W peryplazmie E. coli - Zakład Biochemii Fizycznej

Transkrypt

W peryplazmie E. coli - Zakład Biochemii Fizycznej
Inżynieria białek I
Wykład 3 (2014/2015)
Magdalena Tworzydło
Zakład Biochemii Fizycznej, WBBiB UJ
Hodowle bakteryjne – produkcja białka
wektor
gospodarz
warunki hodowli
Trzy elementy składowe: gospodarz, wektor i warunki
hodowli. Zmiana każdego z nich może zasadniczo zmienić
wydajność syntezy i własności powstającego białka.
Wprowadzanie obcego DNA do komórek
Transformacja
– pobranie ze środowiska
obcego, nagiego DNA
Transdukcja
– wprowadzenie materiału
genetycznego do komórki
przez faga
Koniugacja – transfer kwasu
nukleinowego pomiędzy dwoma
komórkami pozostającymi
w bezpośrednim kontakcie
Transfekcja – wprowadzenie obcego materiału genetycznego do komórki
(w przypadku komórek zwierzęcych nie stosuje się terminu transformacja,
gdyż jest on zarezerwowany dla procesu spontanicznej mutagenezy
i transformacji nowotworowej)
Kompetencja u bakterii
Kompetencja – stan, w którym bakterie są zdolne
do pobierania obcego DNA ze środowiska
sztuczna – wywołana w warunkach
naturalna – uwarunkowana
obecnością odpowiednich genów,
kodujących białka odpowiedzialne za
wiązanie, obróbkę i transport materiału
genetycznego przez błonę komórkową.
laboratoryjnych, wiąże się ze zmianą
przepuszczalności błony komórkowej
na skutek czynników chemicznych lub
fizycznych.
Transformacja E. coli
Szczepy E. coli nie wykazują naturalnej kompetencji,
dlatego konieczne jest wprowadzenie ich w stan sztucznej kompetencji
metodami chemicznymi lub/i fizycznymi
ELEKTROPORACJA
CaCl2
i SZOK CIEPLNY
Na co możemy mieć wpływ?

ekspresja genu
- wydajność transkrypcji
- moment startu transkrypcji
- stabilność mRNA

