Rozdzia³ bia³ek metod¹ PAGE _zymogram peroksydaz
Transkrypt
Rozdzia³ bia³ek metod¹ PAGE _zymogram peroksydaz
ANALIZA PORÓWNAWCZA IZOFORM PEROKSYDAZY W KOLEOPTYLACH OWSA METODĄ ELEKTROFOREZY W śELU POLIAKRYLOAMIDOWYM. WYBARWIANIE ROZDZIELONYCH BIAŁEK COOMASSIE BRILLANT BLUE-G250 WSTĘP Powstawanie nadtlenku wodoru i aktywnych form tlenu w tkankach roślinnych Głównym źródłem H2O2 w roślinach jest fotooddychanie, reakcja Mehlera i indukowana przez protony dekompozycja anionów nadtlenkowych O2*- , β-utlenianie kwasów tłuszczowych w peroksysomach oraz reakcje związane z obroną przed patogenami. W fotooddychaniu do rybulozo-1,5-bisfosforanu zostaje przyłączony tlen w wyniku czego powstaje fosfoglikolan i 3-fosfoglicerynian. Specyficzna fosfataza odszczepia resztę fosforanową od fosfoglikolanu, a powstający glikolan po przedostaniu się do peroksysomów zostaje utleniony do glioksalanu przez oksydazę glikolanową zgodnie z równaniem: glikolan + O2 → glioksalan + H2O2 W mitochondriach lub chloroplastach tylko jeden elektron redukuje O2 – powstaje anion nadtlenkowy O2*-. W chloroplastach anion nadtlenkowy powstaje głównie w tzw. reakcji Mehlera, która polega na redukcji O2 przez centrum Ŝelazowo-siarkowe Fx fotosystemu I. W wyniku uprotonowania anionu nadtlenkowego tworzy się rodnik wodoronadtlenkowy HO2*, który działa destrukcyjnie na lipidy, kwasy nukleinowe i białka. Dwa rodniki wodoronadtlenkowe mogą reagować ze sobą, w wyniku czego powstaje H2O2: HO2* + HO2* → H2O2 + O2 Anion nadtlenkowy moŜe być usuwany takŜe przez dysmutazę nadtlenkową, enzym, który katalizuje przekształcenie dwóch anionów nadtlenkowych w H2O2 i O2: O2*- + O2*- + 2H+ → H2O2 + O2 W peroksysomach, w przeciwieństwie do mitochondriów, reakcja β-utleniania długołańcuchowych kwasów tłuszczowych zachodzi z udziałem oksydazy Acylo-CoA zgodnie z równaniem: C16 Acylo-CoA + O2 → trans-∆2 enolo-CoA + H2O2 Na ryc. 1 pokazano przybliŜone ilości H2O2 produkowane w chloroplastach, mitochondriach i peroksysomach w warunkach dobrego nasłonecznienia i optymalnej temperatury. 1 Ryc. 1. Produkcja nadtlenku wodoru w komórce roślinnej (wg Foyer CH, Noctor G Physiologia Plantarum 2003; 119: 355-364). RóŜne formy aktywnego tlenu, ale zwłaszcza anion nadtlenkowy O2*- i H2O2, są potrzebne do lignifikacji, a ponadto funkcjonują one jako cząsteczki sygnałowe w reakcjach obronnych przeciw patogenom. Jednak większość nadtlenku wodoru i innych form aktywnego tlenu musi zostać usunięta enzymatycznie i nieenzymatycznie (antyoksydanty). W enzymatycznym usuwaniu H2O2 uczestniczy katalaza, która rozkłada nadtlenek wodoru zgodnie z równaniem reakcji: 2H2O2 → 2H2O + O2 Katalaza jest zlokalizowana w cytoplazmie, peroksysomach i glioksysomach. Peroksydaza usuwa nadtlenek wodoru w reakcji utleniania substratów: RH2 + H2O2 → R + 2H2O WaŜny układ usuwający H2O2 tworzą enzymy związane z metabolizmem kwasu askorbinowego i glutationu, a zwłaszcza para enzymów: peroksydaza askorbinianowa/reduktaza dehydroaskorbinianowa. Utleniona przez peroksydazę forma kwasu askorbinowego jest redukowana w reakcji, w której dawcą wodorów jest zredukowany glutation (Ryc. 2). Peroksydaza askorbinianowa (APX) jest zlokalizowana w cytoplazmie, w błonach i stromie plastydów, reduktaza dehydroaskorbinianowa (DHAR) występuje w cytoplazmie i stromie plastydów, a reduktaza glutationowa (GR) w cytoplazmie, mitochondriach i w stromie plastydów. 