniu ogrzewania wyjmij probówki i umieść je w statywie, a następnie pozostaw je do schłodzenia przez 10 minut
w temperaturze otoczenia.
G. Wymieszaj każdą probówkę na mieszadle wibracyjnym przez 5 sekund.
®
®
H. Przenieś próbki do statywów cobas 4800 z 24 pozycjami, wyrzuć korki i przeprowadź przetwarzanie w systemie cobas 4800 w celu
wykonania testu na obecność wirusa HPV.
TM
Próbki w płynie konserwującym SurePath poddane działaniu buforu do przygotowywania próbek cobas można przechowywać w celu
wykonania testu na obecność wirusa HPV w przyszłości, jeśli przykładowo w pierwszej kolejności wymagane jest przeprowadzenie oceny
cytologicznej. Należy postępować zgodnie z poniższą procedurą:
A. Wykonaj kolejne czynności z powyższej procedury obróbki do punktu G.
TM
B. Probówki z próbkami w płynie konserwującym SurePath poddane obróbce z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas należy
®
przechowywać przed wykonaniem testów na obecność wirusa HPV w systemie cobas 4800 przez maksymalnie 4 tygodnie
w temperaturze 2–30°C.
UWAGA: Badanie wirusa HPV bezpośrednio z pojemników podstawowych SurePath bez wkładek plastikowych można
wykonać jedynie przed badaniem cytologicznym. Badanie próbek SurePath po badaniu cytologicznym będzie
wymagało przeniesienia przynajmniej 1 ml próbki do opatrzonej właściwym kodem kreskowym okrągłodennej
probówki Sarstedt 13 ml.
UWAGA: Minimalna objętość wypełnienia, jaka musi znajdować się w podstawowych pojemnikach zawierających podłoże
®
®
do przechowywania pobranych komórek cobas PCR i płynne podłoże PreservCyt , wynosi 3,0 ml. Minimalna
objętość wypełnienia, jaka musi znajdować się w podstawowych pojemnikach SurePath bez wkładek
plastikowych wynosi 5,0 ml. Stosując wtórne okrągłodenne probówki 13 ml należy napełniać je minimalną
objętością 1,0 ml i maksymalną objętością 10 ml.
05990335001-10PL
16
Doc Rev. 11.0
®
UWAGA: Do pobierania próbek z szyjki macicy do testu cobas 4800 HPV należy używać wyłącznie podłoża do
®
®
przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt i płynu konserwującego
TM
®
SurePath . Używanie testu cobas 4800 HPV z innymi przyrządami do pobierania próbek i innymi rodzajami
®
pożywek nie zostało zatwierdzone. Używanie testu cobas 4800 HPV z innymi przyrządami do pobierania próbek
i/lub innymi rodzajami pożywek może prowadzić do otrzymania wyników fałszywie ujemnych, fałszywie
dodatnich i/lub nieważnych.
UWAGA: Może być konieczne podzielenie próbek na alikwoty do opatrzonych właściwym kodem kreskowym
okrągłodennych probówek Sarstedt 13 ml w celu ich przetworzenia w aparacie cobas x 480. Do postępowania
z próbkami należy używać pipetorów z końcówkami z barierą aerozolową lub dodatnim wypieraniem. Aby
zapobiec skażeniu krzyżowemu przetworzonych próbek, do ponownego zatykania próbek po ich przetworzeniu
należy używać dodatkowych korków do tych probówek w innym kolorze (neutralnym; patrz rozdział Materiały
wymagane, lecz niedostarczane).
UWAGA: Podczas przenoszenia próbek z podstawowych pojemników do wtórnych, okrągłodennych probówek 13 ml,
należy zachować ostrożność. Przed przeniesieniem należy zamieszać próbki w mieszadle wibracyjnym. Należy
zmieniać końcówki pipet po zakończeniu postępowania z każdą z próbek.
UWAGA: Nie należy przetwarzać próbek, które zawierają widoczną krew lub mają ciemnobrązowy kolor.
®
Pojedynczy przebieg pracy może obejmować różne kombinacje próbek (podłoża do przechowywania pobranych komórek cobas PCR,
®
TM
płynne podłoże PreservCyt i/lub płyn konserwujący SurePath ), a każda próbka może zostać poddana oznaczeniu zarówno przy użyciu
podtypu testu metodą genotypowania HPV wysokiego ryzyka, jak i HPV wysokiego ryzyka Plus.
Przebiegi pracy
Przeprowadzanie przebiegu pracy Full Workflow:
®
®
A. Testowi cobas 4800 HPV można poddawać cykle pracy od 1 do 94 próbek plus jedna kontrola ujemna systemu cobas 4800 i jedna
®
kontrola dodatnia systemu cobas 4800 HPV.
B. Uruchom system i wykonaj procedury konserwacyjne, postępując zgodnie z instrukcjami opisanymi w odpowiednim Podręczniku
®
C. Uruchom nowy cykl pracy, klikając przycisk „New run”.
D. W oknie „Selection test” jako przebieg pracy wybierz „Full”, a następnie wybierz test „HPV”.
E. Wprowadź nazwę cyklu pracy lub pozostaw domyślną nazwę cyklu pracy, a następnie kliknij „OK”, aby kontynuować.
F. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania próbek.
UWAGA: Próbki mogą być w dowolnej kolejności ładowane do opatrzonych kodami kreskowymi probówek
podstawowych lub wtórnych.
®
UWAGA: Jeżeli pojemniki podstawowe na próbki w podłożu do przechowywania pobranych komórek cobas PCR,
®
podłożu płynnym PreservCyt lub płynie konserwującym SurePath™ są przeznaczone do przetwarzania
(pojemniki podstawowe SurePath bez wkładek plastikowych), przed załadowaniem należy je zamieszać
w mieszadle wibracyjnym. Wybierz rodzaj próbki dla każdej z próbek.
®
· Wybierz „PC” w przypadku zlecania próbek w podłożu płynnym PreservCyt lub podłożu do przechowywania pobranych komórek
®
cobas PCR Cell Collection Media.
TM
· Wybierz „SP” w przypadku zlecania próbek w płynie konserwującym SurePath .
G. Wybierz żądany wynik dla każdej z próbek.
· Aby raportować pojedyncze wyniki lub kombinacje testów typów wirusa HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68
wysokiego ryzyka, wybierz żądany wynik „HPV High Risk Panel”.
· Aby raportować pojedyncze wyniki lub kombinacje testów typów wirusa HPV 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 wysokiego
ryzyka oraz oddzielnie raportować wyniki testu typu wirusa HPV 16 wysokiego ryzyka i wyniki testu typu wirusa HPV 18 wysokiego
ryzyka, wybierz żądany wynik „HPV High Risk Panel Plus Genotyping”.
H. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania wszystkich produktów.
I. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego oprogramowania, dotyczącymi ładowania wszystkich odczynników.
UWAGA: Kontrole [HPV (+) C i (–) C] nie są ładowane wraz z próbkami. Są one ładowane do nośnika na odczynniki
podczas ładowania odczynnika. Kontrolom HPV (+) i (–) są przydzielone odpowiednio dwie pozycje (A1 i B1)
każdej z płytek do ekstrakcji i płytek z mikrodołkami.
®
UWAGA: System cobas 4800 ma wewnętrzny zegar, kontrolujący czas, przez jaki odczynniki znajdują się w systemie. Po
zeskanowaniu WB na zakończenie procesu ładowania jest przeznaczona 1 godzina. Następnie należy kliknąć
przycisk „Start”. Na zakładce „Workplace” wyświetlany jest zegar odliczający czas. System nie zezwoli na
rozpoczęcie kolejnego cyklu pracy, jeżeli zegar aparatu przeterminował się.
UWAGA: Aby zapewnić właściwe przeniesienie odczynnika MGP, zamieszaj w mieszadle wibracyjnym lub energicznie
wstrząśnij butelką MGP przed umieszczeniem jej w pojemniku na odczynniki.
K. Załaduj odczynniki do przygotowywania próbek (WB, MGP, EB, SDS i LYS) do pojemników na odczynniki opatrzonych kodem kreskowym,
stosując metodę „zeskanuj, zeskanuj, włóż, umieść”:
· Zeskanuj kod kreskowy butelki odczynnika.
· Zeskanuj kod kreskowy pojemnika na odczynniki.
· Włóż odczynnik do pojemnika.
· Umieść wypełniony pojemnik na odczynniki w przypisanej mu pozycji w nośniku na odczynniki.
05990335001-10PL
17
Doc Rev. 11.0
L.
Pojemniki na odczynniki są dostępne w dwóch rozmiarach: 200 ml i 50 ml. Postępuj zgodnie ze wskazówkami kreatora konfiguracyjnego
oprogramowania, dotyczącymi wyboru pojemnika na odczynniki odpowiednich rozmiarów. Kody kreskowe pojemnika na odczynniki muszą
znajdować się po prawej stronie nośnika.
UWAGA: Odczynniki do amplifikacji/detekcji (HPV MMX i HPV Mg/Mn), kontrole [HPV (+) C i (–) C] oraz PK są ładowane
bezpośrednio do nośnika na odczynniki i automatycznie skanowane przez aparat cobas x 480.
UWAGA: Wszystkie odczynniki i pojemniki na odczynniki są opatrzone kodem kreskowym i są przeznaczone do
®
jednokrotnego użycia. Oprogramowanie cobas 4800 umożliwia śledzenie użycia odczynników oraz pojemników
na odczynniki i odrzucenie wcześniej używanych odczynników lub pojemników na odczynniki. Oprogramowanie
weryfikuje także, czy do aparatu załadowano wystarczające ilości odczynników.
®
UWAGA: Oprogramowanie cobas 4800 monitoruje datę ważności wszystkich odczynników. Odczynniki po upływie daty
®
ważności nie zostaną dopuszczone do stosowania w systemie cobas 4800.
M. Rozpocznij przygotowanie próbek, klikając przycisk „Start Run”.
N. Po pomyślnym zakończeniu procesu przygotowania próbek kliknij przycisk **„Unload”, aby wyładować nośnik na płytki.
** Stan przygotowania próbki można sprawdzić w tym momencie, przed kliknięciem przycisku „Unload”. Patrz odpowiedni Podręcznik
®
O. Aby uszczelnić płytkę z mikrodołkami, przenieść płytkę do analizatora cobas z 480 i rozpocząć cykl pracy amplifikacji i detekcji, postępuj
®
zgodnie z instrukcją opisaną w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800.
®
UWAGA: System cobas 4800 ma wewnętrzny zegar, kontrolujący czas, jaki upływa od momentu dodania
przygotowanych próbek do odczynnika Master Mix będącego w użyciu. Amplifikację i detekcję należy rozpocząć
jak najszybciej, jednak nie później niż 90 minut od zakończenia przebiegu w aparacie cobas x 480. Na zakładce
„Workplace” wyświetlany jest zegar odliczający czas.
P. Po zakończeniu procesu amplifikacji i detekcji wyładuj płytkę z mikrodołkami z analizatora cobas z 480.
Q. Aby przeglądać i akceptować poszczególne wyniki, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w odpowiednim Podręczniku użytkownika
®
systemu cobas 4800.
