Zastosowanie języka Perl i pakietu R w analizie danych biologicznych

Zastosowanie języka Perl i pakietu R w analizie danych biologicznych
26 – 28 czerwca 2014
BIT Polska, ul. Ostrobramska 101A, Warszawa
Wraz ze sekwencjonowaniem kolejnych genomów lawinowo wzrasta liczba dostępnych
sekwencji DNA i białek. Wysokowydajna metoda mikromacierzy również dostarcza danych o
poziomie i zmianach ekspresji genów w trakcie ontogenezy, adaptacji do środowiska i
zmianach chorobowych. Różnorodne metody analizy SNP dostarczają coraz większej ilości
danych do wykrycia genetycznego podłoża chorób oraz warunkowania cech ilościowych.
Bioinformatyka jest intensywnie rozwijającą się nauką zajmującą się biologicznymi bazami
danych i programami do ich analizy. Warsztaty pozwolą uczestnikom przełamać często
spotykane wśród biologów obawy przed bioinformatyką i trudnościami programowania.
Podczas warsztatów uczestnicy będą prowadzili wiele ćwiczeń korzystając z pakietu R
(Freeware) oraz języka programowania Perl (Practical Extraction and Report Language –
praktyczny język ekstrakcji i raportowania) (Freeware) na przykładzie danych biologicznych i
bioinformatycznych.
Efekty kształcenia:
• Wiedza. Uczestnik warsztatów: zaznajomi się z możliwościami zastosowań języka
Perl i R w analizie danych biologicznych i bioinformatycznych; pozna powszechnie
stosowane formaty plików z bazy GenBank przechowujące informacje o sekwencjach
białek i kwasów nukleinowych;
• Umiejętności. Uczestnik warsztatów będzie potrafił napisać skrypty przetwarzające
pliki pochodzące z bazy danych GenBank oraz inne pliki tekstowe zwierające dane
biologiczne; przy pisaniu skryptów będzie umiał zastosować pętle, instrukcje
warunkowe, podstawowe funkcje oraz operacje na wyrażeniach regularnych; zapozna
się także z możliwościami pakietu R w zakresie procedur statystycznych i
wyspecjalizowanego pakietu seqinr do analiz bioinformatycznych;
• Kompetencje. Uczestnik warsztatów będzie rozumiał idee i potrzebę programowania
oraz automatyzację pracy na dużych zbiorach danych bioinformatycznych i
biologicznych.
Tematyka warsztatów obejmuje wykłady i ćwiczenia dotyczące:
- zakresu i celu badań bioinformatyki
- poziomów analizy genomiki i bioinformatyki
- rodzajów i problemów baz danych
- podstaw programowania w języku PERL
- podstaw programowania w języku R w tym pakietu seqinr
Dzień 1
09:00– 09:15
09:15 - 11:15
11:15 - 11:30
11:30 - 13:00
13:00 - 14:00
Otwarcie warsztatów
Bioinformatyka i genomika -wykład
Przerwa
Nauka programowania w języku PERL – wykład i ćwiczenia
Obiad
14:00 – 17:00
Nauka programowania w języku PERL – wykład i ćwiczenia
Dzień 2
09:00 - 11:00
11:00 - 11:15
11:15 - 13:15
Nauka programowania w języku PERL – wykład i ćwiczenia
13:15 - 14:15
14:15 – 17.00
Obiad
Podstawowe procedury statystyczne w R – wykład i ćwiczenia
Przerwa
Wprowadzenie do programu R – wykład i ćwiczenia
Dzień 3
09:00 - 11:00
11:00 – 11:15
11:15 – 13:00
13:00
Pakiet seqinr do analizy sekwencji – wykład i ćwiczenia
Przerwa
Pakiet seqinr do analizy sekwencji – wykład i ćwiczenia
Zakończenie