wydajność translacji

rozpuszczalność białka

stabilność białka

prawidłowe fałdowanie białka

toksyczność białka

wydajność oczyszczania białka
Powstawanie ciał inkluzyjnych
Jednym z głównych problemów przy produkcji białek
heterologicznych, których geny znajdują się pod kontrolą
silnych promotorów jest nieprawidłowe fałdowanie tych białek
i ich wytrącanie w postaci nierozpuszczalnych agregatów, tak
zwanych CIAŁ INKLUZYJNYCH (inclusion bodies).
Ciałka inkluzyjne (śr. 0,5–1,3 µm) mogą się formować zarówno
w cytoplazmie, jak i w przestrzeni peryplazmatycznej.
Powstawanie ciał inkluzyjnych
ZALETY
• ochrona białka przed
działaniem komórkowych
proteaz
• ochrona komórki przed
toksycznym białkiem
• wygodny sposób wstępnego
oczyszczania
•
•
•
•
•
•
WADY
• czasochłonny, kosztowny
i nie zawsze skuteczny
proces renaturacji białka
ZAPOBIEGANIE
hodowla w niskiej temperaturze
słabszy promotor, mniej kopii plazmidu
mniejsze stężenie induktora
dodatkowe białka opiekuńcze
dołączanie białek fuzyjnych, które się
prawidłowo fałdują i są rozpuszczalne
eksport do peryplazmy
Usuwanie N-końcowej metioniny
W ramach obróbki potranslacyjnej
w komórkach E. coli dochodzi do
usunięcia sygnału startu translacji.
Wydajność tego procesu zależy od
rodzaju aminokwasu występującego bezpośrednio po N-formylometioninie (fMet).
Usuwanie N-końcowej metioniny jest
częstym problemem w trakcie nadekspresji białek heterologicznych.
W org. eukariotycznych fMet nie
występuje w białkach cytozolowych,
dlatego jej obecność jest sygnałem do
aktywacji systemu immunologicznego.
Sposobem na uzyskanie homogennego
białka może być równoczesna ekspresja
genu map kodującego aminopeptydazę
metioninową.
Na podstawie Production of recombinant proteins, edited by
Gerd Gellisen 2005 Wiley-Vch Verlag GmbH & Co. Weinheim
fMet
jest
usuwana
fMet
może być
usunięta
fMet
nie jest
usuwana
Ala
Cys
Lys
Gly
His
Arg
Pro
Ser
Thr
Met
Trp
Tyr
Leu
Ile
Asn
Asp
Glu
Gln
Val
Phe
Zasada N-końca (N-end rule) – sygnał degradacji (degron)
Występowanie na N-końcu białka aminokwasów takich jak Arg, Lys, Leu, Phe,
Tyr i Trp znacząca skraca okres półtrwania białka w komórce bakteryjnej.
(Arg i Lys są drugorzędowymi czynnikami obniżającymi stabilność białka
u E. coli.)
W proces degradacji takich białek zaangażowane są:
• zależna od ATP proteaza ClpAP – kompleks ClpA (6 podj.) z ClpP (14 podj.)
• białko ClpS (monomer) – rozpoznaje pierwszorzędowe destabilizujące
aminokwasy (LFTW), transportuje białka do kompleksu ClpAP, wpływa na
tempo degradacji białka przez kompleks ClpAP
• transferaza leucyny/fenyloalaniny – rozpoznaje czynniki II-rzędowe i dołącza
do nich leucynę lub fenyloalaninę.
Znakowanie uszkodzonych transkryptów
alanina
SsrA RNA
transkrypt bez
kodonu STOP
przyłączenie
alaniny
translokacja,
zmiana mRNA
elongacja
wyznakowany polipeptyd
degradacja
Rekombinowane białko nie
powinno posiadać na końcu
karboksylowym sekwencji
podobnej do sekwencji
ANDENYALAA.
Sekwencja ta jest w komórkach
E. coli dodawana przez SsrA
(small subunit ribosomal RNA,
10Sa RNA) RNA na końcach
przedwcześnie zakończonych
łańcuchów polipeptydowych,
powstałych w wyniku translacji
uszkodzonych mRNA, które nie
posiadają kodonów STOP
i służy jako sygnał degradacji
przez specyficzne proteazy
