LITERATURA I TREŚCI PROGRAMOWE STUDIÓW

LITERATURA
I TREŚCI PROGRAMOWE
STUDIÓW PODYPLOMOWYCH
„IT W MEDYCYNIE – ANALITYK
DANYCH PRZYRODNICZYCH”
1
TECHNOLOGIE INFORMACYJNE (0/15)
ZAGADNIENIA:
Podstawy obsługi aplikacji użytkowych: edytor tekstu, arkusz kalkulacyjny – zaawansowane
metody pracy. Oprogramowanie komercyjne i oprogramowanie Open Source. Podstawy
pracy w sieci Web – serwisy wyszukujące – formułowanie zapytań – wyszukiwanie i selekcja
informacji. Podstawy pracy w sieci komputerowej: korzystanie z poczty elektronicznej, FTP,
udostępnionych w sieci folderów. Podstawy związane z uprawnieniami użytkownika do
plików – przypisywanie uprawnień i udostępnianie zasobów w systemach rodziny Windows i
*nix.
LITERATURA:
1.
2.
3.
W. Sikorski Wykłady z podstaw informatyki, Mikom, Warszawa 2002
J. Turulski - Materiały pomocnicze do laboratorium z zastosowań informatyki.
Manuale do pakietu MS Office.
BAZY DANYCH I PODSTAWY PROGRAMOWANIA SQL (15/20)
ZAGADNIENIA:
Pojęcie bazy danych. Typy baz danych. podstawy teoretyczne relacyjnych baz danych.
Założenia Codd’a. Definicja krotki i atrybutu. Proces normalizacji – 5 postaci normalnych.
Diagramy ERD. Metodyka projektowania baz. Systemy zarządzania relacyjnymi bazami
danych. Podstawy języka SQL. Przetwarzanie transakcji. Elementy programowania baz
danych. Realizacja projektu bazy w wybranym środowisku.
LITERATURA:
1. Celko J.: SQL Zaawansowane techniki programowania. Mikom, Warszawa, 1999. ISBN
83-7158-221-8.
2. Date, C.J. and H. Darwen: A Guide to SQL Standard. Addison-Wesley, 1994.
3. Gruber M.: SQL – znakomity podręcznik opisujący najnowszy standard SQL-a.
Wydawnictwo HELION, Gliwice, 1996. ISBN-83-86718-32-3.
4. Harrington, J.L.: SQL dla każdego. EDU-MIKOM, Warszawa, 1998. ISBN 83-87102-555.
5. SQL– Język relacyjnych baz danych. WNT, Warszawa, 1995. ISBN 83-204-1806-2.
6. Stephens, R.K. et al.: SQL w 3 tygodnie. LT&P, Warszawa, 1999. ISBN 83-87115-13-4
OPROGRAMOWANIE SPECJALISTYCZNE (0/45)
ZAGADNIENIA:
Ogólne aplikacje użytkowe (Gnumeric, AbiWord, Gnuplot, GIMP, Inkscape). Aplikacje
specjalistyczne: Swiss PDB viewer, BioEdit, Cn3D, Chimera, inne aplikacje dostępne na
2
platformie WWW. The R-Project i jego moduły. Język R. Rattle. Ggobi. Specjalistyczne
biblioteki dynamiczne.
LITERATURA:
1. SciLab. URL: http://www.scilab.org (En, 2007-10-16).
2. Zadora M., Zając M.: Komputerowe Symulacje Numeryczne. Fortran 95. URL:
http://fatcat.ftj.agh.edu.pl/~majozo/paper.pdf (2007-10-16).
3. Gnumeric - The Gnome Office Spreadsheet. URL:
http://www.gnome.org/projects/gnumeric (En, 2007-10-16).
4. GNUPlot HomePage. URL: http://www.gnuplot.info (En, 2007-10-16).
5. GNUPlot - not so Frequently Asked Questions. URL:
http://t16web.lanl.gov/Kawano/gnuplot/index-e.html (En, 2007-10-16).
6. Komsta Ł., Wprowadzenie do środowiska R, http://cran.rproject.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf.
7. Marek Walesiak, Eugeniusz Gatnar (red.), „Statystyczna analiza danych z
wykorzystaniem programu R”, rok wydania: 2009
8. J. Eaton, GNU Octave Manual, Network Theory Ltd., 2002.
9. http://octave-forge.sourceforge.net/
10. M. Murphy, Octave: A Free, High-Level Language for Mathematics, Linux Journal,
Issue 39.
