Męska antykoncepcja w pigułce,Nowy marker wczesnego stadium

Doczekaliśmy się aktualizacji
ludzkiego genomu
Minęło już 12 lat od zakończenia Human Genome Project i od publikacji
pierwszej „wersji” sekwencji nukleotydowej referencyjnego ludzkiego
genomu. Od tego czasu stale wnoszone były poprawki, które korygowały
błędy i wnosiły nowe informacje.
Dzięki rozwojowi technik
sekwencjonowania nowej generacji najnowsza, grudniowa poprawka w
końcu przybliża nas do pełnego poznania naszego własnego DNA.
Jeżeli korzystamy z zasobów NCBI, UCSC czy Ensembla, niekoniecznie jesteśmy
świadomi tego, jak dynamicznie zmieniają się obecnie genomowe bazy danych.
Pierwszy „build”, czyli złożona dzięki Human Genome Project sekwencja
ludzkiego „genomu referencyjnego” opatrzona była numerem GRCh1. Jak donosi
oficjalny blog National Center for Biotechnology Information, NCBI News, w
Wigilię opublikowano nową, trzydziestą ósmą już aktualizację (GRCh38). Jest to
pierwsze uaktualnienie sekwencji DNA ludzkiego od 2009 roku, można się więc
było spodziewać sporych zmian.
Istotnie – największym przełomem w nowej edycji genomu jest pierwsza
reprezentacja sekwencji centromerowych- arcytrudnych w mapowaniu regionów
genomu, złożonych z wielokrotnych powtórzeń kilkunukleotydowych. W
poprzednich latach otrzymanie długiego, rzetelnego odczytu sekwenogramów z
centromerów było praktycznie awykonalne. Obecnie stało się to możliwe, chociaż
wciąż jest trudne. Jak donoszą bioinformatycy z NCBI, w nowej wersji genomu
jest tez sporo poprawek. Poczyniono je w każdym z 24 chromosomów. Co więcej,
obecnie nie mamy już pojedynczego genomu referencyjnego, ponieważ pewne
regiony chromosomowe występują naturalnie w różnych wariantach, co należało
uwzględnić w bazie danych i przeglądarkach genomowych.
Dla wszystkich, którzy zajmują się genomiką, ważną informacją jest, że nowy
„build” póki co nie został opisany („zaanotowany”) i że potrwa to jeszcze około
dwóch tygodni. Na razie jest on dostępny w wersji „gołej” sekwencji pod
numerem GCA_000001405.15 w bazie Asembly, oraz na serwerach FTP.
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Radzimy zachować ostrożność podczas obróbki danych w oparciu o genom
referencyjny w ciągu najbliższych tygodni – może się okazać, że po
aktualizacji pewne wyniki analiz będą nieaktualne lub uzyskane rezultaty
sprzeczne!
Piśmiennictwo:
1. NCBI NEWS. New human genome assembly (GRCh38) released! 24 Dec 2013.
2. NCBI INSIGHTS. Introducing the New Human Genome Assembly: GRCh38. 24
Dec 2013.
3. Serwis BioIt
Doktorat za granicą
Wyjazd do innego kraju i studia doktoranckie na uczelniach zagranicznych
stają się powoli standardem. Powody są różne, chcemy nie tylko podszkolić
język, zapewnić sobie atrakcyjność na rynku pracy, poznać inną kulturę. W
rzeczywistości doktorat w Polsce oznaczałby często zmaganie się z
brakiem odpowiedniego sprzętu, stagnacją uczelni, przestarzałym i
niedostępnym systemem. Ponadto bardzo często wiąże się też z
zależnością finansową od rodziny lub dodatkowego miejsca zatrudnienia; a
przecież i sytuacja na rynku pracy dla doktorów nie maluje się w
kolorowych barwach.
Jednocześnie wyjazdy są dziś dużo łatwiejsze; nietrudno zdobyć na nie fundusze.
