STUDIA II STOPNIA

STUDIA II STOPNIA (2-letnie magisterskie)
Maksymalna liczba studentów mogących wykonywać prace magisterskie – 8 osób
Tematyka prac magisterskich wykonywanych w ZSO
Tematyka badawcza realizowana w Zakładzie Syntezy Organicznej obejmuje dwa główne
nurty. Pierwszy z nich poświęcony jest projektowaniu, chemicznej syntezie i określeniu
właściwości farmakologicznych nowych analogów bradykininy (BK) oraz neurohormonów
(argininowej wazopresyny (AVP) i oksytocyny (OT)). Badania te mają na celu poszukiwania
aktywnych i selektywnych agonów i antagonów tych hormonów mogących znaleźć
potencjalne zastosowanie w leczeniu chorób spowodowanych ich nieprawidłowa regulacją.
Badaniom tym towarzyszą prace ukierunkowane na chemiczną syntezę modyfikowanych
reszt aminokwasowych (reszty N-alkilowanych aminokwasów, fragmenty cykliczne,
peptydomimetyki), wykorzystywanych do otrzymywania zaprojektowanych analogów. Drugi
główny nurt badań poświecony jest analizie konformacyjnej otrzymanych wcześniej,
aktywnych biologicznie peptydów przy użyciu Magnetycznego Rezonansu Jądrowego (2D
NMR), Spektroskopii Ramana (RS) i obliczeń teoretycznych. Badania te prowadzone są w
celu umożliwienia przewidywania aktywności biologicznej analogów i wstępnej selekcji
zaprojektowanych peptydów (przed przystąpieniem do ich chemicznej syntezy i określenia
właściwości farmakologicznych). Osoby zainteresowane wykonywaniem prac magisterskich
w KSO proszone są o bezpośredni kontakt z osobami prowadzącymi badania.
dr Izabela Derdowska
dr inż. Emilia Sikorska
dr hab. Adam Prahl
dr Dariusz Sobolewski
pok. 137
pok. 407
pok. 350
pok. 220/1
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
0-58 523 54 18
0-58 523 54 22
0-58 523 54 28
0-58 523 53 16
BLOK ZAJĘĆ ZWIĄZANYCH Z REALIZACJĄ PRACY MAGISTERSKIEJ
Wykład specjalizacyjny (30 godzin) - 2 semestr
Właściwości fizykochemiczne aminokwasów i ich pochodnych – dr Jarosław Ruczyński
Pracownia specjalizacyjna (120 godzin) - 2 semestr
Prowadzący - pracownicy Zakładu Syntezy Organicznej
Wykład monograficzny w ZSO (2 x 30 godzin)* - 3 i 4 semestr
Metody syntezy oraz właściwości biochemiczne protein i glikoprotein I - dr hab. Adam
Prahl, prof. nadzwyczajny UG
Opis wykładu:
Białkowe i niebiałkowe aminokwasy – ich nazewnictwo, klasyfikacja oraz właściwości
fizykochemiczne (rozpuszczalność, temperatura topnienia, właściwości kwasowo-zasadowe,
właściwości spektroskopowe). Osłony grup funkcyjnych oraz grup łańcuchów bocznych
(metody wprowadzania i usuwania, ortogonalność osłon). Metody tworzenia wiązania
peptydowego - odczynniki stosowane do sprzęgania reszt aminokwasowych. Taktyka i
strategia syntezy peptydów. Planowanie syntezy peptydów – zastosowanie automatyzacji i
nowinek technicznych. Synteza peptydów w roztworze i na nośniku stałym. Problemy
związane z syntezą peptydów (reakcje uboczne, racemizacja) i metody ich zapobiegania.
Syntezy nietypowych aminokwasów, fragmentów imitujących wiązanie peptydowe oraz
wprowadzanie do cząsteczek peptydów fragmentów ograniczających swobodę
konformacyjną. Przegląd i omówienie właściwości biochemicznych wybranych polipeptydów
naturalnych.
Umiejętności i kompetencje: nabycie umiejętności projektowania i przeprowadzania
chemicznej syntezy peptydów w roztworze oraz na nośniku stałym; rozwiązywanie
problemów pojawiających się w czasie syntezy.
