Podręcznik użytkownika

Podrecznik
użytkownika niedoidy
,
Wersja 0.1
Spis treści
1 Wstep
,
1.1 Możliwości . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Drobny druk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1
1
1
2 Instalacja programu
2.1 Wymagane zależności . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Kompilacja i instalacja . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3
3
3
3 Uruchamianie niedoidy
3.1 Interfejs linii poleceń . . . . . .
3.2 Plik konfiguracyjny . . . . . . .
3.2.1 Ustawienia konfiguracji
3.3 Format danych wejściowych . .
3.3.1 Komentarze . . . . . . .
3.3.2 Definicje parametrów .
3.4 Parametry . . . . . . . . . . . .
3.5 Przyklady . . . . . . . . . . . .
5
5
5
6
6
6
6
8
8
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A Licencja
13
B Licencja HDF5
15
C Licencja Boost
17
i
ii
SPIS TREŚCI
Spis tablic
3.1
3.2
3.3
Parametry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Parametry SCF. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Jednostki. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
iii
9
9
10
iv
SPIS TABLIC
Spis rysunków
v
vi
SPIS RYSUNKÓW
Spis przykladów
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
Komentarz . . . . . . . .
Parametry proste . . . . .
Parametr zlożony . . . . .
Parametry typu listowego
Czasteczka
wody . . . . .
,
Czasteczka
amoniaku . . .
,
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
vii
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
6
7
7
8
11
11
viii
SPIS PRZYKLADÓW
Rozdzial 1
Wstep
,
Niedoida[1] jest ogólnego przeznaczenia pakietem kwantowochemicznym, obecnie jeszcze w stadium zarodkowym. Aktualne informacje dostepne
sa, na stronie
,
http://www.chemia.uj.edu.pl/~niedoida/.
1.1
Możliwości
Obecna wersja programu umożliwia przeprowadzenie obliczeń SCF w ramach
teorii Hartree-Focka. Dostepne
sa, metody
,
• RHF,
• UFH,
• ROHF (przybliżenie Longuet-Higginsa-Pople’a[2, 3]).
W ramach tych metod możliwe jest obliczanie
• energii,
• orbitali molekularnych,
• analiz populacyjnych Mullikena[4, 5, 6, 7] i Löwdina,
• rzedów
wiazań
Mayera[8, 9], Gopinathana-Juga oraz Nalewajskiego,
,
Mrozka[10, 11, 12] .
1.2
Drobny druk
Program niedoida i towarzyszaca
mu dokumentacja jest rozprowadzana na pod,
stawie licencji pozwalajacej
na
wykorzystanie
ich jedynie do prowadzenia badań
,
naukowych, i bez żadnej gwarancji. Dokladny tekst licencji zamieszczony jest
w Dodatku A.
W publikacjach zawierajacych
wyniki uzyskane przy pomocy niedoidy, pro,
simy o umieszczenie odnośnika literaturowego zawierajacego
nazwe, programu,
,
wersje, i wszystkich autorów. Dla bieżacej
wersji
wymagany
odnośnik
brzmi:
,
1
2
ROZDZIAL 1. WSTEP
,
Niedoida 0.1, Grzegorz Mazur, Marcin Makowski, Witold Piskorz,
Lukasz Cwiklik, Mariusz Sterzel, Mariusz Radon, 2004
Ponadto, binarna dystrybucja niedoidy używa, miedzy
innymi, bibliotek
,
HDF5 i Boost. Ich licencje zamieszczone sa, odpowiednio w Dodatkach B i C.
Rozdzial 2
Instalacja programu
W tym rozdziale zawarte sa, informacje niezbedne
do skompilowania i zainsta,
lowania niedoidy.
