MJ Mini

Transkrypt

MJ Mini

MJ Mini™ Cykler z Gradientem
Termicznym
Instrukcja Obsługi
PTC-1148 MJ Mini Cykler Termiczny
Instrukcja Obsługi Termocyklera Gradientowego MJ Mini
∝
Zalegalizowane prawa autorskie © 2005, Bio-Rad Laboratories. Powielanie w jakiekolwiek
formie, drukowanej lub elektronicznej bez pisemnego pozwolenia Bio Rad Laboratories, Inc.
jest zakazane.
10968 revA
Chill-Out -, Hot Bonnet, Microseal, MiniCycler, Mini MJ, Research MJ, Mini Opticon oraz logo
są znakami towarowymi naleŜącymi do Bio Rad Laboratories, Inc.
Aparat, Serial No ____________, jest Autoryzowanym Cyklerem Termicznym. W cenie
zakupu znajdują się opłaty na pozwolenia patentowe przeprowadzone w Stanach
Zjednoczonych o numerze: 4,683,195, 4,683,202 i 4,965,188, których właścicielem jest
Roche Molecular Systems, Inc. oraz pozwolenia na uŜytkowanie patentu jako patent
zewnętrzny - poza Stanami Zjednoczonymi, których właścicielem jest F. Hoffmann-LaRoche
Ltd. Patent dotyczy, moŜliwości wykorzystania procesu łańcuchowej reakcji polimerazy
(Polymerase Chain Reaction) ("PCR"), dla badań wewnętrznych oraz wszelkich udogodnień
zastosowanych w tym aparacie. Część honorarium na pozwolenie korzystania z patentu
została nabyta od Applied Biosystems albo została nabyta przez zakup autoryzowanych
odczynników. Instrument ten jest teŜ autoryzowanym cyklerem termicznym do stosowania
aplikacji udostępnianych przez Applied Biosystems. Jego uŜycie z autoryzowanymi
odczynnikami do reakcji PCR jest ograniczone zgodnie z prawami towarzyszących tym
odczynnikom.
Zakup tego produktu nie daje nabywcy całkowitego pozwolenia - licencji lub praw do
przeprowadzania procesu PCR. Dodatkowe informacje o nabywaniu pozwoleń do
stosowania procesu PCR moŜna otrzymać przez skontaktowanie się z dyrekcją licencji:
Director Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster, California, 94404,
USA.
śadne prawa nie są udzielane kategorycznie, przez implikację do jakichkolwiek patentów na
reakcję PCR w czasie rzeczywistym.
Applied Biosystems nie gwarantuje poprawności działanie tego aparatu.
2
∝
Spis treści
WYJAŚNIENIE OZNACZEŃ ............................................................................................................. 5
ZASADY BEZPIECZEŃSTWA .......................................................................................................... 5
ZASADY BEZPIECZNEGO UśYTKOWANIA ............................................................................... 6
ODDZIAŁYWANIE ELEKTROMAGNETYCZNE......................................................................... 6
OSTRZEśENIE FCC ........................................................................................................................... 6
KONWENCJA DOKUMENTACJI .................................................................................................... 7
1
1.1.
1.2.
1.3.
2
WPROWADZENIE ...................................................................................................................... 8
TERMOCYKLER MJ MINI ............................................................................................................. 8
KORZYSTANIE Z INSTRUKCJI OBSŁUGI ........................................................................................ 8
ZASADY BEZPIECZEŃSTWA.......................................................................................................... 9
UKŁAD I SPECYFIKACJA ...................................................................................................... 10
2.1
WIDOK Z PRZODU ...................................................................................................................... 11
2.2
PANEL KONTROLNY .................................................................................................................. 11
2.3
WIDOK Z BOKU .......................................................................................................................... 12
2.4
WIDOK OD SPODU ...................................................................................................................... 12
2.5
SPECYFIKACJA TECHNICZNA ..................................................................................................... 13
2.6
SPECYFIKACJA GRADIENTU ....................................................................................................... 13
3.1
KONTROLNA LISTA PAKOWANIA ............................................................................................... 15
3.2
USTAWIENIE TEMOCYKLERA MJ MINI ...................................................................................... 15
3.3
WYMAGANIA ŚRODOWISKOWE ................................................................................................. 15
3.4
WYMAGANIA ZASILANIA ........................................................................................................... 15
3.5
WYMAGANIA CYRKULACJI POWIETRZA .................................................................................... 16
4.1
WŁĄCZANIE TERMOCYKLERA MJ MINI .................................................................................... 19
4.2
MENU GŁÓWNE ......................................................................................................................... 19
4.3
KORZYSTANIE Z PANELU KONTROLI ......................................................................................... 19
4.4
KORZYSTANIE Z PORTÓW DANYCH ........................................................................................... 20
4.5
OTWIERANIE I ZAMYKANIE BLOKU ........................................................................................... 20
4.6
WYBÓR WŁAŚCIWYCH PROBÓWEK ............................................................................................ 20
4.7
ZAMYKANIE PROBÓWEK............................................................................................................ 21
4.8 WKŁADANIE PROBÓWEK DO BLOKU GRZEJNEGO ........................................................................... 23
DODATEK 4-A: TABELA UŁATWIAJĄCA DOBÓR PROBÓWEK, MIKROPŁYTEK ORAZ SYSTEMÓW
ZAMYKAJĄCYCH .................................................................................................................................... 24
DODATEK 4-B: ZASADY BEZPIECZEŃSTWA W PRZYPADKU UśYCIA NUKLEOTYDÓW ZNAKOWANYCH
35
S
25
5.1
URUCHOMIENIE PROTOKOŁU ..................................................................................................... 27
5.2
EKRAN STARTOWY PROTOKOŁU ................................................................................................ 29
5.3
EKRAN WYŚWIETLENIA TEMPERATURY .................................................................................... 29
5.4
EKRAN CZASU ............................................................................................................................ 30
5.5
ODCZYT EKRANU ZAKOŃCZENIA PROGRAMU ........................................................................... 30
5.6
RĘCZNE PRZEJŚCIE PRZEZ KOLEJNE ETAPY PROTOKOŁU ........................................................... 31
5.7
ZAWIESZENIE WYKONYWANEGO PROGRAMU ........................................................................... 31
5.8
ZATRZYMANIE WYKONYWANEGO PROGRAMU ......................................................................... 32
5.9
WZNAWIANIE PRACY TERMOCYKLERA PO ZANIKU NAPIĘCIA ................................................... 32
5.10 UśYWANIE TERMOCYKLERA JAKO BLOKU GRZEWCZEGO O STAŁEJ TEMPERATURZE ............... 33
6.1
ELEMENTY PROGRAMU .............................................................................................................. 36
6.2
PROJEKTOWANIE NOWEGO PROGRAMU ..................................................................................... 37
6.3
WPROWADZANIE NOWEGO PROGRAMU ..................................................................................... 38
6.4
MODYFIKACJA KROKU PROGRAMU Z WYKORZYSTANIEM OPCJI .............................................. 47
6.5
WPROWADZANIE POPRAWEK PODCZAS PROGRAMOWANIA ...................................................... 51
3
∝
DODATEK 6-A WYBÓR POKRYWY GRZEJNEJ W OPCJI ........................................................................... 54
7.1
EDYCJA ISTNIEJĄCEGO PROGRAMU ........................................................................................... 56
7.2
EDYCJA PROGRAMU W SPOSÓB GRAFICZNY .............................................................................. 59
7.3
ZAPISYWANIE EDYTOWANEGO PROGRAMU............................................................................... 60
8.1
OKREŚLANIE POZYCJI PROTOKOŁU............................................................................................ 63
8.2
USTAWIENIA FOLDERÓW........................................................................................................... 63
8.3
TWORZENIE FOLDERU ............................................................................................................... 64
8.4
WPROWADZANIE HASŁA DO FOLDERU ...................................................................................... 64
8.5
KASOWANIE FOLDERA .............................................................................................................. 65
8.6
ZMIANA NAZWY FOLDERA......................................................................................................... 66
8.7
KOPIOWANIE PROGRAMU .......................................................................................................... 66
8.8
PRZESUWANIE PROGRAMU ........................................................................................................ 67
8.9
KASOWANIE PROGRAMU ........................................................................................................... 67
8.10 ZAMIANA NAZWY PROGRAMU ................................................................................................... 67
8.11 NARZĘDZIA PROGRAMOWE ....................................................................................................... 68
8.12 OGLĄDANIE PROGRAMU OSTATNIEGO POMIARU....................................................................... 68
8.13 ZMIANA USTAWIEŃ DOMYŚLNYCH POKRYWY GRZEJNEJ .......................................................... 69
8.14 PRZEPROWADZANIE AUTO TESTU KONTROLNEGO .................................................................... 69
8.15 KALKULATOR GRADIENTU ........................................................................................................ 70
8.16 ODCZYTANIE WERSJI OPROGRAMOWANIA ................................................................................ 71
8.17 ZMIANA KONTRASTU WYŚWIETLACZA LCD ............................................................................. 71
9.1
CZYSZCZENIE GŁOWICY I BLOKU .............................................................................................. 72
9.2
CZYSZCZENIE POWIETRZNYCH OTWORÓW ODPROWADZAJĄCYCH ........................................... 72
9.3
CZYSZCZENIE RADIOAKTYWNYCH I NIEBEZPIECZNYCH MATERIAŁÓW POZA BLOKIEM ........... 72
9.4
WYMIANA BEZPIECZNIKÓW ...................................................................................................... 73
DODATEK A GWARANCJA............................................................................................................ 74
DODATEK B PROTOKOŁY ZAPROGRAMOWANE ................................................................. 75
4
∝
Wyjaśnienie Oznaczeń
UWAGA: Ryzyko niebezpieczeństwa! Jeśli tylko symbol ten zostanie wyświetlony, naleŜy
zajrzeć do instrukcji i przeczytać notatki w celu uzyskania uzupełniających informacji dla
dalszego postępowania. Symbol ten identyfikuje ewentualne zagroŜenie, które moŜe
doprowadzić do zranienia się uŜytkownika albo uszkodzenia instrumentu jeśli był on
nieodpowiednio obsługiwany.
UWAGA: Ryzyko poraŜenia prądem! Symbol ten rozpoznaje ewentualne zagroŜenie, które
moŜe doprowadzić do poraŜenia uŜytkownika prądem albo uszkodzenia instrumentu jeśli był
on nieodpowiednio obsługiwany.
UWAGA: Gorąca powierzchnia termocyklera. Jeśli aparat był nieodpowiednio obsługiwany,
pojawienie się tego symbolu informuje o pojawieniu się ewentualnego zagroŜenia, które
moŜe doprowadzić do zranienia uŜytkownika z powodu nadmiernego nagrzania aparatu.
Zasady Bezpieczeństwa
OSTRZEśENIE: Obsługiwanie termocyklera z układem Peltier: MJ Mini bez zapoznania się z
instrukcją obsługi niesie ryzyko uszkodzenia ciała. Tylko wykwalifikowany personel
laboratoryjny, przeszkolony w zakresie bezpiecznej obsługi urządzeń elektrycznych,
powinien obsługiwać termocykler.
OSTRZEśENIE: Nie otwieraj i nie usiłuj naprawić podstawy termocyklera z układem Peltier:
MJ Mini, zasilacza, pompy cieplnej / bloku grzejnego, ani innego elementu. Rozpoczęcie
takich działań uniewaŜni gwarancję aparatu i moŜe spowodować zagroŜenie poraŜenia
prądem. Jeśli aparat wymaga naprawy, proszę go zwrócić do fabryki (klienci USA) albo do
upowaŜnionego dystrybutora (wszyscy inni klienci).
OSTRZEśENIE: Blok z próbkami moŜe pozostać wystarczająco gorący podczas normalnego
działania, aby spowodować poparzenie albo nagłe zagotowanie i wybuch płynów. Podczas
pracy z urządzeniem zawsze naleŜy uŜywać okularów ochronnych lub innych środków
ochrony oczu.
5
∝
OSTRZEśENIE: Termocykler MJ Mini akumuluje ładunek elektryczny, co oznacza, Ŝe
elementy wewnątrz termocyklera mogą pozostawać pod napięciem nawet po wyłączeniu
urządzenia. Energia elektryczna moŜe być przechowywana nawet po spaleniu lub
mechanicznym usunięciu bezpieczników. Nigdy nie naleŜy otwierać jednostki zasilającej
termocyklera, gdyŜ moŜe to spowodować zagroŜenie poraŜenia prądem. Otwarcie obudowy
spowoduje równieŜ utratę gwarancji producenta.
Zasady bezpiecznego uŜytkowania
Aparat MJ Mini moŜe być bezpiecznie uŜytkowany w następujących warunkach:
• UŜycie w pomieszczeniach zamkniętych
• Wysokość nad poziomem morza, aŜ do 2000 m
• Temperatura od 5 C do 40 °C
• Maksymalna względna wilgoć 80% do temperatury 31 °C, zmniejszaj ąc liniowo do 50%
względnej wilgoci przy 40 °C
• Wahania napięcia nie przekraczają ± 10% nominalnego napięcia
• Kategorie instalacji ( kategorie przekroczenia napięcia) II
• Stopień Zanieczyszczenia 2
• Zasilanie elektryczne, 100-240 VAC, 50-60 Hz, 400 W
Oddziaływanie elektromagnetyczne
Urządzenie zastosowuje się do Części 15 Zasad FCC. Obsługa podlega dwu warunkom 1)
urządzenia te mogą spowodować szkodliwy wpływ, i 2) urządzenia te muszą być odporne na
szkodliwe oddziaływania, włącznie z oddziaływaniami mogącymi spowodować
nieprzewidziane skutki.
Cyfrowe urządzenia nie przekraczają limitów dla Klasy A emisji radiowych dla aparatów
cyfrowych ustalonych przez Kanadyjskie Ministerstwo Komunikacji w Zasadach Regulacji
Oddziaływań Radiowych.
Urządzenie zostało przetestowane i stwierdzono, Ŝe stosuje się do standardów EMC
wprowadzonych przez Unię Europejską dla promieniowania i podatności na nie.
LE PRESENT APPAREIL NUMERIQUE N'EMET PAS DE BRUITS RADIOELECTRIQUES
DEPASSANT LES LIMITES APPLICABLES AUX APPAREILS NUMERIQUES DE CLASS A
PRESCRITES DANS LE REGLEMENT SUR LE BROUILLAGE RADIOELECTRIQUE
EDICTE PAR LE MINISTERE DES COMMUNICATIONS DU CANADA.
OstrzeŜenie FCC
OSTRZEśENIE: Zmiany albo modyfikacje wprowadzone do aparatu przez osoby
nieupowaŜnione do tego działania spowodują utratę gwarancji.
UWAGA: Urządzenie to zostało przetestowane i stwierdzono, Ŝe stosuje się do Części 15
Zasad FCC. Zasady te dotyczą ograniczeń określających zagroŜenia promieniowaniem, gdy
aparat jest uŜytkowany w środowisku komercyjnym. Instrument generuje, uŜywa i moŜe
wysyłać promieniowanie o częstotliwości fal radiowych. Jeśli nie jest zainstalowany i
6
∝
uŜywany zgodnie z instrukcją obsługi, moŜe mieć szkodliwy wpływ na komunikację radiową.
UŜytkowanie tego aparatu na terenie zamieszkałym moŜe spowodować szkodliwy wpływ i w
tym przypadku uŜytkownik będzie zmuszony pokryć wszelkie straty na własny koszt.
Aby zapewnić zgodność z ograniczeniami FCC Klasy A wraz z aparatem muszą zostać
uŜyte odpowiednie ochronne przewody elektryczne.
Sprzęt ten został sklasyfikowany jako „urządzenie zwolnione z zasad opisanych w Sekcji
15.103(c) Zasad FCC”. JednakŜe projekt urządzenia został zweryfikowany jako zgodny z
limitem klasy „A” dla urządzeń elektronicznych.
Konwencja dokumentacji
Konwencja topograficzna
Nazwy kluczy klawiatury są zamieszczone w podwójnych nawiasach:
Przykład
<<Proceed>>
Elementy w menu programowania są oznaczone czcionką pochyłą:
Przykład
Wybierz Edit z Main Menu.
Konwencja graficzna
Ekran programowania wyświetlany w oknie LCD moŜe wyświetlać do 7 linii tekstu
jednocześnie.
Przykład
Terminologia
Opcja programowania jest określona "wybrany” w momencie kiedy opcja jest podświetlona.
W instrukcji tej, podane są wybrane terminy (spójrz, przykład powyŜej).
7
1
∝
Wprowadzenie
1.1. Termocykler MJ Mini
Dziękujemy za zakupienie termocyklera MJ Mini PTC-1148. Ten osobisty cykler posiada
następujące cechy:
• Cykler średniej pojemności: MJ Mini moŜe pomieścić 48 x 0.2 ml probówek, 12 x 0.5 ml
probówek albo jedną mikropłytkę na 48 studzienek.
•
UmoŜliwia zaprogramowanie i utrzymanie 16 ° gradientu t ermicznego wzdłuŜ bloku od
jego przedniej do tylnej części, w celu optymalizacji protokołu w pojedynczym przebiegu.
•
Rozbudowywany do Mini Opticon™ - systemu umoŜliwiającego pomiar PCR w czasie
rzeczywistym, dzięki zainstalowaniu dodatkowej przystawki optycznej.
•
Zintegrowana podgrzewana pokrywa Hot Bonnet ® dla bezolejowego cieplnego pomiaru.
Podgrzewana ciśnieniowa pokrywa moŜe być ręcznie dostosowana, by umoŜliwić uŜycie
probówek o róŜnych wielkościach i mikropłytek.
•
Intuicyjne i łatwe w obsłudze oprogramowanie umoŜliwia szybki dostęp do programów,
które mogą zawierać protokoły o skomplikowanych krokach (automatyczne wydłuŜanie
czasu, automatyczne przerywanie grzania, róŜnorodne skoki temperatury).
•
Wybór kontroli temperatury: obliczona temperatura próbki (dla najwyŜszej szybkości i
dokładności pomiaru) albo kontrola temperatury bloku (dla zgodności z protokołami
utworzonymi dla aparatów róŜnych typów).
•
Aparat jest tak skonstruowany, Ŝe ma prostą budowę i zajmuje mało miejsca podczas
transportu.
•
Posiada funkcję inkubacji dla ciągłego utrzymania stałej, określonej temperatury.
•
Posiada fabrycznie zainstalowane protokoły.