Przeprowadzanie przebiegu pracy Recovery Workflow
UWAGA: Przebieg pracy Recovery jest dostępny jako opcja przywracania, w przypadku gdy pełny przebieg pracy nie
może zostać zakończony z powodu okoliczności, na które użytkownik nie ma wpływu (np. wyłączenie zasilania
podczas cyklu amplifikacji/detekcji).
UWAGA: Tylko próbki, których przetwarzanie w aparacie cobas x 480 zakończyło się pomyślnie, mogą zostać poddane
procesowi amplifikacji/detekcji z zastosowaniem cyklu pracy Recovery. Podczas cyklu pracy Recovery kontrola
systemu dotycząca odczynników i innych produktów jest ograniczona. Podczas przebiegu pracy Recovery nie
zachodzi śledzenie pozycji próbek — użytkownik końcowy musi się upewnić, że bieżąca pozycja próbki w płytce
z mikrodołkami odpowiada przypisanej jej pozycji w pliku harmonogramu pracy raportu układu płytki Recovery.
Podczas przygotowywania płytki z mikrodołkami konieczne jest zachowanie maksymalnej ostrożności, aby
zapewnić właściwe przygotowanie reakcji PCR oraz w celu uniknięcia zakażenia.
UWAGA: Próbki przetworzone w aparacie cobas x 480 mają ograniczoną stabilność. Muszą one zostać poddane
amplifikacji/detekcji w przebiegu pracy Recovery Workflow w ciągu 24 godzin, jeśli są przechowywane
w temperaturze od 2°C do 30°C.
A. Rozpocznij cykl pracy Recovery, klikając przycisk „New run”.
B. W oknie „Test Selection” wybierz „Recovery”, a następnie jako typ testu wybierz „HPV”.
C. Wprowadź nazwę cyklu pracy lub pozostaw domyślną nazwę cyklu pracy, a następnie kliknij „OK”, aby kontynuować.
D. Wybierz cykl pracy do odzyskania.
E. Wprowadź nowy identyfikator MWP.
F. Wprowadź identyfikatory odczynników Master Mix oraz Metal Ions dla wszystkich fiolek odczynników do amplifikacji/detekcji w zestawie.
®
G. Przygotuj odczynnik Master Mix dla testu cobas 4800 HPV:
a. W przypadku zestawu 240 testów dodaj 240 µl odczynnika HPV Mg/Mn do jednej fiolki HPV MMX (fiolka 0,5 ml z zestawu
240 testów).
b. W przypadku zestawu 960 testów dodaj 450 µl odczynnika HPV Mg/Mn do każdej z dwóch fiolek HPV MMX (fiolki 1,0 ml z zestawu
960 testów).
UWAGA: Cykl pracy Recovery musi się rozpocząć w ciągu 90 minut od dodania odczynnika HPV Mg/Mn do HPV MMX.
System nie kontroluje czasu, jaki upływa od momentu dodania przygotowanych próbek do roboczego
odczynnika Master Mix, będącego w użyciu w przebiegu pracy Recovery. Użytkownik końcowy musi zapewnić,
że amplifikacja i detekcja rozpoczęła się w wyznaczonym czasie.
H. Dokładnie zmieszaj odczynnik roboczy Master Mix, ostrożnie odwracając fiolkę(-ki). Nie mieszaj roboczego odczynnika Master Mix
w mieszadle wibracyjnym.
I. Przenieś 25 µl odczynnika roboczego Master Mix do odpowiednich pozycji w płytce z mikrodołkami.
J. Umieść płytkę do ekstrakcji cyklu pracy, który ma zostać powtórzony, na osobną płytkę magnetyczną.
K. Ręcznie przenieś 25 µl eluatu z pozycji w płytce do ekstrakcji do odpowiednich pozycji w płytce z mikrodołkami. Upewnij się, że zostały
zachowane właściwe pozycje (np. eluat w pozycji A1 płytki do ekstrakcji jest przeniesiony do pozycji A1 płytki z mikrodołkami). Upewnij się,
że do płytki z mikrodołkami nie został przeniesiony odczynnik MGP.
®
L. Aby uszczelnić płytkę z mikrodołkami, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w odpowiednim Podręczniku użytkownika systemu cobas
4800.
05990335001-10PL
18
Doc Rev. 11.0
M.
N.
O.
P.
Odwiruj płytkę z mikrodołkami za pomocą bębna wirówki przez co najmniej 5 sekund przy wartości RCF wynoszącej 1500.
Przenieś płytkę do analizatora cobas z 480 i rozpocznij cykl amplifikacji i detekcji.
Po zakończeniu procesu amplifikacji i detekcji wyładuj płytkę z mikrodołkami z analizatora cobas z 480.
Aby przeglądać i akceptować poszczególne wyniki, postępuj zgodnie z instrukcją opisaną w odpowiednim Podręczniku użytkownika
®
systemu cobas 4800.
Interpretacja wyników
®
UWAGA: Cały proces walidacji testu i cyklu pracy jest przeprowadzany przez oprogramowanie cobas 4800.
UWAGA: Ważny cykl pracy może obejmować zarówno ważne, jak i nieważne wyniki próbek.
W przypadku prawidłowego cyklu wyniki próbek interpretuje się w sposób przedstawiony w tabelach 1B i 2B.
Tabela 1B
®
Interpretacja wyników testu cobas 4800 HPV na obecność DNA wirusa HPV
®
cobas 4800
Raport wyniku i jego interpretacja
HPV Test
Żądany wynik „HPV High Risk Panel”:
Dodatnie HPV wysokiego stopnia ryzyka
POS HR HPV
Wynik próbki jest dodatni dla DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących typów wirusa HPV wysokiego
stopnia ryzyka: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
Ujemne HPV wysokiego stopnia ryzyka*
NEG HR HPV
DNA HPV typu 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 było niewykrywalne lub poniżej wcześniej
ustawionego progu.
Nieważne HPV wysokiego ryzyka
Invalid HR HPV
Wyniki są nieważne. Oryginalna próbka nie powinna być poddawana testowi więcej niż dwa razy, aby otrzymać
ważne wyniki. Jeżeli wyniki nadal są nieważne, należy pozyskać nową próbkę.
Instrukcje dotyczące przeglądania znaczników cyklu pracy i zalecanych czynności można znaleźć w odpowiednim
Failed
®
Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800. W celu otrzymania ważnego wyniku ponownie przeprowadź test
oryginalnej próbki.
Żądany wynik „HPV High Risk Panel Plus Genotyping”:
Dodatnie inne HPV wysokiego stopnia ryzyka
POS Other HR HPV Wynik próbki jest dodatni dla DNA któregokolwiek typu lub kombinacji następujących typów wirusa HPV wysokiego
stopnia ryzyka: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
Ujemne inne HPV wysokiego stopnia ryzyka*
NEG Other HR HPV DNA HPV typu 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 było niewykrywalne lub poniżej wcześniej ustawionego
progu.
Nieważne inne HPV wysokiego ryzyka
Wynik innego HPV wysokiego ryzyka jest nieważny. Oryginalna próbka nie powinna być poddawana testowi więcej
Invalid Other HR HPV
niż dwa razy, aby otrzymać ważne wyniki innych HPV wysokiego ryzyka. Jeżeli wyniki nadal są nieważne, należy
pozyskać nową próbkę.
Dodatnie HPV16
POS HPV16
Ujemne HPV16*
NEG HPV16
Nieważne HPV16
Invalid HPV16
Wynik HPV16 jest nieważny. Oryginalna próbka nie powinna być poddawana testowi więcej niż dwa razy, aby
otrzymać ważne wyniki HPV16. Jeżeli wyniki nadal są nieważne, należy pozyskać nową próbkę.
Dodatnie HPV18
POS HPV18
Ujemne HPV18*
NEG HPV18
Nieważne HPV18
Invalid HPV18
Wynik HPV18 jest nieważny. Oryginalna próbka nie powinna być poddawana testowi więcej niż dwa razy, aby
otrzymać ważne wyniki HPV18. Jeżeli wyniki nadal są nieważne, należy pozyskać nową próbkę.
Instrukcje dotyczące przeglądania znaczników cyklu pracy i zalecanych czynności można znaleźć w odpowiednim
Failed
®
Podręczniku użytkownika systemu cobas 4800. W celu otrzymania ważnych wyników ponownie przeprowadź test
oryginalnej próbki.
* Wynik ujemny nie wyklucza obecności zakażenia wirusem HPV, gdyż wyniki zależne są od odpowiedniego pobrania próbki, nieobecności
inhibitorów oraz obecności ilości DNA wystarczającej do detekcji.
05990335001-10PL
19
Doc Rev. 11.0
Tabela 2B
®
Interpretacja wyników testu cobas 4800 HPV dla pacjentów z nieprawidłowościami cytologicznymi
Wyniki
Interpretacja
NEG Other HR HPV*, NEG HPV16,
Bardzo małe prawdopodobieństwo dla ≥ CIN2.
NEG HPV18
POS Other HR HPV*, NEG HPV16,
Zwiększone prawdopodobieństwo, że ≥ CIN2 zostanie wykryte podczas kolposkopii.
NEG HPV18
POS HPV16 i/lub POS HPV18
Najwyższe prawdopodobieństwo, że ≥ CIN2 zostanie wykryte podczas kolposkopii
34,35
.
*Inne DNA HR HPV obejmują następujące typy: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68.
UWAGA: Ujemne wyniki HPV nie powinny być powodem rezygnacji z kolposkopii u kobiet.
UWAGA: Oprócz wyników wyszczególnionych w tabeli powyżej możliwe są także wyniki nieważne dla jednej lub wielu
kombinacji. W razie otrzymania takich wyników, jak na przykład:
Other HR HPV NEG, HPV16 POS, HPV18 Invalid
Wyniki dodatnie i ujemne powinny być interpretowane tak jak to przedstawiono w Tabeli 1B. W tym przykładzie
wyniki HPV 18 są nieważne. Oryginalna próbka nie powinna być poddawana testowi więcej niż dwa razy, aby
otrzymać ważne wyniki. Jeżeli wyniki nadal są nieważne, należy pozyskać nową próbkę.
UWAGA: Ujemne wyniki wskazują, że stężenia DNA HPV są niewykrywalne lub poniżej wcześniej ustawionego progu.
UWAGA: Dodatnie wyniki testu wskazują na obecność któregokolwiek lub więcej typów wirusa, jednak ponieważ
pacjentki są często współzakażone jego typami niskiego ryzyka, nie wyklucza to obecności typów niskiego
ryzyka u pacjentek z zakażeniami mieszanymi.
UWAGA: Wyniki tego testu powinny być interpretowane wyłącznie w połączeniu z informacjami pochodzącymi z oceny
klinicznej pacjentki i jej historii choroby.
KONTROLA JAKOŚCI
®
Każdy cykl pracy obejmuje jeden zestaw kontroli dodatnich i ujemnych testu cobas 4800 HPV. W przypadku każdego cyklu pracy, aby przez
®
®
oprogramowanie cobas 4800 zostały wyświetlone możliwe do odnotowania wyniki testu cobas 4800 HPV tego cyklu pracy, muszą zostać
uzyskane ważne wyniki zarówno dla kontroli dodatniej, jak i ujemnej.