ClpAP i ClpXP.
Tworzenie wiązań disiarczkowych
Wiązania disiarczkowe zwykle nie występują w białkach
cytoplazmatycznych, za to ich tworzenie jest często niezbędnym krokiem w procesie fałdowania białek wydzielanych
na zewnątrz komórki (ponad 300 peryplazmatycznych E. coli zawiera wiązania
disiarczkowe).
U E. coli środowisko komórki ma charakter redukujący dzięki
obecności tioredoksyn (Trx) oraz glutaredoksyn (Grx). Enzymy
te utrzymywane są w formie zredukowanej przez reduktazę
tioredoksyny (TrxB) oraz glutation,
który z kolei ulega redukcji za pośrednictwem oksydoreduktazy
glutationu (Gor).
Do rodziny białek Dsb odpowiedzialnych za tworzenie wiązań
disiarczkowych w peryplazmie należą: DsbA, DsbB oraz
izomerazy DsbC, DsbD i DsbG.
W peryplazmie E. coli
SH
SH
Forma zredukowana
białka
S
S
DsbA
Forma utleniona
DsbA
SH SH
Forma utleniona
białka
S
S
DsbA
Forma zredukowana
DsbA
Na podstawie Protein Folding Handbook, Part II. Edited by J. Buchner and T. Kiefhaber,
2005 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim
W peryplazmie E. coli
DsbA
DsbA
S
HS HS
2eˉ
2eˉ
S
SH SH
S
SH SH
S
S
S
S
S
S
Chinon
(Q)
DsbB
Recykling DsbA
S
2eˉ
W peryplazmie E. coli
SH SH
SH
DsbC
HS
SH
S S
SH SH
DsbC
HS
HS
S S
S
SH
SH
S
S
DsbC
SH
SH
SH
S
Izomeryzacja wiązań disiarczkowych
HS
S
DsbC
What a difference a strain makes
Nazwa szczepu
„What a diff’rence a day makes” – słowa piosenki o tym tytule
zostały opublikowane przez Stanleya Adamsa w roku 1934.
Piosenka zdobyła największą popularność
w latach 50-tych, w wykonaniu Dinah Washington
(http://www.youtube.com/watch?v=OmBxVfQTuvI)
Modyfikacje
Korzyści
BL21
brak genów ompT i lon dla proteaz
zwiększenie stabilności
syntetyzowanych białek
BL21 (DE3)
gen dla polimerazy T7
synteza białek pod kontrolą
promotora T7
Origami
mutacje w obrębie genów trxB i gor
tworzenie mostków
disiarczkowych w cytoplazmie
Rosetta
plazmid (pRARE) z genami
kodującymi tRNA dla rzadkich
kodonów E. coli
wydajniejsza ekspresja białek
eukariotycznych zawierających
kodony AUA, AGG, AGA, CUA,
CCC, GGA
BL21(DE3)LysS/E
wektor LysS lub LysE z genem
kodującym lizozym
kontrola aktywności polimerazy
faga T7, ochrona przed
przeciekaniem promotora lac
Arctic Express
wektor z białkami opiekuńczymi
Cpn10 i Cpn60 z psychrofilowej
bakterii Oleispira antarctica
produkcja białek w niższej
temperaturze ogranicza
tworzenie ciał inkluzyjnych
What a difference a strain makes
What a difference a strain makes
C41(DE3),C43(DE3),
tzw.szczepy Walkera
–
(nie)zidentyfikowana/e mutacje → synteza toksycznych
i błonowych
białek rekombinowanych
S. Wagner at al., 2008 Tuning Escherichia coli
for membrane protein overexpression. PNAS,
(105) 14371–14376
Produkcja białek
Transformacja – wprowadzenie wektora
ekspresyjnego (np. z serii pET) do wybranego
szczepu ekspresyjnego E. coli
Założenie płynnej „hodowli matki”
z pojedynczej kolonii bakteryjnej
w niewielkiej objętości pożywki
(50–100 ml)
Zaszczepienie „hodowlą matką” dużej objętości
pożywki (1–2 l)
Prowadzenie hodowli do momentu uzyskania
odpowiedniej gęstości optycznej (pomiar OD600)
Indukcja (w zależności od rodzaju promotora):
• dodanie induktora, np. IPTG (represor lac),
• podwyższenie temperatury hodowli (represor I z faga λ)
• zmiana pożywki (represor Trp)