11. S. Wolfram, The Mathematica Book, Wolfram Media/Cambridge University Press,
1999.
12. http://www.sciviews.org/other/benchmark.htm
AKWIZYCJA DANYCH PRZYRODNICZYCH (0/15)
ZAGADNIENIA:
Podstawowe przyrządy optoelektroniczne. Podstawowe struktury bramek logicznych.
Przetwarzanie analogowo-cyfrowe i cyfrowo-analogowe. Własności funkcjonalnych,
dynamicznych i statycznych cyfrowych układów scalonych oraz ich zasad stosowania w
systemach cyfrowych. Moduły scalone funkcjonalne i zasady ich stosowania.
Programowalne struktury logiczne. Transmisja informacji cyfrowej. Zakłócenia i sposoby ich
eliminacji. Zasady projektowania, uruchamiania i testowania urządzeń cyfrowych.
Podłączanie urządzeń zewnętrznych do komputerów. Podstawowe rodzaje interfejsów:
równoległy(Centronics), szeregowy (RS232C), USB, Fire-wire (IEEE 1394), USB. Interfejsy
sygnału wizyjnego. Elementy programowania obsługi urządzeń zewnętrznych w systemie MS
Windows (Windows DTK). Kontrolery urządzeń skaningowych w osiach X,Y,Z. Kontrolery
przesłon i filtrów oraz innych urządzeń w mikroskopach sterowanych komputerowo
LITERATURA:
1. M. Rusek, J. Pasierbiński, „Elementy i układy elektroniczne w pytaniach i
odpowiedziach”, WNT, Warszawa, 2003
3
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
Pawlaczyk, „Elementy i układy optoelektroniczne”, WKiŁ, Warszawa 1984.
W. Marciniak, Przyrządy półprzewodnikowe i układy scalone, WNT 1984
A.Kusy.: Podstawy Elektroniki cz I Przyrządy półprzewodnikowe
Chmiel K.: Teoria układów logicznych. Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej,
Poznań 1995.
Górecki P.: Układy cyfrowe. Pierwsze kroki. BTC, Warszawa 2004.
Majewski W.: Układy logiczne. WNT, Warszawa 2000.
Misiurewicz P.: Podstawy techniki cyfrowej. WNT, Warszawa 1985.
Skorupski A.: Podstawy techniki cyfrowej. WKiŁ, Warszawa 2001.
PODSTAWY PROGRAMOWANIA (15/20)
ZAGADNIENIA:
Podstawy programowania. Kod i pseudokod. Programowanie strukturalne, deklaratywne,
obiektowe. Języki kompilowane i interpretowane. Pojęcie stałych, zmiennych, funkcji,
procedur. Zmienne lokalne i globalne. Przekazywanie parametrów. Pętle. typy plików i
metody dostępu do plików. Podstawy technik obiektowych. Praktyczna implementacja
wybranych algorytmów w określonych językach programowania. Realizacja projektu
programistycznego.
LITERATURA:
1. Grębosz J., Symfonia C++. Programowanie w języku C++ orientowane obiektowo,
Edition 2000, 2006
2. Lipman S., Lajoie J., Podstawy języka C++ , Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, 2001
3. A. Aho, J. Ullman: Wykłady z informatyki z przykładami wjęzyku C, Helion.
4. Eckel B., Thinking in C++, Helion 2002
5. Wirth N., Algorytmy + struktury danych = programy, WNT 2000
BIOSTATYSTYKA I STATYSTYCZNE METODY ANALIZY DANYCH (15/15)
ZAGADNIENIA:
Zdarzenia losowe. Prawdopodobieństwo zdarzenia losowego. Podstawowe twierdzenia
rachunku prawdopodobieństwa. ; Zdarzenia zależne i niezależne; prawdopodobieństwo
warunkowe; twierdzenie Bayesa. Zmienne losowe dyskretne. Zmienne losowe ciągłe i
mieszane. Układy zmiennych losowych. Zależne i niezależne układy zmiennych losowych;
miara zależności zmiennych losowych; przekształcanie zmiennych. Elementy statystyki
matematycznej.
Interpretacja poszczególnych parametrów: średniej , mody, mediany wariancji itp. w
praktycznej analizie danych. Testowanie hipotez. Wykresy pudełkowe, macierzowe. Analiza
czynnikowa, analiza skupień. Klasyfikatory statystyczne.
Charakterystyczne wskaźniki/parametry wykorzystywane w analizach statystycznych danych
biomedycznych.