Kontrola dodatnia
Wynik kontroli HPV (+) musi być oznaczony jako „Valid”. Jeżeli wyniki kontroli HPV (+) są stale nieważne, skontaktuj się z miejscowym biurem
firmy Roche w celu uzyskania pomocy technicznej.
Kontrola ujemna
Wynik kontroli (–) musi być oznaczony jako „Valid”. Jeżeli wyniki kontroli (–) są stale nieważne, skontaktuj się z miejscowym biurem firmy
Roche w celu uzyskania pomocy technicznej.
Koniec części B
ŚRODKI OSTROŻNOŚCI DOTYCZĄCE PROCEDURY
Jak w przypadku każdej procedury testowej, dla prawidłowego przeprowadzenia badania kluczowe znaczenie ma zachowanie zasad dobrej
praktyki laboratoryjnej. Z uwagi na wysoką czułość analityczną niniejszego testu należy przedsięwziąć wyjątkową ostrożność, używając
odczynników oraz mieszanin do amplifikacji, aby zapobiec kontaminacji.
05990335001-10PL
20
Doc Rev. 11.0
OGRANICZENIA METODY
®
1. Test cobas 4800 HPV wykrywa DNA typów 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68 wysokiego ryzyka. Test ten nie wykrywa
36
DNA wirusa HPV typów niskiego ryzyka (np. 6, 11, 42, 43, 44), gdyż takie testy nie mają wartości klinicznej .
®
2. Test cobas 4800 HPV do wykrywania wirusa brodawczaka ludzkiego typu 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 oraz 68 nie jest
zalecany do weryfikacji podejrzeń molestowania seksualnego.
®
37
3. Wykonywanie testu cobas 4800 HPV nie zostało dostatecznie zbadane u pacjentów zaszczepionych przeciwko wirusowi HPV .
4. Częstość występowania zakażenia wirusem HPV w populacji może wpływać na skuteczność testu. Dodatnie wartości predykcyjne ulegają
zmniejszeniu przy badaniu populacji z niską częstością zachorowań lub osób, u których nie występuje ryzyko zakażenia.
5. Zakażenie wirusem HPV nie jest wskaźnikiem wyniku cytologicznego HSIL ani CIN wysokiego stopnia, nie wskazuje również na rozwój
CIN2-3 lub raka. U większości kobiet zakażonych jednym lub większą ilością typów wirusa HPV wysokiego ryzyka nie rozwinie się CIN2-3
ani rak.
6. Ujemny wynik testu wirusa HPV wysokiego ryzyka nie wyklucza możliwości wystąpienia wyniku cytologicznego HSIL lub CIN2-3 albo raka.
®
7. Do badań należy używać tylko określonych rodzajów próbek. Test cobas 4800 HPV został zatwierdzony wyłącznie do użycia z próbkami
®
®
z szyjki macicy pobranymi do pożywki do przechowywania pobranych komórek cobas PCR, płynnego podłoża PreservCyt i płynu
TM
konserwującego SurePath .
8. Fiolki podstawowe Surepath, które zawierają plastikową wkładkę rozdzielającą nie mogą być umieszczane bezpośrednio w aparacie
cobas x 480. Próbki pobrane do tych fiolek muszą być przenoszone do wtórnej probówki 13 ml Sarstedt w celu umieszczenia w aparacie
cobas x 480, aby przetwarzać próbkę.
9. Detekcja HPV wysokiego ryzyka zależy od liczby jego kopii obecnych w próbce, na którą wpływać mogą metody pobierania próbek,
czynniki związane z pacjentem, faza zakażenia i obecność substancji wpływających na detekcję.
®
10. Test cobas 4800 HPV obejmuje amplifikację i detekcję beta-globiny w celu zróżnicowania próbek HPV-ujemnych od tych, które nie
wykazują sygnału HPV z powodu niewystarczającej masy komórkowej w próbce. Wszystkie próbki HPV-ujemne muszą mieć ważny sygnał
®
beta-globiny w uprzednio zdefiniowanym zakresie, aby mogły zostać określone jako ważne ujemne przez system cobas 4800.
11. Uzyskanie wiarygodnych wyników zależy od właściwego pobrania próbki, transportu, przechowywania oraz przetwarzania. Należy
przestrzegać procedur opisanych w niniejszej ulotce, dołączonej do opakowania testu oraz w odpowiednim Podręczniku użytkownika
®
systemu cobas 4800.
®
12. Dodanie do odczynnika Master Mix cobas 4800 HPV enzymu AmpErase umożliwia selektywną amplifikację docelowego DNA; jednak
aby uniknąć skażenia odczynników, konieczne jest stosowanie dobrej praktyki laboratoryjnej i dokładne przestrzeganie procedur
wyszczególnionych w niniejszej instrukcji.
®
13. Tego produktu mogą używać wyłącznie osoby przeszkolone w zakresie technik PCR i używania systemu cobas 4800.
14. Zatwierdzono użycie tego produktu tylko z aparatem cobas x 480 i analizatorem cobas z 480. Z tym produktem nie można stosować
żadnych innych urządzeń do przygotowania próbek ani systemów do PCR.
15. Z uwagi na różnice pomiędzy technologiami zaleca się, aby przed zmianą stosowanych metod użytkownik przeprowadził w laboratorium
badanie korelacji stosowanych metod w celu określenia różnic występujących pomiędzy nimi.
16. Nie oceniano również wpływu innych potencjalnych zmiennych, takich jak upławy, stosowanie tamponów, irygacje itd., ani zmiennych
związanych z pobieraniem wymazu.
17. Mutacje w obrębie wysoko konserwatywnych regionów DNA genomowego wirusa brodawczaka ludzkiego, z którym wiążą się primery i/lub
®
sondy używane w teście cobas 4800 HPV, chociaż rzadkie, mogą spowodować niewykrycie obecności DNA wirusa.
18. Obecność inhibitorów PCR może prowadzić do uzyskiwania wyników fałszywie ujemnych lub nieważnych.
19. W próbkach z szyjki macicy często są obecne wykrywalne wzrokowo ilości krwi pełnej, widoczne jako różowe lub jasnobrązowe
®
zabarwienie. Próbki te są przetwarzane w systemie cobas 4800 w zwykły sposób. Jeśli stężenie krwi pełnej przekracza 2%
®
®
(ciemnoczerwone lub brązowe zabarwienie) w próbkach w podłożu cobas PCR Cell Collection Media, płynnym podłożu PreservCyt lub
TM
TM
płynie konserwującym SurePath , bądź 4% w przypadku próbek w płynie konserwującym SurePath poddanych obróbce z użyciem
buforu do przygotowywania próbek cobas, istnieje prawdopodobieństwo uzyskania fałszywie ujemnych wyników. Szczegółowe informacje
zawierają wyniki dotyczące wpływu różnych czynników na wyniki testu.
®
20. Użycie dopochwowego środka nawilżającego Replens powiązano z fałszywie ujemnymi wynikami próbek w płynie konserwującym
TM
SurePath .
21. Usuwanie krwinek czerwonych z próbek PreservCyt lub SurePath przez obróbkę przy użyciu lodowatego kwasu octowego (GAA) nie było
®
®
zatwierdzane z testem cobas 4800 HPV. Jakakolwiek obróbka za pomocą GAA w połączeniu z testem cobas 4800 HPV musi być
zatwierdzona przez laboratorium wykonujące badanie.
05990335001-10PL
21
Doc Rev. 11.0
CHARAKTERYSTYKA SKUTECZNOŚCI
Porównanie z testem porównawczym HPV z oznaczeniem CE
®
Czułość kliniczna i swoistość testu w wykrywaniu stanów chorobowych (³ CIN2) została określona dla testu cobas 4800 HPV oraz testu
38
porównawczego HPV z oznaczeniem CE w populacji kobiet w wieku co najmniej 21 lat z wynikami ASC-US badania cytologicznego określonymi
w rutynowym badaniu przesiewowym w kierunku raka szyjki macicy. Wszystkie testy przeprowadzono z użyciem próbek z szyjki macicy w płynnej
®
pożywce PreservCyt . W przypadku wszystkich 1578 pacjentek z początkowym wynikiem ASC-US badania cytologicznego wykonano kolposkopię
i uzyskano ważne wyniki testów HPV oraz biopsji szyjki macicy. Stan zdrowia pacjentek został stwierdzony przez wykonanie panelu głównych
badań patologicznych próbek z biopsji uzyskanych podczas zabiegu kolposkopii. W tabeli 3 podsumowano wyniki dla populacji z wynikiem
®
ASC-US badania cytologicznego i wykazano, że skuteczność testu cobas 4800 HPV była porównywalna z testem referencyjnym.
Tabela 3
®
Porównanie skuteczności testu cobas 4800 HPV i testu porównawczego HPV z oznaczeniem CE
w wykrywaniu stanów ³ CIN2 i ³ CIN3 w populacji z wynikiem ASC-US
®
Test cobas 4800 HPV
Estymacja
punktowa
95% CI
Test HPV z oznaczeniem CE
Estymacja
punktowa
95% CI
≥ CIN2
Czułość (%)
Swoistość (%)
PPV (%)
NPV (%)
Częstość
występowania (%)
90,0 (72/80)
70,5 (1056/1498)
14,0 (72/514)
99,2 (1056/1064)
5,1 (80/1578)
(81,5, 94,8)
87,2 (68/78)
1
(78,0, 92,9)
2
(68,1, 72,7)
71,1 (1056/1485)
(68,8, 73,4)
(12,8, 15,3)
13,7 (68/497)
(12,4, 15,1)
(98,6, 99,6)
99,1 (1056/1066)
(98,3, 99,5)
(4,1, 6,3)
5,0 (78/1563)
(4,0, 6,2)
(82,5, 97,8)
91,3 (42/46)
(79,7, 96,6)
(66,9, 71,5)
70,0 (1062/1517)
(67,7, 72,3)
(7,6, 9,2)
8,5 (42/497)
(7,6, 9,4)
(99,2, 99,9)
99,6 (1062/1066)
(99,0, 99,9)
(2,2, 3,9)
3,0 (46/1563)
(2,2, 3,9)
≥ CIN3
Czułość (%)
Swoistość (%)
PPV (%)
NPV (%)
Częstość
występowania (%)
1
2
93,5 (43/46)
69,3 (1053/1517)
8,4 (43/514)
99,7 (1061/1064)
2,9 (43/1578)
Wyniki dla dwóch pacjentek z rozpoznaniem ³ CIN2 nie mogły zostać określone za pomocą
testu porównawczego HPV z oznaczeniem CE z powodu niewystarczającej objętości próbki
będącej wynikiem wielokrotnego wykonania testów.
Wyniki dla trzynastu pacjentek z rozpoznaniem < CIN2 nie mogły zostać określone za pomocą
testu porównawczego HPV z oznaczeniem CE z powodu niewystarczającej objętości próbki
będącej wynikiem wielokrotnego wykonania testów.
