OpenExome - Newsletter - WYDANIE SPECJALNE

OpenExome - Newsletter - WYDANIE SPECJALNE

www.o pe ne xo me .pl
Szano wni Państ wo !
Z uwagi na prz e łomowe produkty, które konce rn Illumina
z aproponował s woim klie ntom w pie rws z ych tygodniach
2014 roku z de cydowaliś my s ię prz ygotować wydanie
s pe cjalne ne ws le tte ra. Prz e ds tawiamy w nim Pańs twu
informacje
na
te mat prz yjaz ne go
użytkownikowi i
uniwe rs alne go
z
punktu
widz e nia
z as tos owań
sekwenat o ra Next Seq 50 0 . Opis uje my także syst em
HiSeq X Ten , cz yli platformę NGS o nie s potykane j dotąd
prz e pus towoś ci,
która
poz wala
prowadz ić
s z e roko
z akrojone badania populacyjne i daje możliwoś ć obniże nia
kos z tów
s e kwe ncjonowania
poje dyncz e go
ge nomu
ludz kie go do poz iomu 1 000 USD.
Tradycyjnie w drugie j cz ę ś ci ne ws le tte ra umie s z cz amy
kale ndarium
wydarz e ń
z wiąz anych
te matycz nie
z
ge ne tyką, biologią mole kularną i biologią komórki. Obok
informacji o mię dz ynarodowych kongre s ach i lokalnych
konfe re ncjach z najdz ie cie
Pańs two
z apros z e nia
na
be z płatne s e minaria on-line Illumina, a także na dwudniowy
kurs
praktycz ny
s tanowiący
wprowadz e nie
do
s e kwe ncjonowania w te chnologii SBS z wykorz ys tanie m
aparatu MiSe q.
Pro dukty
- ważne info rmacje
Ne qSe q500
HiSe qX Te n
Se que ncing platform
comparis on tool
Fakty i wydarzenia
Wars z taty MiSe q:
Making Se ns e of My Data
Se minaria on-line w lutym
Kale ndarium konfe re ncji
Życz ymy Pańs twu prz yje mne j le ktury,
Zespół OpenExome
No we systemy do sekwencjo no wania w o fercie Illumina
Next Seq 50 0 - int uicyjna o bsługa sekwenat o ra, skalo walna wydajno ść reakcji i szero ka
gama aplikacji NGS
Ne xtSe q 500 to pie rws z y pe rs onalny s e kwe nator o
duże j prz e pus towoś ci. Poz wala na s e kwe ncjonowanie
ge nomów, e gz omów i trans ktyptomów z wydajnoś cią
nawe t
do
120Gb
w
poje dyncz e j
re akcji.
Nie s komplikowany w obs łudz e Ne xtSe q 500 z ape wnia
s z ybkoś ć wykonania analiz y oraz dos tę pnoś ć kos z tową
porównywalną z dotychcz as dos tę pnymi pe rs onalnymi
s ys te mami NGS. Sys te m Ne xtSe q 500 umożliwia
wykonanie
ws z ys tkich
aplikacji
NGS,
w
tym
s e kwe ncjonowania
e gz omów,
ge nomów
oraz
trans kryptomów w poje dyncz e j re akcji. Aparat nie
wymaga
s pe cjalis tycz ne go
s prz ę tu
dodatkowe go.
Ne xtSe q 500 to s ys te m umożliwiający wykonywanie
wys oko- i nis koprz e pus towych aplikacji w laboratorium
nie
pos iadającym
duże go
doś wiadcz e nia
w
s e kwe ncjonowaniu. Ne xtSe q 500 to pie rws z y i je dyny
s e kwe nator DNA i RNA poz walający na analiz ę aplikacji
wys okoprz e pus towych
gwarantujący
łatwoś ć
i
intuicyjnoś ć obs ługi analogicz ną jak w prz ypadku
s e kwe natorów pe rs onalnych.