4
LITERATURA:
1. Moczko J.A., Bręborowicz G.H., Tadeusiewicz R.: Statystyka w badaniach
medycznych, PWN Warszawa 1998
2. Stanisz A. (red), Biostatystyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego Data
wydania: 2005
3. Watala C. Biostatystyka - wykorzystanie metod statystycznych w pracy badawczej w
naukach biomedycznych. Bielsko-Biała: alfa-Medica Press, 2002
4. Gondko R., Zgirski A., Adamska M.; 2001, „Biostatystyka w zadaniach”,
Wydawnictwo Uniwersytetu Łódzkiego; wydanie II.
5. Łomnicki A.; 2002, „Wprowadzenie do statystyki dla przyrodników”, PWN, wydanie II
6. Zeliaś A, Metody statystyczne - Warszawa : Polskie Wydaw. Ekonomiczne, 2000
7. Domański Cz., Pruska K., Nieklasyczne metody statystyczne. - Warszawa : Polskie
Wydaw. Ekonomiczne, 2000
8. Armitage P.: Metody statystyczne w badaniach medycznych. 1978
9. Tosik M., Grzenkowski H. Statystyka medyczna, Gdańsk: AM
10. Kukuła K., Elementy statystyki w zadaniach, PWN, wyd. II, 2003
METODY ANALIZY INFORMACJI OBRAZOWEJ (15/15)
ZAGADNIENIA:
Struktura podstawowego systemu analizy obrazów. Przetworniki A/D sygnału wizyjnego.
Wzmacniacze logarytmujące. Tablice (pamięci) przekształceń. Tablice odwzorowań LUT.
Pseudokolory. Przetworniki D/A w analizatorach obrazów. Podstawowe operacje
arytmetyczne i logiczne na obrazach cyfrowych. Kalibrowanie analizatorów obrazów.
Liniowe i nieliniowe przekształcanie kontrastu obrazu cyfrowego. Filtracja splotowa obrazów
cyfrowych. filtry adaptacyjne. Delineacja. Detekcja krawędzi. Synteza obrazów barwnych
z wielokanałowych pobudzeń fluorescencyjnych. Metody segmentacji stałopoziomowej
i adaptacyjnej. Interaktywne i automatyczne pomiary obiektów na obrazach cyfrowych.
Podstawowe parametry obiektowe i polowe. Etykietowanie obiektów. Analiza tekstur.
Algorytmy uczenia się analizatorów obrazów. Operatory morfologiczne szare i binarne.
Metody gradientowe (watershad). Ocena liczby i parametrów obiektów na podstawie profili.
Przetwarzanie obrazów 3D i automatyczne pomiary obiektów trójwymiarowych.
Wizualizacja obiektów 3D metodami renderingu. Podstawowa ocena statystyczna wyników
pomiarów.
Informacja obrazowa. Sposoby zapisu obrazu-formaty, standardy plików. Algorytmy
kompresji. Typ pliku a rodzaj obrazu. Systemy CAD - podstawy. Kanały, warstwy, ścieżki,
filtry. Animacje. Pliki multimedialne, kompresja, kodowanie, formaty.
LITERATURA:
1. L. Wojnar, M. Majorek, Komputerowa analiza obrazu, CSS Ltd., Warszawa 1994.
2. J.C. Russ, The Image Processing Handbook, 3rd Edition, CRC Press, Boca Raton 1998.
5
3. R.Tadeusiewicz, P.Korohoda : Komputerowa analiza i przetwarzanie obrazów,
Wydawnictwo Postępu Telekomunikacji, Kraków 1997.
4. Zieliński K., Strzelecki M., Komputerowa analiza obrazu biomedycznego, PWN, 2002
5. T. Pavlidis „Grafika i przetwarzanie obrazów – Algorytmy”, Wydawnictwa NaukowoTechniczne, Warszawa 1987.
6. W. K. Pratt, “Digital image processing”, JOHN WILEY & SONS, New York, Chichester,
Brisbane, Toronto, Singapure, 1991.
7. J. D. Foley, A. van Dam, S.K. Feiner, J. F. Hughes, R. L. Philips „Wprowadzenie do
grafiki komputerowej” (wydanie drugie), Wydawnictwa Naukowo-Techniczne,
Warszawa 2001.
8. M. Jankowski „Elementy grafiki komputerowej”, Wydawnictwo Naukowo –
Techniczne 1999.