2.1
Wymagane zależności
Przed rozpoczeciem
instalacji niedoidy, konieczna jest instalacja kilku dodat,
kowych pakietów oprogramowania niezbednych
do kompilacji niedoidy. Pelna
,
lista zależności jest nastepuj
aca:
,
,
• Narzedzia
,
– gcc wersja 3.4.2 (http://gcc.gnu.org/)
– python wersja 2.4 (http://www.python.org/)
– scons wersja 0.96 (http://www.scons.org/)
– system TEX, np. teTeX (http://www.tug.org/teTeX/)
– rubber wersja 0.99.8 (http://rubber.sourceforge.net/)
• Biblioteki
– boost wersja 1.32.0 (http://www.boost.org/)
– HDF5 wersja 1.6.3.patch (http://hdf.ncsa.uiuc.edu/HDF5/)
• Opcjonalne biblioteki
– LAM/MPI wersja 7.1.1 (http://www.lam-mpi.org/) lub MPICH2
wersja 1.0 (http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich2/)
2.2
Kompilacja i instalacja
Żeby skompilować niedoide, należy w glównym katalogu programu wydać polecenie scons, ewentualnie uzupelnione o ustawienia opcji kompilacji.
Możliwe jest ustawienie szeregu opcji, wplywajacych
na tryb kompilacji oraz
,
na liste, katalogów przeszukiwanych przez kompilator w celu spelnienia zewnetrz,
nych zależności. Pelna, liste, opcji, oraz ich wartości domyślne można uzyskać
wykonujac
, polecenie scons -h w glównym katalogu programu.
3
4
ROZDZIAL 2. INSTALACJA PROGRAMU
Wydanie polecenia scons powoduje wygenerowanie wszystkich bibliotek
oraz programów skladajacych
sie, na niedoide,
,
, oraz pelnej dokumentacji w formacie PDF. Ponadto, w trakcie kompilacji przeprowadzane sa, podstawowe testy
poprawności wiekszości
komponentów.
,
Wydanie polecenia scons install powoduje zainstalowanie programu, blibliotek, plików naglówkowych, plików z opisem baz atomowych, i pliku konfiguracyjnego.
Wiecej
informacji o pakiecie scons można znaleźć na stronie http://www.
,
scons.org/.
Rozdzial 3
Uruchamianie niedoidy
W rozdziale tym zawarte sa, informacje niezbedne
do przygotowania danych
,
wejściowych i uruchomienia niedoidy, przy zalożeniu że program jest już zainstalowany i skonfigurowany.
3.1
Interfejs linii poleceń
Niedoida ma typowy interfejs linii poleceń. Pozwala on na uruchomienie programu zarówno w ten sposób że dane wejściowe wczytywane sa, z pliku, jak też
umożliwia wczytywanie ze standardowego wejścia.
Uruchomienie niedoidy bez żadnych argumentów powoduje wczytanie danych wejściowych ze standardowego wejścia; wyniki zapisywane sa, wtedy na
standardowe wyjście. Jeżeli argument jest podany, jest on traktowany jako nazwa pliku z danymi wejściowymi. W tym przypadku wyniki zapisywane sa, do
pliku. Plik wynikowy jest tworzony w tym samym katalogu i ma taka, sama,
nazwe, jak plik z danymi wejściowymi, ale rozszerzenie jest zmienione na .log.
3.2
Plik konfiguracyjny
Domyślna konfiguracja niedoidy zapisywana jest w programie na etapie jego
kompilacji. Po uruchomieniu niedoidy wczytywany jest globalny plik konfiguracyjny (o ile istnieje), a nastepnie
lokalny plik konfiguracyjny (o ile istnieje).
,
Ustawienie parametru w którymkolwiek z nich nadpisuje jego poprzednia, wartość.
Pliki konfiguracyjne maja, format swobodny. Spacje, znaki tabulacji i końca
linii traktowane sa, jednolicie jako odstepy,
za wyjatkiem
napisów i komentarzy.
,
,
Plik konfiguracyjny może zawierać definicje parametrów i komentarze.
Globalny plik konfiguracyjny ma nazwe, niedoida.cfg, i zapisywany
jest w katalogu <prefix>/share/niedoida.
Domyślnie jest to katalog
/usr/local/share/niedoida.
Lokalny plik konfiguracyjny to plik o nazwie niedoida.cfg umiejscowiony
w tym samym katalogu w którym znajduje sie, plik z danymi wejściomymi. Jeżeli
dane wejściowe przekazywane sa, ze standardowego wejścia, lokalny plik konfiguracyjny jest szukany w bieżacym
katalogu roboczym.