1.2. Korzystanie z Instrukcji obsługi
Instrukcja obsługi zawiera wszystkie informacje, które umoŜliwią bezpieczne i efektywne
korzystanie z termocyklera MJ Mini:
•
Rozdział 2 przedstawia techniczną charakterystykę cyklera MJ Mini
•
Rozdział 3 – 5 prezentuje podstawy instalacji i uŜytkowania cyklera MJ Mini
•
Rozdziały 6 i 7 opisują programowanie
•
Rozdział 8 opisuje udogodnienia wprowadzone do cyklera MJ Mini
•
Rozdział 9 wyjaśnia sposób właściwej pielęgnacji aparatu
•
Rozdział 10 opisuje ewentualne problemy jakie mogą pojawić się podczas pracy z MJ
Mini
Tech Support: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com
8
∝
1.3. Zasady bezpieczeństwa
Bezpieczne uŜytkowanie termocyklera MJ Mini naleŜy rozpocząć po uprzednim zrozumieniu
sposobu, w jaki aparat pracuje. Przed przystąpieniem do obsługi urządzenia naleŜy
dokładnie przeczytać instrukcję obsługi. Osoby nieuprawnione i te, które nie przeczytały
instrukcji nie powinny obsługiwać urządzenia.
OSTRZEśENIE: Termocykler MJ Mini moŜe wygenerować ilość ciepła, która przy
nieostroŜnym i niezgodnym z instrukcją uŜytkowaniu moŜe spowodować poparzenia i
wywołać silny szok elektryczny. Proszę przeczytać zasady bezpiecznego uŜytkowania,
ostrzeŜenia i wskazówki umieszczone w początkowej części instrukcji i je przećwiczyć.
OSTRZEśENIE: Nie naleŜy blokować kratek wentylacyjnych termocyklera MJ Mini (w celu
ustalenia ich lokalizacji zobacz Rysunek w Rozdziale 2). Blokowanie swobodnego przepływu
powietrza moŜe doprowadzić do przegrzania się aparatu i wywołać ryzyko poraŜenia
prądem, a nawet spowodować poŜar.
9
2
Układ i specyfikacja
2.1
2.2
2.3
2.4
2.5
2.6
Widok z przodu
Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Panel Kontrolny
Widok z boku Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Widok od spodu
Specyfikacja techniczna
Specyfikacja Gradientu
∝
10
∝
2.1
Widok z przodu
Rysunek 2.1
Koło dociskowe
Zamknięta pokrywa grzejna
Panel kontrolny
2.2
Panel Kontrolny
Rysunek 2.2
Okno LCD
Lampy grzanie /
chłodzenie bloku
Klucz ekranu
Klucze wyboru
Klucz Pauza
Klucz przejścia
Klucz Cancel
11
∝
2.3
Widok z boku
Rysunek 2.3
Pokrywa grzejna
Włącznik zasilania
Porty USB
Wejście przewodu zasilającego
2.4
Bezpieczniki
Widok od spodu
Rysunek 2.4
Przód
Zasysanie powietrza
Ujście powietrza
Tył
12
2.5
∝
Specyfikacja techniczna
Zakres termiczny:
0–99°C, ale nie wi ęcej niŜ 30°C powy Ŝej temp. otoczenia
Dokładność temp:
±0.2°C zaprogramowanej temp. @ 90°C, certyf ikat NIST
Jednorodność temp: ±0.4°C pomi ędzy studzienkami, osiągnięte po 10 sek przy 90°C
Szybkość skoku:
Średnie skoki zmiany są 1.5°C/sek, z max szybko ścią 2.5°C/sec
Pojemność próbek:
48 x 0.2 ml probówki, 12 x 0.5 ml probówki,, lub jedna 48-studzienkowa
mikropłytka
Napięcie:
100–240 VAC (w podanych zakresach nie potrzebne jest Ŝadne
przestrajanie aparatu)
Częstotliwość:
50–60 Hz
Moc:
400 W maximum
Bezpieczniki:
dwa 6.3 A, 250 V, 5 x 20 mm
Wyświetlacz:
64 x 120 LCD
Porty:
dwa porty USB dla systemu optycznego MiniOpticon, łatwe przejście z
MJ Mini, komunikacja z zewnętrznym komputerem
Pamięć:
400 programów, 100 kroków kaŜdy, kaŜdy krok powtórzony 9,999 razy
Waga:
4 kg
Wielkość (Sz x D x W):
2.6
18 x 32 x 20 cm
Specyfikacja Gradientu
Dokładność temp gradientu:
±0.2°C programowanej temp w rz ędzie, 10 sek od
pierwszego kroku gradientu, certyfikat NIST
Jednorodność termiczna w rzędzie: ±0.4°C, w rz ędzie, w 10 sek od osiągnięcia temp
zaprogramowanej
Dokładność kalkulatora temp:
±0.4°C temp w rz ędzie, certyfikat NIST
NajniŜsza temp programu:
35°C
NajwyŜsza temp programu:
99°C
Zakres róŜnicy temp:
1–16°C
13
∝
3 Instalacja
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
Kontrolna lista pakowania Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Ustawienie temocyklera MJ Mini
Wymagania środowiskowe Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Wymagania zasilania Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Wymagania cyrkulacji powietrza
14
3.1
∝
Kontrolna lista pakowania
Po rozpakowaniu opakowania zewnętrznego temocyklera MJ Mini, naleŜy sprawdzić, czy
otrzymano:
• Blok temocyklera MJ Mini
• dwa bezpieczniki
• przewód zasilający
• Instrukcję obsługi temocyklera MJ Mini
Jeśli któryś z wyŜej wymieniowych elementów jest uszkodzony lub brakuje go w przesyłce
naleŜy skontaktować się z lokalnym przedstawicielem Bio-Rad Laboratories w celu
otrzymania zamiennika. Proszę zachować oryginalne zewnętrzne opakowania na wypadek,
gdyby naleŜało odesłać aparat do serwisu Bio-Rad. Zobacz Dodatek C – transport aparatu.
3.2
Ustawienie temocyklera MJ Mini
Temocykler MJ Mini wymaga minimalnego montaŜu: podłączenia przewodu zasilającego do
gniazda aparatu znajdującego się w tylnej części urządzenia (zobacz Rysunek 2.3 w celu
określenia umiejscowienia gniazda), a następnie podłączenia drugiego kończ przewodu do
gniazda zasilania.
3.3
Wymagania środowiskowe
Sprawdź, czy otoczenie, w którym będzie zainstalowany aparat temocykler MJ Mini spełnia
następujące warunki bezpiecznego uŜytkowania:
• Nie ma w pobliŜu substancji mogących eksplodować
• Panuje normalne ciśnienie powietrza (2 000 m npm)
• Temperatura otoczenia mieści się w granicach 5 – 31 °C
• Względna wilgotność nie przekracza 80 %
• Wolny dostęp powietrza o temp 31 °C lub niŜszej
• Ochrona od nadmiernego gorąca i przypadkowego wylewa się płynów. (Nie naleŜy
umieszczać termocyklera Mini MJ blisko takich cieplnych źródeł jak źródła fal
radiowych i chronić od niebezpieczeństwa zalania wodą albo innymi płynami, które
mogą spowodować zwarcie w jego obwodach elektrycznych).
3.4
Wymagania zasilania
Temocykler Mini MJ wymaga 90 – 240 V, 50 – 60 Hz i gniazda uziemionego. Temocykler
moŜe korzystać z aktualnego napięcia z zakresu, który jest powyŜej wyszczególniony bez
dostosowania i nie wymaga Ŝadnych przełączników napięcia.
Przewody zasilania z końcówkami innymi niŜ te, uŜywane w Stanach Zjednoczonych 120V,
naleŜy nabyć w sklepach komputerowych. Mogą być uŜywane przewody stosowane do
większości stacjonarnych komputerów i drukarek, które posiadają międzynarodowy standard
IEC -320. Przewód zasilający musi być przystosowany do przenoszenia prądu elektrycznego
o parametrach co najmniej: 10A i 125V albo 250V, zaleŜnie od napięcia dostępnego w
danym kraju. Jakość przewodu zasilającego moŜe zostać sprawdzona przez określenie
znaku towarowego UL, CSA, TUV, VDE, albo innego sposobu testowania prowadzonego w
danym kraju.
UWAGA: Nie naleŜy ucinać dostarczonego przewodu zasilającego 120V w celu
przymocowania innej wtyczki. Zawsze naleŜy uŜywać przewodu
będącego jedną
niemodyfikowaną całością, tak jak to wyszczególniono powyŜej.
15
3.5
∝
Wymagania cyrkulacji powietrza
Temocykler MJ Mini wymaga stałego dostępu powietrza. Powietrze jest pobierane przez
otwory wentylacyjne znajdujące się w przedniej części instrumentu, a następnie wydalane
przez otwory w wentylacyjne znajdujące się w jego części tylnej (zobacz Rysunek 2.4).
Aparat moŜe przegrzać się, powodując problemy w momencie, gdy dostarczanego powietrza
jest za mało albo jest zbyt gorące. Wówczas wyświetlane będą komunikaty pokazujące błędy
programowe (szczególnie "HS Overheating ” i "Slow Block Cycling”), a nawet moŜe nastąpić
automatyczne zamknięcie aparatu.
Zapewnianie dostępu powietrza do ujść wentylacyjnych
•
Nie naleŜy blokować otworów wentylacyjnych
NaleŜy ustawić aparat MJ Mini co najmniej 10 cm od pionowych powierzchni i innych
termocyklerów (większe odległości mogą być wymagane; patrzeć poniŜej). Nie naleŜy kłaść
luźnych papierów pod i w pobliŜu ujść wentylacyjnych; mogą one zostać zassane do
otworów powietrznych i spowodować problemy w funkcjonowaniu aparatu.
•
Nie moŜna dopuścić aby kurz, czy pył gromadził się w pobliŜu ujść wentylacyjnych.
Otwory powietrzne są szczególnie naraŜone na zbieranie kurzu i pyłów, czasami zupełnie je
zatykając. Wszelkie pokłady kurzu i pyłów powinny zostać usunięte. NaleŜy co miesiąc
sprawdzać i jak tylko jest to potrzebne czyść otwory przyrządu wsysającego. NaleŜy usuwać
lekkie pokłady kurzu za pomocą szczotki z miękką szczeciną albo wilgotną szmatką. Przed
rozpoczęciem czyszczenia aparatu naleŜy odłączyć go od zasilania.
Zapewnienie wystarczającego chłodzenia
•
•
Nie naleŜy umieszczać dwóch bądź większej ilości termocyklerów w bliskiej
odległości od siebie. Ujścia wentylacyjne muszą mieć swobodny dostęp
wystarczająco chłodnego powietrza.
NaleŜy się upewnić, Ŝe powietrze dostające się do ujść wentylacyjnych ma
temperaturę 31 °C lub jest chłodniejsze. Ujście wentylacyjne wprowadzające
powietrze do aparatu znajduje się w jego przedniej części (zobacz Rysunek 2.4).
Temocykler MJ Mini naleŜy ustawić w miejscu, w którym będzie uŜytkowany, a następnie go
uruchomić. NaleŜy określić jakie będą typowe warunki obsługiwania aparatu w tym miejscu,
ze szczególnym uwzględnieniem czynników cieplnych (np., ustawienie pobliskich urządzeń,
otwarte okna, oświetlenie). Włącz typowy protokół (np., BASIC) przez 30 minut, aby rozgrzać
temocykler, po to aby sprawdzić temperaturę powietrza w otworach wlotu powietrza. Jeśli
podłączony jest więcej niŜ jeden temocykler, zmierz temperaturę powietrza dla kaŜdego z
nich.
Jeśli temperatura wlotu powietrza termocyklera jest wyŜsza niŜ 31 ° C, zobacz tabel ę 3-1 w
rozdziale rozwiązywanie problemów. MoŜe być wymagane przeprowadzenie kilku
doświadczeń w celu ustalenia najbardziej dogodnych warunków, gdy więcej niŜ jeden
czynnik jest brany pod uwagę. W celu rozwiązywania problemu, naleŜy zweryfikować, czy
temperatura powietrza wchodzącego do otworów wlotu powietrza jest niŜsza, w wyniku
przeprowadzenia powyŜszej procedury.
16
∝
Przyczyna
Słaba cyrkulacja powietrza
Sposób rozwiązania
NaleŜy zorganizować więcej miejsca wokół
urządzenia i/lub przewietrzyć pomieszczenie
Wysoka temperatura otoczenia
NaleŜy włączyć klimatyzację
Aparat znajduje
pomieszczenia
się
w
gorącej
części NaleŜy usunąć inne urządzenia aby uniknąć
wpływu innego promieniowania, źródła
wydzielanego ciepła i nasłonecznienia
Otoczenie wielu urządzeń elektrycznych
NaleŜy tak ustawić aparaty aby gorące
powietrze wychodzące z jednego, nie było
wprowadzane do otworów wlotowych innych
aparatów
17
∝
4 Obsługa aparatu
4.1
Włączanie Termocyklera MJ Mini Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
4.2
Menu Główne Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
4.3
Korzystanie z Panelu Kontroli
4.4
Korzystanie z portów danych Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
4.5
Otwieranie i zamykanie bloku
4.6
Wybór właściwych probówek Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
4.7
Zamykanie probówek Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
4.8 Wkładanie probówek do bloku grzejnego
Dodatek 4-A: Tabela ułatwiająca dobór probówek, mikropłytek oraz systemów zamykających
Dodatek 4-B: Zasady bezpieczeństwa w przypadku uŜycia nukleotydów znakowanych 35S
18
∝
4.1 Włączanie Termocyklera MJ Mini
NaleŜy przełączyć wyłącznik zasilania na "o” (pozycja "On ”). Aparat zostanie włączony, a
Lampki kontrolne Chłodzenia / Grzania na klawiaturze zaiskrzą się. Temocykler MJ Mini
zostanie wprowadzony do auto-testu pomp grzejnych.
UWAGA: Jeśli blok grzejny albo obieg grzejny nie znajdują się w temperaturze otocznia
(poniewaŜ blok grzejny był ostatnio w uŜyciu), aparat pominie auto-test.
Jeśli podczas auto-testu Ŝadne problemy nie zostały zarejestrowane, na wyświetlaczu
zostanie pokazane główne Menu (Main Menu). Alternatywnie, przyciśnięcie przycisku
<<Screen>> wprowadzi uŜytkownika do głównego ekranu.
Temocykler MJ Mini jest teraz gotowy do przeprowadzenia procesu.
4.2 Menu Główne
Menu Główne (Main Menu) jest podstawowym ekranem wyjścia do programowania i
konfiguracji:
• RUN: rozpoczyna program.
• NEW: pozwala na wprowadzenie nowego programu.
• EDIT: umoŜliwia modyfikacje zapisanych programów.
• VIEW: umoŜliwia wyświetlenie poszczególnych kroków programu.
• FILES: umoŜliwia wejście i zarządzanie plikami dostępów.
• TOOLS: daje dostęp do ekranów konfiguracji aparatu.
4.3 Korzystanie z Panelu Kontroli
Panel kontrolny (zobacz Rysunek. 2.2) zawiera klucze operacji, światła sygnalizujące stan
grzania i chłodzenia, okno LCD na którym są wyświetlane programy oraz status aparatu i
klawiaturę cyfrową dla wprowadzenia wartości do programów.
Klucze operacyjne
•
Wybór kluczy: (w prawo, lewo, w górę, w dół): przemieść kursor o jedną spację lub
wybierz opcje na ekranie LCD
• Proceed/Enter: Akceptuje wybrane menu lub opcje ekranu; podczas aktywnego
protokołu wprowadza program do następnego kroku.
• Cancel: kończy aktywny protokół; podczas tworzenia lub edycji programu pozwala na
rezygnację z ostatnio wprowadzonej zmiany
• Pause: stopuje protokół podczas jego przebiegu
• Instant: Rozpoczyna program, w którym aparat słuŜy jako prosty inkubator
• Screan: Przełącza pomiędzy ekranami protokołu stanu, Menu Głównego i czasowe
wyświetlenia w oknie LCD podczas aktywnego protokołu. Dodatkowo, przycisk przełącza
pomiędzy Głównym Menu i ekranem "About” aparatu i pozwala uŜytkownikowi na oglądanie
tekstu i ekranów graficznych programowania.
Światła Oznaczeń Statusu
19
•
∝
Światła/Lampy statusu bloku określają kiedy blok grzejny jest rozgrzewany
(rozświetlane jest światło czerwone), lub chłodzony (rozświetlane jest światło
niebieskie).
4.4 Korzystanie z portów danych
Temocykler MJ Mini posiada porty USB umieszczone w tylnej części urządzenia. Znajdują
się tam dwa typy portów: typ A (górny port) i typ B (dolny portowy), które pozwalają na
podłączenie kilku aparatów szeregowo i obsługę z komputera (aparaty połączone
szeregowo). Górny port USB słuŜy do podłączenia aparatu do komputera aby był
obsługiwany przez oprogramowanie Monitor Opticon (dostępny do pobierania ze strony
internetowej firmy Bio-Rad).
4.5 Otwieranie i zamykanie bloku
NaleŜy chwycić przednią część pokrywy grzejnej Hot Bonnet ® i mocno pociągnąć w górę.
Górna część dzwigni otworzy się, odkrywając koło dzwigni. Kontynuuj pociąganie w górę,
aby otworzyć się Hot Bonnet. Pokrywa Hot Bonnet zostanie przechylona do tyłu, ujawniając
cały blok.
UWAGA: Aby otworzyć jednostkę nie ciągnij za pokrętło. MoŜe to spowodować uszkodzenie
mechanizmu zamykającego pokrywy Hot Bonnet®.
Aby zamknąć blok grzejny, przyciśnij dzwignię do dołu. Pokrywa Hot Bonnet zamknie się
chowając zarówno koło jak i blok grzejny. Sygnał dźwiękowy – dociskania, oznacza, Ŝe
pokrywa Hot Bonnet została zatrzaśnięcia.
4.6 Wybór właściwych probówek
Temocykler MJ Mini współpracuje z probówkami o pojemności zarówno 0,2 ml, jak i 0,5 ml
oraz mikropłytkami na 48 studzienek. NaleŜy mieć na uwadze, Ŝe róŜnice w produkcji
probówek i mikropłytek oraz grubość ich ścianek moŜe mieć znaczący wpływ na przebieg
reakcji. Protokoły mogą wymagać dostosowania, w postaci zoptymalizowania reakcji w
momencie zastosowania nowych probówek. Bio-Rad oferuje róŜnego rodzaju probówki i
mikropłytki produkowane do pracy na bloku termocyklera MJ Mini. Zobacz rozdział: Dodatek
4A w celu uzyskania całej listy.
