Recenzja 2 - lekarski.umed.pl

PIUC
I CHORoB
GRU2LICY
TNSTYTUT
Klinicznai
i lmmunologii
Genetyki
Zi.qrad
o1-138WEBzawa,ul.Plocka25
(22)43tel.(22)4s-12-158,
fax (22)43-12-35E
'r'mrllr
lmmunoebichp's
zA pRAcyNAsroprEf DoKToRA
NAUKMEDyczNycH
LekarzAgatyDutkowskiej
pt. ,,Ocenaznaczenia
diagnostycznego
wybranychzmianmolekularnychgen6wFHITi RARp
(region,,hot spot mutation")w niedrobnokom6rkowym
raku pluca"
wykonanejpod kierunkiemprof.zw. dr hab.med.AdamaAntczakaw KlinicePulmonologii
i AlergologiiUniwersyteckiego
SzpitalaKlinicznegonr 1 im Norberta Barlickiegow todzi
Przedstawiona
do oceny rozprawadoktorskaporuszaproblem niezwykleistotnydla
rozumieniaproces6wwarunkujqcych
rozwojniedrobnokom6rkowego
raka pfuca(NDRP),a
zwlaszcza
badari nad identyfikacjqi wprowadzeniemdo praktykiklinicznejwiarygodnych
biomarker6wdiagnostycznych.
WskazujesiQ powszechnie,2e niska czuto5i aktuatnie
znaczqco
utrudniawczesne
wykrycietej chorobyijestjednq
dostqpnych
badariprzesiewowych
z gt6wnych przvczynwysokiej Smiertelnoici.Tymczasem,jak dowodzq aktualne dane
spoSr6dwszystkichchor6b onkologicznych,
epidemiologiczne,
rak ptucajest najgrolniejszq
jak i liczbyzgon6w.
zar6wnopod wzglqdemzapadalnodci,
Przedmiotem
badaf autorkibytaanalizaprofilumetylacjii ekspresji
wybranychgen6w
i/lub prognostycznym
supresorowych
o potencjalnymznaczeniudiagnostycznym
w NSCLC.
gen6wRARPi FHITzlokalizowanych
Autorkaskupitasiq na oceniezmianmolekularnych
na
kr6tkimramieniu3 chromosomu,
zewzglqduna swojekrytyczne
znaczenie
dla kancerogenezy
znanymjako "hot spot mutationsite". Produktybiatkoweobu gen6w majq znaczqcy
udzialw
kluczowychprocesachkom6rkowychtj. naprawie DNA, regulacjicyklu kom6rkowegoi
proliferdcji.
ZnanesE publikacjewskazujqce
na powiqzaniezaburzerifunkcjitych gen6w z
rozwojemNDRP.
W przedstawionejdo recenzjipracy Doktorantkapodjqta siQ analizywybranych
mechanizm6w
regulacjigenetyczneji epigenetycznej,
a w szczegolno6ci
poziomuekspresji,
promotorowejgen6wFHITa
metylacji
RARPorazpoziomuimmunoekspresji
biatkaFhitw tkance
nowotworowejw kontek5cieich potencjalnejwarto6cidiagnostycznej.
Warto podkreSlii
szczeg6lnE
planupracyw kontekScie
wagq poznawczq
tak nakreSlonego
trudnodciklinicznych
zwtqzanych
z efektywnq,wczesnEidentyfikacjq
chorychna rakaptuca.
Pracama uktadklasvcznv,
sktadasiq z 80 stron tekstu nie liczqcpi6miennictwa.
We
WstqpieDoktorantkasyntetycznieprzedstawitaetiopatogenezqraka ptuca,skupiajqcsiq na
roli czynnik6wgenetycznych,a zwlaszczakrytycznymznaczeniuzjawiskaniestabilno5ci
genetycznej.PrzejrzySciescharakteryzowatakluczowe dla proces6w nowotworzenia
w jego obrqbie gen6w supresorowych,
a w
znaczenieregionu 3p i zlokalizowanych
genu FHIT (3pI4.21oraz RARBFp2a.zl. Nale2ypodkre5lii celny dob6r i
szczeg6lno6ci
przygotowanie
zawartychwe Wstqpiegrafiki tabel, kt6re znakomicieuzupelniajq
doskonate
i
tekst ipomagajq w jego odbiorze.W mojej opinii zabraktojedynie wyczerpujqcego
wyboru tych konkretnychgen6w jako przedmiotubadaf
przekonywujqcego
uzasadnienia
pracy,a zwlaszcza
na jakiejpodstawieAutorkaoczekuje,iz zmianyw ich
wskazania
niniejszej
Stanowitobyono
a nawet prognostyczne.