,
5
6
ROZDZIAL 3. URUCHAMIANIE NIEDOIDY
3.2.1
Ustawienia konfiguracji
basis set Zestaw parametrów określajacych
gdzie i jakim formacie przechowy,
wane sa, pliki z opisami baz atomowych. Każdy wpis ma postać
"<nazwa_bazy>" "format" "ściezka"
a caly zestaw
basis_set = {
<wpis_1>,
<wpis_2>,
...
<wpis_n>
};
scratch dir Parametr określajacy
w którym katalogu tworzone sa, pliki tym,
czasowe. Domyślnie jest to katalog /tmp.
3.3
Format danych wejściowych
Dane wejściowe opisywane sa, w formacie swobodnym. Spacje, znaki tabulacji
i końca linii traktowane sa, jednolicie jako odstepy,
za wyjatkiem
napisów i ko,
,
mentarzy. Dane wejściowe moga, zawierać definicje parametrów i komentarze.
3.3.1
Komentarze
Komentarze moga, wystepować
w dowolnym miejscu danych wejściowych. Ko,
mentarz zaczyna sie, od sekwencji znaków /*, i kończy sekwencja, */. Przyklad
komentarza przedstawiony jest w przykladzie 3.1.
Komentarze w żaden sposób nie wplywaja, na przebieg obliczeń, i moga, być
używane do zapisu dowolnych informacji w plikach z danymi wejściowymi.
/* bez komentarza */
Przyklad 3.1: Komentarz
3.3.2
Definicje parametrów
Parametry kontroluja, obliczenia przeprowadzane przez niedoide.
, Ustawiajac
, je,
decydujesz co i jaki sposób jest obliczone po uruchomieniu programu.
Parametry moga, być proste, zlożone, badź
typu listowego. Wszystkie defi,
nicje parametrów maja, postać
<nazwa_parametru>=<wartość>;
3.3. FORMAT DANYCH WEJŚCIOWYCH
7
Kolejność parametrów nie ma znaczenia.1
Parametry proste
Wartościami parametrów prostych moga, być liczby calkowite, liczby rzeczywiste,
identyfikatory i napisy. Przyklady sa, przedstawione w przykladzie 3.2.
/* napis */
title = "an example job";
/* identyfikator */
run_type = single_point;
/* liczba ca lkowita */
charge = -1;
/* liczba rzeczywista */
energy_threshold = 1e-6;
Przyklad 3.2: Parametry proste
Parametry zlożone
Parametry zlożone sa, kolekcjami innych parametrów. Ich definicje maja, postać
<nazwa_parametru_z lozonego> = {
<nazwa_parametru_1> = <wartość>;
<nazwa_parametru_2> = <wartość>;
/* ... */
<nazwa_parametru_n> = <wartość>;
};
gdzie zagnieżdżone parametry moga, być dowolnego typu.
Przyklad parametru zlożonego przedstawiony jest w przykladzie 3.3.
scf = {
method = rhf;
energy_threshold = 1e-6;
density_threshold = 1e-6;
convergence_accelerator = diis;
};
Przyklad 3.3: Parametr zlożony
1 Z wyjatkiem danych wejściowych w których ten sam parametr jest zdefiniowany wiecej niż
,
,
raz. W takim przypadku tylko ostatnia definicja jest brana pod uwage.
, Nie należy polegać na
takim zachowaniu, gdyż latwo prowadzi ono do pomylek, i w przyszlych wersjach programu
planowane jest zglaszanie bledu
po napotkaniu wielokrotnej definicji.
,
8
ROZDZIAL 3. URUCHAMIANIE NIEDOIDY
Parametry typu listowego
Parametry typu listowego sa, kolekcjami wartości. Ich definicje maja, postać
<nazwa_parametru_listowego> = {
<wartość_1>,
<wartość_2>,
# ...
<wartość_n>
};
Przyklad parametru listowego przedstawiony jest w przykladzie 3.4.
atoms = {
o 0.0000000
h 1.4326629
h -1.4326629
};
0.24618131
-0.95521837
-0.95521837
0.00000000,
0.00000000,
0.00000000
Przyklad 3.4: Parametry typu listowego
3.4
Parametry
Kompletna lista parametrów przedstawiona jest w tablicy 3.1. Wszystkie z nich,
poza parametrami basis_set i atoms, sa, opcjonalne.