Probówki 0,5 ml
Probówki 0.5 ml są tak zaprojektowane, Ŝe pasują do studzienek bloku grzejnego (w górnej
części są one węŜsze). Ze względu na szerokość probówek o pojemności 0.5 ml, muszą one
zostać umieszczone w taki sposób, aby kaŜda wolna przestrzeń bloku była wykorzystana.
UŜywając probówek 0.5 ml, sprawdź, czy pasują one ściśle do studzienek bloku grzejnego.
Pierwotnym przeznaczeniem probówek 0,5 ml było ich uŜywanie do wirowania, dlatego
naleŜy dokładnie sprawdzić, czy pasują one ciasno do studzienek bloku grzejnego
termocyklera. Do pracy w termocyklerach są przeznaczone cienkościenne probówki 0.5 ml, a
produkowane przez firmy lepszych marek gwarantują jakość zapewniającą dobre
dopasowanie. Bio - Rad dostarcza oba rodzaje probówek 0,5 ml: cienko i grubościenne
dokładnie pasujące do bloku grzejnego.
UWAGA: Jeśli do doświadczeń w termocyklerze MJ Mini uŜywane są probówki 0,5 ml naleŜy
je tak ustawić w bloku, aby się nie chwiały, dotykały wszystkich ścianek studzienki bloku
grzejnego. Probówki nie mogą być ustawiane w studzienkach znajdujących się w
peryferyjnych częściach bloku. Amplifikacja przeprowadzona w probówkach umieszczonych
w części peryferyjnej bloku moŜe być obarczona duŜym błędem lub próbka znajdująca się w
takiej probówce moŜe skondensować.
20
∝
Probówki cienkościenne
Grubość ścianek próbek bezpośrednio wpływa na szybkość ogrzewania próbki, a równieŜ na
czas inkubacji. W probówkach o grubszych ściankach reakcja zachodzi wolniej, poniewaŜ
ciepło jest wolniej przekazywane przez ścianki tych probówek. Dla najwcześniejszych modeli
termocyklerów opóźnienie to miało niewielkie znaczenie. Czas, w którym wykonywany był
skok temperatury był długi (poniŜej 1 ° C / sekund ę), tak, Ŝe czas inkubacji był wystarczająco
długi aby zapewnić przeniesienie ciepła przez ścianki do próbki.
Nowoczesne termocyklery charakteryzują się szybszymi skokami temperatury, za czym idzie
szybsze przekazywanie energii przez cienkie ścianki probówek i znaczne skrócenie
protokołu. Zasadniczo, aŜ 30 sekund moŜe przypadać na cykl przy uŜyciu probówek
cienkościennych, co oszczędza 15 minut w protokole z 30 powtórzeniami.
Probówki 0,2 ml
W termocyklerze MJ Mini mogą być uŜyte wszystkie typy cienkościennych probówek 0,2 ml.
Bio-Rad sprzedaje wysokiej jakości probówki 0.2 ml róŜnych rodzajów, włączając pojedyncze
probówki i paski.
Mikropłytki
W termocyklerze MJ Mini mogą zostać uŜyte róŜnorodne mikropłytki polipropylenowe 48studzienkowe jak długo będą dobrze pasować do bloku grzejnego. Mikropłytka 96studzienkowa oraz film Microseal ® selas mogą zostać dopasowane do bloku 48
studzienkowego. Polipropylenowe Mikropłytki i kompatybilny film Microseal oraz zatyczki
pasków probówek są dostępne w Bio-Rad Laboratories.
4.7 Zamykanie probówek
Aby uniknąć zmiany stęŜenia reagentów, naleŜy powziąć pewne kroki aby zapobiec
odparowaniu wody z mieszaniny reakcyjnej podczas grzania i chłodzenia próbki w
doświadczeniu. Jedynie warstwa oleju albo wosk mogą zupełnie powstrzymać parowanie z
powierzchni płynu podczas reakcji. JednakŜe, w celu zapobieŜenia kondensacji odpowiedni
stopień ochrony moŜe zostać osiągnięty przez zastosowanie zatyczek, filmu lub
przylegających uszczelnień.
Uszczelnianie za pomocą oleju lub wosku
Olej mineralny, olej silikonowy, parafina, albo Chill -™ płynny wosk, mogą zostać uŜyte do
zamknięcia probówek. NaleŜy uŜyć tylko małą ilość oleju albo wosku; 1-3 krople (15 – 50 µl)
są zwykle wystarczające. (naleŜy wziąć pod uwagę i włączyć tę objętość przy wpisywaniu
całkowitej objętości próbki do protokołu; zobacz Rozdział 5 "Wybór Sposobu Kontroli
Temperatury”). NaleŜy uŜyć tej samej ilości oleju albo wosku we wszystkich próbkach, aby
zapewnić jednolity profil cieplny.
Większość parafin zastyga w temperaturze pokojowej. Wosk po zastygnięciu moŜe zostać
przebity za pomocą końcówki pipety, a próbki wyjęte spod wosku. Olej silikonowy i mineralny
mogą zostać zebrane z próbki, po wcześniejszym zamroŜeniu probówek (– 15 ° do – 20 °C).
Próbki są zwykle wystarczająco czyste i nie wymagają dodatkowego oczyszczania.
Schłodzony płynny wosk (dostępny z Bio Rad Laboratories) jest łatwą w uŜyciu alternatywą
dla oleju. Ten oczyszczony olej parafilmowy tęŜeje w temperaturze 10 ° C i staje si ę płynny w
temperaturze pokojowej. Przez zaprogramowanie kroku w niskiej temperaturze, wosk moŜe
zostać utrwalony na końcu protokołu. Końcówka pipety moŜe zostać uŜyta do przebicia
wosku w probówkach i usunięcia próbki. Wosk jest dostępny w próbach optycznej jakości
bezbarwnych, lub barwionych na czerwono, aby pomóc w monitorowaniu podczas jego
21
∝
uŜycia. Barwienie nie ma Ŝadnego wpływu na fluorescencyjną analizę produktów reakcji na
Ŝelu.
Uszczelnianie pokrywą Hot Bonnet
Pokrywa grzejna Hot Bonnet w górnej części probówek utrzymuje wyŜszą temperaturę
powietrza (ponad mieszaniną reakcyjną) niŜ temperatura mieszaniny reakcyjnej. Zapobiega
to kondensacji odparowanej pary wodnej na ścianach probówek i pokrywie, dzięki czemu,
stęŜenie roztworu pozostaje niezmienione podczas trwania całego procesu. Pokrywa Hot
Bonnet wywiera równieŜ nacisk na pokrywki naczyń reakcyjnych umieszczonych w bloku
grzewczym, utrzymując ścisłe i stałe dopasowanie próbówek lub mikropłytek z blokiem
grzewczym.
Pokrywki, błony, folie przylepne lub maty muszą być uŜywane razem z pokrywą Hot Bonnet
w celu uniknięcia parowania.
Proszę zwrócić uwagę, Ŝe w momencie, gdy probówki są schładzane poniŜej temperatury
pokojowej tuŜ ponad poziomem cieczy moŜe pojawić się pierścień skondensowanej pary
wodnej, pod krawędzią bloku grzewczego. Nie ma to wpływu na przebieg reakcji, gdyŜ
temperatura taka pojawia się w większości protokołów na etapie końcowego schładzania
próbek po zakończeniu reakcji PCR.
Microseal® 'A' film jest szybką alternatywą dla pasków pokrywek stosowanych w zamykaniu
mikropłytek. Jest to produkt stworzony w celu osiągnięcia dokładnej szczelności podczas
reakcji. MoŜna go jednak w łatwy sposób usunąć, co redukuje ryzyko wytworzenia aerozolu i
wzajemnego zanieczyszczenia próbek. Jest równieŜ łatwy do pocięcia, co pozwala na
zamykanie za jego pomocą mniej niŜ 96 studzienek.
Microseal 'B' adhesive seal jest folią silnie adhezyjną, efektywną w zakresie temperatur od –
20º do + 110ºC. Pozwala to na bezpieczne przechowywanie i transport próbek przed i po
reakcji. Jego przejrzystość pozwala na łatwą kontrolę zawartości studzienek. Microseal 'B'
adhesive seal jest produktem idealnym do zamykania mikropłytek polipropylenowych i
polistyrenowych.
Microseal 'F' aluminized foil stanowi skuteczną barierę przeciwko parowaniu w zakresie
temperatur od –20º do +105ºC. Folia moŜe być uŜywana do aplikacji, w których próbki o
objętości ≥ 25 µl muszą być przechowywane w niŜszych temperaturach. Jest równieŜ
wystarczająco cienka, aby przebić ją pipetą i wydostać próbkę ze studzienki. Folia jest
równieŜ łatwa do pocięcia, co pozwala na zamykanie za jego pomocą mniej niŜ 96
studzienek.
Dopasowywanie nacisku gorącej pokrywy Hot Bonnet
Nacisk wywierany przez wewnętrzną powierzchnię pokrywy Hot Bonnet musi zostać ręcznie
dopasowany do typu naczyń reakcyjnych uŜytych w reakcji. Raz dopasowany Hot Bonnet
moŜe być otwierany i zamykany wielokrotnie bez potrzeby ponownego dopasowywania tak
długo, jak długo nie zmieni się typ uŜywanych probówek lub mikropłytek, lub teŜ rodzaj
zamknięcia. KaŜda zmiana typu naczynia reakcyjnego lub metody zamykania wymaga
ponownego dopasowania pokrywy Hot Bonnet.
Aby dopasować nacisk wywierany przez Hot Bonnet postępuj według następujących kroków:
1. Upewnij się, czy studzienki bloku grzewczego są czyste. Nawet niewielkie ilości
zanieczyszczeń mogą wpływać na prawidłowe ulokowanie mikropłytek lub probówek. MoŜe
to spowodować, Ŝe nacisk wywierany przez pokrywę na mikropłytkę lub probówki będzie
nierównomierny.
22
∝
2. Otwórz pokrywę Hot Bonnet. W celu całkowitego uniesienia wewnętrznej powierzchni
pokrywy przekręć niebieskie pokrętło do końca, w kierunku przeciwnym do ruch wskazówek
zegara.
3. WłóŜ mikropłytkę lub nie mniej niŜ osiem pojedynczych probówek do bloku grzewczego.
Wewnętrzna powierzchnia pokrywy obraca się wokół swego środka, przez co probówki
powinny być równomiernie rozłoŜone w bloku grzewczym. WłóŜ co najmniej 4 probówki do
studzienek połoŜonych w centralnej części bloku i co najmniej po 1 probówce w kaŜdym z 4
rogów bloku grzewczego. W przypadku uŜycia folii lub maty zamykającej naleŜy
przestrzegać zaleceń producenta.
4. Zamknij pokrywę Hot Bonnet przez naciśniecie górnej pokrywy. Przekręć pokrętło ruchem
zgodnym z kierunkiem ruchu wskazówek zegara, aby opuścić wewnętrzną powierzchnię Hot
Bonnet na mikropłytkę/probówki. pokrętło przekręca się swobodnie tak długo, jak nie dotyka
mikropłytki/probówek. Nie naleŜy dalej przekręcać pokrętła po napotkaniu silnego oporu
powodowanego kontaktem wewnętrznej powierzchni Hot Bonnet z mikropłytką/probówkami.
5. Otwórz pokrywę Hot Bonnet, przekręć pokrętło o dodatkowe pół obrotu zgodnego z
kierunkiem ruchu wskazówek zegara. Pozwala to na dopasowanie odpowiedniego nacisku.
Uwaga: Nie przekręcaj pokrętła o więcej niŜ ¾ obrotu. MoŜe to spowodować trudności w
zamknięciu pokrywy lub teŜ uszkodzić mechanizm zaczepu pokrywy Hot Bonnet.
Dodatkowe ¾ obrotu pozwala na osiągnięcie prawidłowego nacisku w przypadku większości
typów naczyń reakcyjnych. Jakkolwiek by określić idealny nacisk, moŜe być konieczna
dodatkowa optymalizacja empiryczna. Po określeniu nacisku pozycja pokrętła moŜe być
oznaczona markerem lub fragmentem taśmy samoprzylepnej.
Proszę zwrócić uwagę, Ŝe dodatkową pomocą w określaniu ilości obrotów pokrętła moŜe być
podzielenie go na ćwiartki lub oznaczenie markerem co szóstego „zęba” pokrętła (pokrętło
ma 24 „zęby”).
4.8 Wkładanie probówek do bloku grzejnego
W przypadku konieczności uŜycia niewielkiej ilości probówek naleŜy umieścić w bloku
grzewczym co najmniej po 1 pustej probówce w kaŜdym rogu bloku grzewczego. Zapewni to
jednolity nacisk pokrywy Hot Bonnet (Patrz: „Dopasowywanie nacisku gorącej pokrywy Hot
Bonnet”, powyŜej). Probówki z próbkami powinny zostać umieszczone w środkowej części
bloku grzewczego. Zapewni to jednolite zmiany temperatury wszystkich próbek.
Aby zapewnić jednolite ogrzewanie i ochładzanie próbek, naczynia reakcyjne muszą
znajdować się w ścisłym kontakcie z blokiem grzewczym. MoŜna to osiągnąć poprzez:
- Sprawdź czystość bloku przed włoŜeniem probówek (w celu uzyskania informacji o
czyszczeniu bloku grzejnego zobacz Rozdział 9).
- Dokładnie wciśnij poszczególne probówki lub mikropłytkę do studzienek bloku grzejnego.
UŜycie oleju w celu termicznego kontaktu probówek z blokiem grzewczym
Z dwoma wyjątkami (patrz niŜej), Bio-Rad nie poleca oleju w celu termicznego połączenia
naczyń reakcyjnych z blokiem grzewczym. Spowodowane jest dwoma problemami:
- Protokoły reakcji wykorzystujące wyliczoną kontrolę nie przebiegają ściśle według
programu, jeśli uŜywany jest olej.
23
∝
- Olej wiąŜe kurz, co z czasem utrudnia kontakt pomiędzy naczyniem a blokiem grzewczym.
Uwaga: Jeśli uŜycie oleju jest koniecznie uŜywaj wyłącznie oleju mineralnego. Nigdy nie
uŜywaj oleju silikonowego, gdyŜ moŜe on uszkodzić blok grzewczy.
Pierwszym wyjątkiem jest uŜycie w reakcji radioaktywnych nukleotydów znakowanych 35S.
Niewielka ilość oleju w bloku grzewczym moŜe zapobiec ich ucieczce. W dodatku 4-B
znajdziesz istotne informacje dotyczące uŜycia znakowanych nukleotydów w reakcjach
prowadzonych w probówkach polipropylenowych oraz mikropłytkach polipropylenowych i
polikarbonowych. Drugim wyjątkiem jest uŜycie grubościennych probówek 0,5 ml. Niektóre z
rodzajów tych probówek nie pasują ściśle do studzienek bloku grzejnego, a olej moŜe
poprawić kontakt termiczny. Jeśli to tylko moŜliwe uŜywaj wysokiej jakości cienkościennych
probówek przeznaczonych do termocyklera (Patrz dodatek 4-A, Lista dostępnych probówek i
mikropłytek).
Dodatek 4-A: Tabela ułatwiająca dobór probówek, mikropłytek oraz
systemów zamykających
Następujące probówki, mikropłytki oraz systemy zamykające są rekomendowane do pracy z
temocyklerem MJ Mini. Są one dostępne w sprzedaŜy Bio-Rad Laboratories.
Klucz
Naczynie reakcyjne pasuje do bloku/system zamykający pasuje do naczynia
reakcyjnego bez modyfikacji.
Naczynie reakcyjne/ system zamykający mogą zostać przycięte w celu dopasowania.
24
∝
Dodatek 4-B: Zasady bezpieczeństwa w przypadku uŜycia nukleotydów
znakowanych 35S
UŜywanie znakowanych 35S nukleotydów w termocyklerach napotkało na duŜe problemy
związane z radioaktywnym skaŜeniem urządzenia. Problem ten wiązał się z uŜyciem
wszystkich typów naczyń reakcyjnych.
Istota problemu:
Cyklicznie ogrzewane znakowane 35S nukleotydy przekształcają się w niepoŜądane
produkty, w tym prawdopodobnie w SO2. MoŜe on uciec z naczynia reakcyjnego, skazić blok
grzejny, jak równieŜ powietrze w laboratorium. SkaŜenie takie stwierdzono w przypadku:
mikropłytek, probówek 0,2 mL i probówek 0,5 mL.
Polipropylenowe probówki 0,2 mL i polipropylenowe mikropłytki
W celu ułatwienia transferu ciepła naczynia przeznaczone do termocyklera posiadają bardzo
cienkie ścianki. Cienkie ścianki są jednak delikatne, mogą popękać lub zostać zmiaŜdŜone
mechanicznie. Nie uszkodzone cienkościenne probówki polipropylenowe są równieŜ w
pewnym stopniu przepuszczalne dla produktów przemian 35S. Istnieją doniesienia o
skaŜeniach 35S w przypadku probówek 0,2 ml. Nie było jak dotąd doniesień o skaŜeniach w
przypadku stosowania płytek polipropylenowych.
Polipropylenowe probówki 0,5 mL
SkaŜenia związane z tym typem naczyń reakcyjnych są rzadkie, ale odnotowano takie
przypadki.
Rozwiązania:
1. Zastąpienie 35S przez niskoenergetyczny emiter fal beta – 33P. Nukleotydy wyznakowane
33
P nie wytwarzają produktów rozpadu takich jak nukleotydy znakowane 35S.
2. W przypadku konieczności uŜycia 35S, istnieje moŜliwość zabezpieczenia przed
kontaminacją: warstewką oleju wewnątrz probówek, olejem mineralnym w bloku
grzewczym termocyklera na zewnątrz probówek i uŜyciem grubościennych probówek 0,5
ml. Reakcje PCR z uŜyciem nukleotydów znakowanych 35S powinny być prowadzone
pod wyciągiem. Naczynia reakcyjne mogą być równieŜ skaŜone na zewnątrz po reakcji
PCR. NaleŜy upewnić się, co do metody detekcji i oczyszczania laboratorium z tego
izotopu. W sprawie szczegółowych instrukcji naleŜy skonsultować się z inspektorem
nadzoru radioizotopowego.