Monitorowanie wzrostu hodowli (pomiar OD600)
Pobieranie próbek do późniejszego oznaczenia profilu
ekspresji (SDS-PAGE)
Zakończenie hodowli – zwirowanie bakterii
(zamrożenie osadu)
• temperatura
• antybiotyki
• wymiana pożywki
• stężenie induktora
• mieszanie
• napowietrzenie
Produkcja białka
Szczep E. coli Origami B(DE3)
Wektor pETDUET-1/dsbC/blgB
Rozprawa doktorska. Joanna Loch Badania strukturalne oddziaływań β-laktoglobuliny ze związkami o działaniu
biologicznym, Kraków 2011
Inżynieria białek I
Wykład 4 (2014/2015)
Magdalena Tworzydło
Zakład Biochemii Fizycznej, WBBiB UJ
Wydzielanie białek do peryplazmy
Wydzielanie białek do periplazmy
ZALETY
 możliwość tworzenia wiązań
disiarczkowych
 ochrona białka przed
działaniem cytoplazmatycznych
proteaz
 usunięcie N-końcowej
metioniny przy okazji usuwania
sekwencji sygnałowej
 ochrona komórki przed
toksycznym działaniem
syntetyzowanego białka
PROBLEMY
 transport przez błonę stanowi
wąskie gardło przy produkcji
białka spod silnych
promotorów
 możliwość utknięcia
transportowanych białek
w błonie → śmierć komórki
 ograniczona wielkość
transportowanych białek
 powstanie niewłaściwych
wiązań disiarczkowych
 nieprawidłowe fałdowanie →
powstawanie ciałek
inkluzyjnych
Wydzielanie białek do peryplazmy
Około 25–30% białek bakteryjnych występuje w błonie komórkowej lub
jest wydzielana do peryplazmy. Są one transportowane przez jeden
z dwóch systemów sekrecji. Pierwsza ścieżka to związany z błoną
system Sec, na który składają się białka SecY, SecE, SecG oraz SecA.
cytoplazma
SRP/FtsY
peryplazma
SecYE
SecA/SecB
SecYEG
Do przejścia przez błonę konieczna jest:
- sekwencja sygnałowa (18-30 aa):
dodatnio naładowany N-koniec,
hydrofobowa część środkowa
i miejsce cięcia dla proteaz
- luźna konformacja białka
(ochrona przez białko SecB
i inne białka opiekuńcze).
Przy przechodzeniu przez błonę sekwencja sygnałowa zostaje odcięta.
W peryplazmie znajduje się osobny zestaw białek opiekuńczych
ułatwiających poprawne fałdowanie oraz białka odpowiedzialne za
powstawanie wiązań disiarczkowych.
Wbudowywanie białek w błonę
Integralne białka błonowe do wbudowania w dwuwarstwę lipidową
potrzebują:
- nieodtrawialnej sekwencji zakotwiczającej,
- kompleksu SRP (signal recognition particle),
cytoplazma
- białka FtsY.
SRP/FtsY
Do rozpoznania sekwencji
sygnałowej przez SRP
dochodzi w trakcie syntezy
białka na rybosomie.
Syntetyzowany łańcuch
transportowany jest do kanału
YE przez białko FtsY.
SecYE
peryplazma
SecA/SecB
SecYEG
Wydzielanie białek do peryplazmy
Druga ścieżka: system sekrecji TAT
(Tween Arginine Translocation) kodowany przez geny tatABCE.
Transport białek sfałdowanych w cytoplazmie
– charakterystyczna sekwencja sygnałowa:
Ser/Thr – Arg – Arg – X – F – Leu – Lys
Translocation of Jellyfish Green Fluorescent Protein
via the Tat System of Escherichia coli
and Change of Its Periplasmic Localization
in Response to Osmotic Up-shock
JBC November 30, 2000
C. Santini, A. Bernadac, M. Zhang, A. Chanal, B. Ize,
C. Blanco, L. FeiWu
A
GFP z sygnałem translokacji. Ekspresja
w niezmutowanych komórkach
B
GFP z sygnałem translokacji. Ekspresja
w komórkach z delecją genu tatC.
(Białka TatBC odpowiadają za rozpoznanie
sekwencji sygnałowej natomiast białko