2 Ryc. 2. Antyoksydacyjny system ochrony, poszczególne enzymy i antyoksydanty nieenzymatyczne (Buchanan, Gruissem, Jones, Plant Biochemistry). Elektroforeza Ŝelowa Elektroforeza jest techniką rozdziału białek opartą na zróŜnicowaniu ich ruchliwości w polu elektrycznym. Cząsteczki białek migrują w polu elektrycznym z szybkością zaleŜną od ich wypadkowego ładunku i masy cząsteczkowej. Od ładunku wypadkowego zaleŜy teŜ kierunek ruchu. Rozdział elektroforetyczny prowadzi się prawie zawsze na stałym podłoŜu (np. bibuła, folia z octanu celulozy, Ŝel agarozowy lub poliakryloamidowy). Najczęściej jako nośniki uŜywane są Ŝele, poniewaŜ działają one jak sita molekularne, przez co znacznie zwiększają rozdzielczość (ryc. 3). Cząsteczki o małych rozmiarach, w porównaniu z porami Ŝelu, łatwo w nim wędrują, natomiast cząsteczki znacznie większe niŜ pory Ŝelu pozostają prawie nieruchome. Cząsteczki o pośrednich rozmiarach poruszają się w Ŝelu z róŜną prędkością. 3 Ryc. 3. Elektroforeza na Ŝelu poliakryloamidowym. A. Aparat do elektroforezy Ŝelowej. B. Pory Ŝelu poliakryloamidowego działają jak sito i rozdzielają białka w zaleŜności od wielkości ich cząsteczek (J.M. Berg, J.L. Tymoczko, L.Stryer, Biochemia) Najczęściej stosowanym Ŝelem jest Ŝel poliakryloamidowy, który posiada szereg zalet decydujących o jego powszechnym uŜyciu jako nośnika. śel poliakryloamidowy jest chemicznie obojętny, bezbarwny i pozbawiony ładunków elektrostatycznych, odznacza się duŜą wytrzymałością mechaniczną i termiczną oraz jest łatwy i szybki w przygotowaniu. Dodatkowo, dzięki moŜliwości zróŜnicowanego sieciowania, moŜna uzyskać określone rozmiary oczek sita molekularnego (0,6 - 4 nm).Wielkość oczek sieci Ŝelu zaleŜy od proporcji między akryloamidem (H2C=CH– CO–NH2 ) a N,N’-metyleno-bis-akryloamidem H2C=CH–CO–NH–CH2–NH–CO– CH=CH2 (potocznie nazywanym bis-akryloamidem), które są substratami do polimeryzacji. Od ilości bisakryloamidu w mieszaninie zaleŜy liczba wiązań poprzecznych, decydująca o rozmiarach sita molekularnego. Do przeprowadzenia polimeryzacji konieczny jest dodatek nadsiarczanu amonu oraz katalizatora – N,N,N’,N’-czterometyloetyleno-dwuaminy (TEMED). W wyniku katalizowanego przez TEMED rozpadu nadsiarczanu amonu, powstają wolne rodniki tlenowe, pod wpływem których tworzą się rodniki poliakryloamidowe dające polimer. Dla uzyskania optymalnej rozdzielczości stosuje się Ŝel o odpowiedniej wielkości porów, która zaleŜy od stęŜenia procentowego Ŝelu. Elektroforezę w Ŝelu poliakryloamidowym moŜna wykonywać wieloma metodami, spośród których bardzo wygodną jest metoda wg Ogita i Markert [1]. Elektroforezę wykonuje się w układzie dwóch Ŝeli (rozdzielający i zagęszczający) róŜniących się stęŜeniem procentowym i pH. Zostanie ona zastosowana w opisywanym ćwiczeniu do analizy porównawczej izoform peroksydazy z koleoptyli owsa. 4 MATERIAŁY I METODY Sprzęt: Aparat do elektroforezy (wersja