Uczelnie zagraniczne chętnie przyjmują polskich absolwentów. Dlatego wielu z
nich decyduje się na opuszczenie kraju wiedząc, że doświadczenie takie będzie dla
nich bardzo pożyteczne. Trend ten obserwuje się szczególnie w dziedzinach nauki
obejmujących biotechnologię, biologię molekularną czy inżynierię genetyczną,
czyli te dyscypliny, które dobrze, lecz wolno rozwijają się w naszym kraju (w
porównaniu ze Stanami Zjednoczonymi lub Wielką Brytanią).
Moim zdaniem oznacza to bardzo wiele dla polskiej nauki i gospodarki. Bowiem
wyszkoleni za granicą, otwarci na nowe poglądy i pomysły, ludzie mogliby
dokonać potrzebnych nam zmian, wprowadzić do polskiej nauki świeżość i
potencjał. Jednak czy będą mieli oni do czego wracać i jak wielu z nich
rzeczywiście zdecyduje się na ponowne zamieszkanie w kraju? Wiele takich osób
zapytanych o ewentualny powrót do Polski odpowiada, że tu nie mieliby okazji
robić tego, czym zajmowali się dotychczas. Po dziesięciu latach spędzonych w
zagranicznych placówkach naukowych nie wyobrażają sobie powrotu. Pytają o to,
kto pozwoli im stworzyć samodzielny zespół z podobną tematyką badań czy też
gdzie mogliby spożytkować dotychczas zdobyte doświadczenie. Wydaje się, że w
tej kwestii niezwykle potrzebna jest nie tylko zmiana sytuacji finansowej polskich
uczelni, ale także bardziej przyjazny system tworzenia firm biotechnologicznych
oraz wsparcie od państwa. Potrzebujemy dyskusji i współpracy specjalistów z
różnych dziedzin, jeszcze lepszego dialogu między firmami i placówkami
naukowymi.
Jaka jest wasza opinia na temat migracji absolwentów i specjalistów? Wszelkie
komentarze będą mile widziane.
Agnieszka Gołąb
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Zmiany w rozporządzeniu MZ w
sprawie specjalizacji diagnostów
W dniu 20 grudnia 2013 roku MZ podpisał Rozporządzenie zmieniające
rozporządzenie w sprawie specjalizacji i uzyskiwania tytułu specjalisty
przez diagnostów laboratoryjnych!
O zmianę wnioskowała Krajowa Izba Diagnostów Laboratoryjnych (KIDL),
Centrum Egzaminów Medycznych (CEM) oraz Centrum Medycznego Kształcenia
Podyplomowego. Parę spraw związanych ze specjalizacją m.in. z Państwowym
Egzaminem Specjalizacyjnym Diagnostów Laboratoryjnych (PESDL) uległo
zmianie. Wymieniamy niektóre z nich. Całość dokumentu można przeczytać tutaj.
1. PESDL będzie składał się z dwóch części – teoretycznej w formie testu, przy
minimalnej ilości dopuszczonych do egzaminu diagnostów równej 20 osób, lub
ustnej, gdy chętnych jest poniżej 20 oraz praktycznej. Wcześniej egzamin dzielił
się na część testową, egzamin praktyczny i ustny.
2. Wprowadzono dwie nowe dziedziny specjalizacji – laboratoryjną genetykę
sądową oraz laboratoryjną toksykologię sądową.
3. Zmiana terminu przystąpienia do egzaminu końcowego – diagnosta
laboratoryjny nie jest już ograniczony 12 miesięcznym terminem przystąpienia do
PESDL od momentu ukończenia specjalizacji. Obecnie diagnosta, który nie
przystąpił do PESDL w wyznaczonym terminie lub uzyskał wynik negatywny
egzaminu może przystąpić do niego w innej sesji egzmaminacyjnej. Jeżeli
diagnosta zda jedną z części egzaminu to jest ona uznawana w sześciu kolejnych
sesjach egzaminacyjnych.
