Modelowanie molekularne - BIOL

Modelowanie molekularne
SYLABUS
A. Informacje ogólne
Opis
Elementy składowe
sylabusu
Nazwa jednostki
prowadzącej kierunek
Nazwa kierunku studiów
Poziom kształcenia
Profil studiów
Forma studiów
Kod przedmiotu
Język przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Rok studiów /semestr
Wymagania wstępne (tzw.
sekwencyjny system zajęć i
egzaminów)
Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Chemii
Chemia
Studia drugiego stopnia
Ogólnoakademicki
Stacjonarne
0200-CS2-1MOM
polski
Przedmiot obowiązkowy
I rok/ 2 semestr
brak
Liczba godzin zajęć
dydaktycznych z podziałem
na formy prowadzenia zajęć
Liczba godzin: 15
Forma prowadzenia zajęć: wykłady 15 godzin
Założenia i cele przedmiotu
Celem przedmiotu jest zaznajomienie studenta z podstawowymi technikami teoretycznego
modelowania molekularnego jako narzędzia komplementarnego do badań doświadczalnych
Metody dydaktyczne oraz
ogólna forma zaliczenia
przedmiotu
Sposób prowadzenia zajęć: wykład
Formy zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę
Odniesienie do kierunkowych
efektów kształcenia
Efekty kształcenia
1. Prezentuje rozszerzoną wiedzę w zakresie chemii kwantowej, jej historycznego
rozwoju, oraz znaczenia dla postępu innych nauk ścisłych
2. Operuje poszerzoną wiedzą z matematyki w zakresie niezbędnym do zrozumienia,
opisu i modelowania procesów chemicznych na średnim poziomie złożoności
3. Charakteryzuje spektroskopowe metody analizy budowy związków chemicznych
oraz objaśnia teoretyczne podstawy tych eksperymentalnych metod badawczych
K_W01
4. Stosuje metody modelowania molekularnego, w tym obliczenia struktury
elektronowej, przydatne do określenia budowy związków chemicznych
5. Opracowuje wyniki badań, dokonuje krytycznej analizy oraz uzasadnia cel
przeprowadzonych badań za pomocą modelowania molekularnego i ich znaczenie na
tle badań eksperymentalnych
6. Rozumie ograniczenia własnej wiedzy, potrzebę uczenia się przez całe życie i
potrzebę samokształcenia w dziedzinie modelowania molekularnego
7. Wykazuje zainteresowanie podstawowymi procesami chemicznymi zachodzącymi w
środowisku oraz sposobem ich opisu za pomocą technik modelowania molekularnego
K_U02
K_W03
K_W05
K_U06
K_K01
K_K02
Punkty ECTS
2
Bilans nakładu pracy
studenta
Wskaźniki ilościowe
Ogólny nakład pracy studenta: 50 godz. w tym: udział w zajęciach: 15 godz.;
przygotowanie się do zajęć i zaliczeń: 30 godz.; udział w konsultacjach, zaliczeniach: 5 godz.
Nakład pracy studenta związany z zajęciami:
Liczba godzin
Punkty ECTS
wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela
20
0,8
o charakterze praktycznym
30
1,2
Data opracowania:
20.09.2014
Koordynator
przedmiotu:
dr Paweł Rodziewicz
SYLABUS
B. Informacje szczegółowe
Elementy składowe sylabusu
Opis
Nazwa przedmiotu
Kod przedmiotu
Nazwa kierunku
Nazwa jednostki prowadzącej
kierunek
Język przedmiotu
Rok studiów/ semestr
Modelowanie molekularne
0200-CS2-1MOM
Chemia
Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Chemii
Liczba godzin zajęć dydaktycznych
oraz forma prowadzenia zajęć
Prowadzący
Wykład 15 godzin
Treści merytoryczne przedmiotu
WYKŁAD:
1. Definicja modelowania molekularnego. Przykłady użycia
metod modelowania molekularnego w zrozumieniu oraz
przewidywaniu zjawisk fizyko-chemicznych (nowe leki,
materiały, źródła energii). (2h)
2. Przypomnienie podstawowych wiadomości z mechaniki
kwantowej. Krótkie omówienie metod: półempirycznych,
post-HF oraz funkcjonałów gęstości. (2h)
3. Mechanika molekularna. Pola siłowe. Minima lokalne oraz
globalne. (2h)
4. Podstawy klasycznej oraz kwantowej dynamiki
molekularnej. Trajektoria. Periodyczne warunki
brzegowe. (2h)
5. Obliczanie parametrów spektroskopowych dla cząsteczek
(widma FT-IR, Raman, NMR, STM). (2h)
6. Modelowanie konwencjonalnych oraz
nietypowych wiązań wodorowych. (1h)
7. Katalityczne właściwości ciała stałego. Adsorpcja cząsteczek
organicznych na powierzchni na przykładzie nanorurek
węglowych oraz metali. (2h)
8. Oddziaływania międzycząsteczkowe w cieczach. Solwatacja
na poziomie molekularnym. (2h)
Efekty kształcenia wraz ze
sposobem ich weryfikacji
K_W01, K_W03, K_W05 kolokwium
K_U02, K_U06 ocena aktywności w trakcie zajęć.
Forma i warunki zaliczenia
przedmiotu
Wykaz literatury podstawowej
i uzupełniającej
Warunkiem zaliczenia jest otrzymanie pozytywnej oceny z
kolokwium. Dopuszcza się jedną nieusprawiedliwioną nieobecność.
polski
I rok/ 1 semestr
Dr Paweł Rodziewicz
K_K01, K_K02 ocena pracy studenta w trakcie zajęć
1. L. Piela - „Idee chemii kwantowej”,PWN, 2004
2. A. R. Leach – „Molecular Modelling Principles
and Applications”, Pearson Education Limited, Essex, 2001
3. F. Jensen - „Introduction to computational
chemistry”, Wiley, New York, 2007
4. www.molnet.eu
……………………………….
podpis osoby składającej sylabus