obrqbie mogE miei znaczeniediagnostyczne,
dobrzeprzeprowadzonego
w tej
dowodulogicznego
i podsumowanie
naturalnedopefnienie
t
.
czqscrpra9y.
Gl6wny
W oparciuo treSciujqtew pierwszejczq5cipracy,Doktorantkasformutowata
i prognostycznej
badanychzmian
Cel badan,kt6rym byfa ocena wartoici diagnostycznej
raku ptuca.Cel planowataosiqgnqi
genetycznych
w regionie3p w niedrobnokom6rkowym
punktuwidzeniaCelowszczeg6lowych,
poprzezkilkuetapowq
analizqistotnychz poznawczego
bialka Fhit w tkance
czyli badanie1/ ekspresjigen6w FHITi RARBoraz immunoekspresji
raka ptuca, 2/ jakoscioweji ilo6ciowejoceny stopnia metylacji
niedrobnokom6rkowego
pomiqdzy
region6wpromotorowychgen6w FHIT i RARPw tkance NDRP,3/ zale2nodci
poziomemmetylacjipromotorowejbadanychgen6wa poziomemich ekspresji4/ zale2noSci
biatkaFhit oraz 5/
pomiqdzypoziomemekspresjigenow FHITi RARBorazimmunoekspresji
a typemhistopatologicznym
NSCLC,
poziomemmetylacjipromotorowejFHITi RARB,
stopniem
jego zaawansowania
(wg skal TNM, AJCC)oraz charakterystykq
demograficzno-klinicznq
wiek,ptei oraznikotynizmi liczbqpaczkolat.
chorych,okreilanEprzez
60
W rozdzialeMateriol i metody Autorka prawidtowoprzedstawitacharakterystykq
chorychod kt6rych pozyskanomateriattkankowydo bada6. Biorqcpod uwagQznaczEce
morfologiibadanychguz6w nowotworowych(57%- rak ptaskonablonkowy,
zr62nicowanie
- rak wielkokom6rkowy),
jak r6wnie2ich stopniazaawansowania
35%- rak gruczotowy,
S%o
(20%- T1, 55%- T2, 25%- T3-4)moje wqtpliwo5cibudziliczebnoiitak dobranejgrupy.W
Autorkanie ujqtainformacji,czywykonano
opisiezastosowanych
metod analizystatystycznej
wielkofci proby, kt6ra jest koniecznadla ocenyjej sity i wiarygodnego
oceneoczekiwanej
jest r6wniezw moim odczuciubrak
wnioskowania
Powaznymuchybieniem
statystycznego.
opisu proceduryzabezpieczania
materialu( 6wie2omrozony?,formalina+parafina?,
czasi
warunkiutrwalania)niezwyklewa2nejw kontek5cie
badarinad RNA.Brak tez kluczowej
informacji,
na jakiejpodstawiedobieranotkankqkontrolnq.Trudnomi uwierzyi,i2 autorka
opartasiqjedyniena oceniemakroskopowej
chirurga,
chodjedynietakqinformacjq
znalaztam
w charakterystyce
materiat6w.Konieczne
bytobyoczywiScie
wykonaniemikroskopowej
oceny
histopatologicznej
materiat6wuznanychza prawidtowe.
W rozdzialeMateriali metodyAutorka bardzostaranniei wyczerpujqco
om6witate2
nowoczesne
i r6znorodnetechnikilaboratoryjne
wykorzystane
w realizacjiprojektu.Szeroki
prawidfowodobranychmetod, poczawszy
wachlarzzr62nicowanych,
od izolacjiRNAi DNA,
przezlaricuchowqreakcjq polimerazyanalizowanejw czasierzeczywistym,
jako6ciowqi
ilo6ciowqocenQmetylacjiregion6wpromotorowychbadanychgen6w, az po klasycznego
reakcjqimmunoenzymatvcznq,jest
niewqtpliwymatutempracy.Prawidfowozaprojektowane
pracebadawczeoraz dobrzedobranametodologiarealizowana
na poziomietkankowym,
kom6rkowym isubkom6rkowym niewqtpliwie podnoszq warto6i uzyskanychprzez
Doktorantkq
wynik6w.