4. Wydłużono czas stażu pracy w medycznym laboratorium diagnostycznym,
niezbędny do rozpoczęcia specjalizacji – do 2 lat
5. Zmieniono cenę PESDL – prawdopodobnie obniży się ona ze względu na
redukcję ilości części egzaminu – z 700 zł na 450 zł
Niestety nie uwzględniono w Rozporządzeniu umieszczenia na stronie
internetowej CEM pytań egzaminacyjnych po zakończeniu PESDL!
Jest to smutną wiadomością dla osób specjalizujących się, ale niestety można było
to przewidzieć.
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Najbliższy egzamin specjalizacyjny odbędzie się wg dotychczasowych przepisów,
ale termin składania wniosków na sesję wiosenną został przedłużony do
31.01.2014.
Piśmiennictwo:
Rozporządzenie MZ z dnia 20 grudnia 2013 r. zmieniające rozporządzenie w
sprawie specjalizacji i uzyskiwania tytułu specjalisty przez diagnostów
laboratoryjnych
Komentarz Roche
W nawiązaniu do wpisu, który pojawił się na naszym portalu: Skuteczność
testu na Cobas 4800 dla mutacji BRAF V600 pod znakiem zapytania
zamieszczamy komentarz firmy Roche Diagnostics:
„Autorzy z Quest sugerują, że metoda sekwencjonowania Sanger ma wyższą
czułość analityczną niż test cobas BRAF. Proszę zauważyć że w tym porównaniu
poczyniono kilka błędów metodologicznych:
– do badania testem cobas użyto jeden skrawek ( 5 um), natomiast do
sekwencjonowania od 5-10 um (duża różnica w ilości DNA) a pomimo tego metoda
Sangera dała więcej wyników nieważnych niż cobas.
– działanie testu cobas jest porównywane do metody Sangera, ale wyniki Sangera
są użyte jako referencyjne. W wielu innych badaniach wykazano, że Sanger może
dawać wyniki fałszywie negatywne oraz fałszywie pozytywne stąd do
rozstrzygnięcia niezgodności pomiędzy cobas, a Sanger powinna być użyta trzecia
metoda referencyjna, jak sekwencjonowanie nowej generacji. Tego nie uczyniono.
– częstość mutacji nie-V600E wykryta w tym badaniu jest wyższa niż w innych
doniesieniach. Biorąc pod uwagę mniejszą objętość próbki i brak metody
referencyjnej należy podać w wątpliwość dane o dotyczące częstości mutacji nieV600E. Wielokrotnie obserwowano, że Sanger nie tylko nie wykrywa mutacji, ale
może dawać nieprawidłowe wyniki.
„Poniżej znajdują się wyniki badania walidacyjnego testu cobas w którym
porównywano go z metodą Sangera, a rozbieżne wyniki rozstrzygano
sekwencjonowaniem nowej generacji (metoda 454). Oba manuskrypty
potwierdzają wyższą czułość analityczną testu cobas niż sekwencjonowania
Sanger.”
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
***
Detection of BRAF mutations in melanoma: Rate of mutation detection at
codon 600 using Sanger sequencing as compared to the cobas 4800
method.
Sub-category:
Melanoma
Category:
Melanoma/Skin Cancers
Meeting:
2012 ASCO Annual Meeting
Abstract No:
8596
Citation:
J Clin Oncol 30, 2012 (suppl; abstr 8596)
Author(s): Kevin Z. Qu, Qiulu Pan, Xi Zhang, Luis Rodriguez, Jennifer Uyeji,
Hairong Li, Albert Ho, Heather Sanders, Anthony Sferruzza, Daniel Jones,
Frederic Waldman, Quest Diagnostics Nichols Institute; Nichols Institute, San
Juan Capistrano, CA; Nichols Institute, Chantilly, VA; Nichols Instutute, Chantilly,
VA; Quest Diagnostics Nichols Institute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics, San
Juan Capistrano, CA
Abstract:
Background: Detection of BRAF V600 mutations is currently a prerequisite for
approved use of vemurafenib in patients with metastatic melanoma. The cobas
4800 BRAF V600 Mutation Test (Roche Molecular Diagnostics), a PCR-based
assay approved to aid in selecting patients for vemurafenib therapy, primarily
detects V600E. It is also reported to detect V600K, which has been associated
with vemurafenib response as well. We compared the mutation detection rate of
the cobas assay with that of Sanger sequencing. Methods: 125 de-identified
FFPE tissues submitted for BRAF mutation analysis that all showed histologicallyconfirmed melanoma were tested. BRAF mutations were detected using both the
cobas kit and bidirectional Sanger sequencing using BigDye kits (Applied
Biosystems). DNA was extracted from 5-um sections without macrodissection
using the cobas DNA extraction kit (for the cobas test) or from 5-10-um sections
using Agencourt extraction kits (Beckman Coulter) following macrodissection.