Ryzyko wystąpienia raka szyjki macicy (³ CIN2) u kobiet w wieku ³ 30 lat z prawidłowymi wynikami badania cytologicznego jest 7,29 razy
®
wyższe w przypadku otrzymania dodatniego wyniku testu cobas 4800 HPV na obecność wirusa HPV wysokiego ryzyka niż w przypadku
®
ujemnego wyniku testu cobas 4800 HPV. Oceny względnego ryzyka i ich 95% przedziały ufności przedstawiono w tabeli 4.
®
W przypadku kobiet w wieku 30 lat lub starszych test cobas 4800 HPV można zastosować do oceny obecności lub braku genotypów 16 i 18
®
wirusa HPV. Ryzyko wystąpienia raka szyjki macicy (³ CIN2) jest 13,71 razy wyższe w przypadku dodatniego wyniku testu cobas 4800 HPV
®
dla wirusa HPV typu 16 i/lub 18 niż w przypadku ujemnego wyniku oraz 2,51 razy wyższe w przypadku dodatniego wyniku testu cobas 4800
®
HPV dla wirusa HPV typu 16 i/lub 18 w porównaniu z dodatnim wynikiem testu cobas 4800 HPV dla 12 pozostałych typów wysokiego ryzyka.
W każdym przypadku, gdy dolna granica przedziału ufności 95% przekracza wartość 1, sugeruje to statystycznie wysokie ryzyko rozwoju raka
szyjki macicy w przypadku uzyskania dodatniego wyniku testu HPV.
05990335001-10PL
22
Doc Rev. 11.0
Tabela 4
Względne ryzyko raka szyjki macicy (³ CIN2 w głównym badaniu patologicznym)
u kobiet w wieku ³ 30 lat z wynikami badania cytologicznego w normie*
Wynik HPV
Porównanie dodatniego i
ujemnego
16+/18+ w por. do ujemnego
16+/18+ w por. do 12 innych HR+
Ocena
względnego
ryzyka
95% CI*
7,29
(3,99, 22,11)
13,71
2,51
(7,31, 41,92)
(1,73, 3,61)
Uwaga: Do komórki zerowej szacowanej liczby chorych pacjentek w każdej z 1000 prób bootstrap dodano 0,5
* 95% CI wynosi od 2,5 do 97,5 percentylowego przedziału ufności typu bootstrap na podstawie 1000 prób
bootstrap
Populacja NILM (³ 30 lat) — ocena skuteczności
W przypadku populacji z wynikiem NILM (³ 30 lat) szacunkowe wartości czułości i swoistości wraz z 95% przedziałami ufności dla dodatnich
wyników HR HPV w porównaniu z ujemnymi wynikami HR HPV przedstawiono w tabeli 5 dla wyników nieskorygowanych.
Nieskorygowane wyniki czułości i swoistości testu w wykrywaniu rozpoznania histologicznego ³ CIN2 wynosiły odpowiednio 83,2% (109/131)
z 95% przedziałem ufności: od 75,9% do 88,6% i 60,4% (2492/4127) z 95% przedziałem ufności: od 58,9% do 61,9%. Nieskorygowane wyniki
®
czułości i swoistości testu cobas HPV Test w wykrywaniu rozpoznania histologicznego ³ CIN3 wynosiły odpowiednio 90,0% (72/80) z 95%
przedziałem ufności: od 81,5% do 94,8% i 60,0% (2506/4178) z 95% przedziałem ufności: od 58,5% do 61,5%.
Tabela 5
®
Skuteczność testu cobas 4800 HPV w populacji z wynikiem NILM (³ 30 lat) (nieskorygowane wartości szacunkowe)
Rozpoznanie CPR
³ CIN2
³ CIN3
Skuteczność
Wartość szacunkowa
95% CI
Czułość (%)
83,2 (109/131)
(75,9; 88,6)
Swoistość (%)
60,4 (2492/4127)
(58,9; 61,9)
PPV (%)
6,3 (109/1744)
(5,8; 6,8)
NPV (%)
99,1 (2492/2514)
(98,7; 99,4)
Częstość występowania (%)
3,1 (131/4258)
(2,6; 3,6)
Czułość (%)
90,0 (72/80)
(81,5; 94,8)
Swoistość (%)
60,0 (2506/4178)
(58,5; 61,5)
PPV (%)
4,1 (72/1744)
(3,8; 4,5)
NPV (%)
99,7 (2506/2514)
(99,4; 99,8)
Częstość występowania (%)
1,9 (80/4258)
(1,5; 2,3)
Populacja ogólna (³ 25 lat) — porównanie skuteczności testów HPV z badaniami cytologicznymi
®
Skuteczność kliniczną testu cobas HPV i badania cytologicznego na podłożu płynnym (PreservCyt) określono w populacji 40 901 kobiet
w wieku 25 lat i starszych, niezależnie od wyniku badania cytologicznego (populacja ogólna). W populacji ogólnej (³ 25 lat) szacunkowe wyniki
®
38
dotyczące czułości i swoistości testu cobas HPV w porównaniu z badaniem cytologicznym w wykrywaniu ³ CIN2 i ³ CIN3 przedstawiono
®
w Tabeli 6. Nieskorygowane wartości czułości testu cobas HPV i badania cytologicznego w przypadku wykrywania ³ CIN2 wynosiły
odpowiednio 88,2% (380/431) z 95% przedziałem ufności 84,8–90,9% i 51,5% (222/431) z przedziałem ufności 46,8–56,2%. Nieskorygowane
®
wartości czułości testu cobas HPV i badania cytologicznego w przypadku wykrywania ³ CIN3 wynosiły odpowiednio 92,0% (252/274) z 95%
przedziałem ufności 88,1–94,6% i 53,3% (146/274) z przedziałem ufności 47,4–59,1%. Skorygowane pod kątem błędu weryfikacji wartości
®
swoistości testu cobas HPV i badania cytologicznego w przypadku wykrywania ³ CIN2 wynosiły odpowiednio 90,5% (36 343/40 163)
z przedziałem ufności 90,2–90,8% i 94,1% (37 811/40 163) z przedziałem ufności 93,9–94,4%.
05990335001-10PL
23
Doc Rev. 11.0
Tabela 6
Porównanie skuteczności testu cobas 4800 HPV i badania cytologicznego
w przypadku wykrywania ³ CIN2 i ³ CIN3 w populacji ogólnej (³ 25 lat)
Test cobas® HPV
Badanie cytologiczne
% (n)
95% CI
% (n)
95% CI
≥ CIN2
Czułość
Swoistość
PPV
NPV
51,5
(222/431)
73,4
(5428/7392)
10,2
(222/2186)
96,3
(5428/5637)
88,2
(380/431)
57,8
(4270/7392)
10,9
(380/3502)
98,8
(4270/4321)
(46,8–56,2)
(72,4–74,4)
(9·3–11·1)
(95,9–96,6)
(84,8–90,9)
(56,6–58,9)
(10,4–11·3)
(98,5–99,1)
≥ CIN3
Czułość
Swoistość
PPV
NPV
53,3
(146/274)
73,0
(5509/7549)
6,7
(146/2186)
97,7
(5509/5637)
92,0
(252/274)
56,9
(4299/7549)
(47,4–59,1)
(72,0–74,0)
(88,1–94,6)
(55,8–58,1)
(6,0–7,4)
7,2 (252/3502)
(6,9–7,5)
(97,4–98,0)
99,5 (4299/4321)
(99,2–99,7)
Granica wykrywalności
®
Granica detekcji (LOD) genotypów wysokiego ryzyka HPV16, HPV18 i HPV31 wirusa HPV została określona dla testu cobas 4800 HPV.
Granice detekcji (LOD) oszacowano z użyciem: 1) plazmidów HPV typu 31, HPV typu 16 i HPV typu 18 w tle poddanych pulowaniu HPV®
TM
ujemnych próbek pacjentów pobranych do płynnego podłoża PreservCyt i płynu konserwującego SurePath oraz 2) HPV linii komórkowych
®
TM
dodatnich dla SiHa (HPV16) i HeLa (HPV18) w płynnym podłożu PreservCyt i płynie konserwującym SurePath , zawierających tło HPVujemnej linii komórkowej (HCT-15). Plazmid oraz linie komórkowe zostały rozcieńczone do stężeń poniżej, powyżej oraz na przewidywanych
®
poziomach granicy detekcji (LOD). Dla każdego z 3 zestawów odczynników, zarówno w płynnym podłożu PreservCyt , jak i płynie
TM
konserwującym SurePath , dla każdego plazmidu lub linii komórkowej przetestowano co najmniej 60 kopii. Wyniki dotyczące próbek w płynie
TM
konserwującym SurePath podawane są w po przeprowadzeniu obróbki z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas oraz bez niej.
Granica detekcji (LOD) to granica zawartości DNA wirusa HPV w próbce, której wyniki testowania są co najmniej w 95% dodatnie. Tabele 7, 8
i 9 zawierają wyniki dla zestawu odczynników, wykazującego najbardziej konserwatywną (najwyższą) granicę detekcji (LOD) w analizie –
®
TM
odpowiednio – płynnego podłoża PreservCyt Solution i płynu konserwującego SurePath .
Tabela 7
Poziomy granicy detekcji dla HPV typu 31, 16, 18 oraz linii komórkowych SiHa (HPV16) i HeLa (HPV18)
®
w płynnym podłożu PreservCyt
95% przedział ufności
Miano
Liczba dodatnich/ % wyników
Typ HPV
(kopie lub komórki/ml) przetestowanych dodatnich
Dolny
Górny
31
31
31
600
300
150
60/60
59/61
49/60
100%
97%
82%
94%
89%
70%
100%
100%
90%
16
16
16
1500
600
300
60/60
60/60
55/61
100%
100%
90%
94%
94%
80%
100%
100%
96%
18
18
18
1500
600
300
60/60
60/60
42/61
100%
100%
69%
94%
94%
56%
100%
100%
80%
200
66/66
100%
95%
100%
100
64/65
98%
92%
100%
50
57/60
95%
86%
99%
80
60/60
100%
94%
100%
40
60/60
100%
94%
100%
20
56/60
93%
84%
98%
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
05990335001-10PL
24
Doc Rev. 11.0
Tabela 8
Poziomy granicy detekcji dla HPV typu 31, 16, 18 oraz linii komórkowych SiHa (HPV16) i HeLa (HPV18)
TM
w płynie konserwującym SurePath
Miano
Liczba dodatnich/ % wyników
Typ HPV
(kopie lub komórki/ml) przetestowanych dodatnich
Dolny
Górny
31
31
31
300
150
75
60/60
57/60
46/60
100%
95%
77%
94%
86%
64%
100%
99%
87%
16
16
16
600
300
150
60/60
60/60
51/60
100%
100%
85%
94%
94%
73%
100%
100%
93%
18
18
18
1,500
600
300
60/60
60/60
56/60
100%
100%
93%
94%
94%
84%
100%
100%
98%
100
59/60
98%
91%
100%
50
57/60
95%
86%
99%
25
42/60
70%
57%
81%
80
60/60
100%
94%
100%
40
60/60
100%
94%
100%
20
59/60
98%
91%
100%
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
Tabela 9
Poziomy granicy wykrywalności wirusa HPV typu 31, 16, 18 oraz linii komórkowych SiHa (HPV 16) i HeLa (HPV 18)
TM
w płynie konserwującym SurePath po przeprowadzeniu obróbki z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas
Liczba dodatnich/
% wyników
Miano
Typ HPV
dodatnich
(kopie lub komórki/ml) przetestowanych
Dolny
Górny
31
31
31
600
300
150
60/60
59/59
54/60
100%
100%
90%
94%
94%
80%
100%
100%
96%
16
16
16
600
300
150
60/60
59/60
40/60
100%
98%
67%
94%
91%
53%
100%
100%
78%
18
18
18
1 500
600
300
60/60
60/60
55/59
100%
100%
93%
94%
94%
84%
100%
100%
98%
400
60/60
100%
94%
100%
200
60/60
100%
94%
100%
100
55/60
92%
82%
97%
80
60/60
100%
94%
100%
40
59/60
98%
91%
100%
20
43/60
72%
59%
83%
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
SiHa
(HPV 16)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
HeLa
(HPV 18)
05990335001-10PL
25
Doc Rev. 11.0
Weryfikacja reprezentatywności
®
Aby dokonać weryfikacji, czy test cobas 4800 HPV jest zdolny do precyzyjnej detekcji wszystkich genotypów HPV wysokiego ryzyka,
®
określono granicę detekcji (LOD) (tabele 10, 11 i 12) dla genotypów 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 i 68. Czułość testu cobas 4800
HPV dla genotypów 16, 18 i 31 HPV została określona w badaniu granicy detekcji, opisanym wcześniej w tej ulotce dołączonej do opakowania.