Brak specyfikacji parametru opcjonalnego w danych wejściowych powoduje,
że nadawana jest mu wartość domyślna. Uwaga: wartości domyślne sa, stale,
i nie zależa, od wartości innych parametrów. Nie sa, podejmowane żadne próby
dopasowania wartości niewyspecyfikowanych parametrów do parametrów podanych w danych wejsciowych. Powoduje to na przyklad, że wyspecyfikowanie
multipletowości różnej od 1, i nieustawienie (jawnie) trybu obliczeń innego niż
domyślny (RHF) jest sygnalizowane jako blad
, danych wejściowych.
3.5
Przyklady
Przyklad 3.5 pokazuje plik wejściowy dla obliczeń energii czasteczki
wody. Prze,
analizujmy go dokladniej.
title = "water molecule";
Ustawia tytul zadania. Nie ma on żadnego wplywu na przebieg obliczeń, natomiast jest reprodukowany w pliku wynikowym, może wiec
, zawierać informacje,
ulatwiajac
a
potem
identyfikacj
e
i
interpretacj
e
obliczeń.
, ,
,
,
run_type = single_point;
3.5. PRZYKLADY
9
Parametr
Typ
Wartość domyślna
title
run type
napis
identyfikator
single_point
basis set
atoms
identyfikator
lista
scf
zlożony
units
zlożony
Opis
Nazwa zadania
Typ zadania.
Dopuszczalne
wartości to: single_point.
Baza.
Lista atomów i ich wspólrzed,
nych.
Zestaw parametrów kontrolujacych
przebieg procesu SCF.
,
Patrz tablica. 3.2
Determinuje system jednostek
używany przy czytaniu danych
wejściowych i wyświetlaniu wyników. Patrz tablica 3.3.
Tablica 3.1: Parametry
Nazwa
Typ
method
identyfikator rhf
max no iterations
liczba calkowita
dodatnia
liczba rzeczywista
dodatnia
30
density threshold
liczba rzeczywista
dodatnia
10−5
convergence accelerator
identyfikator diis
initial guess
napis
energy threshold
Wartość
domyślna
10−5
Opis
Wyznacza typ SCF. Dozwolone
wartości to: rhf, rohf i uhf
Maksymalna liczba iteracji.
SCF uważa sie, za uzbieżniony
jeżeli zmiana energii pomiedzy
,
dwoma kolejnymi krokami jest
mniejsza niż wartość progowa.
SCF uważa sie, za uzbieżniony
jeżeli zmiana gestości
pomiedzy
,
,
dwoma kolejnymi krokami jest
mniejsza niż wartość progowa.
Algorytm przyspieszania zbieżności SCF. Dopuszczalne wartości to none i diis.
Dozwolone
wartości
to:
core_hamiltonian,
fragments lub ??
Tablica 3.2: Parametry SCF.
10
ROZDZIAL 3. URUCHAMIANIE NIEDOIDY
Nazwa
Typ
Wartość domyślna
Opis
energy
identyfikator
ev
length
identyfikator
bohr
Jednostka energii.
Dopuszczalne wartości to hartree i ev.
Jednostka dlugości. Dopuszczalne wartości to bohr i angstrom.
Tablica 3.3: Jednostki.
Powoduje, że obliczenia bed
, a, prowadzone tylko dla podanej geometrii. Jest to
wartość domyślna tego parametru, czyli gdyby nie zostal on podany, obliczenia
bylyby prowadzone dokladnie tak samo.
basis_set = sto-3g;
Wyznacza baze, orbitali atomowych w jakich bed
, a, prowadzone obliczenia.
units = {
length = bohr;
energy = hartree;
};
Ustawia jednostki w jakich podawane sa, dane w pliku wejściowym, jak też jednostki w jakich bed
, a, wyświetlane wyniki. W tym przypadku wszystkie wartości
sa, w jednostkach atomowych.
atoms = {
o 0.0000000
h 1.4326629
h -1.4326629
};
0.24618131
-0.95521837
-0.95521837
0.00000000,
0.00000000,
0.00000000
Determinuje stechiometrie, i geometrie, czasteczki
dla której bed
,
, a, prowadzone
obliczenia. W tym przypadku jest to czasteczka
wody
o
geometrii
bliskiej opty,
malnej.
