Analiza porównawcza profili genomowych wewnątrzczaszkowych

Analiza porównawcza profili genomowych wewnątrzczaszkowych guzów germinalnych - wyniki wstępne.
Dominika Kuleszo1, Magdalena Koczkowska1, Wiesława Grajkowska2, Elżbieta Drożyńska3, Bożenna DembowskaBagińska4, Beata Lipska-Ziętkiewicz1, Katarzyna Czarnota5, Ewa Iżycka-Świeszewska5,6
1- Katedra i Zakład Biologii i Genetyki GUMed, Gdańsk
2- Zakład Patologii Instytut Pomnik Centrum Zdrowia Dziecka, Warszawa
3- Katedra i Klinika Pediatrii, Onkologii i Hematologii GUMed, Gdańsk
4- Klinika Onkologii Dziecięcej Pomnik Centrum Zdrowia Dziecka, Warszawa
5- Zakład Patomorfologii Copernicus PL Gdańsk
6- Zakład Patologii i Neuropatologii GUMed, Gdańsk
Guzy germinalne (germ cell tumours – GCT) to heterogenna grupa nowotworów wywodząca się z pierwotnych
komórek płciowych na różnych etapach ich różnicowania. Mogą się one rozwinąć w gonadach i pozagonadalnie,
w tym wewnątrzczaszkowo, stanowiąc 1-3% wszystkich guzów OUN. Śródczaszkowe GCT dotyczą najczęściej
dzieci i młodych dorosłych, rosną w linii pośrodkowej, głównie w szyszynce
Materiał badawczy stanowił DNA wyizolowany z fragmentów mrożonej tkanki nowotworowej siedmiu guzów: 3
rozrodczaków (germinoma), zlokalizowanych w szyszynce oraz 4 potworniaków dojrzałych (teratoma maturum).
Analiza porównawcza profili genomowych została wykonana z wykorzystaniem techniki mikromacierzy-CGH
(Cytosure ISCA UPD 4x180k, Oxford Gene Technology). Wyniki analizowano za pomocą oprogramowania Feature
Extraction (Agilent Technologies) oraz Nexus Copy Number 8.0 (BioDiscovery).
Występowanie aberracji chromosomowych stwierdzono w dwóch guzach typu germinoma. Guzy te cechowały
się złożonym profilem genomowym obejmującym chromosomy 7, 8, 9, 10, 11, 12, 16, 17 i 19. Wspólnymi
zmianami była amplifikacja fragmentów ramion krótkich chromosomu 12p13.13p11.1 o wielkości ok. 35 Mpz
oraz ramion długich chromosomu 17q11.1q25.3 o wielkości ok. 55 Mpz. W jednym z guzów zaobserwowano
dodatkowo duplikację genów SHH (7q36.3), SMO (7q32.1) oraz genu GLI3 (7p14.1) w połączeniu z utratą
fragmentu ramienia długiego chromosomu 9q21.11q34.4 obejmującą gen PTCH1, będącym receptorem dla
białka SHH. Dodatkowo w obu analizowanych guzach wykazano duplikację genów będących ligandami,
regulatorami, receptorami czy genami docelowego działania szlaku SHH (MTSS1, PRKACA, FKBP8, SFRP1) oraz
amplifikację genów rozwojowego szlaku WNT współdziałającego ze szlakiem SHH (WNT10B, WNT16, WNT2,
WNT3, WNT5B, WNT9B).
Ze względu na pilotażowy charakter badanej grupy niemożliwe było przeprowadzenie analizy genotyp-fenotyp.
Dalsze badania większej grupy przypadków wykażą, czy stwierdzane zmiany mają charakter pierwotny,
indukujący zmianę fenotypu (driver mutations) czy jedynie wtórny, losowo towarzyszący nowotworzeniu
(passenger mutations) w wewnątrzczaszkowych GCT.
Praca finansowana z projektu Narodowego Centrum Nauki 2014/15/B/NZ4/04855