Ilościowo określone ilości plazmidu każdego z genotypów HPV zostały rozcieńczone do stężeń poniżej, powyżej oraz na przewidywanych
®
TM
poziomach granicy detekcji (LOD), zarówno w płynnym podłożu PreservCyt , jak i w płynie konserwującym SurePath , zawierającym HPV
ujemne komórki HCT-15. Jedna seria odczynników została użyta do wytworzenia co najmniej 48 kopii dla każdego z poziomów dodatnich dla
TM
każdej z pożywek. W przypadku badania próbek w płynie konserwującym SurePath poddanych obróbce z użyciem buforu do
przygotowywania próbek cobas (tabela 12) materiał tła został przygotowany z próbek pobranych z szyjki macicy do płynu konserwującego
TM
SurePath , które zostały przebadane w 24 powtórzeniach z użyciem dwóch serii odczynników. Dla każdego typu wirusa HPV
zaraportowaną granicę (LOD) określono jako najniższe stężenie oznaczenia z ≥ 95-procentowym odsetkiem trafień wyników dodatnich oraz
z co najmniej 95-procentowym odsetkiem trafień wszystkich wyższych stężeń.
Tabela 10
Podsumowanie granicy detekcji genotypu wysokiego ryzyka
®
®
w badaniu reprezentatywności genotypu HPV cobas 4800 HPV (płynne podłoże PreservCyt )
Liczba dodatnich/
Odsetek
Typ DNA HPV LOD (kopie/ml)
przetestowanych
trafień
Dolny
Górny
33
190
46/48
96%
86%
99%
35
480
48/48
100%
93%
100%
39
80
48/48
100%
93%
100%
45
190
46/48
96%
86%
99%
51
100
46/48
96%
86%
99%
52
2400
48/48
100%
93%
100%
56
1400
48/48
100%
93%
100%
58
480
47/48
98%
89%
100%
59
190
46/48
96%
86%
99%
66
640
48/48
100%
93%
100%
68
450
48/48
100%
93%
100%
Tabela 11
Podsumowanie granicy detekcji genotypu wysokiego ryzyka
®
TM
w badaniu reprezentatywności genotypu HPV cobas 4800 HPV (płyn konserwujący SurePath )
Liczba dodatnich/
Odsetek
przetestowanych
trafień
Dolny
Górny
33
480
47/49
96%
93%
100%
35
1400
48/48
100%
93%
100%
39
190
53/53
100%
93%
100%
45
480
49/49
100%
93%
100%
51
100
47/48
98%
89%
100%
52
7200
51/51
100%
93%
100%
56
1400
50/50
100%
93%
100%
58
1400
49/49
100%
93%
100%
59
480
46/48
96%
86%
99%
66
640
47/48
98%
89%
100%
68
1100
48/48
100%
93%
100%
05990335001-10PL
26
Doc Rev. 11.0
Tabela 12
Podsumowanie granicy wykrywalności genotypu wysokiego ryzyka w badaniu reprezentatywności genotypu wirusa HPV
®
TM
w systemie cobas 4800 (płyn konserwujący SurePath po obróbce z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas)
Liczba dodatnich/
Odsetek 95% przedział ufności
przetestowanych
trafień
Dolny
Górny
33
300
48/48
100%
93%
100%
35
600
47/48
100%
89%
100%
39
150
48/48
100%
93%
100%
45
300
48/48
100%
93%
100%
51
600
46/48
96%
86%
99%
52
4800
48/48
100%
93%
100%
56
1200
46/48
96%
86%
99%
58
600
48/48
100%
93%
100%
59
600
48/48
100%
93%
100%
66
1200
48/48
100%
93%
100%
68
300
48/48
100%
93%
100%
Precyzja
Wewnętrzna precyzja została poddana kontroli z zastosowaniem członów panelu przygotowanego dla badania granicy detekcji, opisanego
w tej ulotce dołączonej do opakowania. W analizie precyzji wykorzystano poziomy równe i wyższe od granicy detekcji. Panele przygotowano
przez wprowadzenie emitujących impulsy plazmidów HPV31, HPV16 i HPV18 do tła HPV-ujemnych próbek pacjentów pobranych do płynnego
®
TM
podłoża PreservCyt i płynu konserwującego SurePath .
®
TM
Wartości odsetka trafień dodatnich dla członów paneli (płynne podłoże PreservCyt i płyn konserwujący SurePath ) równych i powyżej granicy
detekcji (LOD) przedstawiono odpowiednio w tabelach 13 i 14. Wartości odsetka trafień były powyżej 95% dla wszystkich poziomów paneli
plazmidu. Zmienność wartości Ct dla testu poddano analizie oraz obliczono udział czynników losowych dotyczących zestawu odczynników,
®
systemów, pomiędzy cyklami pracy oraz wewnątrz cykli i podsumowano w tabeli 15 dla płynnego podłoża PreservCyt , a w tabeli 16 – dla
TM
płynu konserwującego SurePath . Tabela 17 przedstawia wartość SD i %CV dla Ct w przypadku różnych czynników, od których zależy
®
zmienność płynnego podłoża PreservCyt . Tabela 18 przedstawia wartość Ct SD i %CV dla czynników, od których zależy zmienność płynu
TM
konserwującego SurePath .
Tabela 13
®
Podsumowanie odsetka trafień dla badania precyzji testu cobas 4800 HPV równego
®
lub większego od granicy detekcji (LOD) (w płynnym podłożu PreservCyt )
95% CI dla odsetka
Stężenie
Liczba
Liczba
Stężenie
Odsetek
trafień
Docel. typ
(kopie lub
testów wyn. dod. trafień
panelu
komórki/ml)
Dolny
Górny
> LOD
600
186
186
100%
98%
100%
HPV31
= LOD
300
187
184
98%
95%
100%
> LOD
1500
186
186
100%
98%
100%
HPV16
= LOD
600
186
186
100%
98%
100%
> LOD
1500
186
186
100%
98%
100%
HPV18
= LOD
600
186
186
100%
98%
100%
Tabela 14
®
Podsumowanie odsetka trafień dla badania precyzji testu cobas 4800 HPV równego
TM
lub większego od granicy detekcji (LOD) (w płynie konserwującym SurePath )
95% CI dla odsetka
Stężenie
Liczba
Liczba
Stężenie
Odsetek
trafień
Docel. typ
(kopie lub
testów wyn. dod. trafień
panelu
komórki/ml)
Dolny
Górny
> LOD
300
180
180
100%
98%
100%
HPV31
= LOD
150
180
175
97%
94%
99%
> LOD
600
180
180
100%
98%
100%
HPV16
= LOD
300
180
180
100%
98%
100%
> LOD
1500
180
180
100%
98%
100%
HPV18
= LOD
600
180
180
100%
98%
100%
05990335001-10PL
27
Doc Rev. 11.0
Tabela 15
Analiza czynników zmienności wartości Ct
®
®
dla poziomów panelu badania precyzji testu cobas 4800 HPV, przygotowanych w płynnym podłożu PreservCyt
Czynniki zmienności/procent udziału
Średnia
Stężenie
Docel. typ
Liczba
piku
panelu
Seria odczynnika System Seria Losowe
Razem
0,038
0
0,111
0,079
0,228
> LOD
186
36,3
17%
0%
49%
35%
100%
HPV16
0,025
0
0,042
0,161
0,228
= LOD
186
37,5
11%
0%
18%
71%
100%
0,043
0
0,149
0,067
0,259
> LOD
186
36,6
16%
0%
58%
26%
100%
HPV18
0,027
0
0,050
0,184
0,261
= LOD
186
37,8
10%
0%
19%
71%
100%
0,003
0,002
0,105
0,187
0,297
> LOD
186
36,5
1%
1%
35%
63%
100%
HPV31
0,020
0
0,157
0,489
0,666
= LOD
187
37,6
3%
0%
24%
73%
100%
Tabela 16
Analiza czynników zmienności wartości Ct
®
TM
dla poziomów panelu badania precyzji testu cobas 4800 HPV, przygotowanych w płynie konserwującym SurePath
Czynniki zmienności/procent udziału
Stężenie
Średnia
Docel. typ
Liczba
panelu
piku
Seria odczynnika System Seria Losowe
Razem
0,014
0
0,039
0,157
0,209
> LOD
180
37,2
7%
0%
18%
75%
100%
HPV16
0
0
0,090
0,316
0,405
= LOD
180
38,2
0%
0%
22%
78%
100%
0,011
0
0,119
0,073
0,204
> LOD
180
36,3
5%
0%
58%
36%
100%
HPV18
0
0
0,148
0,219
0,366
= LOD
180
37,7
0%
0%
40%
60%
100%
0
0
0,099
0,393
0,493
> LOD
180
37,2
0%
0%
20%
80%
100%
HPV31
0,026
0,015
0,038
0,684
0,764
= LOD
180
38,1
3%
2%
5%
90%
100%
Tabela 17
®
Analiza SD i %CV wartości Ct dla poziomów panelu badania precyzji testu cobas 4800 HPV,
®
przygotowanych w płynnym podłożu PreservCyt
Czynniki SD/%CV
Średnia
Stężenie
Docel. typ
Liczba
piku
panelu
Seria odczynnika System
Seria
Losowe
Razem
0,19
0
0,33
0,28
0,48
> LOD
186
36,3
0,50%
0,00%
0,90%
0,80%
1,30%
HPV16
0,16
0
0,20
0,40
0,48
= LOD
186
37,5
0,40%
0,00%
0,50%
1,10%
1,30%
0,21
0
0,39
0,26
0,51
> LOD
186
36,6
0,60%
0,00%
1,10%
0,70%
1,40%
HPV18
0,16
0
0,22
0,43
0,51
= LOD
186
37,8
0,40%
0,00%
0,60%
1,10%
1,30%
0,05
0,05
0,32
0,43
0,54
> LOD
186
36,5
0,10%
0,10%
0,90%
1,20%
1,50%
HPV31
0,14
0
0,40
0,70
0,82
= LOD
187
37,6
0,40%
0,00%
1,10%
1,90%
2,20%
05990335001-10PL
28
Doc Rev. 11.0
Tabela 18
®
Analiza SD i %CV wartości Ct dla poziomów panelu badania precyzji testu cobas 4800 HPV,
TM
przygotowanych w płynie konserwującym SurePath
Czynniki SD/%CV
Średnia
Stężenie
Docel. typ
Liczba
piku
panelu
Seria odczynnika System
Seria
Losowe
Razem
0,12
0
0,20
0,40
0,46
> LOD
180
37,2
0,30%
0,00%
0,50%
1,10%
1,20%
HPV16
0
0
0,30
0,56
0,64
= LOD
180
38,2
0,00%
0,00%
0,80%
1,50%
1,70%
0,11
0
0,34
0,27
0,45
> LOD
180
36,3
0,30%
0,00%
1,00%
0,70%
1,20%
HPV18
0
0
0,38
0,47
0,61
= LOD
180
37,7
0,00%
0,00%
1,00%
1,20%
1,60%
0
0,02
0,32
0,63
0,70
> LOD
180
37,2
0,00%
0,10%
0,80%
1,70%
1,90%