3.5. PRZYKLADY
11
title = "water molecule";
run_type = single_point;
basis_set = sto-3g;
units = {
length = bohr;
energy = hartree;
};
atoms = {
o 0.0000000
h 1.4326629
h -1.4326629
};
0.24618131
-0.95521837
-0.95521837
0.00000000,
0.00000000,
0.00000000
Przyklad 3.5: Czasteczka
wody
,
title = "ammonia molecule";
run_type = single_point;
basis_set = sto-3g;
units = {
length = angstrom;
energy = hartree;
};
atoms = {
n
0.0000000000
h
-0.4702866428
h
-0.4702866428
h
0.9405732855
};
0.0000000000
0.8145603594
-0.8145603594
0.0000000000
0.5841387237,
0.1580719249,
0.1580719249,
0.1580719249
Przyklad 3.6: Czasteczka
amoniaku
,
12
ROZDZIAL 3. URUCHAMIANIE NIEDOIDY
Dodatek A
Licencja
Copyright (c) 2004, 2005 Grzegorz Mazur, Marcin Makowski, Witold
Piskorz, Lukasz Cwiklik, Mariusz Sterzel, Mariusz Radoń
LICENCJA
Niniejszym zezwala sie,
bez zadnych op lat, kazdej osobie badź
,
,
organizacji otrzymujacej
kopie, niniejszego oprogramowania i
,
towarzyszacej
mu dokumentacji (zwanego dalej Programem) na uzywanie go
,
w celu prowadzenia badań naukowych.
A, PROGRAM BEZ JAKIEJKOLWIEK
POSIADACZE PRAW AUTORSKICH UDOSTEPNIAJ
,
GWARANCJI. CA LOŚĆ RYZYKA ZWIAZANEGO
Z
UZYCIEM LUB NIEMOZNOŚCIA, UZYCIA
,
PROGRAMU PROGRAMU PONOSI UZYTKOWNIK.
ZADEN POSIADACZ PRAW AUTORSKICH W ZADNYM WYPADKU NIE JEST
ODPOWIEDZIALNY ZA ZADNE SZKODY WYNIK LE Z UZYCIA BAD
Ź NIEMOZLIWOŚCI
,
UZYCIA PROGRAMU, W TYM, MIEDZY
INNYMI,
ZA
UTRAT
E
DANYCH
LUB POWSTANIE
,
,
DANYCH NIEDOK LADNYCH JAK TEZ ZA STRATY PONIESIONE PRZEZ UZYTKOWNIKA
LUB STRONY TRZECIE.
13
14
DODATEK A. LICENCJA
Dodatek B
Licencja HDF5
Copyright Notice and Statement for NCSA Hierarchical Data Format (HDF)
Software Library and Utilities
NCSA HDF5 (Hierarchical Data Format 5) Software Library and Utilities
Copyright 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004 by the Board of Trustees
of the University of Illinois. All rights reserved.
Contributors: National Center for Supercomputing Applications (NCSA) at the
University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC), Lawrence Livermore
National Laboratory (LLNL), Sandia National Laboratories (SNL), Los Alamos
National Laboratory (LANL), Jean-loup Gailly and Mark Adler (gzip library).
Redistribution and use in source and binary forms, with or without
modification, are permitted for any purpose (including commercial purposes)
provided that the following conditions are met:
1.
Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
this list of conditions, and the following disclaimer.
2.
Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
this list of conditions, and the following disclaimer in the documentation
and/or materials provided with the distribution.
3.
In addition, redistributions of modified forms of the source or binary
code must carry prominent notices stating that the original code was
changed and the date of the change.
4.
All publications or advertising materials mentioning features or use of
this software are asked, but not required, to acknowledge that it was
developed by the National Center for Supercomputing Applications at the
University of Illinois at Urbana-Champaign and to credit the contributors.
5.
Neither the name of the University nor the names of the Contributors may
be used to endorse or promote products derived from this software without
specific prior written permission from the University or the Contributors,
15
16
DODATEK B. LICENCJA HDF5
as appropriate for the name(s) to be used.
6.
THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE UNIVERSITY AND THE CONTRIBUTORS "AS IS"
WITH NO WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED. In no event
shall the University or the Contributors be liable for any damages
suffered by the users arising out of the use of this software, even if
advised of the possibility of such damage.
-------------------------------------------------------------------------Portions of HDF5 were developed with support from the University of
California, Lawrence Livermore National Laboratory (UC LLNL).