W przypadku nieefektywnego uŜycia łagodnych środków czyszczących naleŜy uŜyć
silniejszych. Sugeruje się uŜycie: detergentu PCC-54 (Pierce Chemical Co., Rockford,
Illinois; Pierce Eurochemie B.V., Holland), Micro Cleaning Solution (Cole-Parmer, Niles,
Illinois), i Dow Bathroom Cleaner (dostępny w supermarketach).
Uwaga: Silne środki czyszczące mają działanie korozyjne i muszą być dokładnie zmywane
w przeciągu kilku minut od nałoŜenia. W przeciwnym wypadku warstwa ochronna zostanie
zniszczona.
25
∝
5 Protokoły
5.1
5.2
5.3
5.4
5.5
5.6
5.7
5.8
5.9
5.10
Uruchomienie protokołu
27
Ekran startowy protokołu
29
Ekran wyświetlenia temperatury
29
Ekran czasu 30
Odczyt ekranu zakończenia programu
30
Ręczne przejście przez kolejne etapy protokołu
31
Zawieszenie wykonywanego programu
31
Zatrzymanie wykonywanego programu
32
Wznawianie pracy termocyklera po zaniku napięcia
32
UŜywanie termocyklera jako bloku grzewczego o stałej temperaturze
33
26
∝
5.1 Uruchomienie protokołu
Uruchomienie protokołu termocyklera MJ Mini składa się z dwóch kroków:
1. Wybór istniejącego programu.
2. Ustawienie metody kontroli temperatury.
Urządzenie pozwala na wykonywanie programów zaprojektowanych zarówno przez
uŜytkownika, jak i wprowadzonych przez producenta. Wszystkie programy wprowadzone
przez producenta są zachowane w pojedynczym katalogu <MAIN>.
Wybór i uruchamianie istniejącego programu
Po włączeniu termocyklera i wyświetleniu Menu Głównego wybierz „Run” i naciśnij
„Procced”. Wyświetli się jeden lub dwa typy ekranu, w zaleŜności od tego, czy protokoły
uŜytkownika zostały zachowane w folderze <MAIN>, czy teŜ w folderach uŜytkownika.
•
W przypadku, gdy wszystkie protokoły zostały zachowane w folderze <MAIN>:
Zostanie wyświetlony ekranów ze spisem istniejących protokołów. Protokoły uŜytkownika
znajdą się na początku listy protokołów:
UŜyj klawiszy w celu przewijania listy istniejących protokołów. Przewiń powyŜej ostatniego
lub pierwszego widocznego protokołu, aby zobaczyć następny ekran. Wybierz interesujący
Cię protokół i naciśnij „Proceed”.
•
W przypadku, gdy protokoły uŜytkownika zostały zachowane w jednym lub więcej
folderze uŜytkownika:
Wyświetli się lista folderów po lewej stronie ekranu a lista programów znajdujących się w
poszczególnych katalogach zostanie wyświetlona po prawej stronie ekranu. Na przykładzie
przedstawionym poniŜej, w momencie podświetlenia foldera MAIN, po prawej stronie ekranu
pokazał się spis protokołów znajdujących się w tym katalogu:
27
∝
Wybierz folder zawierający interesujący Cię protokół reakcji i naciśnij prawy przycisk ”Select”
aby przewijać listę protokołów zawartych w folderze. Wybierz interesujący Cię protokół i
naciśnij „Proceed”.
Po naciśnięciu „Proceed” wyświetli się ekran:
W pierwszej linii wyświetli się nazwa wybranego protokołu reakcji (w przykładzie „iPRF1kb”).
W pozostałych liniach zobaczysz początek dialogu dotyczącego wyboru typu metody kontroli
temperatury (patrz niŜej). Wprowadź objętość próbki i przyciśnij przycisk „Proceed”. Kursor
przesunie się na pozycję RUN w opcjach. JednakŜe przed uruchomieniem protokołu moŜesz
obejrzeć dany protokół poprzez wybranie opcji VIEW i naciśnięcie przucisku „Proceed”.
Poszczególne kroki protokołu pokazują, Ŝe wybrano z opcji domyślnych pokrywę grzejną
(100 °C) i kontrolę temperatury poprzez zadaną objętość próbki (20 µl). Aby zobaczyć cały
protokół naleŜy w celu przewijania uŜyć klawiszy „Select”.
Poprzez ponowne wybranie przycisku „Proceed” moŜna wrócić do poprzedniego ekranu, z
którego moŜliwy jest wybór opcji „RUN” i uruchomienie protokołu.
Temocykler MJ Mini jest dostarczany z protokołami juŜ wcześniej określonymi do
róŜnorodnych aplikacji (w celu zobaczenia pełnej listy protokołów zobacz dodatek C).
MoŜesz uŜyć tych protokołów bezpośrednio lub je edytować w celu optymalizacji swojej
reakcji.
Ustawianie metody kontroli temperatury poprzez kontrolę bloku grzejnego
W termocyklerze MJ Mini Metoda: Kontrola Temperatury jest wybrana jako domyślna. Wybór
tej metody jako domyślnej pozostaje słuszny dlatego, Ŝe ostatecznie podczas reakcji
temperatura próbki róŜni się od temperatury bloku. Podczas tworzenia nowego protokołu
uŜytkownik będzie proszony o podanie objętości próbki doświadczalnej. Termocykler
automatycznie weźmie wartość tej objętości pod uwagę podczas obliczeń i ustanawianiu
końcowej wartości temperatury. Wymagana wartość temperatury zostanie osiągnięta
natychmiastowo poprzez kolejne skoki termiczne. Za kaŜdym razem podczas włączania
danego protokołu uŜytkownik będzie proszony o podanie objętości mieszaniny reakcyjnej.
28
∝
Przez wprowadzenie zera w pole objętości mieszaniny reakcyjnej, uruchamia się Kontrolę
Temperatury Bloku. W tej metodzie kontroli temperatury, próbka nie jest podgrzewana
skokowo i w efekcie po nieco dłuŜszym niŜ poprzednio czasie zostanie osiągnięta
wymagana wartość temperatury mieszaniny reakcyjnej. Uruchomienie protokołu
doświadczalnego zajmie nieco więcej czasu niŜ poprzednio.
5.2 Ekran startowy protokołu
Podczas uruchomienia protokołu wyświetlany jest ekran startowy:
Ekran ten przedstawia w kolejności: nazwę programu (w przykładzie powyŜej iPRF1kb),
aktualnie wykonywany krok protokołu (1), metodę kontroli temperatury bloku (Calc):
temperaturę bloku dla „Block-Control” lub wyliczoną temperaturę próby dla „Calculated –
Control”. W momencie osiągnięcia przez termocykler docelowej temperatury bloku włącza
się stoper pokazujący czas (min:sec). Pierwsza cyfra oznacza minuty, zaś dwie pozostałe po
dwukropku - sekundy, które upłynęły.
Poprzez przyciśnięcie przycisku Lewej Strzałki moŜna wyświetlić aktualną temperaturę
pokrywy. Ekran ten jest wyświetlony tak długo jak długo uŜytkownik będzie przyciskał
przycisk strzałki. Po zwolnieniu przycisku strzałki ekran protokołu zostanie ponownie
wyświetlony.
Poprzez przyciśnięcie przycisku Prawej Strzałki moŜna zobaczyć całkowity czas, jaki upłynął
od włączenia protokołu, całkowity czas jaki pozostał od zakończenia danego protokołu oraz
numer cyklu, jaki aktualnie jest prowadzony. Ekran ten jest wyświetlony tak długo jak długo
uŜytkownik będzie przyciskał przycisk strzałki. Po zwolnieniu przycisku strzałki ekran
protokołu zostanie ponownie wyświetlony.
5.3 Ekran wyświetlenia temperatury
Po przyciśnięciu przycisku „Screen” moŜna przewijać pomiędzy ekranami danego protokołu.
Po pojedynczym przyciśnięciu przycisku zostanie wyświetlony ekran:
Ekran ten przedstawia skróconą wersję protokołu. Po prawej stronie wyświetlona jest lista
temperatur dla poszczególnych kroków. W tym przypadku, temperatura denaturacji (90 °C)
29
∝
poprzedza temperaturę annealingu (64 °C) jak równieŜ temperaturę wydłuŜania (72 °C). Te
trzy kroki temperatury są powtarzane 29 razy (jak pokazano w kroku GOTO protokołu, jak
równieŜ ilość powtórzeń: 29 jest wyświetlona poniŜej wykresu). Ostatni krok protokołu to
utrzymanie próbki w temperaturze 10 °C. Po prawej stronie okna znajduje się diagramiczny
wykres kolejnych kroków termicznych. Na przykładzie przedstawionym powyŜej, próbka jest
aktualnie utrzymywana przy 64 °C. Na wykresie po prawej stronie aktualny krok jest
podświetlony, natomiast aktualna wartość temperatury pokazana po lewej stronie jest
rozjaśniona (jakby nieaktywna). W pierwszej linii ekranu wyświetlony jest czas jaki upłynął w
danym kroku (min:sec).
5.4 Ekran czasu
Naciśnij przycisk „Screen” aby wyświetlić czas jaki pozostał do zakończenia protokołu:
Oznaczenie czasu jest wyświetlane następująco: godz:min:sec, w powyŜszym przykładzie do
zakończenia protokołu pozostało 25 minut i 55 sekund. Ta opcja wyświetlania czasu jest
szczególnie uŜyteczna w laboratoriach, gdzie wiele aparatów jest włączanych prawie
równocześnie.
Po przyciśnięciu ekranu „Screen” uŜytkownik powraca do ekranu MAIN MENU. Jest to ten
sam ekran, który był widoczny po włączeniu aparatu poza małym wyjątkiem, a mianowicie w
dolnej części ekranu jest wyświetlona informacja, Ŝe aktualnie termocykler pracuje przy
włączonym protokole o podanej nazwie.
5.5 Odczyt ekranu zakończenia programu
Po zakończeniu programu urządzenie wyda przeciągły sygnał dźwiękowy oraz wyświetli się
ekran głównego menu MAIN MENU. Naciskając przycisk „Screen” moŜna wyświetlić
parametry protokołu, który aktualnie został zakończony:
30
∝
RównieŜ komendy pokazujące ewentualne błędy mogą być wyświetlone (Zobacz rozdział
11). Aby powrócić do MANIN MANU przyciśnij przycisk „Proceed”.
5.6 Ręczne przejście przez kolejne etapy protokołu
Istnieje
moŜliwość
natychmiastowego,
ręcznego
przejścia
do
następnego,
zaprogramowanego kroku protokołu poprzez naciśniecie klawisza „Proceed” podczas
trwania programu. Jest to moŜliwe nawet wtedy, gdy zmienia się temperatura bloku (patrz
Rozdział 6, informacje dotyczące zmiany temperatury bloku). Pojawi się ekran
potwierdzający:
Naciśnij „Yes”, a następnie „Proceed”. Program przejdzie do następnego kroku protokołu.
5.7 Zawieszenie wykonywanego programu
W celu chwilowego zawieszenia trwającego programu naciśnij „Pause”. Stoper w prawym,
dolnym rogu ekrany stanu zaawansowania programu zostanie zastąpiony słowem „PAUSE”:
Próbki będą trzymane w wyświetlanej temperaturze, dopóki nie zostaną wciśnięty klawisz
„Pause” lub „Proceed”, co spowoduje wznowienie wykonywania programu.
31
∝
Program nie moŜe być zawieszony zanim nie zostanie osiągnięta docelowa temperatura
kroku protokołu. Jeśli klawisz „Pause” zostanie wciśnięty wcześniej, blok grzewczy będzie
kontynuował ogrzewanie lub chłodzenie, dopóki temperatura docelowa nie zostanie
osiągnięta. Dopiero wtedy program zostanie zawieszony.
5.8 Zatrzymanie wykonywanego programu
Aby przerwać trwającą reakcję naciśnij „Stop” lub „Cancel”. Pojawi się ekran z pytaniem o
potwierdzenie zatrzymania programu:
Wciśnij „Yes”, a następnie „Proceed”, aby przerwać trwający program. Na ekranie pojawi się
informacja na temat czasu trwania przerwanego programu:
Naciśnij „Proceed”, aby powrócić do Menu Głównego.
Uwaga: Program nie moŜe być zakończony zanim nie zostanie osiągnięta docelowa
temperatura kroku protokołu. Jeśli klawisz „Canacel” zostanie wciśnięty wcześniej, blok
grzewczy będzie kontynuował ogrzewanie lub chłodzenie, dopóki temperatura docelowa nie
zostanie osiągnięta. Dopiero wtedy program zostanie zatrzymany.
Uwaga: Wyłączenie termocyklera z sieci nie spowoduje przerwania, a jedynie zawieszenie
wykonywania programu. DNA Engine zapamięta, Ŝe protokół został zawieszony z powodu
zaniku napięcia i będzie kontynuował program po włączeniu zasilania (patrz niŜej)
5.9 Wznawianie pracy termocyklera po zaniku napięcia
Jeśli zanik zasilania pojawi się podczas trwania programu, MJ Mini zachowa program w
pamięci przez co najmniej 24 h (maksymalnie 7 dni), w zaleŜności od warunków otoczenia.
Po włączeniu zasilania, program zostanie wznowiony w miejscu, w którym został
zawieszony, a na ekranie pojawi się informacja o pojawieniu się problemów z zasilaniem.
Informacja ta będzie zawierać numer kroku i cyklu, w których pojawił się zanik zasilania, oraz
informację dotyczącą temperatury bloku grzewczego w momencie przywrócenia zasilania:
32
Aby ekran ten zniknął wciśnij
zaawansowania programu.
∝
„Proceed”. Pojawi się standardowy ekran stanu
5.10 UŜywanie termocyklera jako bloku grzewczego o stałej
temperaturze
MJ Mini moŜe być przełączony do funkcji bloku grzewczego o stałej temperaturze przez
wciśniecie klawisza „Instant”. Pojawi się ekran z pytaniem o uŜycie pokrywy grzewczej:
UŜyj klawiszy „Select”, aby włączyć lub wyłączyć pokrywę grzewczą i naciśnij „Proceed”.
Pojawi się ekran dialogu dotyczącego programowania temperatury inkubacji:
UŜyj klawiatury numerycznej w celu wprowadzenia temperatury inkubacji w zakresie od 0º do
+99 ºC, i naciśnij „Proceed”. MJ Mini będzie utrzymywał próbki w zadanej temperaturze do
czasu wciśnięcia klawiszy „Cancel”.
33
∝
W momencie osiągnięcia przez blok grzejny zaprogramowanej temperatury w prawym,
dolnym rogu ekranu pojawi się stoper. Aby włączyć lub wyłączyć stoper naciśnij „Pause”.
Godne uwagi: Funkcja „Pause” jest szczególnie przydatna, jeśli istnieje konieczność
chwilowego wyjęcia próbek, które mają być inkubowane przez ściśle określony okres czasu.
Zatrzymanie stopera, kiedy próbki nie znajdują się w bloku grzewczym pozwala na śledzenie
dokładnego czasu trwania ich inkubacji.
34
∝
6 Tworzenie programów
6.1 Elementy programu
6.2 Projektowanie nowego programu
Przetwarzanie protokołu laboratoryjnego w program
Zastosowanie kroku „GoTo” do tworzenia krótkich programów
Wybór metody regulacji temperatury
„Calculated Control”
„Block Control”
Modyfikacja programów „Block Control” do programów „Calculated Control”
Modyfikacja programu stworzonego dla innego termocyklera
6.3 Wprowadzanie nowego programu
6.4 Zapoczątkowywanie wprowadzania programu
Nadawanie nazwy nowemu programowi
Wprowadzenie kroków programu
Wprowadzanie kroku temperaturowego
Wprowadzanie kroku gradientowego
Edycja kroku gradientowego
Weryfikacja programu gradientowego
Zastosowanie kalkulatora gradientu
Wprowadzanie kroku „Ramp”
Wprowadzanie kroku „GoTo”
Wprowadzanie kroku „End”
6.5 Modyfikacja kroku programu z opcjami
Wprowadzanie opcji „Increment”
Wprowadzanie opcji „Extend”
Wprowadzanie opcji „Beep”
6.6 Wprowadzanie poprawek podczas programowania
Zmiana ostatniej wprowadzonej wartości lub wybranej opcji Menu
Zmiana wszystkich wartości wprowadzonego kroku
Zmiana wartości wcześniejszych kroków programu
6.7 Usuwanie programu
6.8 Tworzenie stałego zapisu programu
35
6.1
∝
Elementy programu
Program MJ Mini składa się z serii kroków tworzących protokół. W krokach tych
wykorzystywane są dwie metody kontroli temperatury: „Calculated Control” i Block Control”.
Program moŜe zawierać pięć typów kroków. Dwa z nich są obligatoryjne, a trzy opcjonalne:
1. Krok temperaturowy (obligatoryjny): Ustanawia temperaturę bloku oraz czas jej
utrzymywania. Termocykler MJ Mini zmienia temperaturę bloku ze swoją maksymalną
prędkością ogrzewania lub schładzania, o ile nie zostaną wprowadzone polecenia
zmieniające tę prędkość. (Maksymalna prędkość ogrzewania i chłodzenia wynosi do 2,5
ºC/sec). Przy uŜyciu metody kontroli temperatury: „Calculated Control”, termocykler MJ Mini
skokowo wytwarza małe zmiany temperatury i w ten sposób docelowa wartość temperatury
jest osiągana w bardzo krótkim czasie – te skoki temperatury nie przekraczają docelowej
wartości temperatury, ani nie wydłuŜają czasu inkubacji próbki w określonej temperaturze.
Przy uŜyciu metody kontroli temperatury: „Block Control” pompa grzejna ogrzewa blok
grzejny, w którym są umieszczone próbki do wartości temperatury docelowej (nie odbywa się
to za pomocą małych skoków temperatury). W tym przypadku, czas po którym próbka osiąga
temperaturę docelową jest dłuŜszy niŜ w poprzednim przypadku, jednocześnie poszczególne
kroki inkubacji są nieco dłuŜsze.
2. Krok Gradientowy (opcjonalny): Pozwala na zaprogramowanie gradientu temperatury w
obrębie bloku grzewczego – od jego przedniej - chłodniejszej, do tylnej - gorętszej części.
Maksymalny gradient wynosi 16ºC. Maksymalna, programowalna temperatura wynosi 99ºC;
minimalna programowalna temperatura wynosi 35 ºC.
3. Krok „GoTo” (opcjonalny): Pozwala na zaprogramowanie powrotów do wcześniejszego
kroku przez określoną ilość razy (do 9999 powtórzeń).
4. Krok „End” (obligatoryjny): Poleca wyłączenie termocyklera MJ Mini (pompy
grzejnej/ciepła) po zakończeniu programu.