HPV31
0,16
0,12
0,20
0,83
0,87
= LOD
180
38,1
0,40%
0,30%
0,50%
2,20%
2,30%
Swoistość analityczna
Panel bakterii, grzybów i wirusów, w tym takich, które można powszechnie znaleźć w drogach moczowo-płciowych kobiet, a także kilka typów
®
wirusa brodawczaka ludzkiego, sklasyfikowanych jako niskiego lub nieokreślonego ryzyka, poddano testowi cobas 4800 HPV w celu określenia
3
jego specyficzności analitycznej. Organizmy wyszczególnione w tabeli 19 zostały wprowadzone w wysokich stężeniach (≥1 x 10 jednostek/reakcję)
®
®
do HPV-ujemnej próbki tła w płynnym podłożu PreservCyt oraz do HPV-ujemnej próbki w płynnym podłożu PreservCyt zawierającym
plazmidowe DNA wirusa HPV 31, HPV 16 i HPV 18 w ilości stanowiącej 3-krotność granicy wykrywalności (LOD). W przypadku organizmów
oznaczonych gwiazdką przeprowadzono również w tych samych warunkach badanie pod kątem ich obecności w próbkach tła w płynie
TM
konserwującym SurePath . W przypadku organizmów oznaczonych dwiema gwiazdkami przeprowadzono badanie pod kątem ich obecności tylko
TM
TM
w próbkach tła w płynie konserwującym SurePath . Wszystkie testy z użyciem próbek w płynie konserwującym SurePath zostały
przeprowadzone po obróbce z użyciem buforu do przetwarzania próbek cobas. Wyniki wykazały, że obecność żadnego z tych organizmów nie
zakłóciła detekcji plazmidowego DNA wirusa HPV 31, HPV 16 i HP V18 ani nie powodowała fałszywie dodatniego wyniku w próbce HPV-ujemnej.
Tabela 19
Drobnoustroje badane pod kątem swoistości analitycznej
Achromobacter xerosis
Haemophilus ducreyi
Streptococcus agalactiae*
Acinetobacter calcaceticus
Wirus zapalenia wątroby typu B (HBV)
Streptococcus anginosus
Acinetobacter lwoffi
Wirus Herpes simplex 1*
Streptococcus faecalis**
Acinetobacter sp. genospecies 3
Wirus Herpes simplex 2*
Streptococcus pyogenes*
Actinomyces israelii
Ludzki wirus upośledzenia odporności (HIV-1)
Streptococcus sanguis
Adenowirus*
Kingella kingae
SV40
Aerococcus viridans
Klebsiella pneumoniae ss ozaenae*
Treponema pallidum
Alcaligenes faecalis
Lactobacillus acidophilus*
Trichomonas vaginalis*
Bacillus thuringiensis
Lactobacillus crisptus
Ureaplasma urealyticum
Bacteroides caccae**
Lactobacillus delbrueckii s. lactis
Veillonella parvula
Bacteroides fragilis
Lactobacillus jensenii
Vibrio parahaemolyticus
Bacteroides ureolyticus
Lactobacillus vaginalis
Weissella paramesenteroides
Bifidobacterium longum
Lactococcus lactis cremoris
Yersinia enterocolitica
Bifidobacterium adolescentis*
Legionella pneumophila
HPV 6*
Bifidobacterium brevi
Micrococcus luteus
HPV 11*
Campylobacter jejuni
Mobiluncus curtisii s. curtisii
HPV 26*
Candida albicans*
Moraxella osloensis
HPV 30**
Chlamydia trachomatis*
Morganella morganii
HPV 34**
Chromobacter violaceum
Mycobacterium avium
HPV 40
Citrobacter braakii
Mycobacterium smegmatis
HPV 42
Clostridium adolescentis
Mycoplasma genitalium
HPV 53**
Clostridium beijerinckii**
Mycoplasma hominis
HPV 54
Clostridium perfringens
Neisseria gonorrhoeae*
HPV 55B
Corynebacterium genitalium**
Neisseria meningitidis, serogrupa A
HPV 61
05990335001-10PL
29
Doc Rev. 11.0
Corynebacterium glutamicum
Wirus cytomegalii*
Eikenella corrodens
Enterobacter aerogenes**
Enterobacter cloacae
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium*
Wirus Epsteina-Barr*
Erysipelothrix rhusiopathiae
Escherichia coli*
Ewingella americana
Fusobacterium nucleatum
Fusobacterium varium**
Gemella morbillorum
Gardnerella vaginalis
Pasteurella multocida
Pediococcus acidilactici
Peptostreptococcus anaerobius*
Propionibacterium acnes
Proteus mirabilis*
Proteus vulgaris
Providencia stuartii
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas fluorescens**
Ruminococcus productus
Salmonella minnesota
Serratia marcescens
Staphylococcus aureus*
Staphylococcus epidermidis*
Staphylococcus saprophyticus
HPV 62
HPV 64
HPV 67*
HPV 69*
HPV 70*
HPV 71
HPV 72
HPV 73*
HPV 81
HPV 82*
HPV 83
HPV 84
HPV 85**
HPV 89 (CP6108)
* Badanie przeprowadzono zarówno w próbkach tła w płynnym podłożu PreservCyt, jak i w płynie konserwującym SurePath
** Badanie przeprowadzono wyłącznie w próbce tła w płynie konserwującym SurePath
Substancje wpływające na wynik testu
Do oszacowania wpływu endogennych i egzogennych substancji wpływających na wynik testu, które potencjalnie mogą być obecne
w próbkach z szyjki macicy, użyto HPV-dodatnich i HPV-ujemnych próbek z szyjki macicy, a także próbek spreparowanych. Materiały
badawcze zastosowane w opisanych badaniach przedstawiono w tabeli 20. Stężenia badanych endogennych i egzogennych substancji
odpowiadają warunkom, jakie mogłyby panować podczas pobierania próbki.
Jako potencjalne substancje endogenne wpływające na wynik testu, znajdujące się w próbkach z szyjki macicy, przetestowano pełną krew,
jednojądrzaste krwinki krwi obwodowej (ang. Peripheral Blood Mononuclear Cells – PBMC) i śluz szyjkowy. Poziomy każdej z przetestowanych
potencjalnych substancji wpływających na wynik testu oraz obserwacje dotyczące tego badania opisano w tabeli 21. W przypadku komórek PBMC
i śluzu szyjkowego w badanych poziomach nie zaobserwowano wpływu na wyniki testu. Krew pełna w ilości do 2% stwierdzanej wzrokowo
®
TM
w próbkach pobranych do podłoża cobas PCR Cell Collection Media, płynnego podłoża PreservCyt oraz płynu konserwującego SurePath nie
TM
wpływała na wyniki testu. Krew pełna w ilości do 4% stwierdzanej wzrokowo w próbkach pobranych do płynu konserwującego SurePath
poddanego obróbce z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas nie wpływała na wyniki testu.
Tabela 20
Opisy próbek badania wpływu na wyniki testu
Rodzaj próbki
Opis
HPV-dodatnie próbki
z szyjki macicy
10 pojedynczych HPV-dodatnich próbek w płynnym podłożu
®
PreservCyt podzielono na alikwoty w celu poddaniu ich testom
z udziałem i bez udziału endogennych substancji wpływających na
wynik testu
HPV-ujemne próbki
z szyjki macicy
10 pojedynczych HPV-ujemnych próbek w płynnym podłożu
®
PreservCyt podzielono na alikwoty w celu poddaniu ich testom
z udziałem i bez udziału endogennych substancji wpływających
na wynik testu
®
HPV-dodatnie (kanał1) próbki w płynnym podłożu PreservCyt
Spreparowana
HPV-dodatnia próbka rozcieńczono próbką HPV-ujemną do poziomu około 3 x granicy
detekcji (LOD). Plazmidy HPV typu 16 (kanał 2) i 18 (kanał 3)
z szyjki macicy
dodano następnie w ilości ~ 3 x granica detekcji (LOD).
Pule płynnego podłoża
®
PreservCyt i płynu
konserwującego
TM
SurePath 3 x granica
detekcji (LOD)
05990335001-10PL
Każdy z plazmidów typu 31, 16, 18 HPV rozcieńczono do ilości
®
3 x granica detekcji (LOD) w pulach próbki w podłożu PreservCyt
i płynie koserwującym SurePath. Próbka w płynie konserwującym
TM
SurePath została przebadana zarówno po przeprowadzeniu
obróbki z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas, jak
i bez niej.
30
Doc Rev. 11.0
Tabela 21
Wyniki badania wpływu na wyniki testu substancji endogennych
Obserwowany wpływ na wynik testu
PreservCyt
SurePath
Próbka w płynie
SurePath po obróbce
z użyciem buforu do
przygotowywania
próbek cobas
Powyżej 2%
Powyżej 2%
Powyżej 4%
10 , 10 , 10 komórki/ml
Brak
Brak
Brak
Śluz pochodzący ze standardowej
procedury oczyszczania ze śluzu
szyjkowego
Brak
Brak
Brak
Badana
substancja
Badane stężenia
Krew pełna
1%, 1,5%, 2%, 3%, 4%, 6%, 8%
udział objętościowy
PBMC
Śluz szyjkowy
4
5
6
Wszystkie 18 produktów do higieny intymnej i antykoncepcyjnych dla kobiet, sprzedawanych bez recepty (ang. over-the-counter – OTC),
przetestowano jako potencjalne substancje wpływające na wynik testu. Typy potencjalnych substancji wpływających na wynik testu
®
TM
i obserwacje dotyczące tego badania w pulach płynnego podłoża PreservCyt i płynu konserwującego SurePath w ilościach 3 x granica
detekcji (LOD) przedstawiono w tabeli 22.