mini), płytki szklane o wymiarach10 x 10 cm, zasilacz stabilizowany (do 150 V). Odczynniki: A) Odczynniki do Ŝelu rozdzielającego Roztwór IA (Akrylamid) – rozpuścić 39 g akrylamidu i 1 g bis-akrylamidu w wodzie, dodać 20 ml glicerolu, całość uzupełnić wodą do 100 ml. UWAGA: akrylamid jest neurotoksyną wchłanianą przez skórę, dlatego naleŜy unikać kontaktu z roztworami tego związku i uŜywać rękawiczek lateksowych • • Roztwór IB (0.75 M Tris-HCl) – rozpuścić 9,15 g Trisu w wodzie, dodać 3 ml HCl, całość uzupełnić wodą do 100 ml. • Roztwór IC (0.2 % (w/v) nadsiarczan amonu) – rozpuścić 0,2 g nadsiarczanu amonu w 100 ml wody. • Roztwór ID (0.4 % (v/v) TEMED) – 0,4 ml TEMEDu uzupełnić do 100 ml wodą. B) Odczynniki do Ŝelu zagęszczającego • Roztwór IIA (Akrylamid) – rozpuścić 38 g akrylamidu i 2 g bis-akrylamidu w wodzie, dodać 20 ml glicerolu i uzupełnić wodą do 100 ml. • Roztwór IIB (0.75 M Tris –HCl) – rozpuścić 1,5 g Trisu w wodzie, dodać 1 ml HCl i uzupełnić wodą do 100 ml. • Roztwór IIC (0.4 % (w/v) nadsiarczan amonu) – rozpuścić 0.4 g nadsiarczanu amonu w 100 ml wody. • Roztwór IID (2.0 % (v/v) TEMED) – 2 ml TEMEDu uzupełnić wodą do 100 ml. C) Bufor do elektroforezy (pH 8.3) – rozpuścić 1,5 g Trisu i 7,2 g glicyny w 1 L wody. D) Roztwór do wybarwiania białek – 0,004% błękit brylantowy – rozpuścić 20 mg Coomassie Brillant Blue G-250 w 500 ml 3,5 % kwasu nadchlorowego z 20 % metanolem. E) Roztwór odbarwiający – 10% (v/v) kwas octowy F) Roztwór AEC (3-amino-9-etylokarbazol) do wykrywania aktywności peroksydazy – syntetycznym substratem utlenianym przez peroksydazy w obecności H2O2 moŜe być 3-amino-9etylokarbazol o wzorze: 5 0,1 g AEC rozpuścić w 25 ml dwumetyloformamidu. 3,35 ml roztworu AEC uzupełnić do 50 ml 0.1 M buforem octanowym pH 5,2. Roztwór przesączyć. TuŜ przed reakcją zmieszać 10 ml roztworu AEC i 10 µl 30% nadtlenku wodoru (H2O2). G) Bufor do homogenizacji tkanki – 50 mM bufor fosforanowy pH 7,0 zawierający 5 mM βmerkaptoetanol (17,5 µl/50 ml buforu) WYKONANIE Polimeryzacja Ŝelu A) Przygotowanie płytek do polimeryzacji Ŝelu: płytki odtłuścić, dokładnie wymyć i wysuszyć. ZłoŜyć razem 2 płytki (jedna krótsza), uszczelnić i spiąć ściskaczami do papieru. Ustawić pionowo. Przygotować dwa komplety płytek – jeden do wykrywania aktywności peroksydazy, drugi do wybarwienia białek. B) Polimeryzacja Ŝelu rozdzielającego 8% – w małej zlewce (25–50 ml) naleŜy zmieszać: 2 ml roztworu IA, 2,5 ml roztworu IB, 1,25 ml roztworu IC, 1,25 ml roztworu ID i 3 ml wody. Wszystkie składniki dobrze wymieszać i wlać ostroŜnie między dwie płytki przy pomocy pipety, do wysokości 2,5 – 3 cm od górnej krawędzi krótszej płytki. Na powierzchnię Ŝelu ostroŜnie nawarstwić około 100 µl wody (dostęp tlenu utrudnia polimeryzację) i całość pozostawić do spolimeryzowania (30 – 40 minut). Usunąć wodę znad spolimeryzowanego Ŝelu przy pomocy bibuły, uwaŜając by nie uszkodzić powierzchni Ŝelu. C) Polimeryzacja Ŝelu zagęszczającego 4% − w małej zlewce (25–50 ml) naleŜy zmieszać: 0,5 ml roztworu IIA, 1,25 ml roztworu IIB, 0,625 ml roztworu IIC, 0,625 ml roztworu IID i 2 ml wody. Dokładnie wymieszać składniki i wlać mieszaninę między