Bioinformatyka – zaliczenie ćwiczeń 1 Do przeprowadzenia

Bioinformatyka – zaliczenie ćwiczeń
Do przeprowadzenia poniższych zadań potrzebne będą programy:
 Python (proponowany ActivePython v. 2.7.1)
 Pakiet BioPython oraz NumPy odpowiednie dla Python v. 2.7.1
Pamiętaj, aby wyniki drukowane przez skrypt w zadaniach poprzedzone były odpowiednio
opisującymi je wprowadzeniami tekstowymi (komentarzami)!
1. Otwórz przeglądarkę WWW i przejdź pod adres www.ncbi.nlm.nih.gov. W okienku
Search (z opcja All databases) wpisz frazę „Betula pendula”. Na podstawie uzyskanych
wyników sporządź w Pythonie skrypt, który poda informacje:
 w ilu pozycjach literatury fachowej pojawiają sie informacje na temat tego gatunku?
 ile informacji na temat genów można znaleźć w bazach Entrez o nazwie Gene?
 ile sekwencji nukleotydowych znajdziemy w bazie Nucleotide?
 ile sekwencji białkowych związanych z tym gatunkiem znajduje sie w bazach danych?
 kompletną systematykę gatunku, podając w miarę możliwości nazwy polskie
poszczególnych jednostek systematycznych.
2. Napisz w pytonie skrypt, który:
 będzie przeliczać ilość zasad w łańcuchu,
 poda 1, 4, 6, 8, 24, 35 zasadę w łańcuchu,
 odwróci łańcuch,
 zamieni DNA na mRNA,
 poda ilość każdej z zasad ATCGU w łańcuchu,
 wyliczy % zasad C i G w ogólnej ilości zasad,
 przekształci łańcuch DNA w listę zasad,
 odwróci listę zasad,
 usunie z listy zasad TYMINĘ.
3. Napisz skrypt, który:
 zapyta Cię o Twoje imię,
 wydrukuje powitanie,
 zapyta o Twój rok urodzenia,
 wyliczy Twój wiek,
 zapyta Cię o wiek członków Twojej rodziny,
 poda średnią wieku Twojej rodziny.
4. W pakiecie Biopython proszę napisać skrypt o nazwie , który:
 zapyta nas o wybraną przez nas dowolną sekwencję nukleotydową złożoną
przynajmniej z 30 zasad,
 policzy ilość zasad w łańcuchu
 poda kolejne zasady parzyste i nieparzyste
5. Napisz skrypt o nazwie wczytywanie.py, który będzie parsował sekwencję o ścieżce dostępu
(np. C:\Users\Public\....) i formacie (fasta, genbank) podanym przez użytkownika.
Sekwencję pobierz ze strony www.ncbi.nlm.nih.gov z bazy Nucleotide – gatunek z zadania 1.
1
Bioinformatyka – zaliczenie ćwiczeń
6. A. Napisz skrypt o nazwie odwrocona.py, który będzie podawał sekwencję odwróconą i
komplementarną do sekwencji podanej przez użytkownika, a o którą zapyta program.
C. Rozszerz powyższy skrypt o następujące elementy: zadeklarowanie przez użytkownika
rodzaju alfabetu, podanie przez skrypt nazwy wybranego alfabetu, długości sekwencji,
pierwszej i ostatniej litery tej sekwencji, a także wyliczenie procentu zasad AT (zakładamy, że
mamy do czynienia z sekwencją nukleotydową).
2