Results: The two methods showed agreement in 104/125 (83.2%) of cases
(Table). Sanger sequencing detected V600 dinucleotide mutations in 9 samples
that were negative by the cobas assay. Sanger sequencing produced no results in
10 cases owing to suboptimal PCR, including 2 that were positive by the cobas
assay. The cobas assay produced 2 invalid results, including 1 that was positive
for V600E by Sanger.The cobas assay detected 7/11 V600K mutations.
Conclusions: Overall agreement between cobas and Sanger sequencing was
83.2%. The Sanger method had higher analytic sensitivity, resulting in nine
additional V600 mutations not called by cobas compared to the two seen by cobas
but not Sanger sequencing. Thus, 16% (9/57) more patients would be identified as
candidates for vemurafenib therapy using the Sanger method.
Sanger
sequencing
Not
detected
V600E V600K V600R Non-600
Not detected
3a
4b
cobas
detected
40
7
Invalid
1
Total
a
56
56
44
11
2c
2
2d
2
No
result
Total
7
74
2
49
1
2
10
125
b
2/3 had dinucleotide mutations (GTG>GAA) and 1 had V600_K601del. All had
c
dinucleotide mutations (GTG>AAG). Both had GTG>AGG dinucleotide mutations.
d
1) G469R; 2) E501G.
Męska antykoncepcja w pigułce
Od wielu lat w środowisku naukowym trwają poszukiwania męskiej
antykoncepcji. Dotychczasowe strategie kontrolowania męskiej płodności
koncentrowały się na procesach spermatogenezy oraz mechanizmach
kontroli hormonalnej, których celem była produkcja dysfunkcyjnych
plemników, niezdolnych do zapłodnienia.
Naukowcy z Australii i Wielkiej Brytanii zasugerowali nowy kierunek
antykoncepcji dla mężczyzn, którego założenie opiera się na zahamowaniu
pierwszej fazy emisji ejakulacji. Podczas wytrysku sperma jest transportowana z
najądrzy do nasieniowodów przy udziale mięśni gładkich. W badaniu wykazano, że
pełną niepłodność męskich osobników badanych myszy uzyskuje się przez
zablokowanie dwóch receptorów α1A-adrenergicznego i P2X1-purynergicznego,
odkrytych na komórkach mięśni gładkich najądrzy. Pośredniczą one w transporcie
plemników do ejakulatu.
Badacze z Monash Institute of Pharmaceutical wierzą, że wiedza ta może być
impulsem do opracowania środków antykoncepcyjnych dla mężczyzn. Zwracają
oni uwagę, że zaletą leku byłaby odwracalność skutków jego stosowania, a także
brak wpływu na żywotność plemników oraz funkcje seksualne i ogólny stan
zdrowia mężczyzny.
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Na rynku medycznym istnieje już lek, którego działanie opiera się na blokowaniu
omawianego receptora α1A-adrenergicznego. Lek ten jest stosowany w leczeniu
łagodnego rozrostu gruczołu krokowego. Jednakże do zapewnienia skutecznej
antykoncepcji męskiej konieczne jest jeszcze opracowanie inhibitora P2X1purynergicznego. O ile dalsze badania się powiodą, jest nadzieja na powstanie
męskiej pigułki antykoncepcyjnej w ciągu najbliższych 10-ciu lat.