Oprogramowanie s te rujące dz iałanie m Ne xtSe q 500 je s t w pe łni z inte growane z aplikacjami
de dykowanymi do proje ktowania doś wiadcz e ń, prz e chowywania danych cz y te ż obróbki wyników
uz ys kanych podcz as re akcji s e kwe ncjonowania. Wię ce j informacji na te mat oprogramowania
z najduje s ię tutaj. Sz cz e gółowy opis Ne xtSe q 500 z awie ra bros z ura.
HiSeq X Ten – niezró wnana mo c sekwencjo no wania po pulacyjnego i ekst remalna
wydajno ść
Sys te m HiSe q X Te n to najpotę żnie js z a platforma
NGS jaka kie dykolwie k pows tała, poz walająca na
s e kwe ncjonowanie wie lkos kalowe . Zaproje ktowano ją z
myś lą o s e kwe ncjonowaniu ludz kich ge nomów w s kali
populacyjne j i z amiare m obniże nia kos z tów badań
poniże j 1 000 USD z a 1 ge nom. Platforma s kłada s ię z
10 ultrawydajnych s e kwe natorów HiSe q X, które
poz walają łącz nie s e kwe ncjonować ponad 18 tys ię cy
ge nomów rocz nie
z
pokrycie m
s e kwe ncji nie
mnie js z ym niż 30x.
HiSe q X Te n wydaje s ię być ide alnym roz wiąz anie m
dla
ce ntrów
ge nomowych
oraz
laboratoriów
pracujących w dz ie dz inie ge ne tyki populacyjne j.
Sz cz e gółowe informacje na te mat HiSe q X Te n
opis ano w bros z urz e .
Po ró wnanie paramet ró w t echnicznych o raz mo żliwych zast o so wań syst emó w NGS
f irmy Illumina
Zachę camy do prz yjrz e nia s ię z e s tawie niu klucz owych parame trów s e kwe natorów nas tę pne j
ge ne racji , które ofe ruje konce rn Illumina. W doborz e właś ciwe go s ys te mu NGS do planowane go
proje ktu badawcz e go lub te s tu diagnos tycz ne go pomocna bę dz ie równie ż aplikacja poz walająca na
s z cz e gółowe porównanie właś ciwoś ci platform NGS, która z najduje s ię tutaj.
MiSeq
Next Seq 50 0
HiSeq 250 0
HiSeq X
po le c any do
s e kwe nc jo no wania
m ałych genom ów,
am plikonów, z
wykorzystaniem
paneli genowych
m . in. genom ów,
egzom ów,
transkryptom ów
genom ów,
egzom ów,
transktyptom ów na
skalę usługową
genom ów,
egzom ów,
transktyptom ów w
skali populacyjnej
t r yb pr ac y
n/d
MidO utput
HighO utput
Rapid
Run
HighO utput
n/d
lic z ba ko mó r e k
pr z e pływo wyc h na
po je dync z ą
r e akc ję
1
1
1
1 lub 2
1 lub 2
1 lub 2
z akr e s
pr z e pus t o wo ś c i
0,3-15
Gb
20-39
Gb
30-120
Gb
10-180
Gb
50-1000
Gb
1,6–1,8
Tb
c z as t r wania
r e akc ji
5–65
godz.
15-26
godz.
12-30
godz.
7-40
godz.
< 1-6
dni
<3
dni
lic z ba o dc z yt ó w w
je dne j ko mó r c e
pr z e pływo we j
25
m ilionów
3
m iliardy
3
m iliardy
maks ymalna
długo ś ć o dc z yt u
2x300
bp
2x125
bp
2x150
bp
130
400
300
m ilionów m ilionów m ilionów
2x150
bp
2x150
bp
2x150
bp
Przypo minamy o terminach zbliżających się ...
... prakt ycznych dwudnio wych szko leń pro wadzo nych w Cambridge
Is tnie je możliwoś ć ucz e s tnicz e nia w odpłatnych s z kole niach praktycz nych prowadz onych prz e z
tre ne rów z firmy Illumina. W najbliżs z ym cz as ie planowane s ą dwie e dycje kurs u "MiSeq: Making
Sense o f My Dat a", do wyboru te rminy: 11-12 lute go 2014 lub 14-15 maja 2014.