Tabela 22
Wyniki badania wpływu na wyniki testu dla substancji egzogennych
Opis substancji
Obserwowany wpływ na
wynik testu
Żele i pianki antykoncepcyjne
Brak
Dopochwowe preparaty nawilżające
*Tak
Irygator dopochwowy
Brak
Kremy przeciwgrzybicze zawierające: 1% klotrimazol,
chlorowodorek fenazopirydyny, 1% hydrokortyzon,
Brak
2% azotan mikonazolu, 6,5% maść zawierająca tiokonazol,
20% benzokaina
®
* Środek Replens (miejscowy żel nawilżający) wywołał wyniki fałszywie ujemne
TM
w powtórzeniach w puli płynu konserwującego SurePath obejmującej 3-krotność granicy
wykrywalności (LOD). Ten wpływ na wynik testu był również obserwowany po poddaniu
TM
próbek w płynie konserwującym SurePath
obróbce z użyciem buforu do
przygotowywania próbek cobas.
Porównywalność matrycy
Łączną liczbę 1752 pacjentek włączono do udziału w badaniu obejmującego pobranie dwóch próbek z szyjki macicy — po jednej do płynnego
®
TM
podłoża PreservCyt i płynu konserwującego SurePath . Każda z par próbek z szyjki macicy została poddana oznaczeniu z użyciem testu
®
TM
cobas 4800 HPV w celu określenia zgodności wyników. Próbki w płynie konserwującym SurePath zostały przebadane bez wykonywania
obróbki z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas. W tabeli 23 próbki o dodatnich wynikach dla któregokolwiek z trzech kanałów
detekcji wirusa HPV traktowano jako dodatnie, natomiast próbki o ujemnym wyniku dla wszystkich kanałów detekcji wirusa HPV uznawano za
TM
®
ujemne. Dodatnia zgodność pomiędzy próbkami w płynie konserwującym SurePath i płynnym podłożu PreservCyt wynosiła 96,4%; ujemna
zgodność wynosiła 95,1%, a ogólna zgodność — 95,4%.
Tabela 23
®
®
Podsumowanie wyników testu cobas 4800 HPV dla próbek pobieranych jednocześnie do płynnego podłoża PreservCyt
TM
i płynu konserwującego SurePath z użyciem wyniku testu „HPV High Risk Panel”
Pary próbek z szyjki macicy
N = 1752
Płyn konserwujący
TM
SurePath
(10 ml)
Dodatni
Ujemny
Razem
®
Płynne podłoże PreservCyt (20 ml)
Dodatni
Ujemny
Razem
407
65
472
15
1265
1280
422
1330
1752
Zgodność wyników dodatnich = 407/422 = 96,4% (95% CI 94,2%, 98,0%)
Zgodność wyników ujemnych = 1265/1330 = 95,1% (95% CI 93,8%, 96,2%)
Całkowita zgodność wyników = 1672/1752 = 95,4% (95% CI 94,3%, 96,4%)
Wyniki badania 1752 pacjentek zostały poddane także analizie polegającej na połączeniu wyników dla wszystkich trzech kanałów detekcji
wirusa HPV. W analizie tej (tabela 24) połączono wyniki dla każdego z 1–3 kanałów. Dodatnia zgodność pomiędzy próbkami w płynie
TM
®
konserwującym SurePath i płynnym podłożu PreservCyt wynosiła 96,9%; ujemna zgodność wynosiła 98,0%, a ogólna zgodność – 97,9%.
05990335001-10PL
31
Doc Rev. 11.0
Tabela 24
®
®
Podsumowanie wyników testu cobas 4800 HPV dla próbek pobieranych jednocześnie do płynnego podłoża PreservCyt
TM
i płynu konserwującego SurePath z użyciem wyniku testu „HPV High Risk Panel Plus Genotyping”
®
Płynne podłoże PreservCyt (20 ml)
Dodatni
Ujemny
Razem
492
94
586
16
4654
4670
508
4748
5256
Pary próbek z szyjki macicy
N = 5256
Dodatni
Ujemny
Razem
Płyn konserwujący
TM
SurePath
(10 ml)
Zgodność wyników dodatnich = 492/508 = 96,9% (95% CI 94,9%, 98,2%)
Zgodność wyników ujemnych = 4654/4748 = 98,0% (95% CI 97,6%, 98,4%)
Całkowita zgodność wyników = 5146/5256 = 97,9% (95% CI 97,5%, 98,3%)
Stabilność próbek w płynie konserwującym SurePath przez 14 dni w temperaturze 2–30°C
TM
Łączna liczba 428 próbek w płynie konserwującym SurePath była przechowywana w temperaturze 32°C przez 7 lub 14 dni, po czym
®
przeprowadzono z ich użyciem test cobas 4800 HPV bez stosowania obróbki mającej na celu usunięcie wiązań krzyżowych indukowanych
matrycą. W przypadku próbek użytych w badaniu w dniu 0. uzyskano maksymalną wartość Ct wynoszącą 37 w kanałach 1 oraz 3 (wirus HPV
typu 18 oraz wysokiego ryzyka), a także wartość 37,5 w kanale 2 (wirus HPV typu 16). Próbki SurePath z wartościami Ct powyżej 37,0
w kanałach 1 i 3 oraz powyżej 37,5 w kanale 2 nie były oceniane w tym badaniu. Wyniki niepoddanych obróbce próbek mogą być bliskie
klinicznej wartości odcięcia z powodu wiązań krzyżowych indukowanych matrycą w temperaturze pokojowej. W tabeli 25 przedstawiono
TM
porównanie wyników testów z dnia 0. oraz 7., a także dnia 0. i 14. Wszystkie próbki w płynie konserwującym SurePath , w przypadku których
TM
w dniu 0. uzyskano wynik dodatni, pozostały dodatnie w dniu 7. oraz 14. Ogółem 10 próbek w płynie konserwującym SurePath , w przypadku
których uzyskano wynik ujemny, po ponownym przeprowadzeniu testu w dniu 7. (4) oraz dniu 14. (6) dało nieprawidłowe wyniki. W tych
próbkach w dniu 0. stwierdzono nieprawidłowo wysokie stężenie beta-globiny, co wskazywało na niewłaściwe pobranie próbek.
Tabela 25
TM
Wyniki dotyczące stabilności próbek w płynie konserwującym SurePath po 7 i 14 dniach przechowywania
bez stosowania obróbki w celu usunięcia wiązań krzyżowych indukowanych matrycą
Stabilność próbek w płynie
Dzień 7.
TM
konserwującym SurePath
w temperaturze 2–30°C
Dodatni Ujemny Nieważny Ogółem Dodatni
przez maksymalnie 14 dni
Dodatni
26
0
0
26
29
Dzień 0.
Dzień 14.
Ujemny Nieważny Ogółem
0
0
29
Ujemny
0
178
4
178
0
169
6
175
Nieważny
0
0
0
0
0
0
0
0
Razem
26
178
4
208
29
169
6
204
TM
Stabilność próbek w płynie konserwującym SurePath przechowywanych przez 6 tygodni w temperaturze 2–30°C po przeprowadzeniu
obróbki z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas
TM
TM
Do trzech pul HPV-ujemnych próbek w płynie konserwującym SurePath dodano próbkę w płynie konserwującym SurePath z dodatnim
wynikiem na obecność wirusa HPV typu 51 w celu uzyskania pul próbek dodatnich, wysoko dodatnich i nisko dodatnich. Pula nisko dodatnia
dawała wynik w pobliżu granicy detekcji (LOD) po wykonaniu testu w dniu 0., a przed przeprowadzeniem obróbki z użyciem buforu do
przygotowywania próbek cobas. Pule przechowywano w temperaturze 32°C i badano w odstępach czasu przez maksymalnie 6 tygodni. Próbki
w pulach poddano obróbce mającej na celu usunięcie wiązań krzyżowych indukowanych przez matrycę, a następnie przeprowadzono z ich
®
użyciem test cobas 4800 HPV w każdym punkcie czasowym. W przypadku wszystkich trzech pul wartości średnie Ct zostały utrzymane
poniżej klinicznej wartości odcięcia dla wirusa HPV typu 51 (40,0 dla kanału 1) w trakcie okresu przechowywania wynoszącego 6 tygodni (patrz
tabela 26).
Tabela 26
TM
Wyniki dotyczące stabilności próbek w płynie konserwującym SurePath w przypadku przechowywania
przez 6 tygodni po obróbce z użyciem buforu do przygotowywania próbek cobas
Pule próbek w płynie
Średnie wartości Ct*
konserwującym
TM
Dzień 0. Tydzień 1.
Tydzień 3.
Tydzień 4.
Tydzień 6.
SurePath
Wysoko dodatnie
28,7
30,1
30,3
30,6
31,1
Dodatnie
32,9
33,5
34,1
33,9
34,6
Nisko dodatnie (~LOD)
36,9
37,9
38,0
38,8
38,7
* Punkty czasowe w przypadku próbek nisko dodatnich przebadano w 40 powtórzeniach,
w przypadku próbek dodatnich testy wykonano w 30 powtórzeniach, natomiast w przypadku
próbek wysoko dodatnich — w 20 powtórzeniach
05990335001-10PL
32
Doc Rev. 11.0
PIŚMIENNICTWO
1. Burd, Eileen M. 2003. Human Papillomavirus and Cervical Cancer. Clinical Microbiology Reviews. 16:1-17.
2. zur Hausen, H. 2002. Papillomaviruses and Cancer: From Basic Studies to Clinical Application. Nat Rev Cancer. 2(5):342-50.
3. Walboomers, Jan M.M., Jacobs, Marcel V., Manos, M.M., et al. 1999. Human Papillomavirus is a Necessary Cause of Invasive Cervical
Cancer Worldwide. Journal of Pathology. 189:12-19.
4. Bernard HU. Review: The clinical importance of the nomenclature, evolution and taxonomy of human papillomaviruses. J Clin Virol. 2005;
32S, S1-6.
5. Molijn A, Kleter B, Quint W, van Doorn, L. Review: Molecular diagnosis of human papillomavirus (HPV) infections. J Clin Virol. 2005;
32S:S43-51.
6. zur Hausen H. Roots and perspectives of contemporary papillomavirus research. J Cancer Res Clin Oncol. 1996; 122:3-13.
7. de Villiers EM, Fauguet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H. Classification of papillomaviruses. Virology. 2004; 324:17-27.
8. Franco EL, Rohan TE, Villa LL. Epidemiologic evidence and human papillomavirus infection as a necessary cause of cervical cancer. J Natl
Cancer Inst. 1999; 91:506-511.
9. Lorincz AT, Reid R, Jenson AB, et al. Human papillomavirus infection of the cervix: relative risk associations of 15 common anogenital
types. Obstet Gynecol. 1992; 79:328-37.