Wybrane zagadnienia z chemii cukrów, dr hab. Janusz Madaj, prof. nadzwyczajny UG
Opis wykładu dostępny na stronach Zakładu Chemii Cukrów
Seminarium magisterskie (2 x 30 godzin)** - 3 i 4 semestr
Prowadzący - pracownicy Katedry Syntezy Organicznej
Pracownia magisterska (2 x 120 godzin) - 3 i 4 semestr
Prowadzący - pracownicy Katedry Syntezy Organicznej
** Zajęcia prowadzone wspólnie z Zakładem Chemii Cukrów i Zakładem Chemii
Polipeptydów
Zalecane przedmioty fakultatywne
1. Chromatografia
2. Współczesne metody spektrometrii mas
3. Niektóre choroby zakaźne
5. Biologicznie czynne peptydy
6. Mechanizmy reakcji w chemii organicznej
7. Nowoczesne metody syntezy chemicznej
8. Chemiczna synteza peptydów
Prace magisterskie wykonane/wykonywane w ZSO/KSO
*(do roku 2009 Katedra Syntezy Organicznej)
2008/2009
Michał Roszyk
”Synteza analogów argininowej wazopresyny (AVP) modyfikowanych w N-końcowej części
cząsteczki resztą Nmp”.
Opiekun: dr Izabela Derdowska
Sebastian Nowak
„Synteza nowych analogów bradykininy o spodziewanej czynności antagonistycznej”
Opiekun: dr hab. Adam Prahl, prof. nadzwyczajny UG
Monika Ptach
„Synteza analogów argininowej wazopresyny (AVP) modyfikowanych na N-końcu
przestrzennie rozbudowanymi grupami acylowymi”
Opiekun: dr hab. Adam Prahl, prof. nadzwyczajny UG
2007/2008
Anna Breska
„Synteza analogów bradykininy o spodziewanej czynności antagonistycznej modyfikowanych
w pozycji 4 lub 5 resztą N-benzylo-L-alaniny”.
Opiekun: dr Izabela Derdowska
Beata Szymczycha
„Badanie wpływu obecności reszt kwasu 1-aminocykloheksylo-1-karboksylowego w
pozycjach 5 oraz 5 i 8 na właściwości farmakologiczne modelowego antagona bradykininy”.
Opiekun: dr hab. Adam Prahl
2006/2007
Marek Rożek
„Odtwarzanie pełnoatomowej reprezentacji
rozdzielczości”.
Opiekun: dr Rajmund Kaźmierkiewicz
struktury
białka
z
danych
o
niskiej
Krzysztof Smolara
„Badania nad trwałością kompleksów enzymu PrkC z pochodnymi ATP na drodze symulacji
dynamiki molekularnej”.
Opiekun: dr Rajmund Kaźmierkiewicz
2005/2006
Anna Maria Pszenna
„Synteza analogów bradykininy o spodziewanej czynności antagonistycznej w stosunku do
receptorów B1”.
Opiekun: dr Izabela Derdowska
Katarzyna Misiło
„Synteza analogów bradykininy zawierających w cząsteczce elementy ograniczające swobodę
konformacyjną”.
Opiekun: dr Izabela Derdowska
Katarzyna Szopińska
„Synteza analogów argininowej wazopresyny (avp), modyfikowanych w
pozycji 2 lub 3 resztą kwasu l-pipekolinowego”.
Opiekun: prof. dr hab. Bernard Lammek
Prace doktorskie wykonywane/wykonane w ZSO/KSO*
*(do roku 2009 Katedra Syntezy Organicznej)
2008
Dariusz Sobolewski
„Wpływ wybranych modyfikacji N-końcowego fragmentu cząsteczki argininowej
wazopresyny i jej analogów na czynność farmakologiczną.
2007
Olga Labudda
„Analogi bradykininy oraz ich N-acylowane pochodne modyfikowane w C-końcowym
fragmencie cząsteczki resztami ograniczającymi swobodę konformacyjną.”
Promotor: prof. dr hab. Bernard Lammek
2006
Wioleta Gabriela Kowalczyk
„Synteza analogów hormonów neuroprzysadkowych zawierających w cząsteczce fragment
ograniczający swobodę konformacyjną.”
Promotor: prof. dr hab. Bernard Lammek
2005
Emilia Sikorska
„Badania konformacyjne wazopresyny i jej analogów z wykorzystaniem spektroskopii
magnetycznego rezonansu jądrowego.”
Promotor: prof. dr hab. Bernard Lammek
2004
Rafał Ślusarz
„Symulowanie dynamiką molekularną blokowania i aktywacji receptorów sprzężonych
z białkiem G.”
Promotor: prof. dr hab. Bernard Lammek
2002
Beata Jastrzębska
„Projektowanie i synteza analogów hormonów neuroprzysadkowych zawierających
fragmenty ograniczające swobodę konformacyjną.”
Promotor: prof. dr hab. Bernard Lammek