Dodatkowe polecenia nazwane „opcjonalnymi” mogą być dodane do kroków programu w
celu zmodyfikowania ich przebiegu:
1. „Increment”: Modyfikuje krok temperaturowy poprzez zaprogramowany, progresywny
wzrost lub spadek temperatury (od 0,1ºdo10,0ºC na cykl) za kaŜdym razem, gdy wskazany
krok jest wykonywany. Narzędzie to jest przydatne w programach typu „touchdown”, gdy
temperatura hybrydyzacji oligonukleotydu nie jest znana.
2. „Extend”: Modyfikuje krok poprzez zaprogramowana progresywną zmianę długości jego
trwania (od 1 do 60 sec/cykl) za kaŜdym razem, gdy wskazany krok jest wykonywany. Jest to
narzędzie przydatne w reakcjach wykorzystujących enzym z zanikającą aktywnością.
3. „Beep”: Modyfikuje krok temperaturowy lub „Ramp” poprzez dodanie do konkretnej
temperatury sygnału dźwiękowego.
36
∝
6.2 Projektowanie nowego programu
Przetwarzanie protokołu laboratoryjnego w program
Dopóki nie uzyskasz duŜej swobody w programowaniu termocyklera MJ Mini zaczynaj
tworzenie nowego programu poprzez rozpisanie kroków programu i ich opcji na papierze.
Wypisz kolejno w liniach kroki swojego protokołu. Następnie, na końcu kaŜdej z linii oznacz
typ kroku programu termocyklera MJ Mini. Jeśli twój protokół zawiera krok z opcją, dopisz ją
obok tego kroku. Na końcu listy dopisz krok „End”, bez którego program nie będzie mógł być
wykonywany. Ponumeruj linie od 1 do N, gdzie N jest numerem ostatniej linii.
Zastosowanie kroku „GoTo” do tworzenia krótkich programów
Krok „GoTo” pozwala na zapisanie wielu powtarzających się kroków w postaci krótkiego
programu. W momencie rozpoczęcia przez termocykler kroku „GoTo” program rozpoczyna
wskazany krok, powtarza go oraz wszystkie następne kroki, dopóki znowu nie napotka kroku
„GoTo”. W momencie, gdy program powróci (cyklicznie) do kroku „GoTo” przez wskazaną
liczbę razy program przejdzie do następnego kroku (po „GoTo”).
Np.: W przypadku podstawowego programu, składającego się z 30 cykli złoŜonych z
denaturacji i wiązania/wydłuŜania, prostszym jest uŜycie kroku „GoTo” niŜ wpisywanie listy
60 pojedynczych poleceń:
Surowy program:
1. 92° for 30 sec
2. 60° for 3 min
3. 92° for 30 sec
4. 60° for 3 min
5. 92° for 30 sec
6. 60° for 3 min
7. 92° for 30 sec
[powtarza całość 60 razy]
Program termocyklera:
1. 92° for 30 sec
2. 60° for 3 min
3. GoTo step 1, 29 times (np. idź do kroku 1 i
powtórz do kroku 2, 29 razy )
4. End
Termocykler MJ Mini reguluje temperaturę bloku wykorzystując dwie metody, z których
kaŜda ma inny wpływ na szybkość i dokładność ogrzewania próbki:
- „Calculated Control”: MJ Mini dopasowuje temperaturę bloku tak, aby utrzymać próbki o
określonej objętości i w określonym typie naczynia reakcyjnego w zaprogramowanej
temperaturze. Powoduje to przegrzanie lub przechłodzenie bloku o kilka stopni przez kilka
sekund, co pozwala próbkom osiągnąć zaprogramowaną temperaturę.
- „Block Control”: MJ Mini dopasowuje temperaturę bloku tak, aby utrzymywał on
zaprogramowaną temperaturę, niezaleŜnie od temperatury próbki.
„Calculated Control”
„Calculated Control” jest metodą preferowaną dla większości typów programów, dającą
najbardziej niezmienne, niezawodne i najszybsze wyniki. Termocykler ustala zmiany profilu
temperatury bloku grzewczego na podstawie informacji wprowadzonych przez uŜytkownika.
Do informacji takich naleŜy: objętość lub masa próbki, oraz szybkość transferu ciepła przez
materiał, z którego wykonane są naczynia reakcyjne Precyzyjna regulacja temperatury
próbki jest moŜliwa dzięki znajomości jej cech oraz zasad termodynamiki. Jest ona
dokładniejsza od metody opartej na kontroli temperatury bloku.
37
∝
Czas utrzymania temperatury na danym poziomie moŜe zostać skrócony. Pozwala to na
skrócenie czasu trwania całego programu, oszczędność czasu, zachowanie aktywności
enzymu oraz minimalizację przypadkowego wiązania starterów. Cykliczne denaturacje z
wykorzystaniem „Calculated Control” są optymalne dla 5 sek., zaś krok wiązania/wydłuŜania
moŜe być skrócony (jego czas trwania zaleŜy od specyfiki reakcji).
Metoda „Calculated Control” pozwala na skrócenie czasu trwania programu na trzy sposoby:
1. Szybkie i precyzyjne przegrzania i przechłodzenia bloku grzewczego pozwalające na
szybkie osiągnięcie przez próbkę zaprogramowanej temperatury.
2. Czasy inkubacji w zaprogramowanej temperaturze są czasami inkubacji próbek, a nie
bloku.
3. Termocykler uwzględnia typ naczynia reakcyjnego oraz objętość mieszaniny
reakcyjnej.
„Block Control”
Metoda „Block Control” pozwala na mniej dokładną kontrolę temperatury próbki, w
porównaniu do metody „Calculated Control”. W metodzie „Block Control” temperatura próbek
zawsze pozostaje w tyle za temperaturą bloku grzewczego. Długość opóźnienia zaleŜy od
typu naczynia reakcyjnego i objętości mieszaniny reakcyjnej. Opóźnienie to wynosi
zazwyczaj od 10 do 30 sek. metoda ta jest najczęściej stosowana w termocyklerach, które
posiadają jedynie ten typ metody kontroli temperatury.
Modyfikacja programów „Block Control” do programów „Calculated Control”
Programy oparte na „Block Control” mogą być przetworzone na programy „Calculated
Control” przez odjecie, co najmniej 15 –20 sekund od kaŜdego kroku temperaturowego. W
celu osiągnięcia optymalizacji zmodyfikowanego programu moŜe być konieczna dodatkowa
weryfikacja empiryczna.
Modyfikacja programu stworzonego dla innego termocyklera
W celu dostosowania programów stworzonych dla innych termocyklerów o wolniejszym
tempie zmian temperatury bloku grzewczego niŜ MJ Mini moŜna wykorzystać krok „Ramp”.
Jest jednak moŜliwe, Ŝe reakcja będzie bardziej efektywna przy wolniejszym tempie zmian
temperatury.
6.3 Wprowadzanie nowego programu
Programowanie MJ Mini składa się z pięciu czynności:
1. Zapoczątkowywanie wprowadzania programu
2. Nadawanie nazwy nowemu programowi.
3. Wybór metody kontroli temperatury.
4. Wprowadzanie kroków programu.
5. Wprowadzanie kroku „End”.
Uwaga: Wprowadzenie nowego programu odbywa się w formie tekstowej (nie graficznej).
Modyfikowanie wcześniej zapisanego programu odbywa się w sposób graficzny. Zobacz
Rozdział 7 w celu uzyskania dokładniejszych informacji dotyczących modyfikowania
programu.
38
∝
W kaŜdej z czynności wykorzystywana jest klawiatura numeryczna lub wybór opcji menu.
Programy mogą być zmieniane podczas wprowadzania.
Program jest automatycznie zachowywany po wprowadzeniu kroku „END”. Program jest
zachowywany w folderze <MAIN>, chyba, Ŝe zostanie dla niego stworzony i wskazany nowy
folder.
Zapoczątkowywanie wprowadzania programu
Aby zacząć wprowadzać nowy program wybierz „Enter” w Menu Głównym, a następnie
naciśnij „Proceed”. Wyświetli się ekran nadawania nazwy programowi:
Nadawanie nazwy nowemu programowi
Nazwa programu moŜe być maksymalnie 8-znakowym wyrazem, składającym się z dowolnej
kombinacji liter (rzymskich i greckich), cyfr, znaków interpunkcyjnych.
W celu przewinięcia liter oraz znaków naciśnij prawy klawisz „Select” (przewijania do przodu)
lub lewy klawisz „Select” (przewijania do tyłu). W momencie pojawienia się pojawienia się
poszukiwanego znaku obok „Name” naciśnij „Proceed”. Znak ten zostanie zaakceptowany, a
kursor przesunie się o jedną spację w prawo. Cyfry oraz kreski mogą być wprowadzone za
pomocą klawiatury numerycznej. Po wybraniu dowolnego znaku, kursor jest automatycznie
przesuwany w prawo.
MoŜna uŜyć przycisku „Cancel” aby cofnąć kursor i skasować poprzednio wpisany znak.
Klawiszy prawej i lewej strzałki moŜna uŜyć w celu zmiany/przewijania znaków literowych w
nazwie. NaleŜy tylko nasunąć kursor na znak, który ma ulec zmianie.
Po wprowadzeniu całej nazwy programu naciśnij „Proceed” jednokrotnie, w celu
zatwierdzenia ostatniego znaku. Naciśnij „Proceed” ponownie w celu zatwierdzenia całej
nazwy programu. Jeśli wybrana przez Ciebie nazwa programu jest identyczna z nazwą
istniejącego programu, zostanie wyświetlony komunikat „Name in Use”. Naciśnij „Proceed” a
następnie wprowadź inną nazwę.
Po wprowadzeniu nazwy programu pojawi się ekran z pytaniem dotyczącym temperatury
pokrywy grzejnej. Wprowadź wartość temperatury pokrywy grzejnej, a następnie wciśnij
klawisz „Proceed”. Wartość domyślna temperatury pokrywy grzejnej pojawi się w określonym
polu, jeśli chcesz uŜyć tej wartości temperatury, przyciśnij klawisz „Proceed”.
Uwaga: Zobacz Dodatek 6-A znajdujący się na końcu tego rozdziału w celu uzyskania
informacji o wyborze temperatury grzania.
39
∝
Wybór objętości mieszaniny reakcyjnej
Po dokonaniu wyboru temperatury kontroli bloku, uŜytkownik będzie proszony o określenie
objętości mieszaniny reakcyjnej. Wprowadź wartość objętości próbki, a następnie wciśnij
klawisz „Proceed”. Po wprowadzeniu wartości objętości (akceptowalne wartości znajdują się
w przedziale: 1 – 100 µl), termocykler automatycznie wyliczy temperaturę kontroli bloku w
Metodzie „Calculated Control”. Wpisana przez uŜytkownika wartość objętości jest brana pod
uwagę przez termocykler podczas obliczenia szybkich skoków temperatury prowadzącej do
ustalenia końcowej temperatury. Ten sposób wyboru kontroli temperatury jest duŜo bardziej
efektywny w ustalaniu temperatury mieszaniny reakcyjnej; redukuje równieŜ czas inkubacji
próbki, co daje oszczędność czasu w przedziale 5 – 10 sekund w kaŜdym kroku.
Wprowadzenie kroków programu
Po wybraniu temperatury pokrywy grzejnej oraz objętości próki naleŜy wprowadzić
poszczególne kroki programu.
Z Menu EDIT moŜliwe są dwie opcje:
„Temp” – wprowadzanie kroku temperaturowego
„Gradient” – wprowadzanie kroku gradientowego
Wprowadzanie kroku temperaturowego
Aby wprowadzić krok temperaturowy wybierz „Temp” z „Enter Menu”, a następnie naciśnij
„Proceed”. Pojawi się pierwszy ekran „Temp”:
Trzecia linia tego ekranu pokazuje numer wprowadzanego kroku programu (1 w powyŜszym
przykładzie). W ostatniej linii ekranu wprowadź temperaturę docelową kroku (w stopniach
Celsjusza).
40
∝
UŜyj klawiatury numerycznej w celu wprowadzenia temperatury w zakresie od 0º do 99,0º C
(92,0 w przykładzie poniŜej):
Naciśnij „Proceed”. Docelowa temperatura przesunie się do trzeciej linii ekranu, a na dole
ekrany pojawi się znak kursora, pozwalający na wprowadzenie czasu trwania kroku.
Wprowadź czas trwania kroku (30 sek. w poniŜszym przykładzie):
Uwaga: Jeśli wprowadzisz czas zero (0) MJ Mini będzie utrzymywał temperaturę bloku na
wskazanym poziomie w nieskończoność.
Naciśnij „Proceed”. Wprowadzony czas przesunie się do trzeciej linii ekranu, a w ostatniej
linii pojawi się dialog potwierdzenia:
Wybierz jedną z wyświetlanych opcji i naciśnij „Proceed”:
-„Yes”: Akceptuje wprowadzony krok i wyświetla ponownie „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu”
do wprowadzenia następnego kroku programu.
-„No”: Pozwala na ponowne wprowadzenie temperatury i czasu trwania kroku.
-„Option”: Wyświetla „Options Menu” (patrz „Modyfikacja kroku programu za pomocą opcji”)
Proszę zwrócić uwagę, Ŝe naleŜy unikać programowania wielu krótkich kroków, trwających
po kilka sekund. MoŜe to spowodować przegrzanie bloku grzewczego, pojawią się
41
∝
komunikaty „HS Overheating” lub „PS Overheating”, a MJ Mini automatycznie wyłączy się po
przekroczeniu maksymalnej, dopuszczalnej temperatury.
Wprowadzanie kroku gradientowego
Po dojściu do kroku programu, w którym masz zamiar wykorzystać krok gradientowy naciśnij
„Gradient” w „Enter Menu”, a następnie naciśnij „Proceed”. W poniŜszym przykładzie
gradient będzie wprowadzony jako „Step 2”:
Pojawi się pierwszy ekran gradientowy:
Wprowadź najniŜszą temperaturę (w tym przykładzie 50º), a następnie naciśnij „Proceed”.
Pojawi się ekran najwyŜszej temperatury:
Wprowadź najwyŜszą temperaturę (w tym przykładzie 66º), a następnie naciśnij „Proceed”.
UŜywaj tylko liczb całkowitych, ułamki dziesiętne nie będą akceptowane.
Uwaga: Maksymalna róŜnica temperatura jaka moŜe być zaprogramowana wynosi 15 ºC.
Na kolejnym ekranie wprowadź czas trwania kroku gradientowego:
42
∝
Wprowadź czas trwania kroku w formacie „min:sek.” (30 sec w przykładzie poniŜej), a
następnie naciśnij „Proceed”. Pojawi się ekran potwierdzający:
Wybierz „Yes”, aby wprowadzić krok do pamięci i przejść do następnego kroku; wybierz
„No”, by usunąć lub zmienić wprowadzany krok. Aby przejrzeć gradient wybierz „Option”, a
następnie „Preview”. Funkcja „Preview” pozwala na przejrzenie temperatur studzienek
wzdłuŜ długiego boku bloku grzewczego (uŜyj klawiszy „Select” w celu przewinięcia listy):
Edycja kroku gradientowego
Aby edytować krok gradientowy wybierz „Edit” z Menu Głównego. Program zostanie
wyświetlony w następujący sposób:
43
∝
UŜyj klawiszy „Select”, aby przejść do kroku, który chcesz edytować, a następnie wybierz
przycisk „Proceed”. W tym miejscu moŜna wybrać dodatkowe kroki INS (wstaw krok przed
zaznaczonym krokiem) DEL (skasuj podświetlony krok) EDIT (kursor moŜe być przesuwany
prze poszczególne pola, które następnie moŜna edytować zmieniając wartość temperatury
i/lub długość trwania kroku inkubacji) OPTIONS (więcej informacji dotyczących tej opcji
pojawi się poźniej w opisie). W celu edytowania kroku gradientu podświetl krok 2 a następnie
wybierz „Proceed”. Następnie wybierz EDIT. Klucze kursorów mogą być teraz przesuwane
przed dolne i górne ograniczenia temperatury gradientu oraz czasu inkubacji. Po
wprowadzeniu nowych wartości naleŜy przycisnąć przycisk ”Proceed”.
Weryfikacja programu gradientowego
Po zakończeniu programu na ekranie pojawi się komunikat „Program Complete”. naciśnij
klawisz „Proceed”, a pojawi się kolejny ekran, pozwalający na przejrzenie temperatur
studzienek:
Kroki Gradientu:
ROW
ROW
ROW
ROW
ROW
ROW
ROW
ROW
A= 66.0°
B= 64.9°
C= 62.8°
D= 59.9°
E= 56.3°
F= 53.4°
G= 51.2°
H= 50.0°
Wyświetlane temperatury będą uporządkowane wzdłuŜ długiego boku bloku grzewczego.
Temperatury będą wyliczone z algorytmu uwzględniającego temperaturę bloku i próbki.
MoŜesz powrócić do Menu Głównego przez naciśnięcie „Proceed”.
Zastosowanie kalkulatora gradientu
Kalkulator gradientu daje moŜliwość przewidzenia temperatur studzienek bloku wzdłuŜ
długiego boku bloku grzewczego dla zadanego gradientu. Temperatury te zostaną wyliczone
z algorytmu uwzględniającego temperatury zarówno bloku grzewczego, jak i próbek. Aby
skorzystać z kalkulatora gradientu wybierz polecenie „Tools” w Menu Głównym, a następnie
naciśnij klawisz „Proceed”. Pojawi się ekran:
Wybierz „Gradient Calculator”, a następnie naciśnij „Proceed”.
Wprowadź najniŜszą temperaturę gradientu z wykorzystaniem klawiatury numerycznej, a
następnie naciśnij „Proceed”. Teraz z kolei wprowadź najwyŜszą temperaturę gradientu
(równieŜ z wykorzystaniem klawiatury numerycznej) i wciśnij klawisz „Proceed”.
44
∝
Wprowadzane mogą być tylko liczby całkowite, nie zaś ułamki dziesiętne. Pojawi się
następujący ekran:
Wciśnij klawisz „Proceed” aby wrócić do Głównego Menu.
Wprowadzanie kroku „GoTo”
Podczas programowania termocyklera MJ Mini, opcja „GoTo” staje się dostępna dopiero po
wprowadzeniu pierwszego kroku temeraturowego. Ten krok „GoTo” nie moŜe być pierwszym
krokiem w danym protokole. Aby wprowadzić krok pętli „GoTo”, wybierz opcję „GoTo” z
Menu Głównego. Pojawi się pierwszy ekran „GoTo”:
W ostatniej linii tego ekranu wyświetlany jest numer kroku do którego naleŜy powrócić.