Piśmiennictwo:
White CW., Choong YT., Ventura S. et al. Male contraception via simultaneous
knockout of 1A-adrenoceptors and P2X1-purinoceptors in mice. PNAS, 2013; 110,
51: 20825-20830.
Nowy marker wczesnego stadium
raka piersi
Według naukowców z Houston Methodist Research Institute już wkrótce proste badanie krwi
może umożliwić wczesną diagnostykę nowotworów gruczołu sutkowego bez konieczności
przeprowadzania kosztownej dla służby zdrowia i inwazyjnej dla pacjentek biopsji piersi.
Zespół badaczy pod kierownictwem Tony Hu odkrył, że mieszanina sześciu białek
będących produktem działania enzymu karboksypeptydazy N (CPN) pozwoli
zdiagnozować wczesne stadium raka piersi oraz może stać się istotnym
elementem monitorowania leczenia.
Aktywność CPN porównywano w próbkach krwi pobranych od myszy, zdrowych
mężczyzn oraz kobiet ze zdiagnozowanym rakiem piersi. Aktywność CPN była
wyraźnie zwiększona w tkankach nowotworowych w porównaniu do normalnych
tkanek. Zaobserwowano również znacząco wyższe stężenie we krwi wszystkich
sześciu peptydów u pacjentek w I fazie nowotworu. Stężenie tych peptydów było
najwyższe w surowicy myszy w 2 tygodnie po wszczepieniu komórek
nowotworowych. Zaobserwowano także znaczący spadek poziomu CPN po 8
tygodniach, co mogłoby sugerować nieskuteczność markera w późniejszych
stadiach raka i wymaga dalszych badań.
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Wyniki badania dowodzą zatem, że gdyby udało się opracować test diagnostyczny
bazujący na aktywności CPN, jego zastosowanie umożliwiłoby nieinwazyjne
wykrywanie wczesnego stadium nowotworów gruczołu sutkowego.
Małgorzata Kalaga
Piśmiennictwo:
Li Y.,Li Y., Chen T. et al. Circulating Proteolytic Products of Carboxypeptidase N
for Early Detection of Breast Cancer. Clin Chem, 2013.
Forum bioanalityczne i diagnostyki
In-vitro – bezpłatna rejestracja
EDCA (European Diagnostic Clusters Alliance) zaprasza do bezpłatnej
rejestracji na „5th Berlin-Brandenburg Technology Forum – In vitroDiagnostics und Bioanalysis“, które odbędzie się w dniach 5-6 czerwca w
Poczdamie (Niemcy).
Warsztaty, wykłady, prezentacje technologii, spotkania B2B, networking, wizyta w
Potsdam-Golm Science Park – to oferta dla instytucji lub osób zainteresowanych
nawiązaniem międzynarodowej współpracy w zakresie diagnostyki.
Więcej:
http://edc-alliance.eu/news/507/technology-forum-in-vitro-diagnostics-56-june-201
3-in-potsdam/
Wirus H1N1 wykryto u ssaków
morskich
Wirus grypy H1N1 odkryto u słoni morskich w Kalifornii, rok po
pojawieniu się wirusa świńskiej grypy u ludzi. Wyniki badań zwierząt nie
pozostawiają wątpliwości, wirus H1N1 może infekować również ssaki
morskie.
Wyniki badań są nie tylko użyteczne dla badaczy zajmujących się
międzygatunkową transmisją wirusa H1N1, ale też niosą ważną informację dla
osób mających zawodowy kontakt ze zwierzętami morskimi.
Publikacja źródłowa:
Tracey Goldstein, Ignacio Mena, Simon J. Anthony, Rafael Medina, Patrick W.