Obok wprowadz e nia te ore tycz ne go obe jmujące go pos tawy te chnologii s e kwe ncjonowania prz e z
s ynte z ę (SBS), z as adę dz iałania s e kwe natora, re guły planowania doś wiadcz e ń pod konkre tne
aplikacje oraz pie rwotną analiz ę uz ys kanych wyników, ucz e s tnicy s z kole nia wykonują praktycz ne
ćwicz e nia z wykorz ys tanie m s ys te mu MiSe q.
Zachę camy do wz ię cia udz iału w s z kole niu. Program s z kole nia i re je s tracja ucz e s tników.
... seminarió w o n-line (t zw. webinars) pro wadzo nych przez specjalist ó w aplikacyjnych
f irmy Illumina:
Illumina prowadz i s z kole nia on-line dotycz ące prowadz e nia badań z wykorz ys tanie m te chnologii
s e kwe ncjonowania nas tę pne j ge ne racji oraz mikromacie rz y.
W lutym z e s pół s pe cjalis tów aplikacyjnych Illumina proponuje nas tę pujące z agadnie nia:
• s trate gia doś wiadcz e ń typu multiple ks i dobór kombinacji inde ks ów na potrz e by pulowania
bibliote k
• właś ciwe planowanie e ks pe ryme ntu oraz us tawie ń parame trów re akcji s e kwe ncjonowania omówie nie aplikacji Illumina Expe rime nt Manage r (IEM)
• oce na prz e bie gu i jakoś ci re akcji s e kwe ncjonowania z wykorz ys tanie m Se que nce Analys is
Vie we r (SAV)
• wprowadz e nie do analiz y danych uz ys kanych w wyniku re akcji NGS
• Infinium Me thylation Analys is - narz ę dz ie do badania proce s ów e pige ne tycz nych
Ucz e s tnictwo w s e minariach (we binarach) Illumina wymaga dos tę pu do inte rne tu oraz
aktywne go połącz e nia te le fonicz ne go (połącz e nie be z płatne ). Aby wz iąć udz iał w danym
s e minarium nale ży dokonać uprz e dnie j re je s tracji drogą e le ktronicz ną. Komple tną lis tę lutowych
s e minariów oraz linki re je s tracyjne z najdz ie cie Pańs two na s tronach Illumina:
http://s upport.illumina.com/training/s e que ncing.ilmn
http://s upport.illumina.com/training/array.ilmn
... ko nf erencji i sympo zjó w w Po lsce:
CrimeLab – III Międzynaro do we T argi T echniki Kryminalist ycznej
12-14.03.2014. Wars z awa
link
IX Mult idyscyplinarna Ko nf erencja Nauki o Leku
12-14.05.2014. Korytnica k/Sz ydłowa, Hote l Cz te ry Wiatry
link
... ko nf erencji zagranicznych:
Advances in Geno me Bio lo gy and T echno lo gy (AGBT )
12-15.02.2014. Marco Is land, Floryda, USA
link
Omics meet s Cell Bio lo gy: Applicat io ns t o human Healt h and Disease
18-23.02.2014. Taos , Ne w Me xico, USA
link
Mo bile Genet ic Element s and Geno me Evo lut io n
9-14.03.2014. Santa Fe , Ne w Me xico, USA
link
Big Dat a in Bio lo gy
23-25.03.2014. San Francis co, California, USA
link
Epigenet ic Pro gramming and Inherit ance
6-10.04.2014. Taos , Bos ton, Mas s achus e tts , USA
link
Ko mentarze i o pinie czytelnikó w newslettera
Drodz y Cz yte lnicy! Bę dz ie my wdz ię cz ni je ś li z e chce cie podz ie lić s ię z nami s woimi opiniami
dotycz ącymi ne ws le tte ra Ope nExome . Je ś li nas uwają s ię Pańs twu kome ntarz e na te mat tre ś ci
kole jnych wydań ne ws le tte ra lub s uge s tie te matów, które warto porus z yć w tym pe riodyku,
pros imy o prz e s yłanie ich na adre s : community@ope ne xome .pl.
O pe nExo me s .c . | ul. S c hro e ge ra 82 | 0 1-828 Wars z awa | (+48) 22 46 5 25 27 | c o mmunity@ o pe ne xo me .pl