The following statement applies to those portions of the product
and must be retained in any redistribution of source code, binaries,
documentation, and/or accompanying materials:
This work was partially produced at the University of California,
Lawrence Livermore National Laboratory (UC LLNL) under contract no.
W-7405-ENG-48 (Contract 48) between the U.S. Department of Energy
(DOE) and The Regents of the University of California (University)
for the operation of UC LLNL.
DISCLAIMER:
This work was prepared as an account of work sponsored by an agency
of the United States Government. Neither the United States
Government nor the University of California nor any of their
employees, makes any warranty, express or implied, or assumes any
liability or responsibility for the accuracy, completeness, or
usefulness of any information, apparatus, product, or process
disclosed, or represents that its use would not infringe privatelyowned rights. Reference herein to any specific commercial products,
process, or service by trade name, trademark, manufacturer, or
otherwise, does not necessarily constitute or imply its endorsement,
recommendation, or favoring by the United States Government or the
University of California. The views and opinions of authors
expressed herein do not necessarily state or reflect those of the
United States Government or the University of California, and shall
not be used for advertising or product endorsement purposes.
--------------------------------------------------------------------------
Dodatek C
Licencja Boost
Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
do so, all subject to the following:
The copyright notices in the Software and this entire statement, including
the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
works are solely in the form of machine-executable object code generated by
a source language processor.
THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
DEALINGS IN THE SOFTWARE.
17
18
DODATEK C. LICENCJA BOOST
Bibliografia
[1] Grzegorz Mazur, Marcin Makowski, Witold Piskorz, Lukasz Ćwiklik, Mariusz Sterzel, and Mariusz Radoń. Niedoida 0.1. 1
[2] H. C. Longuet-Higgins and J. A. Pople. ? Proceedings of Physical Society,
A68:591, 1955. 1
[3] Alojzy Golebiewski.
Chemia Kwantowa Zwiazków
Organicznych. PWN,
,
,
1973. 1
[4] R.S. Mulliken. Electronic population analysis on LCAO-MO molecular
wave functions. i. Journal of Chemical Physics, 23:1833–1840, 1955. 1
[5] R.S. Mulliken. Electronic population analysis on LCAO-MO molecular
wave functions. ii. overlap populations, bond orders, and covalent bond
energies. Journal of Chemical Physics, 23:1841–1846, 1955. 1
[6] R.S. Mulliken. Electronic population analysis on LCAO-MO molecular
wave functions. iii. effects of hybridization on overlap and gross ao populations. Journal of Chemical Physics, 23:2338–2342, 1955. 1
[7] R.S. Mulliken. Electronic population analysis on LCAO-MO molecular
wave functions. iv. bonding and antibonding in lcao and valence-bond theories. Journal of Chemical Physics, 23:2343–2346, 1955. 1
[8] I. Mayer. On bond orders and valences in the ab initio quantum chemical
theory. International Journal of Quantum Chemistry, 29:73–84, 1986. 1
[9] I. Mayer. Charge, bond order and valence in the ab initio scf theory. Chemical Physics Letters, 97:270–274, 1983. 1
[10] Roman F. Nalewajski and Janusz Mrozek. Modified valence indices from the
two-particle density matrix. International Journal of Quantum Chemistry,
51:187–200, 1994. 1
[11] R. F. Nalewajski, J. Mrozek, and G. Mazur. Quantum chemical valence
indices from the one-determinantal difference approach. Canadian Journal
of Chemistry, 74(6):1121–1130, 1996. 1
[12] Janusz Mrozek, Roman F. Nalewajski, and Artur Michalak. Exploring
bonding patterns of molecular systems using quantum mechanical bond
multiplicities. Polish Journal of Chemistry, 72:1779–1791, 1998. 1
19
Indeks
analiza populacyjna, 1
Löwdina, 1
Mullikena, 1
analiza walencyjna, 1
Gopinathana-Juga, 1
Mayera, 1
Nalewajskiego-Mrozka, 1
boost, 3
gcc, 3
HDF5, 3
MPI
LAM/MPI, 3
MPICH2, 3
python, 3
RHF, 1
ROHF, 1
rubber, 3
scons, 3
TeX, 3
UHF, 1
20