dwie płytki. OstroŜnie włoŜyć grzebień tak aby nie pozostały pod nim pęcherzyki powietrza, a roztwór wypełnił wycięcia miedzy zębami. Pozostawić Ŝel do polimeryzacji. Próby do elektroforezy A) Homogenizacja tkanki − odwaŜyć po 1 g koleoptyli owsa (etiolowanych oraz naświetlanych), zamrozić w ciekłym azocie i homogenizować w buforze do homogenizacji w stosunku 1:2 (1g tkanki:2 ml buforu). Homogenaty odwirować w mikrowirówce przez 5 min. B) Przygotowanie prób – do oznaczonych probówek Eppendorfa napipetować po 200 µl odpowiedniego supernatantu po wirowaniu, dodać po 25 µl roztworu błękitu bromofenolowego zawierającego glicerol. 6 Elektroforeza A) Umieszczenie płytek z Ŝelem w aparacie do elektroforezy – po spolimeryzowaniu Ŝelu zagęszczającego ostroŜnie wyjąć grzebień uwaŜając aby powstałe studzienki nie uległy uszkodzeniu. Płytki z Ŝelem umocować w aparacie tak aby krótsza płytka była skierowana do wewnątrz aparatu. Oba naczynia elektrodowe wypełnić buforem do elektroforezy. Sprawdzić szczelność aparatu. B) Nanoszenie prób – oznaczone próby nanosić do kolejnych studzienek, podwarstwiąjąc je przy uŜyciu pipety automatycznej z kapilarną końcówką śel do wykrywania aktywności peroksydazy Studzienka 1 – 5 µl supernatantu z koleoptyli etiolowanych Studzienka 2 – 10 µl supernatantu z koleoptyli etiolowanych Studzienka 3 – 5 µl supernatantu z koleoptyli naświetlanych przez dobę Studzienka 4 – 10 µl supernatantu z koleoptyli naświetlanych przez dobę śel do wybarwienia białek Studzienka 1 – 15µl supernatantu z koleoptyli etiolowanych Studzienka 2 – 30 µl supernatantu z koleoptyli etiolowanych Studzienka 3 – 15 µl supernatantu z koleoptyli naświetlanych przez dobę Studzienka 4 – 30 µl supernatantu z koleoptyli naświetlanych przez dobę C) Warunki elektroforezy – po naniesieniu prób podłączyć aparat do elektroforezy do zasilacza, włączyć zasilacz i ustawić takie napięcie aby natęŜenie prądu na jedną płytkę wynosiło około 10 mA. Po wniknięciu prób w Ŝel zwiększyć napięcie utrzymując natęŜenie nie przekraczające 20 mA. Elektroforezę naleŜy zakończyć kiedy błękit bromofenolowy znajdzie się około 0,5 cm od dolnej krawędzi Ŝelu. WYŁĄCZYĆ ZASILACZ. Wybarwianie białek w Ŝelu Płytki delikatnie podwaŜyć łopatką i rozdzielić. śel umieścić w kuwecie z roztworem barwiącym. Po 10 min barwnik zlać do butelki, nadmiar z Ŝelu wypłukać wodą, a następnie zalać 10% kwasem octowym w celu odbarwienia tła. Zmienić kilka razy roztwór odbarwiający, na koniec przepłukać wodą. Lokalizowanie izoform peroksydazy w Ŝelu Drugi Ŝel umieścić w kuwecie i zalać 50 ml roztworu AEC z nadtlenkiem wodoru. Obserwować pojawianie się prąŜków zredukowanego substratu. W odpowiednim czasie przerwać reakcję zlewając roztwór AEC i przemywając Ŝel wodą destylowaną. 7 OPRACOWANIE WYNIKÓW Porównać liczbę i intensywność prąŜków odpowiadających izoformom peroksydazy w ekstrakcie z koleoptyli etiolowanych i poddanych naświetleniu (analiza zymogramu). Podobnie zanalizować Ŝel barwiony na białka (proteinogram). Literatura [1] Ogita ZI, Markert CL (1979) A miniaturized system for electrophoresis on polyacrylamide gels. Analytical Biochemistry 99: 233-241. 8