Autorkauzyskala
punktuwidzeniaWyniki,kt6re przedstawita
interesujEce
z poznawczego
w
12 tabelachi na 14 rycinach,
w spos6bjasnyi zrozumiafy.
W pierwszej
por6wnalaekspresjq
czq5cipracyDoktorantka
gen6wRARPi FH|TwtkanceNSCLC
orazmakroskopowo
niezmienionej,
wykazujqci2 w badanejseriimateriat6wbytaona bardzo
zr62nicowanai wysoce heterogenna. Autorka nie wykazata istotnego statystycznie
zr62nicowania
ekspresjigenu FHITorazRARBpomiqdzytkankq nowotworowa,a kontrolnq.
Jednakw obu typachmateriat6wstwierdzono
istotne16znice
wzglqdemkalibratora,
co wydaje
siqoczekiwane
w kontekScie
historiipaleniawir6d wiqkszoSci
badanych.
Doktorantka
wskazata
natomiast
na silneznamienne
genuFHITpomiqdzywszystkimi
r6znicew ekspresji
podtypami
histologicznymi
guza,a dla genu RARBjej ostabienie,istotnie rozne pomiqdzyniekt6rymi
podtypami NDRP(rak ptaskonabtonkowy
vs gruczotowy).NadekspresjqFHIT najczqdciej
obserwowano
w podtypiegruczotowymorazistotnieczqSciej
w catejgrupiekobiet.Badania
potwierdzity
tez znaczEce
rozbiezno5ci
wynik6woznaczenia
biafkaFhit bqdAcegoproduktem
badanegogenu,w poszczeg6lnych
typach histopatologicznych
NSCLC,
co implikujemiqdzy
innymijego matqwarto6i 162nicujqcq.
W drugiejczq6cipracylekarzAnna Dutkowskadokonataocenyzjawiskametylacjiregion6w
promotorowych,
jego czqstqfrekwencjgdla badanychgen6wFHtTa RAR6zar6wno
wykazujqc
w. tkancenowotworowej,jak i kontrolnej.ObecnoSiprzynajmniejjednego metylowanego
allefuRARBobserwowanoodpowiedniow 65%i85o/o,
a genu FH\Tw 83%a69%materiaf6w
tkankowych.TnaczEce,
2e w przypadkugenu RARBanalizatestem Spearmanawykazata
znamiennqstatystycznie,
umiarkowanq(r=0,57)dodatniqkorelacjqpoziom6wmetylacjiw
tkance nowotworowejimakroskopowoniezmienionej,
co w mojej opinii jest zgodniez
aktualnqwiedzq ze o silnym zwiqzkutego zjawiskaz nalogiempalenia.Natomiastw
poszczeg6lnych
podtypachhistopatologicznych
poziommetylacjipromotorowejRARPi FHIT
nie r62nitsiqistotnie.Nie wykazanor6wnie2zaleznoScizwiqzanej
z ptciqchorych,wiekiem,a
tak2e liczbq paczkolatoraz statusem palenia,co z kolei zaskakujei mo2e wynikad z
grupy.Autorkanie zaobserwowafa
niedostatecznej
liczebno5ci
r6wnie2wzajemnych
powiqzari
pomiqdzystopniemekspresji,metylacjiFHITi immunoekspresji
Fhit z ekspresjqi metylacjq
promotot'owERAR\.
Pracqpodsumowuje
ciekawaDyskusja
Swiadczqca
o umiejqtnofciwta5ciwego
wykorzystania
i
interpretacjiwynik6w badari naukowych.Autorka oparta swoje rozwa2aniana dobrze
dobranympiSmiennictwie
liczqcym110 aktualnychpublikacjianglojqzycznych.