TatA tworzy kanał transportujący).
Zmiany w ogólnym profilu ekspresji genów
pod wpływem produkcji białka rekombinowanego
Bardzo wysoki poziom ekspresji jednego genu może prowadzić
do wyraźnych zmian w ogólnym profilu ekspresji genów
w komórce.
Średnio 6% genów ulega w takiej sytuacji ponad trzykrotnie
wyższej ekspresji.
Nieprawidłowe fałdowanie nowopowstającego białka wywołuje
w komórce reakcję podobną do reakcji na szok cieplny.
Silnej indukcji podlegają geny dla białek opiekuńczych (m.in.
DnaK, DnaJ, GrpE, GroEL, GroES), które umożliwiają ponowne
fałdowanie białek, zapobiegają agregacji źle sfałdowanych
białek, rozpuszczają agregaty białkowe, oraz wykazują
aktywność proteolityczną.
Fałdowanie białek u E. coli
Białka opiekuńcze, czaperony – wysoce konserwowane
cząsteczki o zbliżonej strukturze i funkcji występujące w obrębie
wszystkich królestw. Ochraniają hydrofobowe części nowopowstających białek, zapobiegając ich agregacji i wytrąceniu.
Foldazy – enzymy odpowiedzialne za katalizowanie reakcji,
niezbędnych do tego, by nowopowstające białka osiągnęły
właściwą konformację. Do reakcji takich zalicza się tworzenie
i izomeryzację wiązań disiarczkowych (białka PDI) oraz
izomeryzację wiązań peptydylo-prolilowych (białka PPI).
Izomeryzacja wiązań peptydylo-prolilowych
Konformacja trans jest korzystniejsza energetycznie i
występuje
w ponad 99% wszystkich wiązań peptydowych. Jednak w przypadku proliny
stabilność konformacji trans i cis jest porównywalna w związku z tym obie
konformacje są spotykane w białkach natywnych.
cis
trans
Ze względu na wysoką energię aktywacji izomeryzacja cis-trans wiązań
peptydylowych przy N-końcu proliny jest jednym z etapów najbardziej
ograniczających szybkość reakcji fałdowania białek.
Około 10% wiązań prolilowych w białkach przyjmuje konformację cis. Rodzaj
konformacji w jakiej występuje określona reszta proliny jest charakterystyczna
dla danego białka.
Czynnik inicjujący TF (Trigger Factor)
Oprócz białek opiekuńczych obecnych w cytoplazmie zidentyfikowano również białko opiekuńcze związane z rybosomem.
Łączy się ono z nowosyntetyzowanym peptydem natychmiast po
tym, jak wyłania się on z tunelu w rybosomie.
W komórkach z delecją genu tig, hodowanych w temperaturze
15–42°C nie stwierdzono ani obniżonego tempa wzrostu ani też
zaburzeń w fałdowaniu nowopowstających białek. Podobnie było
w przypadku bakterii z delecją genu dnaK, które rosły w przedziale
temperatur od 15 do 37°C. Jednak równoczesna delecja w/w
genów powodowała śmierć komórek.
Wniosek: DnaK i TF współdziałają ze sobą w procesie fałdowania
nowopowstałych białek.
Czynnik inicjujący TF (Trigger Factor)
Czynnik TF posiada aktywność cis/trans peptydylo-prolilo
izomerazy (PPI).
W rozpoznawanych przez TF sekwencjach nie musi
jednak występować prolina.
DnaK oraz czynnik TF rozpoznają podobne „motywy”
w białkach których fałdowanie nadzorują: są to fragmenty
o charakterze hydrofobowym, obdarzone ładunkiem
dodatnim.
TF wiąże się przede wszystkim z białkami o masie
powyżej 60 kDa, białka takie stanowią do 20% proteomu
E. coli.
Czynnik inicjujący TF (Trigger Factor)
TF ma masę 48 kDa i składa się z 432 aa.
Wyróżnia się w nim trzy domeny:
• 1-sza, N-końcowa (1–110 aa)
• 2-ga, domena o aktywności PP-izomerazy