TECHNIKI POZYSKIWANIA DANYCH (0/15)
ZAGADNIENIA:
Sposoby przechowywania danych: pamięć operacyjna i masowa. Charakterystyka błędów
pomiarowych. Typy plików, szybkość i łatwość dostępu do danych. Systemy baz danych –
mechanizmy dostępu do różnych implementacji systemów zarządzania relacyjnymi bazami
danych. Proces ETL – problemy z pozyskaniem, ujednoliceniem, oczyszczeniem i
ujednoliceniem danych. Implementacja różnych metod dostępu do danych w różnych
językach programowania – praktyczna realizacja programu umożliwiającego pozyskanie
danych z różnych repozytoriów danych (z uwzględnieniem dostępu lokalnego i sieciowego)
LITERATURA:
1. Dobosz M.: Wspomagana komputerowo statystyczna analiza wyników badań. Akademicka
Oficyna Wydawnicza EXIT, Warszawa 2001.
2. Walesiak M.: Metody klasyfikacji wielowymiarowej. Przegląd. Prace Naukowe Akademii
Ekonomicznej we Wrocławiu nr 686, Wrocław 1994.
3. Wydawnictwo AE Wrocław: Klasyfikacja i analiza danych – teoria i zastosowania,
Taksonomia, zeszyty 1-9
4. Koronacki J., Ćwik J.: Statystyczne systemy uczące się, WNT, 2005
JĘZYKI SKRYPTOWE (15/15)
ZAGADNIENIA:
Specyfika języków skryptowych – interpretowanych. Podstawy języka PERL, Python, R., TCL.
Podstawowe konstrukcje programistyczne – realizacja w poszczególnych językach
skryptowych. Możliwości tworzenia GUI dla skryptów. Biblioteki. Możliwość łączenia
rozwiązań pisanych w różnych językach.
LITERATURA:
6
1. Brian d foy, Tom Phoenix, Randal L. Schwartz, Perl. Wprowadzenie. Wydanie IV,
Helion 2006
2. Steve Oualline, Perl. Skrypty (Wicked Cool Perl Scripts), Hhelion, 2007
3. Marian Mysior , IRONPYTHON STUDIO W PRAKTYCE, PWN, 2009
4. PRACA ZBIOROWA, Pyton od podstaw, Helion, 2007
5. Lutz Mark, Ascher Dawid, PYTHON. WPROWADZENIE, Helion, 2007
APLIKACJE INTERNETOWE (15/15)
ZAGADNIENIA:
Środowisko Visual Studio i .NET Framework. Projektowanie formularzy internetowych.
Obsługa błędów, walidacja danych. Współpraca aplikacji internetowej z bazą danych.
Grafika w serwisach internetowych. Ajaksyfikacja aplikacji. Projektowanie zorientowane na
usługi. Przegląd innych technologii (Java Web start, Django, PHP, skrypty CGI)
LITERATURA:
1. Dokumentacja MSDN, kursy ITA w ramach It Academy Microsoft,
2. J. Matulewski, S. OrłowskiTechnologie ASP.NET i ADO.NET w Visual Web Developer.
Helion 2007
3. O. Al ZabirASP.NET 3.5. Tworzenie portali internetowych w nurcie Web 2.0. Helion,
2008
4. Christopher Wells, Ajax. Bezpieczne aplikacje internetowe, Tytuł oryginału: Securing
Ajax Applications: Ensuring the Safety of the Dynamic Web, Tłumaczenie: Piotr Rajca,
Helion, 2008
ANALIZA I INTERPRETACJA DANYCH PRZYRODNICZYCH (10/15)
ZAGADNIENIA:
Problem różnorodności danych przyrodniczych. Problem ujednolicania i przekodowywania
danych. Przykładowe analizy danych. Znaczenie zrozumienia danych, procesu i „otoczenia”
eksperymentu w przeprowadzeniu analizy danych interpretacji wyników. Częste błędy – na
co zwracać uwagę, jak sobie z nimi radzić i sposoby na ich uniknięcie. Interpretacja danych
po zmianie sposobu reprezentacji i/lub redukcji wymiarów. Rola czytelności
przedstawianych wyników w akceptacji rezultatów przeprowadzanej analizy.
LITERATURA:
1. T. Morzy, Odkrywanie asocjacji: Algorytmy i struktury danych, OWN, 2004
2. Dobosz M.: Wspomagana komputerowo statystyczna analiza wyników badań.
Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT, Warszawa 2001.
3. Dąbkowski J.: O problemie redukcji wymiarów (dla "niestatystyków"). Polskie
Towarzystwo Inżynierii Rolniczej, Kraków, 2000.