W tej czqsci
pracy Doktorantka celnie przytaczadobrze dobrane przyktady sprzecznychdanych
publikacyjnych
w badanymzakresietematycznym,co podkre5lawysoki stopief zfozono$ci
per se,jak r6wniezuwidacznia
anafizowanego
zagadnienia
problemyzwiqzanez interpretacjq
por6wnawczE badari naukowych realizowanychza pomocQ zr62nicowanychtechnik
laboratoryjnych,
grupach chorych,jak ta stanowiqca
zwlaszczaw tak niejednorodnych
przedmiotbadariw niniejszejpracy.Na uznaniezastuguje
zawartaw tym rozdzialerzetelnai
dogtqbnapr6ba analizyczynnik6w,w tym metodologicznych,
kt6re mogty wplynqi na
ostatecznyksztalt uzyskanychwynik6w, niekiedytak odmiennychod obserwacjiinnych
autor6wi jak siq domy6lamwstqpnejhipotezybadawczej
Autorki.Naukama jednakto do
siebie,2e nie zawszespetniajqsiq oczekiwania
badaczy,a prawdziwqsztukqjest wytrwale
poszukiwanie
bfqdowwe wtasnymrozumowaniui protokoledo5wiadczer{.
Tenwalor pracy
zasfuguje
na podkre5lenie.
Muszq natomiastzwr6cii uwagq na mylne stosowanieprzez Doktorantkqpojei markero
predykcyinegoi markera prognostycznego,czqsto utozsamianychw niniejszejpracy z
markerem diagnostycznym.Ex definitione biomarker predykcyjnyokre$la potencjalnq
odpowiedina/efektywno5idanejterapii,a nie stopiefizaawansowania
nowotworu(str.69).
Natomiast,
biomarkerprognostyczny
charakteryzuje
rokowanieco do przezycia,
niezaleznie
od
stosowanejinterwencjiterapeutycznej,
zwykle nie ma wiqc charakterudiagnostycznego,
r6znicujqcego
tkankqzmienionqnowotworowood prawidlowej,osobqchorq od zdrowej(str.
70l,. Zgodnie z akademickq interpretacjq tej definicji do oceny faktycznej wartoici
prognostycznej
markerakoniecznajest wiqc jego analizaw kontek6ciedanychdotyczqcych
prze2yciaw badanej grupie chorych. Z tego samego powodu mam wqtpliwo5ciczv
sformufowaneprzezAutorkqwnioski(nr 2 i nr 4) odwotujqcesiq do wartoSciprognostycznej
nie sq zbytdalekoidqce.
badanych
zmiangenetycznych
Majqc Swiadomo5iwagi powyzszychzastrzeiefi,uwa2amjednak, 2e co do zasadywnioski
jasno i zwiqlle,w szeSciu
punktach,i odpowiadajq
zostatyprzezDoktorantkqsformutowane
celompracy.Waloremjest zastosowanie
tu trybu przypuszczajqcego,
co jak siqdomy6lamstu2y
zaakcentowaniu,i2 faktyczna wartoSi ka2dego postulowanegobiomarkera wymaga
grupachchorych.
weryfikacji,a zwlaszcza
walidacjiw niezale2nych
praca doktorskalekarz Agaty Dutkowskiejpodejmuje istotny
Reasumujqc,
jak r6wnie2trafnie
problemnaukowy.Doktorantkaprecyzyjnie
sformutowata
celebadawcze,
w klarownyspos6b.Na uwagQzastuguje
dobrafametody badawcze.Wyniki przedstawita
dojrzala,krytycznadyskusja.Chciatabymr6wnie2 wyrazi( uznanie dla tadnej i starannej
polszczyzny,
kt6rq postugujesiq Autorkaw opisowejczqScipracy.Jej lekturabytaprawdziwq
przyjemnodciq.
Stronaedytorskapracynie budzizastrze2efi.
Przedstawiona
rozprawaspetniawymogistawianerozprawiena stopieridoktoranauk
medycznych.
kandydatkido dalszych
WnoszQwiqc do WysokiejRadyo dopuszczenie
etap6w
przewodu doktorskiego.
Warszawa19. paidziernika2015r.
ii,Klinicznej
b Pluc
towska.Wynimko