Wprowadź numer kroku, od którego cykl będzie powtarzany (1 w poniŜszym przykładzie) i
naciśnij „Proceed”. Zostanie wyświetlona informacja:
Wprowadź liczbę dodatkowych cykli (3 w poniŜszym przykładzie). Naciśnij „Proceed”. Liczba
dodatkowych cykli przesunie się do drugiej linii ekranu, a na dole ekranu pojawi się dialog
potwierdzający:
45
∝
Wybierz jedną z opcji, a następnie naciśnij „Proceed”:
-„Yes”: Akceptacja wprowadzonego kroku i powrót do „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu” do
wprowadzenia kolejnego kroku programu.
-„No”: Pozwala na zmianę numeru powrotnego kroku oraz zmianę liczby wprowadzonych
dodatkowych cykli
Wprowadzanie kroku „End”
Aby wprowadzić krok „End” wybierz polecenie „End” w „Enter Menu”. Pojawi się pojedynczy
ekran ”End”:
Na ekranie tym automatycznie widoczny jest krok „End”, oraz dialog potwierdzający krok w
ostatniej linii ekranu.
Wybierz jedną z wyświetlanych opcji, a następnie naciśnij klawisz „Proceed”:
-„Yes”: Potwierdzenie wprowadzenia kroku „End”, powrót do Menu Głównego.
-„No”: Wyświetla „Enter Menu”, a co za tym idzie daje moŜliwość wprowadzenia
dodatkowych kroków.
Jeśli wcześniej stworzono foldery uŜytkownika (zobacz Rozdział 8), wybór opcji „Yes”
dodatkowo pozwala na wyświetlenie listy istniejących folderów:
46
∝
Wybierz folder, w którym ma być zapisany wprowadzony przez Ciebie program, a następnie
naciśnij „Proceed”. Program zostanie zachowany we wskazanym folderze, a na ekranie
pojawi się Menu Główne.
6.4 Modyfikacja kroku programu z wykorzystaniem Opcji
Menu „Options” jest dostępne z dialogów potwierdzania kroku zarówno kroków
temperaturowych, jak i „Ramp”. Aby uzyskać dostęp do „Options Menu”, wybierz „Options” z
dialogu potwierdzającego kroku temperaturowego lub „Ramp”, a następnie naciśnij
„Proceed”. Na dole ekranu pojawi się „Options Menu”:
-„Inc”: Pozwala na modyfikację temperatury kroku poprzez jej stałą, stopniową zmianę.
Pozwala to na systematyczne podwyŜszanie lub obniŜanie temperatury kroku, za kaŜdym
razem, gdy krok ten jest wykonywany przez polecenie „GoTo”.
-„Ext”: Modyfikuje czas trwania kroku temperaturowego poprzez stałą, stopniową zmianę
czasu jego trwania. Pozwala to na systematyczne skracanie lub wydłuŜanie czasu trwania
kroku, za kaŜdym razem, gdy krok ten jest wykonywany przez polecenie „GoTo”.
-„Rate” Modyfikuje szybkość zmiany temperatury w protokole, które wymaga wprowadzenia
wartości niŜszej niŜ maksymalna wartość temperatury.
-„Beep”: Modyfikuje krok temperaturowy lub „Ramp” poprzez przypisanie do niego sygnału
dźwiękowego. Sygnał dźwiękowy pojawia się w momencie osiągnięcia wskazanej
temperatury.
Wprowadzenie opcji „Increment”
Aby wprowadzić stałą zmianę temperatury wybierz „Inc” z „Options Menu” kroku
temperaturowego, a następnie naciśnij „Proceed”. Pojawi się następujący ekran:
47
∝
Informacje dotyczące modyfikowanego kroku temperaturowego pojawią się w dolnej linii
ekranu. Znak „+” oznacza ustawienie ekranu w opcji progresywnego wzrostu temperatury.
Aby zmienić opcję do spadku temperatury, naciśnij znak „-”. Ponowny powrót do „+” moŜna
wykonać przez naciśnięcie klawisza „-”.
Wprowadź wartość zmiany temperatury (1,2 w poniŜszym przykładzie):
Naciśnij „Proceed”. Wartość Inc będzie wprowadzona do protokołu, menu potwierdzające
zostanie wyświetlone:
Wybierz jedną z wyświetlanych opcji i naciśnij „Proceed”:
-„Yes”: Potwierdza wartość „Inc” i pozwala na powrót do „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu” do
-„No”: Pozwala na ponowne wprowadzenie wartości „Inc”.
-„Option”: Wyświetla ponownie „Options Menu”. UŜyj “Options Menu”, aby wprowadzić
kolejne modyfikacje kroku.
48
∝
Wprowadzanie opcji „Extend”
Aby wprowadzić opcję zmiany czasu trwania kroku wybierz „Ext” z „Options Menu”, a
następnie naciśnij „Proceed”. Pojawi się pierwszy ekran „Ext”:
Podobnie, jak w przypadku opcji „Inc” w drugiej linii ekranu pojawią się informacje dotyczące
wprowadzonego kroku. W najniŜszej linii pojawi się dialog pozwalający na wprowadzenie
zmiany czasu trwania kroku. Znak „+” pozwala na stałe, sukcesywne zwiększanie czasu
trwania kroku. Aby ustawić zmniejszanie się czasu trwania długości kroku naciśnij „-”. Powrót
do „+” następuje po naciśnięciu „-”.
Wprowadź wartość zmiany czasu (wydłuŜania lub skracania) kroku (1,0 w poniŜszym
przykładzie):
Naciśnij „Proceed”. Wartość „Ext” zostanie wstawiona do protokołu i potwierdzenie zostanie
wyświetlone w dolnej linii okna:
Wybierz jedną z wyświetlanych opcji, a następnie naciśnij „Proceed”:
-„Yes”: Potwierdza wprowadzoną wartość „Ext” i wyświetla „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu”
w celu wprowadzenia kolejnego kroku programu.
-„No”: Pozwala na ponowne wprowadzenie wartości „Ext”.
-„Options”: Wyświetla ponownie „Options Menu”, pozwalając na wprowadzenie kolejnych
modyfikacji kroku.
49
∝
Wprowadzenie Opcji „Rate”
Aby wprowadzić krok skoku wybierz „Rate” z „Options Menu”. Ekran Rate zostanie
wyświetlony:
W dolnej linii ekranu pojawi się wielkość skoku (w stopniach Celsjusza na sekundę) jaka ma
zostać wprowadzona. UŜyj klawiatury numerycznej aby wprowadzić wartość wzrostu
temperatury o wartości nie większej niŜ 2,5 °C/sec (1 °C/sec jest zastosowany w przykładzie
poniŜej):
Uwaga: jeśli wprowadzona zostanie wartość większa niŜ wartość maksymalna moŜliwa dla
termocyklera MJ Mini, wówczas automatycznie zostanie wybrana wartość maksymalna
wzrostu temperatury.
Naciśnij „Proceed” Wartość skoku temperatury zostanie automatycznie dopisana do
protokołu, a menu potwierdzające zostanie wyświetlone w dolnej linii okna:
-„Yes”: Potwierdza wprowadzoną zmianę i wyświetla „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu” w celu
-„No”: Pozwala na ponowne wprowadzenie wartości „Ramp Rate” i kończy temperaturę.
50
∝
Wprowadzanie opcji „Beep”
Aby wprowadzić sygnał dźwiękowy wybierz „Beep” z „Options Menu” kroku temperaturowego
lub „Ramp”, a następnie naciśnij klawisz „Proceed”. W trzeciej linii ekranu pojawi się słowo
„Beep”, a poniŜej jego dialog potwierdzający:
-„Yes”: Akceptacja opcji „Beep” i powrót do „Enter Menu”. UŜyj „Enter Menu”, aby
wprowadzić kolejny krok programu.
-„No”: Usuwa opcję „Beep”.
-„Option”: Ponownie wyświetla „Options Menu” w przypadku modyfikacji kroku
temperaturowego. UŜyj „Options Menu” w celu wprowadzenia dalszych modyfikacji kroku.
6.5 Wprowadzanie poprawek podczas programowania
Aby wprowadzić poprawki podczas wprowadzania programu uŜyj opisanych poniŜej
procedur. Opisana tu metoda edycji programu jest przydatna przy wprowadzaniu niewielkich
zmian wprowadzonych wartości. W przypadku konieczności wprowadzenia duŜych zmian,
takich jak dodawanie lub usuwanie całych kroków programu, naleŜy uŜyć polecenia „Edit”
(patrz Rozdział 7).
Zmiana ostatniej wprowadzonej wartości lub opcji menu
Naciśnij „Cancel”. Wprowadzona przez ciebie wartość lub wybór zostanie anulowana,
pozwalając na wprowadzenie innej. Po wprowadzeniu nowej wartości lub wybraniu innej
opcji naciśnij „Proceed”, co pozwoli na jej zaakceptowanie.
Zmiana wszystkich wartości ostatniego wprowadzonego kroku
Wielokrotnie naciśnij „Cancel”. Za kaŜdym naciśnięciem „Cancel” kursor przesunie się o
jedną pozycję wstecz kasując po kolei wartości. Po skasowaniu wszystkich wartości
wprowadź nowe lub naciśnij jeszcze raz „Proceed”, aby zatwierdzić zmiany.
Zmiana parametrów wcześniejszych kroków programu
Podczas tworzenia programu moŜesz przesuwać kursor „Select” przez poszczególne pola
edycji. Pozwoli to na zmianę istniejących juŜ wartości temperatury lub czasu inkubacji w
protokole wcześniej stworzonym. Ustaw kursor na miejscu edycji i przyciśnij „Cancel”
Wcześniej wpisana wartość zostanie w ten sposób skasowana i moŜesz teraz wpisać nową
wartość w danym polu. Przyciśnij „Proceed” aby kontynuować programowanie.
51
∝
W celu zmiany typu kroku (np. zmiana kroku gradientowego na zwykły krok temperaturowy),
najpierw musisz skasować dany krok, a następnie wprowadzić nowy krok, tak jak pokazano
poniŜej.
Przesuń kursor na numer kroku który chcesz usunąć i naciśnij „Proceed”. Następujące Menu
zostanie wyświetlone:
Z tej pozycji masz moŜliwość skasować krok gradientowy, zastąpić go krokiem
temperaturowym. Wybierz klucz „Select” aby przewijać pomiędzy poszczególnymi opcjami, z
podświtloną opcją DEL naciśnij „Proceed”. Krok ten będzie wtedy skasowany, a następny
krok zmieni swój numer.
Wybierz klucz „Select” aby ponownie przewijać dany program i wsawić krok temperaturowy
na miejscu 2 – podświetl pozycję 2 i wciśnij „Proceed”.
Następujące opcje są dostępne: INS, DEL, EDIT, i OPTION. Wybierz INS aby wstawić krok
przed krokiem GoTo.
Wybierz Temp, a następnie wstaw wartość temperatury i czas inkubacji, tak jak to opisano
poprzednio.
52
∝
Usuwanie programu
- Aby usunąć program: ustaw kursor na jakimkolwiek numerze kroku i naciśnij „Cancel”.
Pojawi się dialog potwierdzający usunięcie programu:
Wybierz „No”, a następnie naciśnij „Proceed”. Program zostanie usunięty i zostanie
wyświetlone Menu Główne.
Tworzenie stałego zapisu programów
Podczas naprawy urządzenia MJ Mini jest moŜliwa konieczność wymiany procesora, na
którym zapisane są programy. Aby nie utracić danych, raz na jakiś czas warto zapisać je
odręcznie na papierze.
53
∝
Dodatek 6-A Wybór pokrywy grzejnej w opcji
Pokrywa grzejna
Dzięki zastosowaniu pokrywy grzejnej w podjednostce alpha termocyklera MJ Mini,
zredukowana jest ilość pary wodnej gromadzonej w górnej części probówki tuŜ ponad
powierzchnią mieszaniny reakcyjnej. Dzięki temu nie ma równieŜ potrzeby stosowania oleju
mineralnego czy parafiny jako bariery przeciw odparowaniu próbki. Normalne jest, Ŝe
podczas gdy mieszanina reakcyjna jest podgrzewana para wodna gromadzi się w
chłodniejszej, górnej części naczynia reakcyjnego. Kondensacja pary wodnej moŜe mieć
niewłaściwy wpływ na przebieg reakcji, odparowanie wody powoduje zwiększenie stęŜenia
próbki. Pokrywa grzejna utrzymując wyŜszą temperaturę w górnej części naczyń reakcyjnych
uniemoŜliwia kondensację pary wodnej.
Tryb ciągły
Funkcja programowania pokrywy grzejnej w termocyklerze MJ Mini pojawia się w Trybie
Ciągłym „Constant Mode”. W Trybie Ciągłym ustalona wartość temperatury pokrywy grzejnej
jest utrzymywana przez czas trwania doświadczenia (dopóki temperatura bloku grzejnego
nie zostanie obniŜona poniŜej temperatury otoczenia – jest to sygnał do wyłączenia pokrywy
grzejnej). Tryb Ciągły moŜe być uŜyty w specjalnych przypadkach, takich jak
zaprogramowanie wartości temperatury pokrywy grzejnej niŜszej niŜ najwyŜsza wartość
temperatury w protokole (zobacz poniŜej). Ustawiona wartość domyślna pokrywy grzejnej w
Trybie Ciągłym wynosi 100 °C.
Wybór temperatury pokrywy
MoŜna przypuszczać, Ŝe zastosowanie pokrywy grzejnej z zaprogramowaną stałą wysoką
temperaturą jest korzystne i niezbędne dla przeprowadzenia reakcji z eliminacją kondensacji
pary wodnej. Jednak w niektórych przypadkach, gdy temperatura pokrywy grzejnej jest za
wysoka, wzrasta temperatura mieszaniny reakcyjnej. Optymalizacja temperatury pokrywy
grzejnej wymaga zatem odnalezienia warunków punktu równowagi pomiędzy zapobieganiem
kondensacji a przegrzaniem próbki. Na dobranie optymalnej temperatury pokrywy grzejnej w
danym doświadczeniu będą miały wpływ: objętość mieszaniny reakcyjnej, wysokość
naczynia (płytki, probówki), wielkość powierzchni powyŜej bloku grzejnego. Dla wysokich
probówek, dla których przestrzeń powyŜej bloku grzejnego jest duŜa powinno stosować się
wyŜsze wartości temperatury pokrywy grzejnej. Dla naczyń reakcyjnych nisko
wyprofilowanych, w których mieszanina reakcyjna zajmuje maksymalną objętość (np. 50 –
100 µl dla płytek 96- studzienkowych; 15 – 30 µl dla płytek 384- studzienkowych),
temperatura pokrywy grzejnej powinna być niŜsza. Dla bardzo małych objętości mieszaniny
reakcyjnej (< 5 µl) temperatura pokrywy grzejnej powinna być wysoka, aby uniemoŜliwić
odparowanie próbki.
54
∝
7 Edycja programów
7.1 Edycja istniejącego programu
Rozpoczęcie edycji
Edycja programu
Wprowadzanie nowego kroku programu
Usuwanie kroku programu
Edycja kroku programu
Dodawanie opcji kroku programu
7.2
7.3
7.4
Edycja programów w trybie graficznym
Zapisywanie edytowanego programu
Usuwanie wprowadzonych zmian
55
7.1
∝
Edycja istniejącego programu
Narzędzia edycji programu MJ Mini są dostępne dzięki funkcji „Edit” w Menu Głównym.
Pozwalają na modyfikację programów przez:
-wprowadzanie zmian poszczególnych kroków programu,
-dodawanie nowych kroków programu,
-usuwanie kroków programu,
-dodawanie opcji do kroków temperaturowych i kroków „Ramp”.
Uwaga: Proszę zwrócić uwagę, Ŝe funkcja „Edycji” nie obejmuje moŜliwości zmiany nazwy
programu. Aby uzyskać informacje jak z istniejącego programu poprzez kopiowanie i zapis
pod inną nazwą utworzyć nowy program proszę przeczytać Rozdział 8: „Kopiowanie
programu”.
Uwaga: Jeśli jedyne zmiany jakie wprowadzasz do protokołu to zmiana temperatury pokrywy
grzejnej lub objętość mieszaniny reakcyjnej, moŜesz to zrobić tuŜ przed włączeniem reakcji.
Rozpoczęcie edycji
Aby rozpocząć edycję programu wybierz „Edit” z Menu Głównego, a następnie naciśnij
„Proceed”. Pojawi się jeden z dwóch typów ekranów, w zaleŜności od tego, czy Twój
program jest zapisany w folderze <Main>, czy teŜ w stworzonym przez Ciebie folderze
uŜytkownika.
- Jeśli wszystkie programy są zapisane w folderze <Main>:
Wyświetli się lista programów znajdujących się w tym folderze:
Wybierz program, który zamierzasz edytować i naciśnij Proceed”.
Jeśli programy są zapisane równieŜ w folderach uŜytkownika
Wyświetli się najpierw lista folderów, znajdujących się w aparacie – po lewej stronie ekranu.
Po podświetleniu wybranego folderu, po prawej stronie zostanie wyświetlona lista
programów w tym folderze:
56
∝
Naciśnij prawy przycisk wyboru „Select” aby przesunąć kursor do prawej kolumny. Wybierz
program, który zamierzasz edytować ( iPRF1 kb w poniŜszym przykładzie), a następnie
naciśnij klawisz „Proceed”.
W obydwu przypadkach po naciśnięciu polecenia „Proceed” wyświetli się pierwszy ekran
edycji programu.
Aby zachować równieŜ oryginalną wersją programu, skopiuj go, a następnie edytuj kopię.
Edycja programu
Pierwszy ekran edycji wyświetla dwie metody kontroli temperatury, objętość próbki i krok
programu.
MoŜesz UŜyć klawiszy „Select” aby przechodzić poszczególne kroki programu. Kursor
będzie automatycznie przesuwany przez oznaczenia numeryczne poszczególnych kroków
oraz przez wprowadzone wartości.
Aby zmienić pojedynczy parametr kroku najedź na niego kursorem i nadpisz nową wartość, a
następnie naciśnij klawisz „Proceed”. Nowa wartość zostanie wyświetlona na ekranie. Aby
zrezygnować ze zmiany naciśnij „Cancel”, a następnie „Proceed” - powróci „stara” wartość.