10. Bosch, F.X., Manos, M.M., Munoz, N., et al. 1995. International Biological Study on Cervical Cancer (IBSCC) Study Group. Prevalence of
Human Papillomavirus in Cervical Cancer: a Worldwide Perspective. Journal of the National Cancer Institute, Vol. 87, No. 11:796-802.
11. Bosch, F.X., A. Lorincz, N. Muñoz, C.J.L.M. Meijer, K.V. Shah (2002) “The causal relation between human papillomavirus and cervical
cancer” J Clin Path 55:244-265.
12. Muñoz N, F.X. Bosch, S. de Sanjosé, R. Herrero, X. Castellsagué, K.V. Shah, P.J.F. Snijders, and Chris J.L.M. Meijer, for the International
Agency for Research on Cancer Multicenter Cervical Cancer Study Group. (2003) “Epidemiologic Classification of Human Papillomavirus
Types Associated with Cervical Cancer” N Engl J Med 348(6):518-527.
13. Clifford GM, Smith JS, Plummer M, Muñoz N, Franceschi S. Human papillomavirus types in invasive cervical cancer worldwide: a metaanalysis. Br J Cancer. 2003; 88:63-73.
14. Koutsky, L. 1997. Epidemiology of genital human papillomavirus infection. American Journal of Medicine. 102(5A):3-8.
15. Winer RL, Kiviat NB, Hughes JP, et al. Development and duration of human papillomavirus lesions, after initial infection. J Infect Dis.
2005;191:731-738.
16. Moscicki, A, Schiffman M, Kjaer S, Villa L. Updating the natural history of HPV and anogenital cancer. Vaccine 2006; 24(S3); 42-51.
17. Moscicki AB, Ellenberg JH, Farhat S, Xu J. Persistence of human papillomavirus infection in HIV-infected and –uninfected adolescent girls:
risk factors and differences, by phylogenetic type. J Infect Dis. 2004 Jul 1;190(1):37-45.
18. Palmer Castle PE, Schiffman M, Herrero R, Hildesheim A, Rodriguez AC, Bratti MC, Sherman ME, Wacholder S, Tarone R, Burk RD. A
prospective study of age trends in cervical human papillomavirus acquisition and persistence in Guanacaste, Costa Rica. J Infect Dis.
2005 Jun 1;191(11):1808-16.
19. Zielinski GD, Snijders PJF, Rozendaal l, et al. High-risk HPV testing in women with borderline and mild dyskaryosis; long term follow-up
data and clinical relevance. J Pathol 2001;195:300-306.
20. Holowaty P, Miller AB, Rohan T, To T. Natural history of dysplasia of the uterine cervix, J Natl Cancer Inst 1999; 91:252-58.
21. Nobbenhuis MA, Helmerhorst TJ, van den Brule AJ, Rozendaal L, Voorhorst FJ, Bezemer PD, Verheijen RH, Meijer CJ. Cytological
regression and clearance of high-risk human papillomavirus in women with an abnormal cervical smear. Lancet. 2001;358(9295):17821783.
22. Cuzick J, Clavel C, Petry KU, et al. Overview of the European and North American studies on HPV testing in primary cervical cancer
screening. Int J Cancer 2006;119:1095-1101.
23. Whitlock EP, Vesco KK, Eder M, Lin JS, Senger CA, Burda BU. Liquid-based cytology and human papillomavirus testing to screen for
cervical cancer: a systematic review for the U.S. Preventive Services Task Force. Ann Intern Med 2011;155:687,697, W214-5.
24. Myers, T.W. and Gelfand, D.H. 1991. Reverse transcription and DNA amplification by a Thermus thermophilus DNA polymerase.
Biochemistry. 30:7661-7666.
25. Davies, P., Kornegay, J., Iftner, T. 2001. Current methods of testing for human papillomavirus. Best Practice and Research Clinical
Obstetrics and Gynaecology. Vol. 15, No. 5:677-700.
26. Birch, D.E., et al. 1996. The use of a thermally activated DNA polymerase PCR gives improved specificity, sensitivity and product yield
without additives or extra process steps. Nature. Vol 381, No 6581:445-446.
27. Meng, Q., et al. 2001. Automated Multiplex Assay System for Simultaneous Detection of Hepatitis B Virus DNA, Hepatitis C Virus RNA, and
Human Immunodeficiency Virus Type 1 RNA. J Clin Microbiol. Vol 39, No 8:2937-2945.
05990335001-10PL
33
Doc Rev. 11.0
28. Longo, M.C., Berninger, M.S. and Hartley, J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase
chain reactions. Gene. 93:125-128.
29. Higuchi, R., Dollinger, G., Walsh, P.S., and Griffith, R. 1992. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences.
Bio/Technology 10:413-417.
30. Heid, C.A., Stevens, J., Livak, J.K., and Williams, P.M. 1996. Real time quantitative PCR. Genome Research 6:986-994.
31. Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. eds. 1999. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. HHS Publication Number (CDC)
93-8395.
32. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections. Approved
Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3 Villanova, PA:CLSI, 2005.
th
33. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 48 Edition. 2007.
34. Wheeler, C.M., Hunt, W.C., Joste, N.E., Key, C.R., Quint, W.G.V. and Castle, P.E. 2009. Human Papillomavirus Genotype Distributions:
Implications for Vaccination and Cancer Screening in the United States. J Natl Cancer Inst. 101:475-487.
35. Khan, M.J., Castle, P.E., Lorincz, A.T., Wacholder, S., Sherman, M., Scott, D.R., Rush, B.B., Glass, A.G. and Schiffman, M. 2005. The
Elevated 10-Year Risk of Cervical Precancer and Cancer in Women With Human Papillomavirus (HPV) Type 16 and 18 and the Possible
Utility of Type-Specific HPV Testing in Clinical Practice. J Natl Cancer Inst. 97:1072-1079.
36. Wright TC, Jr., Massad LS, Dunton CJ, Spitzer M, Wilkinson EJ, and Solomon D. 2007. 2006 Consensus Guidelines for the Management
of Women with Abnormal Cervical Cancer Screening Tests, Am J Obstet Gynecol 197 (4); 346-355.
37. Saslow D, Runowicz CD, Solomon D, Moscicki A-B, Smith RA, Eyre HJ, Cohen C. 2002, American Cancer Society Guideline for the Early
Detection of Cervical Neoplasia and Cancer. CA Can Jour Clin 53: 342-362.
38. Stoler MH, Wright TC Jr, Sharma A, Apple R, Gutekunst K, Wright TL; ATHENA(Addressing THE Need for Advanced HPV Diagnostics)
HPV Study Group. High-risk human papillomavirus testing in women with ASC-US cytology: results from the ATHENA HPV study. Am J
Clin Pathol. 2011 Mar;135(3):468-475.
05990335001-10PL
34
Doc Rev. 11.0
Informacje dotyczące wersji dokumentu
Doc Rev. 9.0
04/2014
Rozdział INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA został zmieniony, aby uwzględnić dalsze instrukcje
postępowania w przypadku uzyskania nieważnych wyników więcej niż dwa razy.
Zredagowano rozdział ODCZYNNIKI, aby zaktualizować stężenia składników dla odczynników
HPV (+) C i (-) C.
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z miejscowym przedstawicielstwem firmy Roche.
Doc Rev. 10.0
09/2014
W rozdziale Przeprowadzanie przebiegu pracy Recovery Workflow z Uwagi wskazującej na
ograniczoną stabilność przetworzonych próbek usunięto informację na temat zastosowania
materiałów przechowywanych przez okres dłuższy niż 24 godziny.
Zaktualizowano część dotyczącą znaków towarowych i patentów w celu odzwierciedlenia tylko
źródeł internetowych.
Doc Rev. 11.0
03/2015
Częć A zawiera instrukcje oraz opisy wyników dla użytkowników oprogramowania w wersji 1.1.2.
Część B zawiera instrukcje oraz opisy wyników dla użytkowników oprogramowania w wersji 2.1 lub
nowszej. Część ta zawiera także instrukcje postępowania z podstawowymi pojemnikami SurePath
oraz poprawia objętość minimalną wymaganą w pojemnikach podstawowych SurePath.
Część OGRANICZENIA METODY zawiera zredagowane ograniczenia korzystania z procesów
GAA do usuwania krwinek czerwonych z próbek PreservCyt i SurePath i ograniczenia
postępowania z pojemnikami podstawowymi SurePath.
Dodano symbol GTIN oraz jego opis na stronie z ujednoliconymi symbolami.
Dodano oświadczenie wyjaśniające, że oznakowanie bezpieczeństwa produktu zasadniczo
spełnia wytyczne GHS UE.
05990335001-10PL
35
Doc Rev. 11.0
Roche Molecular Systems, Inc.
1080 US Highway 202 South
Branchburg, NJ 08876 USA
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
Industriestrasse 7
6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics
2, Avenue du Vercors
38240 Meylan, France
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim, Germany
Distributore in Italia:
Roche Diagnostics S.p.A.
Viale G. B. Stucchi 110
20052 Monza, Milano, Italy
Distributed by
Roche Diagnostics, SL
Avda. Generalitat, 171-173
E-08174 Sant Cugat del Vallès
Barcelona, Spain
Roche Diagnostics
201, boulevard Armand-Frappier
H7V 4A2 Laval, Québec, Canada
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877-273-3433)
Distribuidor em Portugal:
Roche Sistemas de Diagnósticos Lda.
Estrada Nacional, 249-1
2720-413 Amadora, Portugal
Roche Diagnostica Brasil Ltda.
Av. Engenheiro Billings, 1729
Jaguaré, Building 10
05321-010 São Paulo, SP Brazil
Znaki towarowe i patenty
Patrz http://www.roche-diagnostics.us/patents
©2015 Roche Molecular Systems, Inc.
03/2015
Doc Rev. 11.0
05990335001-10PL
(05641225001-13ENGL)
05990335001-10
36
Doc Rev. 11.0
Na etykietach produktów diagnostycznych Roche PCR stosuje się obecnie następujące oznaczenia.
Oprogramowanie pomocnicze
Wyrób do diagnostyki in vitro
Autoryzowany Przedstawiciel we
Wspólnocie Europejskiej
Wytwórca
Kod partii
Przechowywać z dala od światła
Zagrożenie biologiczne
Zawartość wystarczająca na <n> testów
Numer katalogowy
Przestrzegać zakresu temperatury
Sprawdź w instrukcji obsługi
Plik definicji testów
Zawartość zestawu
Użyć przed
Dystrybucja przez
Numer pozycji handlu globalnego
Ten produkt spełnia wymogi dyrektywy Wspólnoty Europejskiej 98/79/WE dotyczącej
diagnostycznych urządzeń medycznych do stosowania in vitro.
Linia pomocy technicznej dla klientów w Stanach Zjednoczonych 1-800-526-1247
05990335001-10PL
37
Doc Rev. 11.0

cobas 4800 CT/NG Test

Transkrypt

Podobne dokumenty

Szanowni Rodzice i Opiekunowie! - Powiatowa Stacja Sanitarno

Zaproszenie_na konferencję

Wroc³awski program profilaktyki zaka¿eń wirusem brodawczak–

hpv szkoa prezetnacja 20151019