Dwa miejsca dla doktorantów w zakresie bioinformatyki RNA

Dwa miejsca dla doktorantów w zakresie bioinformatyki RNA
oferowane w zespole prof. Bujnickiego w IIMCB w Warszawie
Szukamy młodych, energicznych naukowców, pasjonatów zainteresowanych bioinformatyką,
programowaniem i analizami danych biologicznych, którzy chcą pracować w międzynarodowym
zespole (codzienna komunikacja w języku angielskim).
1) PhD-soft: Będziesz tworzyć oprogramowanie do przewidywania i modelowania struktury 3D RNA,
opierając się na naszych odnoszących sukcesy metodach, m.in. ModeRNA i SimRNA. Dalekosiężnym celem
projektu jest opracowanie metody umożliwiającej modelowanie dynamicznych oddziaływań RNA z małymi
cząsteczkami chemicznymi, aby projektować nowe leki wiążące się do RNA oraz nowe RNA, które wiążą się
z wybranymi cząsteczkami. Od kandydata oczekujemy programowania w C/C++ oraz Python (oba języki będą
potrzebne do realizacji projektu). Dodatkowym atutem będzie znajomość metod modelowania molekularnego.
2) PhD-data: Będziesz analizować sekwencje i struktury RNA oraz białek, a także tworzyć bazy danych.
Dalekosiężnym celem jest poznanie mechanizmów ewolucji cząsteczek RNA, stworzenie nowych metod
klasyfikacji sekwencji i struktury RNA oraz opracowanie nowych narzędzi internetowych udostępniających
otrzymane dane. W trakcie realizacji projektu niezbędne będzie analizowanie danych biologicznych oraz
tworzenie baz danych i serwerów internetowych, więc od kandydata oczekujemy przynajmniej jednej z tych
umiejętności oraz chęci nauczenia się drugiej. Dodatkowym atutem będzie znajomość metod analizy
sekwencji i filogenetyki molekularnej.
O nas:
• Jesteśmy interdyscyplinarnym zespołem, który łączy badania podstawowe (odkrywanie tajemnic przyrody)
i badania stosowane (w kierunku zastosowań w praktyce i komercjalizacji). W naszym laboratorium spotykają
się programiści komputerowi i biologowie-eksperymentaliści, a analizy “big data” łączą się z zaawansowanymi
badaniami pojedynczych makrocząsteczek biologicznych.
• Staramy się poznać mechanizmy ewolucji i tworzenia się cząsteczek RNA, aby móc projektować nowe
cząsteczki, które jeszcze nie istnieją. Opracowujemy nowe metody obliczeniowe, nowe narzędzia dla
biotechnologii i kandydatów na nowe leki!
• Duży nacisk kładziemy na publikowanie i stosowanie wyników naszych badań. Nasze ostatnie prace
obejmują obliczeniowe i doświadczalne badania RNA oraz kompleksów RNA z białkami.
Przykłady: Śmietański et al. Nature Commun 2014, Boniecki et al. Nucleic Acids Res 2015, Matelska et al.
Genome Biol Evol 2016. Tworzymy także bioinformatyczne serwery i bazy danych, które są szeroko
stosowane i cytowane, np. MODOMICS. Więcej informacji na naszej stronie: http://genesilico.pl.
• Nasze laboratorium mieści się w IIMCB (http://iimcb.gov.pl), najwyżej ocenionym (A+) polskim instytucie w
dziedzinie biologii, który zapewnia najnowocześniejszy sprzęt, zwłaszcza w dziedzinie bioinformatyki (klaster
obliczeniowy >2000 rdzeni), biologii molekularnej i biologii strukturalnej.
Oferujemy:
• Projekty doktorskie ze zdefiniowanymi celami, z których część jest bezpieczna (okazja żeby szybko
otrzymać publikowalne wyniki) a część stanowi duże wyzwania (ryzyko, ale i szansa na znaczące osiągnięcia).
• Studia doktoranckie ze 100% naciskiem na badania (bez zobowiązań dydaktycznych).
• Rozwijanie umiejętności w zakresie bioinformatyki i analizach danych doświadczalnych.
• Szansę współpracy i uczenia się od nadzwyczajnych, wyjątkowych (i czasem ekscentrycznych) ekspertów.
• Udział w kursach, szkolenia naukowe, wsparcie ze strony współpracowników i mentoring akademicki.
• Indywidualną opiekę nad doktoratem z udziałem najlepszych ekspertów z Polski i zagranicy.
• Finansowanie 3000 zł / miesiąc, stypendium albo umowa o dzieło. Rozpoczęcie pracy w pełnym wymiarze
między czerwcem i październikiem 2016. Finansowanie przez 4 lata, możliwość przedłużenia.
• Możliwość i wsparcie w konkurowaniu o dodatkowe środki z grantów i niezależnych stypendiów.
Jak się zgłosić?
• Będziemy przyjmować wnioski do 15 maja, przez email: [email protected]. Najlepsi kandydaci
zostaną zaproszeni do dalszej rozmowy. Wszelkie zapytania prosimy kierować na ten sam adres.
• W temacie maila proszę podać PhD-soft albo PhD-data, imię i nazwisko.
• Aplikacja w języku angielskim powinna zawierać: CV, list motywacyjny (Dlaczego chcesz pracować u nas?
Jakie są Twoje mocne strony? Jak nasz zespół zyska na Twoim zaangażowaniu?) oraz kontakty do minimum
dwóch osób, które mogą udzielić referencji, w tym co najmniej jeden od przełożonego.
• Wniosek powinien zawierać następujące oświadczenie: "Wyrażam zgodę na przetwarzanie danych
osobowych w celach rekrutacji zgodnie z ustawą z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych
(tekst jedn.: Dz U. z 2002 r. Nr 101, poz 926 z późn. zm.)."
• Rekrutacja może zostać przedłużona do czasu znalezienia odpowiednich kandydatów.