Aby dodać, usunąć lub zmodyfikować krok programu najedź kursorem na numer kroku, a
następnie naciśnij „Proceed”. Pojawi się „Edit Menu”:
57
∝
-„Insert”: Pozwala na wprowadzenie nowego kroku przed wyświetlanym właśnie krokiem.
-„Delete”: Usuwa wyświetlany aktualnie krok.
-„Edit”: Wyświetla ponownie ostatni ekran z kursorem na pierwszej wartości kroku tak, Ŝe
moŜe ona być natychmiast zmieniana.
-„Option”: Pozwala na dodanie opcji do wyświetlanego aktualnie kroku, jeśli jest to krok
temperaturowy.
Wprowadzanie nowego kroku programu
Aby wprowadzić nowy krok programu wybierz „Insert” z „Edit Menu”, a następnie naciśnij
„Proceed”. Wyświetli się „Enter Menu” pozwalające na wprowadzenie nowego kroku
programu (nowy krok w poniŜszym przykładzie ma numer 2):
UŜyj „Enter Menu”, aby wprowadzić parametry nowego kroku programu (patrz
„Wprowadzanie Kroków Programu”, Rozdział 6). Po wprowadzeniu wszystkich parametrów
wybierz „Yes” z dialogu potwierdzającego, a następnie naciśnij klawisz „Proceed”.
Edytowany program zostanie wyświetlony ponownie z uwzględnieniem nowo
wprowadzonego kroku.
Usuwanie kroku programu
Aby usunąć krok programu wybierz „Delete” z „Edit Menu”, a następnie naciśnij klawisz
„Proceed”. Krok ten zostanie natychmiast usunięty, a edytowany program zostanie
wyświetlony ponownie juŜ bez tego kroku.
Aby zrezygnować z kasowania kroku programu postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w
„Rezygnacja ze zmian w edycji”.
Proszę zwrócić uwagę, Ŝe naleŜy zachować duŜą ostroŜność uŜywając „Delete”, gdyŜ po
usunięciu kroku nie da się go odzyskać bez ponownego mozolnego wprowadzania zmian.
MoŜe być to niewygodne, jeśli podczas edycji wprowadzonych zostało wiele zmian.
Edycja kroku
Po dokonaniu wyboru: Edycja kroku, moŜna edytować poszczególne wartości jak tylko
zostaną podświetlone. Poprzez wybór „Proceed” moŜliwe jest kontynuowanie edycji
poszczególnych kroków w programie.
Dodawanie opcji kroku programu
Aby dodać opcję do kroku programu wybierz „Option” z „Edit Menu”, a następnie naciśnij
klawisz „Proceed”. Pojawi się „Options Menu” dla edytowanego kroku programu. Zgodnie z
58
∝
instrukcjami zawartymi w rozdziale 3, „Modyfikacji programu z wykorzystaniem opcji”
wprowadź lub zmień opcje. Po zakończeniu wprowadzania zmian wybierz „Yes” z dialogu
potwierdzającego, a następnie naciśnij klawisz „Proceed”. Edytowane kroki programu
zostaną wyświetlone ponownie z uwzględnieniem wprowadzonych opcji.
7.2 Edycja programu w sposób graficzny
MoŜliwa jest edycja programu w sposób graficzny. Metoda ta jest w pewien sposób
ograniczona, a mianowicie umoŜliwia wprowadzanie zmian jedynie wartości danych
parametrów, takich jak temperatura inkubacji, czas utrzymywania temperatury, liczba
powtórzeń GoTo. Podczas edycji na sposób graficzny nie ma moŜliwości dodania, usunięcia
kroku, czy wprowadzenia zmian w opcjach kroku temperaturowego. JednakŜe sposób ten
jest bardzo uŜyteczny do szybkiej zmiany wartości parametrów. Tak jak pokazano w
rozdziale 7.2 moŜna zapisać program wraz z wprowadzonymi zmianami bez utraty jego
pierwotnych parametrów.
Aby edytować program graficznie z Głównego Menu wybierz „Select”. Kroki protokołu
zostaną wyświetlone w trybie tekstowym:
Za pomocą kluczy „Select” przewijaj przez pola temperatury pokrywy grzejnej i objętości
mieszaniny reakcyjnej. Podczas gdy kursor jest umieszczony na kroku protokołu, moŜesz
wybrać przycisk „Screen” aby wyświetlić sposób graficzny protokołu:
Protokół zostanie wyświetlony w sposób skrócony z wyszczególnionymi krokami
przedstawionymi po lewej stronie ekranu. Za pomocą kluczy „Select” moŜesz przewijać do
przodu i do tyłu przez poszczególne pola edycji. Podczas gdy kursor jest przewijany przez
pola edycji poszczególnych kroków temperatury, wartość temperatury aktualnie
podświetlanego kroku jest wyświetlana w górnej części drugiej kolumny. Kiedy podświetlana
jest komenda GoTo, w górnej części drugiej kolumny wyświetlony numer aktualnego kroku
oraz ilość powtórzeń jaka zostanie przeprowadzona (zobacz poniŜej). Podczas, gdy
będziesz przechodzić przez program, odpowiedni krok programu będzie podświetlony na
wykresie graficznym po prawej stronie ekranu, aby pokazać uŜytkownikowi gdzie aktualnie
się znajduje. Podczas gdy aktywny pozostaje krok GoTo, podświetlona zostanie linia
przerywana znajdująca się poniŜej wykresu graficznego.
59
∝
Aby zmienić wartość parametru w dowolnym kroku, naleŜy podświetlić dany krok i wpisać
Ŝądaną wartość. Wybierz „Proceed” aby zatwierdzić zmiany. W celu wprowadzenia zmiany
czasu trwania kroku naleŜy wybrać ten krok, a następnie prawym kluczem „Select”
przesunąć kursor na pole czasu. Wybierz „Proceed” aby zatwierdzić zmiany. Po
podświetleniu kroku GoTo moŜna edytować sam krok, jak równieŜ wprowadzić zmiany do
ilości powtórzeń.
Aby wyjść z trybu graficznego, naleŜy powtórnie przycisnąć przycisk „Screen”. Zostanie
wówczas wyświetlony tryb tekstowy protokołu. Z tej pozycji moŜna w szerszy sposób
edytować program. MoŜna równieŜ zapisać (lub anulować) wprowadzone zmiany jak opisano
poniŜej.
7.3 Zapisywanie edytowanego programu
Aby zapisać edytowany program uŜyj prawego klawisza „Select”, aby przesunąć się do kroku
„End”. Ustaw kursor na numerze tego kroku i naciśnij „Proceed”. W ostatniej linii ekranu
pojawi się dialog pozwalający na zapisanie edytowanego programu:
-„End”: Zachowuje zmiany i wyświetla Menu Główne. Zakończenie sesji edycji programu.
-„Insert”: Pozwala na wprowadzenie kolejnego dodatkowego kroku programu przed krokiem
„End”.
Usuwanie wprowadzonych zmian
Aby zrezygnować z wprowadzonych zmian uŜyj klawiszy „Select”, aby przesunąć kursor na
jakikolwiek numer kroku i naciśnij „Cancel”. Pojawi się komunikat o zapisie zmian:
60
∝
Wybierz „Yes” i naciśnij „Proceed” jeśli chcesz zapisać zmiany. Aby uniewaŜnić
wprowadzone zmiany wybierz „No”, a następnie „Proceed”. Wszystkie zmiany wprowadzone
podczas edycji zostaną usunięte i zostanie wyświetlone Menu Główne.
61
∝
8 Korzystanie z oprogramowania
8.1
8.2
8.3
8.4
8.5
8.6
8.7
8.8
8.9
8.10
8.11
8.12
8.13
8.14
8.15
8.16
8.17
Określanie pozycji protokołu Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Ustawienia Folderów Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Tworzenie Folderu Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Wprowadzanie hasła do folderu
Kasowanie Foldera Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Zmiana nazwy foldera
Kopiowanie programu
Przesuwanie programu
Kasowanie programu Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Zamiana nazwy programu Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Narzędzia programowe
Oglądanie programu ostatniego pomiaru Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Zmiana ustawień domyślnych pokrywy grzejnej
Przeprowadzanie auto testu kontrolnego Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Kalkulator Gradientu Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Odczytanie wersji oprogramowania Błąd! Nie zdefiniowano zakładki.
Zmiana kontrastu wyświetlacza LCD
62
∝
8.1 Określanie pozycji protokołu
Oprogramowanie termocyklera MJ Mini jest w taki sposób skonstruowany, Ŝe (poprzez
wybór opcji FILES lub TOOLS z Głównego Menu, Main Manu) wymaga od uŜytkownika
określenia pozycji, w której dany protokół będzie przechowywany.
•
Jeśli wszystkie programy są przechowywane w Menu Głównym <MAIN>:
Na ekranie zostanie wyświetlona lista programów zawartych w <MAIN>:
Wybierz odpowiedni program z listy.
•
Jeśli programy są przechowywane w folderach:
Na ekranie, po jego lewej stronie zostanie wyświetlona lista folderów zapisanych w aparacie.
Podczas przewijania listy folderów (za pomocą kluczy <<Select>>), po prawej stronie ekranu
będzie wyświetlana lista programów znajdujących się w poszczególnych folderach:
Po wybraniu odpowiedniego folderu znajdującego się po lewej stronie ekranu, aby przesunąć
kursor do drugiej kolumny naleŜy wybrać klucz prawej strzałki <<Select>>, a wtedy naleŜy
przewijać w górę i w dół aŜ do wybrania odpowiedniego programu i nacisnąć przycisk
<<Proceed>> w celu potwierdzenia dokonanego wyboru.
8.2 Ustawienia Folderów
Ustawienia, które są dostępne z FILE MENU, umoŜliwiają wykonanie następujących
czynności:
•
Utworzenie nowego folderu, w którym są przechowywane protokoły
•
Ochrona, kasowanie i zmiana nazwy istniejącego folderu
•
Kopiowanie, kasowanie lub zmiana nazwy istniejącego programu
•
Przemieszczanie programów pomiędzy folderami
Aby wyświetlić pliki menu FILES MENU, z Głównego Menu naleŜy wybrać Files a następnie
nacisnąć << Proceed>>:
63
∝
8.3 Tworzenie Folderu
Termocykler MJ Mini moŜe przechowywać programy w folderach, włącznie z folderem
głównym <MAIN>. Jeśli podczas procesu zapisywania programu nie zostanie wskazany
folder, w którym ma zostać umieszczony dany program, wówczas zostanie on domyślnie
zapisany w folderze MAIN.
Aby utworzyć nowy folder, wybierz NEW z Files Menu, a wtedy przyciśnij <<Proceed>>.
Zostanie wyświetlony ekran umoŜliwiający wprowadzenie nazwy:
Wprowadź nazwę dla foldera, skorzystaj z instrukcji zamieszczonej w rozdziale „Nadawanie
nazwy nowemu programowi” w rozdziale 6, następnie wybierz <<Proceed>>. Wprowadzona
nazwa folderu zostanie zapamiętana, folder zapisany, a ekran powróci do MAIN MENU.
8.4 Wprowadzanie hasła do folderu
Protokoły, które znajdują się w folderach zabezpieczonych hasłem nie mogą być
edytowane, nie mogą być kasowane, ich nazwa nie moŜe być zmieniana oraz nowe
protokoły nie mogą być w nich zapisane bez wcześniejszego wprowadzenia odpowiedniego
hasła. UŜytkownik, nie znający hasła do danego foldera moŜe wchodzić do tego foldera,
uruchamiać, kopiować i oglądać znajdujące się tam programy.
Pamiętaj: Hasło nie moŜe być wprowadzone do folderu MAIN MENU
Aby wprowadzić hasło dla foldera, z Files Menu naleŜy wybrać SECURE i nacisnąć
<<Proceed>>. Zostanie wyświetlona lista wszystkich folderów zapisanych w aparacie.
Wybierz odpowiedni folder (inny niŜ MAIN) i naciśnij <<Proceed>>. Zostanie wyświetlony
ekran umoŜliwiający wprowadzenia hasła:
64
∝
Właściwe hasło składa się z cyfr, długie do czterech znaków. Po wprowadzeniu hasła o
długości do trzech znaków naleŜy przycisnąć przycisk <<Proceed>> aby spowodować jego
akceptację. Po wprowadzeniu czwartego znaku, hasło automatycznie będzie akceptowane
bez konieczności potwierdzenia.
Hasło moŜe być zmieniane w dowolnym czasie. Aby wybrać folder chroniony naleŜ postąpić
według kroków opisanych powyŜej i naciśnij <<Proceed>>. Pojawi się ekran z zapytaniem o
aktualne hasło:
Wprowadź aktualne hasło. I ponownie, po wprowadzeniu hasła o długości do trzech znaków
naleŜy przycisnąć przycisk <<Proceed>> aby spowodować jego akceptację. Po
wprowadzeniu czwartego znaku, hasło automatycznie będzie akceptowane bez konieczności
potwierdzenia. Wprowadź nowe hasło, jak opisano powyŜej. Nowe hasło zostanie przypisane
dla danego foldera i zostanie wyświetlony ekran Main Menu.
8.5 Kasowanie Foldera
Przed skasowaniem folder musi być pusty. NaleŜy wszystkie foldery przesunąć bądź
skasować z danego folderu. Następnie naleŜy wybrać DELETE z lewej strony Menu Plików
Files Menu i nacisnąć <<Proceed>>. Zostanie wyświetlona lista folderów obecnych w
aparacie. Wybierz folder, który zamierzasz wykasować i przyciśnij <<Proceed>> . Zostanie
wyświetlony ekran potwierdzenia:
65
∝
Wybierz YES i przyciśnij <<Proceed>>. Folder zostanie skasowany. Aby zrezygnować z
usunięcia foldera naleŜy wybrać przycisk <<Cancel>> lub wybrać No, a następnie
<<Proceed>>.
8.6 Zmiana nazwy foldera
Aby zmienić nazwę foldera z lewej części File Menu naleŜy wybrać Rename, a następnie
przycisk <<Proceed>>. Wybierz folder, którego nazwa ma zostać zmieniona, a następnie
przycisk <<Proceed>>. Zostanie wyświetlony ekran zmiany nazwy folderu:
Pamiętaj: Folder <Main> nie moŜe być skasowany.
Nazwij nowy folder (zobacz Rozdział 6 „Nadawanie nazwy nowemu programowi”) i naciśnij
przycisk <<Proceed>>. Nazwa foldera zostanie zmieniona i ekran główny zostanie
wyświetlony.
8.7
Kopiowanie programu
Zaprogramowaną procedurę moŜna skopiować i zapisać pod inną nazwą. Kopia programu
moŜe być zapisana zarówno w tym samym folderze, jak i w nowym folderze.
Aby skopiować program z File Menu naleŜy wybrać Copy, a następnie nacisnąć przycisk
<<Proceed>>. Następnie naleŜy określić miejsce, w którym program zostanie zapisany
(zobacz Rozdział 8 powyŜej „Określenie pozycji folderu”) i naciśnij przycisk <<Proceed>>.
Jeśli w aparacie znajduje się więcej niŜ jeden folder, wówczas uŜytkownik zostanie
poproszony o określenie, w którym folderze program ma zostać zapisany:
Wybierz docelowy folder w którym zostanie zamieszczony program i naciśnij przycisk
<<Proceed>>. Ekran nazwy zostanie wyświetlony:
66
∝
Wprowadź nazwę dla skopiowanego programu (zobacz Rozdział 6 „Nadawanie nazwy
nowemu programowi”) i naciśnij przycisk <<Proceed>>. Program zostanie skopiowany do
wskazanego folderu pod określoną nazwą. Ekran Menu Główne Main Menu zostanie
wyświetlony.
8.8
Przesuwanie programu
Aby przesunąć program z File Menu naleŜy wybrać MOVE i naciśnij przycisk <<Proceed>>.
Zlokalizuj program, który ma zostać przesunięty (Zobacz Rozdział 6 „Określenie pozycji
folderu”) i naciśnij przycisk <<Proceed>>. Zostanie wyświetlony ekran z listą folderów.
Wybierz folder, do którego program ma zostać przesunięty i naciśnij przycisk <<Proceed>>.
Program zostanie do tego folderu przesunięty, a Menu Główne zostanie wyświetlone.
8.9
Kasowanie programu
Aby skasować program z File Menu naleŜy wybrać DELETE i naciśnij przycisk
<<Proceed>>. Wybierz program, który ma zostać skasowany (Zobacz Rozdział 6
„Określenie pozycji folderu”) i naciśnij przycisk <<Proceed>>. Ekran potwierdzenia zostanie
wyświetlony:
Wybierz YES, a następnie naciśnij przycisk <<Proceed>>. Program zostanie usunięty, a
Menu Główne zostanie wyświetlone. Aby uniewaŜnić usuwanie programu wybierz
<<Cancel>> lub No, a następnie naciśnij przycisk <<Proceed>>.
8.10 Zamiana nazwy programu
Aby zmienić nazwę programu, z File Menu naleŜy wybrać RENAME i naciśnij przycisk
<<Proceed>>. Wybierz program, którego nazwa ma zostać zmieniona (Zobacz Rozdział 6
„Określenie pozycji folderu”) i naciśnij przycisk <<Proceed>>. Ekran potwierdzenia zostanie
wyświetlony:
67
∝
Wprowadź nazwę nowego programu (Zobacz Rozdział 6 „Określenie pozycji folderu”) i
naciśnij przycisk <<Proceed>>. Program ze zmienioną nazwą zostanie zapamiętany, a
Menu Główne zostanie wyświetlone.
8.11 Narzędzia programowe
Z narzędzi programowych korzysta się podczas wykonywania następujących czynności:
•
Oglądanie kroków ostatnio włączonego programu
•
Oglądanie/zmiana domyślnych ustawień pokrywy grzejnej
•
Włączanie testu kontrolnego
•
Korzystanie z kalkulatora gradientu termicznego
•
Sprawdzanie wersji aktualnej wersji oprogramowania
•
Sprawdzanie kontrastu ekranu LCD aparatu
8.12 Oglądanie programu ostatniego pomiaru
Aby zobaczyć protokół ostatnio włączonego programu w termocyklerze MJ Mini z Głównego
Menu wybierz TOOLS i naciśnij <<Proceed>>:
Na ekranie zostanie wyświetlona lista narzędzi. Podświetl Last Run i przyciśnij
<<Proceed>>. Na ekranie zostaną wyświetlone informacje o ostatnio włączonym protokole:
68
∝
Informacje, które są zawarte to nazwa programu, ustawienia pokrywy grzejnej (100 °C jest
zaprogramowaną temperaturą pokrywy grzejnej i 30 °C jest temperaturą bloku grzejnego,
przy której następuje automatyczne wyłączenie pokrywy grzejnej) , objętość mieszaniny
reakcyjnej, czas trwania protokołu i czy jakieś błędy pojawiły się podczas realizacji protokołu.