(150–246 aa)
• 3-cia, domena łącząca (111–149 aa
i 247–378 aa)
W obrębie domeny N-końcowej występuje
sekwencja GFRXGXXP odpowiedzialna za
wiązanie białka do podjednostki 50S
rybosomu (a dokładniej do rybosomowego
białka L23, występującego przy wyjściu
tunelu translacyjnego). TF wiąże się z rybosomem jako monomer.
Dimer TF
The crystal structure of ribosomal chaperone trigger
factor from Vibrio cholerae
PNAS, September 14, 2004
Anthony V. Ludlam, Brian A. Moore, and Zhaohui Xu
Czynnik inicjujący TF (Trigger Factor) – model działania
TF tworzy osłoniętą, bezpieczną kieszeń dla łańcucha polipeptydowego wyłaniającego się z tunelu
rybosomu.
Powinowactwo TF do kompleksu rybosom-łańcuch potomny białka (ribosome-nascent chain complex,
RNC) wzrasta w momencie pojawienia się w obrębie łańcucha polipetydowego hydrofobowych reszt
aminokwasowych
1. Gdy tylko dostępna jest
wystarczająca informacja
o sekwencji pierwsza domena
powstającego białka przybiera
konformację natywną.
2. W procesie fałdowania, hydrofobowe reszty aminokwasowe
zostają schowane wewnątrz białka
– w konsekwencji TF traci
powinowactwo do kompleksu RNC
i oddysocjowuje od rybosomu.
3. W przypadku białek wielodomenowych TF może się
ponownie połączyć z kompleksem RNC i asystować
przy fałdowaniu kolejnej
domeny w białku
Białko opiekuńcze DnaK
DnaK z E. coli należy do rodziny białek Hsp70.
W optymalnych dla wzrostu bakterii warunkach DnaK stanowi
około 1% białek cytoplazmatycznych. Pod wpływem „stresu” jego
poziom wzrasta do 3%. W bakteriach z delecją genu dnaK wzrost
temperatury skutkuje agregacją i wytrąceniem 15–25% białek
wewnątrzkomórkowych. Oprócz zapobieganiu agregacji i rozpuszczaniu powstałych agregatów białkowych DnaK jest także
zaangażowane w proces fałdowania nowosyntetyzowanych białek.
Ta jego funkcja może być częściowo zastąpiona przez inne białka
opiekuńcze występujące w cytoplazmie (m. in. TF).
Konformacja DnaK i związany ze zmianą konformacji mechanizm
działania białka zależy, podobnie jak w przypadku wielu innych
czaperonów, od obecności ATP.
Białko opiekuńcze DnaK
W skład białka DnaK
wchodzą dwie
domeny:
Domena N-końcowa DnaK
Na podstawie Protein Data Bank, 1DKG
Domena C-końcowa DnaK
Na podstawie Protein Data Bank, 1DKX
Domena C-końcowa (25 kDa)
posiada hydrofobową szczelinę
i jest odpowiedzialna za wiązanie
substratów (niesfałdowanych polipeptydów).
Białko DnaK w kompleksie z GrpE
Białko opiekuńcze DnaK (Hsp 70)
Przyłączanie i odłączanie polipeptydów jest kontrolowane przez
zmiany strukturalne, do jakich dochodzi pod wpływem wiązania
i hydrolizy ATP.
DnaK działa we współpracy z dwoma dodatkowymi czynnikami:
białkiem DnaJ i czynnikiem wymiany nukleotydu GrpE.
W DnaJ (40 kDa) wyróżnia się 4 domeny:
• pierwsza – domena J – jest wysoce konserwowana ewolucyjnie,
odpowiada za stymulację aktywności ATP-azowej DnaK,
• druga – jest bogata w reszty glicyny i fenyloalaniny (G/F),
• trzecia – zawiera reszty cysteinowe wiążąca jony cynku,
• czwarta – domena karboksylowa – działająca jak białko
opiekuńcze, gdyż rozpoznaje hydrofobowe fragmenty
polipeptydów.
Białko opiekuńcze DnaK (Hsp 70)
DnaJ, za pośrednictwem C-końca, wiąże substrat (S) i transportuje
go do DnaK. DnaJ-S stymuluje hydrolizę ATP związanego z DnaK.