Robinson, Denise J. Greig, Daniel P. Costa, W. Ian Lipkin, Adolfo Garcia-Sastre,
Walter M. Boyce. Pandemic H1N1 Influenza Isolated from Free-Ranging Northern
Elephant Seals in 2010 off the Central California Coast. PLoS ONE, 2013; 8 (5)
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
W Krakowie odbywał się XIII
Festiwal Nauki
Do 18 maja br. odbywał się XIII Festiwal Nauki w Krakowie. Organizatorzy
zapewnili wiele unikalnych atrakcji, a zwiedzający byli zachwyceni. Jak
twierdzą zwiedzający z roku na rok impreza jest coraz ciekawsza i
adresowana do coraz szerszej publiczności, przybliżając w przystępny
sposób krakowską naukę nawet najmłodszym uczestnikom festiwalu.
Głównym koordynatorem wydarzenia był po raz trzeci Uniwersytet Rolniczy im.
Hugona Kołłątaja w Krakowie, który obchodzi w 2013 roku Jubileusz 60-lecia. W
organizację Festiwalu zaangażowanych zostało 13 uczelni wyższych Krakowa, 3
Instytuty Naukowe PAN oraz 8 Instytucji zaproszonych.
Zobacz film z festiwalu!
http://youtu.be/rJbD_E6Xbj4
Tegoroczna edycja nosiła hasło „Oblicza wody”, nawiązując do obchodów
Międzynarodowego Roku Współpracy w Dziedzinie Wody ogłoszonego przez ONZ.
Ma on na celu m.in. podniesienie świadomości na temat potrzeby podejmowania
działań dążących do wzmożenia międzynarodowej współpracy w dziedzinie wody,
podniesienie świadomości o wyzwaniach stojących przed zarządzaniem wodą w
zakresie planowania, dostępu do wody, a także poprawę jakości edukacji w
kwestii wody.
Program
Festiwalu
Nauki
w
Krakowie:
http://festiwalnauki.ur.krakow.pl/index.php/program-festiwal-nauki-w-krakowie
W ramach festiwalu w zeszłą sobotę, 18 maja organizatorzy zapraszali na
niepowtarzalną atrakcję – godzinny rejs statkiem po Wiśle. Bezpłatne bilety
można było uzyskać uczestnicząc w konkursach zorganizowanych w namiotach
podczas Festynu na płycie Rynku Głównego
Całość wydarzenia była rejestrowana jest przez Studio Telewizyjne Festiwalu
Nauki w Krakowie.
Filmy
są
dostępne
na
kanale
http://www.youtube.com/studioTVfnauki
You
Tube:
Głównym Sponsorem XIII Festiwalu Nauki w Krakowie jest Miejskie
Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji Spółka Akcyjna w Krakowie.
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0
Minojczycy
byli
pochodzenia
europejskiego
Pierwsza europejska cywilizacja – Minojczycy – miała europejskie
korzenie. Analiza mitochondrialnego DNA starożytnych mieszkańców
wyspy Kreta nie pozostawia jakiejkolwiek wątpliwości i obala poprzednie
teorie na temat ich pochodzenia.
W 1900 roku archeolog Arthur Evans odnalazł na krecie Pałac Minosa, którego
budowniczymi byli Minojczycy, wiek pałacu szacuje się na ok. 4000 lat. Evans
założył, że cywilizacja ta pochodziła od wygnanej z Egiptu ponad 5000 lat temu
grupy uchodźców. Ta teoria była wielokrotnie podważana przez innych
archeologów, jednak ostateczne dowody zostały dostarczone dzięki analizie
mtDNA ze znalezionych w jaskiniach na Krecie 37 szkieletów. Analiza dostarczyła
dowodów, że Minojczycy pochodzą od europejskiej populacji rolników, którzy
zamieszkali Kretę kilka tysięcy lat wcześniej. DNA pobrano od 100 szkieletów (
kości i zęby), jednak tylko 37 z nich mogło dostarczyć mtDNA zadawalającej
jakości. Szkielety pochodziły sprzed 4900-3800 lat. DNA izolowano i analizowano
niezależnie w dwóch laboratoriach.
Publikacja źródłowa: Hughey, J. R. et al. Nature Commun. 4, 1871 (2013).
Doczekaliśmy się aktualizacji ludzkiego genomu
Źródło: Wikimedia Commons, licencja CC0