Dodatkowo, ostatnia linijka określa wersję oprogramowania jakiego uŜyto do pomiaru.
Aby powrócić do Głównego Menu przyciśnij <<Proceed>>.
8.13 Zmiana ustawień domyślnych pokrywy grzejnej
Z TOOLS MENU naleŜy wybrać Default Settings
Następujący ekran zostanie wyświetlony:
i naciśnij przycisk <<Proceed>>.
UŜytkownik moŜe zmienić temperaturę pokrywy grzejnej, jak równieŜ minimalną temperaturę
bloku grzejnego, po osiągnięciu której nastąpi automatyczne wyłączenie grzania pokrywy
grzejnej. Podczas protokołu, gdy następuje chłodzenie bloku do niskiej temperatury ostatniej
inkubacji, nie ma potrzeby utrzymywania wysokiej temperatury pokrywy grzejnej – próbce juŜ
nie grozi odparowanie.
Na tym samym ekranie uŜytkownik moŜe ustawić domyślną wartość objętości próbki, która
będzie stosowana podczas reakcji. Nie ma potrzeby za kaŜdym razem ustawiania tej
wartości. Podczas określania nowego protokołu, jak równieŜ podczas włączania protokołu
zapamiętanego przez termocykler, uŜytkownik będzie proszony o podanie wartości objętości
próbki mieszaniny reakcyjnej. Domyśla wartość jaka zawsze będzie wyświetlana moŜe być
zaprogramowana z tej opcji.
Aby zmienić którekolwiek z wartości wyświetlonych na ekranie , wybierz klucz <<Select>> i
przesuń go nad odpowiednią wartość i wprowadź nową wartość. Naciśnięcie przycisku
<<Proceed>> spowoduje zatwierdzenie wprowadzonej wartości i automatycznie przesunie
kursor do następnej wartości. Powtórne przyciśnięcie przycisku <<Proceed>> spowoduje
przesunięcie kursora ponad kolejnymi trzema polami i powróci do Menu Głównego.
Jeśli wprowadzono nieprawidłowe wartości, naleŜy wybrać klucz <<Cancel>>, a następnie
ponownie wprowadzić odpowiednią wartość. Jeśli przyciśnięto juŜ przycisk <<Proceed>> i
przemieszczono kursor zanim zauwaŜono nieprawidłową wartość, naleŜy wyjść z menu
Default Settings poprzez kilkukrotne przyciśnięcie klawisza <<Proceed>> aŜ do osiągnięcia
Głównego Menu. Teraz naleŜy ponownie wejść do menu Default Settings i wprowadzić
stosowne zmiany.
8.14 Przeprowadzanie auto testu kontrolnego
Test kontrolny przeprowadza aparat MJ Mini przez testy sprawdzające czy blok grzejny i
inne części aparatu są sprawne i gotowe do uŜycia. W celu przeprowadzenia testu
69
∝
kontrolnego naleŜy wybrać Self Test z TOOLS MENU. Po zakończeniu testu kontrolnego
ekran Menu Głównego zostanie wyświetlony. Jeśli aparat wyświetla błąd lub informację o
nieprawidłowości, naleŜy skontaktować się z serwisem firmy Bio-Rad.
8.15 Kalkulator Gradientu
Narzędzia Kalkulatora gradientu umoŜliwiają uŜytkownikowi wizualne przedstawienie i
obliczenie gradientu temperatury, który został uŜyty podczas reakcji. Stąd uŜytkownik moŜe
uzyskać informacje o faktycznej temperaturze annealing (wydłuŜąnia), co umoŜliwi
przeprowadzenie efektywnej reakcji.
Aby zobaczyć gradient termiczny , z TOOLS MENU wybierz Gradient Calculator. Podczas
wyświetlania pierwszego ekranu, uŜytkownik będzie poproszony o podanie najniŜszej i
najwyŜszej temperatury gradientu:
Wprowadź najniŜszą wartość temperatury (pamiętając, Ŝe najniŜsza wprowadzona wartość
moŜe wynosić 30 °C) i naciśnij <<Proceed>>. Teraz uŜytkownik będzie poproszony o
wprowadzenie najwyŜszej wartości gradientu:
Wprowadź najniŜszą wartość temperatury (pamiętając, Ŝe najwyŜsza wprowadzona wartość
moŜe wynosić 90 °C, a róŜnica pomiędzy najwyŜszą, a najniŜszą wartością temperatury
gradientu nie moŜe być większa niŜ 16 °C) i naciśnij <<Proceed>>. Zostanie wyświetlony
następujący ekran z wyświetleniem temperatury w kaŜdym rzędzie bloku. Górny rząd
odpowiada tylnej części bloku temperaturowego, natomiast dolny rząd odpowiada
pierwszemu rzędowi w bloku grzejnym.
70
∝
Po zaobserwowaniu, przy jakiej temperaturze reakcja przebiega najefektywniej, uŜytkownik
moŜe zamienić protokół z gradientowego na nie gradientowy z wykorzystaniem odpowiedniej
– optymalnej wartości temperatury.
8.16 Odczytanie wersji oprogramowania
Jeśli uŜytkownik potrzebuje uzyskać informacje o wersji oprogramowania zainstalowanego
do aparatu MJ Mini (np. wersję oprogramowani naleŜy podać aby skorzystać z pomocy
technicznej Bio-Rad gdy jest to potrzebne przy pojawiających się problemach z
oprogramowaniem). Z TOOLS MENU naleŜy wybrać VERSION i nacisnąć <<Proceed>>.
Aktualna wersja oprogramowania zostanie wyświetlona:
Górna linia wyświetla wersję oprogramowania (1.1Ci jak w przykładzie na rysunku) W
następnych czterech liniach znajdują się odnośniki do ośmiu „stron” gdzie program został
zmieniony w stosunku do odpowiednich wersji (Ci w przykładzie powyŜej).
Bio-Rad okresowo wprowadza aktualizacje do oprogramowania będące unowocześnieniem
poprzedniej wersji. Większość wersji oprogramowania jest dostępna bezpłatnie w okresie
gwarancyjnych aparatu i moŜe być zainstalowana z komputera. W celu uzyskania
szczegółowych informacji kontaktuj się z przedstawicielem firmy Bio-Rad lub autoryzowanym
dystrybutorem. Niekiedy aktualizacja oprogramowania moŜe wymagać zmian w hardware
urządzenia. Ta zmiana będzie wymagała odesłania termocyklera MJ Mini do firmy lub
autoryzowanego przedstawiciela.
8.17 Zmiana kontrastu wyświetlacza LCD
UŜytkownik moŜe zmienić ustawienia w jasności wyświetlania ekranu LCD. Aby to zrobić, z
TOOLS MENU naleŜy wybrać Contrast, a następnie przycisnąć <<Proceed>>. Znajdując się
na pozycji ekranu CONTRAST CONTROL naleŜy uŜyć prawy przycisk <<Select>> w celu
zwiększenia kontrastu, lub lewy przycisk <<Select>> w celu zmniejszenia kontrastu.
Ustawienia mogą być zoptymalizowane i zaakceptowane po przyciśnięciu przycisku
<<Proceed>> lub odrzucone po przyciśnięciu przycisku <<Cancel>>. Wybór klawisza
<<Proceed>> lub <<Cancel>> powoduje powrót do Głównego Menu.
71
∝
9 Czyszczenie termocyklera MJ Mini
9.1 Czyszczenie głowicy i bloku
Jeśli jakaś substancja zostanie niechcący rozlany na zewnętrznej części termocyklera,
naleŜy czyścić go wilgotną delikatną tkaniną lub gąbką. Głowicę termocyklera naleŜy równieŜ
regularnie oczyszczać z kurzu. Jeśli jest to konieczne, do czyszczenia termocyklera moŜna
uŜyć wody z mydłem.
Studzienki bloku grzejnego naleŜy czyścić za pomocą wacików zwilŜonych wodą, 95 %
etanolem lub wybielaczem chlorowym rozcieńczonym wodą w stosunku 1:100. Jeśli do
oczyszczania studzienek uŜywano wybielacza chlorowego, naleŜy następnie dokładnie
przepłukać blok grzejny wodą, tak aby nie pozostały na nim Ŝadne ślady. Wszelkie płyny,
jeśli zostaną rozlane na bloku grzejnym naleŜy jak najszybciej usunąć; po wyschnięciu będą
one trudne do usunięcia. Nie naleŜy czyścić bloku grzejnego substancjami Ŝrącymi i/lub
roztworami silnie alkalicznymi (np. silne mydła, amoniakiem, wybielaczem chlorowym o
stęŜeniu wyŜszym niŜ opisano powyŜej). Spowoduje to zniszczenie warstwy ochronnej bloku
i moŜe wywołać poraŜenie prądem elektrycznym.
Jeśli uŜytkownik stosuje olej w bloku grzejnym (Bio-Rad tego nie poleca; zobacz Rozdział 4),
powinien natychmiast oczyścić studzienki bloku grzejnego jeśli olej zmienia zabarwienie lub
widocznie zawiera substancje cząsteczkowe. Do oczyszczenia bloku naleŜy uŜyć wacika i 95
% etanolu, jak opisano powyŜej. NaleŜy chronić blok przed nagromadzeniem większych
ilości oleju. Pokłady oleju ułatwiają zbieranie się kurzu, który następnie powoduje
niewłaściwe umieszczenie probówki w studzience bloku grzejnego przez co zakłóca
prawidłowy przepływ ciepła.
Uwaga: Pod Ŝadnym pozorem nie naleŜy wylewać Ŝadnego środka czystości do bloku
grzejnego, a następnie powodować jego podgrzanie w celu jego oczyszczenia. Spowoduje to
powaŜne uszkodzenie bloku grzejnego, pokrywy grzejnej oraz termocyklera.
9.2 Czyszczenie powietrznych otworów odprowadzających
Otwory wentylacyjne, przez które wprowadzane jest powietrze do termocyklera powinny być
czyszczone za pomocą miękkiego pędzelka z włosia, wilgotnego materiału lub próŜniowego
urządzenia zasysającego, jeśli kurz jest osadzony głębiej. Otwory wentylacyjne są osadzone
w dolnej części po obu stronach aparatu; otwory odprowadzające powietrze znajdują się w
tylnej części aparatu. Jeśli ujścia te są zapchane przez kurz lub inne zanieczyszczenia
przepływ powietrza do bloku grzejnego traci stopniowo na sile i moŜe być utrudniony
powodując przegrzanie bloku. Otwory wentylacyjne, przez które powietrze jest wprowadzane
szybko zbierają kurz, poniewaŜ są one znacznie mniejsze niŜ otwory odprowadzające
powietrze.
Uwaga: Aby uniknąć moŜliwości przegrzania bloku grzejnego naleŜy regularnie sprawdzać i
oczyszczać ujścia wentylacyjne.
9.3 Czyszczenie radioaktywnych i niebezpiecznych materiałów poza
blokiem
Podczas konieczności oczyszczania aparatu po pracy z próbką radioaktywną lub
niebezpieczną naleŜy skontaktować się z odpowiednim urzędem. W sprawie szczegółowych
instrukcji naleŜy skonsultować się z inspektorem nadzoru radioizotopowego.
72
∝
9.4 Wymiana bezpieczników
Obwód elektryczny termocyklera jest chroniony przez dwa bezpieczniki elektryczne (6,3 A, 5
x 20 mm). Jeśli któryś z bezpieczników zostanie spalony, wówczas termocykler natychmiast
wyłączy się i nie ponowi akcji ponownego auto-włączenia. Aparat MJ Mini akcję tę
zarejestruje jako utratę zasilania, co oznacza, Ŝe jeśli bezpiecznik zostanie spalony podczas
włączonego protokołu, po zmianie bezpiecznika i włączeniu zasilania, aparat będzie
kontynuował dany protokół (zobacz Rozdział 5.9 Wznawianie pracy termocyklera po zaniku
napięcia
32)
UWAGA: Aparat MJ Mini posiada neutralne bezpieczniki, co oznacza, Ŝe jest on naładowany
nawet po spaleniu lub usunięciu bezpieczników. Nigdy nie otwieraj podstawy termocyklera.
MoŜesz zostać poraŜony prądem elektrycznym. Otwarcie podstawy spowoduje teŜ utratę
gwarancji aparatu.
1. Odłącz przewód zasilający od aparatu. Przesuń włącznik zasilania aparatu do pozycji
„—„ wyłączonej.
2. Usuń oba bezpieczniki i umieść na ich miejsce dwa nowe (trudno jest wizualnie
stwierdzić, który z nich jest spalony). Za pomocą odpowiedniego urządzenia
określającego oporność bezpieczników moŜna sprawdzić, który z nich jest spalony i
wtedy wymienić tylko jeden.
3. Włącz przewód zasilający.
73
∝
Dodatek A Gwarancja
Termocykler MJ Mini (PTC-1148) podlega gwarancji przeciwko wszelkim uszkodzeniom
materiału, z którego jest wykonany. W celu uzyskania szczegółowych informacji dotyczących
gwarancji aparatu proszę skontaktować się z lokalnym biurem Bio-Rad. Jeśli zostanie
zauwaŜony jakikolwiek defekt pracy aparatu podczas okresu objętego gwarancją, Bio-Rad
wymieni wszystkie uszkodzone elementy na własny koszt. JednakŜe, następujące
uszkodzenia aparatu nie podlegają wymianie gwarancyjnej:
1. Uszkodzenia wywołane przez nieprawidłowe uŜytkowanie lub nieprawidłowe
zapakowanie części.
2. Wszelkie próby reperacji urządzenia prowadzone na własną rękę przez osoby inne
niŜ pracownicy Bio-Rad Laboratories.
3. UŜywanie probówek, mikropłytek lub materiałów uszczelniających, innych niŜ
polecane przez Bio-Rad Laboratories do uŜycia w systemie MJ Mini.
4. Zamierzone lub przypadkowe uŜycie w nieprawidłowy sposób.
5. Uszkodzenia spowodowane przez katastrofę.
6. Uszkodzenia spowodowane przez uŜycie niewłaściwych roztworów lub próbek.
Bezpieczniki nie podlegają gwarancji.
Wszelki zapytania i prośby o naprawę sprzętu proszę kierować do Bio-Rad Laboratories.
Proszę sprawdzić i podać model termocyklera i numer seryjny aparatu. W celu uzyskania
pomocy technicznej proszę dzwonić do lokalnego biura Bio-Rad lub Bio-Rad Laboratories w
Stanach Zjednoczonych 1-800-4BIORAD (1-800-424-6723). Zaprszamy do odwiedzenia
naszej strony internetowej www.mjr.com lub www.bio-rad.com.
74
∝
Dodatek B Protokoły zaprogramowane
Standardowy 2-krokowy PCR protokół
STD-2
Step Temp Time
1 95 4:00
2 95 :30
3 65 :30
4 GOTO 2, 30X
54
6 END
Standardowy 3-krokowy PCR protokół
STD-3
1 95 4:00
2 95 :30
3 55 :30
4 72 :30
5 GOTO 2, 30X
6 72 7:00
74
8 END
Touchdown PCR protokół
TCHDOWN
1 95 4:00
2 95 :30
3 60 :30
(Increment -0.5°C/cycle)
4 72 :30
5 GOTO 2, 30X
6 95 :30
7 45 :30
8 72 30
9 GOTO 6, 30X
10 72 7:00
11 4
12 END
2-krokowy Fast PCR protokół z uŜyciem iTaq™ poliymerazy iTAQ-FST
Step Temp Time
1 98 :30
2 92 :01
3 70 :10
4 GOTO 2, 35X
5 72 :15
6 END
2-step PCR protokół z uŜyciem iProof™ high fidelity polymerase dla krótkich, średnich i
długich fragmentów iPRF1kb
1 95 2:00
2 95 :05
3 72 :30
4 GOTO 2, 20X
5 72 10:00
6 END
iPRF8kb
1 95 2:00
2 95 :05
3 72 4:00
4 GOTO 2, 20X
5 72 10:00
75
∝
6 END
iPRF15kb
1 95 2:00
2 95 :05
3 72 7:30
4 GOTO 2, 20X
5 72 10:00
6 END
2-krokowy RT PCR protokół RTPCR-2
Step Temp Time
1 37 60:00
2 95 5:00
3 95 :30
4 65 :30
5 GOTO 3, 40X
6 72 7:00
74
8 END
3-step RT PCR protokół RTPCR-3
1 37 60:00
2 95 5:00
3 95 :30
4 55 :30
5 72 :30
6 GOTO 3, 40X
7 72 7:00
84
9 END
2-krokowy protokół przyłączonym primerem
NEST PR2
1 95 4:00
2 95 :30
3 65 :30
4 GOTO 2, 40X
5 72 7:00
54
6 95 :30
7 65 :30
8 GOTO 6, 40X
9 72 7:00
10 4
11 END
3- krokowy protokół przyłączonym primerem
NEST PR3
Step Temp Time
1 95 4:00
2 95 :30
3 55 :30
4 72 :30
5 GOTO 2, 40X
6 72 7:00
74
8 95 :30
9 55 :30
10 72 :30
11 GOTO 8, 40X
12 72 7:00
13 4
76
∝
14 END
2-krokowy długi protokół PCR z uŜyciem iTaq polimerazy
LONG-2
1 95 4:00
2 95 :30
3 65 3:00 Ext 15s/cycle
4 GOTO 2, 35X
5 72 7:00
64
7 END
3- krokowy długi protokół PCR z uŜyciem iTaq polimerazy
LONG-3
1 95 4:00
2 95 :30
3 55 :30
4 72 3:00 Ext 15s/cycle
5 GOTO 2, 35X
6 72 7:00
74
8 END
77

MJ Mini

Transkrypt

Podobne dokumenty

Piłka nożna Mini - JAREER Gadżety reklamowe

Wakacyjne zagro¿enia Czerwiec 2007

USTAWA z dnia 26 stycznia 1984 r. Prawo prasowe. (Dz. U. z dnia 7

BMW Z8 i Mini - Klasyk przyszłości

Internet Seniorzy Spis Treści - Fundacja Pracownia Kompetencji

Taneczne Menu PrzysTawki zuPy Dania główne

UWAGA! Nieprawidłowe przeprowadzenie aktualizacji może