H2 0
DnaJ
(ADP-Pi-DnaK)-S
ATP-DnaK + S ↔ (ATP-DnaK)-S
DnaK związane z ATP charakteryzuje
się szybkim wiązaniem i uwalnianiem
polipeptydu (S)
DnaK związane z ADP
łączy się mocno
z polipeptydem (S)
ATP
GrpE
ADP + Pi
Odłączenie
prawidłowo
sfałdowanego
białka wymaga uwolnienia ADP, dysocjacja
ADP od DnaK jest wspomagana przez
GrpE
Najczęściej proces fałdowania nie kończy się na jednym cyklu i białka, aby osiągnąć
prawidłową konformację przestrzenną, muszą być poddane kilku cyklom zwijania
z udziałem DnaK i białek współdziałających lub przekazane do innego systemu białek
opiekuńczych celem ukończenia procesu fałdowania.
Chaperoniny I
GroEL/(Hsp60)
Widok z góry
Widok z boku
Duże (800 kDa) oligomeryczne białko w kształcie cylindra, złożone
z dwóch pierścieni, na które składa się 14 identycznych podjednostek
o masie 57 kDa.
System GroEL/GroES uczestniczy w fałdowaniu de novo około 10%
bakteryjnych białek
Chaperoniny I
GroEL
Chaperoniny I
GroES, heptamer złożony
z podjednostek o masie
10 kDa, w kształcie
kopuły.
Chaperoniny I
Po związaniu ATP i GroES, hydrofobowe
reszty chowają się w ścianie pierścienia,
objętość wewnętrznej przestrzeni wzrasta
z 85 000 do 175 000 Ä3. Umożliwia to
spułapkowanie białka o masie do ~60 kDa.
Chaperoniny I
Cykl reakcji, którym podlega GroEL można podzielić na trzy stadia: a) wiązanie polipeptydu,
b) spułapkowanie polipeptydu, c) uwolnienie polipeptydu.
1)
Wiązanie polipeptydu (dolny
pierścień pozbawiony nukleotydu ma
wysokie powinowactwo do substratu)
2)
Związanie ATP
3)
oraz związanie GroES inicjuje
zmiany konformacyjne w pierścieniu
GroEL. Spada powinowactwo do
hydrofobowego substratu, zostaje on
przesunięty do hydrofilowej komory
4)
Po związaniu ATP i GroES przez
dolny pierścień, w pierścieniu
górnym dochodzi o uwolnienia
sfałdowanego białka, ADP i GroES
5)
Hydroliza ATP powoduje przyjęcie
konformacji umożliwiającej związanie
kolejnego niesfałdowanego łańcucha
polipeptydowego.
Prawidłowe sfałdowanie białka
wymaga prawdopodobnie kilku
interakcji z GroEL
1
2
5
flip-flop
4
3
Fałdowanie białek u E. coli
Ze względu na sposób działania można
wyróżnić 3 grupy białek opiekuńczych:
• folding chaperons
→ pośredniczą
w fałdowaniu/re-fałdowaniu
białek
• holding chaperons
→ w oczekiwaniu na dostępność
„czaperonów fałdujących” wiążą się
z częściowo sfałdowanymi białkami,
chroniąc je w ten sposób przed
wytrąceniem lub degradacją
• disaggregating
chaperons
→ biorą udział w rozbijaniu
zagregowanych białek
Fałdowanie białek w cytoplazmie E. coli
Recombinant protein folding and misfolding in Escherichia coli. Nat Biotechnol. 2004 Nov;22(11):1399-408.
Baneyx F, Mujacic M.
Fałdowanie białek w cytoplazmie E. coli
Fałdowanie białek w peryplazmie E. coli
Recombinant protein folding and misfolding in Escherichia coli. Nat Biotechnol. 2004 Nov;22(11):1399-408.
Baneyx F, Mujacic M.
Fałdowanie białek w peryplazmie E. coli

Podobne dokumenty

Produkcja rekombinowanych białek w Escherichia coli

Produkcja rekombinowanych białek w Escherichia coli łatwo indukowany — fizycznie lub chemicznie, z wykorzystaniem prostego induktora, jak l-arabinoza lub IPTG. Ponieważ IPTG jest toksyczny, nie zawsze można go stosować, np. do produkcji białek o zas...

Bardziej szczegółowo