7
4. Walesiak M.: Metody klasyfikacji wielowymiarowej. Przegląd. Prace Naukowe
Akademii Ekonomicznej we Wrocławiu nr 686, Wrocław 1994.
5. Hand David, Mannila Heikki, Smyth Padhraic, Eksploracja danych, WNT, Warszawa
2005
6. Daniel T. Larose, Odkrywanie wiedzy z danych, Wyd. Nauk. PWN, Warszawa 2006
ODKRYWANIE WIEDZY Z DANYCH I RAPORTOWANIE (15/20)
ZAGADNIENIA:
Rola i cel odkrywania wiedzy z danych w analizie danych przyrodniczych. Eksploracja danych
jako etap procesu odkrywania wiedzy z danych. Charakterystyka zadań eksploracji danych i
ich typowe zastosowania. Eksploracyjna analiza danych. Problem niejednoznaczności,
niejednorodności oraz braków w danych. Dyskretyzacja i uciąglenie danych. Pre- i
postprocessing danych. Problem wielowymiarowości – metody redukcji wymiarów w
przestrzeni cech.
Techniki prezentacji danych. Wybór odpowiednich typów reprezentacji graficznej wyników.
Wskazówki dotyczące opisów wykresów, konstruowania raportów.
LITERATURA:
1. Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han, M. Kamber, Morgan Kaufman, 2000
2. Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques with Java
Implementations, I. H. Witten, E. Frank, Morgan Kaufman, 2000
3. Pricinciples of Data Mining, J. Hand, H. Mannila, P. Smyth, MIT Press, 2001
4. Systemy uczące się, P. Cichosz, WNT, 2000
5. Odkrywanie asocjacji: Algorytmy i struktury danych, T. Morzy, OWN, 2004
6. Hand David, Mannila Heikki, Smyth Padhraic, Eksploracja danych, WNT, Warszawa
2005
7. Daniel T. Larose, Odkrywanie wiedzy z danych, Wyd. Nauk. PWN, Warszawa 2006
8. Koronacki J., Ćwik J.: Statystyczne systemy uczące się, WNT, 2005
PRAWNE ASPEKTY PRZETWARZANIA DANYCH (15/0)
Prawo: podmiotowe, przedmiotowe. Normy. System prawny: prawo publiczne, prywatne,
materialne, formalne. Źródła prawa: Akty normatywne: ustawy i akty wykonawcze, umowy,
zarządzenia. Prawo zwyczajowe. Wykładnie prawne. Kodeksy i sprawy przez nie regulowane.
Akty prawne chroniące programy komputerowe. Prawo autorskie, ogólne zasady ochrony
utworów, uprawnienia majątkowe, uprawnienia osobiste. Zakres dozwolonego użytku dzieł.
Umowy. Umowy licencyjne, rodzaje licencji-odpowiedzialność za brak licencji. Przeniesienie
praw. Specyficzne przepisy prawne w różnych krajach (patenty,
zabezpieczenia/bezpieczeństwo). Zagadnienia prawne: "reverse engineering", dekompilacja,
rozkodowywanie. Ustawa - prawo bankowe, ochrona systemów teletechnicznych.
Odpowiedzialność za oferowane oprogramowanie. Audyt systemów informatycznych - rola
i znaczenie.
8
Ochrona danych. Akty prawne związane z ochroną danych. Klasyfikacja danych ze względu
na stosowany zakres ochrony. Procedury postępowania z informacjami chronionymi.
Informacje chronione. Ochrona danych osobowych. Tajemnica lekarska – zagadnienia
związane z dostępem do dokumentacji medycznych.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Brzeziński T., Etyka lekarska, PZWL, 2002 [wybrane rozdziały].
Przewodnik po etyce, pod. red. P. Singera, Książka i Wiedza, Warszawa 1998
Prawne aspekty społeczeństwa informacyjnego: http://www.vagla.pl/
Denning Elizabeth R.: Wojna informacyjna i bezpieczeństwo informacji, Warszawa:
Wydawnictwa Naukowo-Techniczne 2002.
Doroziński D.: Hakerzy. Technoanarchiści cyberprzestrzeni, Gliwice: Wydawnictwo
Helion, 2001.
Giusnel J.: Wojny w cyberprzestrzeni. Wyd. A Oziębło, 1998
Ben Smith and Brian Komar with the Microsoft Security Team: Microsoft Windows
Security Resource Kit. Wydanie II, MsPress 2005
Toxen B.: Bezpieczeństwo w Linuksie. Podręcznik administratora. Helion 2004
9