Metody obliczeniowe Struktura RNA Walidacja oraz poprawa
Transkrypt
Metody obliczeniowe Struktura RNA Walidacja oraz poprawa
Metody obliczeniowe Struktura RNA Walidacja oraz poprawa Marcin Zięba i Mateusz Zając Plan prezentacji ● ● ● ● ● ● Wstęp Generalne kryteria walidacji Kryteria dotyczące konformacji RNA Interpretacja wyników po walidacji Korygowanie błędów Co nowego? Wstęp Przedstawione zestaną narzędzia i techniki służące w osiąganiu większej dokładności przy budowaniu struktór trójwymiarowych. Generalne kryteria walidacji ● ● ● Walidacja danych Dopasowanie modelu do danych Walidacja modelu Walidacja danych ● ● ● ● ● ● Leży w gestii ekspertów i eksperymentatorów. Najważniejsza jest rozdzielczość im większa tym lepsza Gdy > 1,5 angstrema to nazywana jest rozdzielczością atomową Gdy 2,5-3,0 angstrema ślad łańcucha niemal zawsze jest prawidłowy mimo napotkania grup atomowych ulokowanych w złym miejscu lub orientacji Powyżej 3 angstremów dane nie są już wiarygodne. Efektywna rozdzielczość jest lepsza od nominalnej gdy jest dużo symetrii niekrystaliczncznych i jest gorsza od nominalnej gdy jeśli dane nie są kompletne w przynajmniej 85%-90% lub gdy badany kryształ jest zbliźniaczony Dopasowanie modelu do danych ● Oceniane jest jak dobrze ujęto w modelu wspórzędne atomowe w odniesieniu do zaobserwowanych danych dyfrakcyjnych. Walidacja modelu ❖ ❖ Geometria kowalencyjna ➢ długość kątów i wiązań kowalencyjnych ➢ chiralnośc Przestrzenne oddziaływania ➢ wiązania wodorowe ➢ siły van der Waals’a Kryteria dotyczące konformacji RNA Zasady RNA Korygowanie błędów ● ● ● ● ● Manualna odbudowa RNABC Coot and RCrane PHENIX ERRASER Manualna odbudowa ● ● ● ● Narzędzie: SuiteFit Narzędzie: RNA Rotator Zmiany w czasie rzeczywistym Odbudowa może być żmudna RNABC ● ● Utrzymuje już “naprawione” zasady i atomy ale wciąż szuka lepszego dopasowania Najlepsze wyniki na końcu wyświetlane są użytkownikowi gdzie można dokonać wyboru rozwiązania Coot and RCrane ● ● ● ● ● ● RCrane jest pluginem dla Coot’a Jest to oprogramowanie do wykonywania zautomatyzowanej budowy struktury RNA Użytkownik ma możliwość wyboru “prawdopodobnych” atomów (C i P) Możliwość wyboru konformerów Możliwość przebudowy wybranych nukleotydów Bierze pod uwagę model wejściowy i gęstość elektronową PHENIX ● Ogólnym celem programu udokładnianie struktury krystalograficznej ERRASER ● ● ● ● Możlwość automatycznego korygowania błędów Możliwość wykorzystania do przebudowy całej struktury Wymaga instalacji Rosetty kosztowny obliczeniowo Co nowego? Dziękujemy za uwagę